More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2788 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3078  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  90.44 
 
 		 642 aa  1157    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.926861 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0267  bacterial extracellular solute-binding protein, family 5  59.28 
 
 		 638 aa  766    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3029  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  69.26 
 
 		 622 aa  886    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.778411  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2646  extracellular solute-binding protein  92.32 
 
 		 599 aa  1148    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0139  extracellular solute-binding protein  60.47 
 
 		 627 aa  767    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2902  extracellular solute-binding protein  66.18 
 
 		 622 aa  878    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.19921  normal  0.272453 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3073  extracellular solute-binding protein  69.24 
 
 		 622 aa  904    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3120  extracellular solute-binding protein  65.42 
 
 		 617 aa  827    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.821712 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3741  extracellular solute-binding protein  61.42 
 
 		 623 aa  770    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2713  extracellular solute-binding protein  84.93 
 
 		 608 aa  1050    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.155019 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2788  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 640 aa  1319    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0852598  normal  0.110267 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3486  ABC transporter periplasmic binding protein  48.93 
 
 		 615 aa  593  1e-168  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2060  extracellular solute-binding protein  48.91 
 
 		 615 aa  589  1e-167  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163136  normal  0.391933 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4147  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  48.8 
 
 		 611 aa  587  1e-166  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41130  putative binding protein component of ABC transporter  49.06 
 
 		 615 aa  586  1e-166  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1718  extracellular solute-binding protein  48.8 
 
 		 611 aa  585  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.359306  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3719  extracellular solute-binding protein  48.63 
 
 		 611 aa  582  1e-164  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0280101  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29650  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  48.1 
 
 		 613 aa  578  1.0000000000000001e-163  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000703906  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3472  extracellular solute-binding protein  47.72 
 
 		 611 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1758  extracellular solute-binding protein  48.7 
 
 		 618 aa  574  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.316004  normal  0.0569954 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3717  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  47.65 
 
 		 618 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2181  extracellular solute-binding protein  45.32 
 
 		 613 aa  557  1e-157  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37880  putative binding protein component of ABC transporter  46.73 
 
 		 602 aa  548  1e-154  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00173754  normal  0.230207 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3166  extracellular solute-binding protein  41.55 
 
 		 615 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1348  extracellular solute-binding protein family 5  42.11 
 
 		 603 aa  458  1e-127  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0798387  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0180  extracellular solute-binding protein family 5  41.29 
 
 		 607 aa  451  1e-125  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0115715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0597  extracellular solute-binding protein  41.11 
 
 		 633 aa  443  1e-123  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2274  extracellular solute-binding protein  39.93 
 
 		 600 aa  436  1e-121  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1538  extracellular solute-binding protein  37.88 
 
 		 609 aa  434  1e-120  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0289  ABC transporter extracellular solute-binding protein  36.71 
 
 		 606 aa  422  1e-117  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2061  extracellular solute-binding protein  41.74 
 
 		 616 aa  424  1e-117  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.409615  normal  0.170665 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3471  extracellular solute-binding protein  40.88 
 
 		 609 aa  425  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.640162  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1719  extracellular solute-binding protein  40.1 
 
 		 646 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.244782  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4146  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  40.55 
 
 		 609 aa  419  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0448  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.57 
 
 		 628 aa  418  9.999999999999999e-116  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0189227  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3718  extracellular solute-binding protein  40.27 
 
 		 590 aa  419  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.357391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3485  putative solute-binding protein  38.66 
 
 		 626 aa  414  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0393  extracellular solute-binding protein family 5  39.02 
 
 		 658 aa  412  1e-114  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.305694  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41110  putative solute-binding protein  38.96 
 
 		 609 aa  410  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3716  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.63 
 
 		 609 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1759  extracellular solute-binding protein  39.21 
 
 		 609 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.358749  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2182  extracellular solute-binding protein  39.15 
 
 		 610 aa  409  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1645  extracellular solute-binding protein family 5  38.01 
 
 		 602 aa  404  1e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.819399  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1916  extracellular solute-binding protein family 5  37.91 
 
 		 602 aa  404  1e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29640  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  39.45 
 
 		 609 aa  399  9.999999999999999e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113024  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2773  extracellular solute-binding protein  38.24 
 
 		 600 aa  397  1e-109  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0845  extracellular solute-binding protein  38.71 
 
 		 638 aa  393  1e-108  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0910462 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2129  extracellular solute-binding protein  39.05 
 
 		 627 aa  392  1e-107  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.641802  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2153  extracellular solute-binding protein  36.2 
 
 		 597 aa  390  1e-107  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.453344 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1497  ABC transporter periplamic substrate-binding protein  37.92 
 
 		 602 aa  390  1e-107  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0422  extracellular solute-binding protein family 5  38.13 
 
 		 625 aa  390  1e-107  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.175563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2786  extracellular solute-binding protein  37.92 
 
 		 602 aa  390  1e-107  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.426757  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0248  extracellular solute-binding protein  37.31 
 
