More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3029 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3078  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  67.27 
 
 		 642 aa  851    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.926861 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0267  bacterial extracellular solute-binding protein, family 5  60.06 
 
 		 638 aa  788    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3029  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  100 
 
 		 622 aa  1291    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.778411  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0139  extracellular solute-binding protein  60.78 
 
 		 627 aa  791    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2902  extracellular solute-binding protein  93.41 
 
 		 622 aa  1226    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.19921  normal  0.272453 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3073  extracellular solute-binding protein  72.22 
 
 		 622 aa  962    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3120  extracellular solute-binding protein  65.88 
 
 		 617 aa  855    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.821712 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3741  extracellular solute-binding protein  63.5 
 
 		 623 aa  796    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2788  extracellular solute-binding protein  69.26 
 
 		 640 aa  867    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0852598  normal  0.110267 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2646  extracellular solute-binding protein  68.74 
 
 		 599 aa  882    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2713  extracellular solute-binding protein  66.12 
 
 		 608 aa  848    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.155019 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3486  ABC transporter periplasmic binding protein  49.5 
 
 		 615 aa  622  1e-177  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41130  putative binding protein component of ABC transporter  49.91 
 
 		 615 aa  617  1e-175  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3719  extracellular solute-binding protein  49.1 
 
 		 611 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0280101  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4147  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  49.1 
 
 		 611 aa  611  1e-173  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1718  extracellular solute-binding protein  49.1 
 
 		 611 aa  611  1e-173  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.359306  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3472  extracellular solute-binding protein  48.78 
 
 		 611 aa  604  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1758  extracellular solute-binding protein  49.83 
 
 		 618 aa  597  1e-169  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.316004  normal  0.0569954 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29650  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  49.05 
 
 		 613 aa  593  1e-168  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000703906  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2060  extracellular solute-binding protein  49.21 
 
 		 615 aa  591  1e-167  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163136  normal  0.391933 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3717  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  47.91 
 
 		 618 aa  587  1e-166  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2181  extracellular solute-binding protein  48.08 
 
 		 613 aa  579  1e-164  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37880  putative binding protein component of ABC transporter  44.33 
 
 		 602 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00173754  normal  0.230207 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3166  extracellular solute-binding protein  42.88 
 
 		 615 aa  484  1e-135  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0180  extracellular solute-binding protein family 5  43.05 
 
 		 607 aa  473  1e-132  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0115715  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1348  extracellular solute-binding protein family 5  40.44 
 
 		 603 aa  464  1e-129  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0798387  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1538  extracellular solute-binding protein  40.55 
 
 		 609 aa  456  1e-127  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0597  extracellular solute-binding protein  39.6 
 
 		 633 aa  452  1.0000000000000001e-126  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2274  extracellular solute-binding protein  39.86 
 
 		 600 aa  446  1.0000000000000001e-124  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0393  extracellular solute-binding protein family 5  40.42 
 
 		 658 aa  438  1e-121  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.305694  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0448  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.87 
 
 		 628 aa  434  1e-120  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0189227  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0289  ABC transporter extracellular solute-binding protein  38.06 
 
 		 606 aa  434  1e-120  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0845  extracellular solute-binding protein  38.1 
 
 		 638 aa  432  1e-119  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0910462 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1759  extracellular solute-binding protein  41.12 
 
 		 609 aa  422  1e-117  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.358749  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3718  extracellular solute-binding protein  41.47 
 
 		 590 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.357391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1916  extracellular solute-binding protein family 5  39.13 
 
 		 602 aa  420  1e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3716  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  41.89 
 
 		 609 aa  421  1e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2061  extracellular solute-binding protein  40.79 
 
 		 616 aa  419  1e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.409615  normal  0.170665 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1645  extracellular solute-binding protein family 5  38.8 
 
 		 602 aa  419  1e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.819399  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3471  extracellular solute-binding protein  41.08 
 
 		 609 aa  421  1e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.640162  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3485  putative solute-binding protein  38.94 
 
 		 626 aa  421  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41110  putative solute-binding protein  38.94 
 
 		 609 aa  421  1e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4146  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  41.35 
 
 		 609 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2182  extracellular solute-binding protein  41.18 
 
 		 610 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1719  extracellular solute-binding protein  41.35 
 
 		 646 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.244782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0015  extracellular solute-binding protein  39.09 
 
 		 622 aa  414  1e-114  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.440164  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2153  extracellular solute-binding protein  37.71 
 
 		 597 aa  414  1e-114  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.453344 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0249  extracellular solute-binding protein  40.17 
 
 		 670 aa  410  1e-113  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2129  extracellular solute-binding protein  38.69 
 
 		 627 aa  412  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.641802  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1383  extracellular solute-binding protein  40.28 
 
 		 640 aa  412  1e-113  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.138715  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1214  extracellular solute-binding protein  41.18 
 