 		 626 aa  389  1e-107  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2633  extracellular solute-binding protein  37.67 
 
 		 629 aa  387  1e-106  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.350381  normal  0.525149 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2711  ABC transporter, periplamic substrate-binding protein  37.75 
 
 		 602 aa  388  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3640  extracellular solute-binding protein  37.87 
 
 		 615 aa  383  1e-105  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.133111 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2456  extracellular solute-binding protein  38.99 
 
 		 601 aa  383  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2410  extracellular solute-binding protein  38.99 
 
 		 601 aa  383  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00115101 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2453  extracellular solute-binding protein  38.99 
 
 		 601 aa  383  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.958299  hitchhiker  0.000003014 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0343  extracellular solute-binding protein  39.34 
 
 		 624 aa  383  1e-105  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02107  predicted oligopeptide transporter subunit  37.33 
 
 		 604 aa  382  1e-104  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.213726  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1480  extracellular solute-binding protein family 5  37.33 
 
 		 604 aa  382  1e-104  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.173724  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2567  extracellular solute-binding protein  38.81 
 
 		 601 aa  380  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00156108 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3315  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  37.5 
 
 		 604 aa  381  1e-104  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.644955  normal  0.133502 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1810  extracellular solute-binding protein  38.45 
 
 		 624 aa  382  1e-104  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0607685  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02066  hypothetical protein  37.33 
 
 		 604 aa  382  1e-104  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.250617  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1470  extracellular solute-binding protein  37.33 
 
 		 604 aa  382  1e-104  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000141163  normal  0.0234366 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2475  ABC transporter, peripllasmic solute-binding proteins  37.5 
 
 		 604 aa  381  1e-104  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2941  extracellular solute-binding protein family 5  39.16 
 
 		 626 aa  381  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0515  extracellular solute-binding protein family 5  37.74 
 
 		 626 aa  379  1e-104  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2315  ABC transporter, peripllasmic solute-binding proteins  37.33 
 
 		 604 aa  381  1e-104  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2336  extracellular solute-binding protein family 5  37.85 
 
 		 603 aa  382  1e-104  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2365  extracellular solute-binding protein  38.81 
 
 		 601 aa  380  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0436387  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2326  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  37.5 
 
 		 604 aa  382  1e-104  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00440714 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0781  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  37.33 
 
 		 604 aa  380  1e-104  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0388  extracellular solute-binding protein family 5  39.34 
 
 		 624 aa  382  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.420489  normal  0.698142 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1615  extracellular solute-binding protein  37.41 
 
 		 627 aa  380  1e-104  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.316028 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0249  extracellular solute-binding protein  37.14 
 
 		 670 aa  377  1e-103  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1918  extracellular solute-binding protein family 5  38.28 
 
 		 624 aa  379  1e-103  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.141115  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0535  putative peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  36.41 
 
 		 611 aa  377  1e-103  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3638  extracellular solute-binding protein  37.41 
 
 		 592 aa  376  1e-103  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1014  extracellular solute-binding protein family 5  36.83 
 
 		 628 aa  375  1e-102  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.517437  normal  0.0342428 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3093  extracellular solute-binding protein  35.69 
 
 		 640 aa  372  1e-102  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.311181 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6015  extracellular solute-binding protein  38.93 
 
 		 624 aa  372  1e-102  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1173  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  38.32 
 
 		 625 aa  371  1e-101  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000592479  normal  0.415148 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3254  extracellular solute-binding protein  39.12 
 
 		 643 aa  369  1e-101  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2081  extracellular solute-binding protein  38.93 
 
 		 624 aa  372  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1964  extracellular solute-binding protein  38.93 
 
 		 627 aa  371  1e-101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1946  extracellular solute-binding protein  36.95 
 
 		 611 aa  370  1e-101  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.185407  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2146  extracellular solute-binding protein  36.12 
 
 		 661 aa  369  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.155446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2094  extracellular solute-binding protein  38.93 
 
 		 627 aa  372  1e-101  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2062  extracellular solute-binding protein  38.93 
 
 		 624 aa  372  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.389023  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3914  extracellular solute-binding protein family 5  35.76 
 
 		 630 aa  367  1e-100  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0576  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  35.6 
 
 		 615 aa  366  1e-100  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5371  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  38.38 
 
 		 623 aa  366  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.970504 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1771  extracellular solute-binding protein  35.97 
 
 		 625 aa  368  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.235807  normal  0.0344403 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2128  extracellular solute-binding protein  37.17 
 
 		 603 aa  367  1e-100  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.603606  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1108  extracellular solute-binding protein family 5  36.71 
 
 		 628 aa  366  1e-100  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.762365 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1214  extracellular solute-binding protein  38.75 
 
 		 627 aa  369  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.454357 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3246  extracellular solute-binding protein  37.35 
 
 		 602 aa  368  1e-100  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.645009  normal  0.0170676 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>