 		 627 aa  409  1e-113  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.454357 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2094  extracellular solute-binding protein  40.35 
 
 		 627 aa  409  1e-113  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2633  extracellular solute-binding protein  38.42 
 
 		 629 aa  411  1e-113  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.350381  normal  0.525149 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5371  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  39.79 
 
 		 623 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.970504 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29640  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  40.39 
 
 		 609 aa  407  1.0000000000000001e-112  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113024  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1964  extracellular solute-binding protein  40 
 
 		 627 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3826  extracellular solute-binding protein family 5  38.17 
 
 		 610 aa  405  1e-111  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0497538 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6015  extracellular solute-binding protein  39.83 
 
 		 624 aa  403  1e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2062  extracellular solute-binding protein  39.83 
 
 		 624 aa  403  1e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.389023  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0010  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  38.02 
 
 		 622 aa  401  9.999999999999999e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.427067  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2081  extracellular solute-binding protein  39.48 
 
 		 624 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1636  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  37.83 
 
 		 654 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.106746  normal  0.365226 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0010  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.43 
 
 		 610 aa  402  9.999999999999999e-111  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3204  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.88 
 
 		 650 aa  396  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0292064  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1607  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.88 
 
 		 650 aa  396  1e-109  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00266452  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2420  extracellular solute-binding protein  39.3 
 
 		 601 aa  395  1e-109  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0712361  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1382  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.88 
 
 		 650 aa  396  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.417398  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2773  extracellular solute-binding protein  38.17 
 
 		 600 aa  398  1e-109  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1615  extracellular solute-binding protein  36.23 
 
 		 627 aa  398  1e-109  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.316028 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1946  extracellular solute-binding protein  36.81 
 
 		 611 aa  395  1e-109  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.185407  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2109  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.88 
 
 		 936 aa  396  1e-109  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.556934  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2194  extracellular solute-binding protein  38.29 
 
 		 606 aa  398  1e-109  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.808425 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2547  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.1 
 
 		 650 aa  393  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.524722  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2146  extracellular solute-binding protein  37.54 
 
 		 661 aa  395  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.155446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0422  extracellular solute-binding protein family 5  38.06 
 
 		 625 aa  393  1e-108  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.175563  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1173  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  38.54 
 
 		 625 aa  390  1e-107  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000592479  normal  0.415148 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1014  extracellular solute-binding protein family 5  37.02 
 
 		 628 aa  389  1e-107  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.517437  normal  0.0342428 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0387  extracellular solute-binding protein family 5  38.57 
 
 		 637 aa  389  1e-107  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.651599 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2493  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.93 
 
 		 650 aa  390  1e-107  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.409062  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2635  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.1 
 
 		 686 aa  392  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63534  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2941  extracellular solute-binding protein family 5  38 
 
 		 626 aa  391  1e-107  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3728  extracellular solute-binding protein  36.97 
 
 		 621 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1108  extracellular solute-binding protein family 5  36.31 
 
 		 628 aa  389  1e-107  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.762365 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0515  extracellular solute-binding protein family 5  37.02 
 
 		 626 aa  390  1e-107  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0421  extracellular solute-binding protein family 5  39.18 
 
 		 641 aa  391  1e-107  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.427516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3254  extracellular solute-binding protein  37.77 
 
 		 643 aa  389  1e-107  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4153  ABC transporter substrate-binding protein  36.65 
 
 		 601 aa  391  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.162536  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1480  extracellular solute-binding protein family 5  36.24 
 
 		 604 aa  386  1e-106  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.173724  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2017  extracellular solute-binding protein  39.09 
 
 		 604 aa  387  1e-106  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1510  extracellular solute-binding protein  37.25 
 
 		 620 aa  389  1e-106  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.14042  normal  0.0541168 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3093  extracellular solute-binding protein  35.34 
 
 		 640 aa  387  1e-106  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.311181 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2501  extracellular solute-binding protein family 5  37.46 
 
 		 613 aa  387  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0677964  normal  0.0181569 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2632  extracellular solute-binding protein  39.55 
 
 		 638 aa  386  1e-106  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.267737 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1978  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.96 
 
 		 686 aa  388  1e-106  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00175999  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0342  extracellular solute-binding protein  38.4 
 
 		 637 aa  387  1e-106  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2847  extracellular solute-binding protein  37.26 
 
 		 623 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0379  extracellular solute-binding protein  36.41 
 
 		 628 aa  386  1e-106  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0289  extracellular solute-binding protein  36.42 
 
 		 632 aa  385  1e-105  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1497  ABC transporter periplamic substrate-binding protein  37.02 
 
 		 602 aa  384  1e-105  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2786  extracellular solute-binding protein  37.02 
 
 		 602 aa  384  1e-105  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.426757  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>