More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1771 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_0515  extracellular solute-binding protein family 5  62.89 
 
 		 626 aa  744    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3358  extracellular solute-binding protein  53.74 
 
 		 636 aa  637    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0726814  normal  0.160875 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0289  extracellular solute-binding protein  78.37 
 
 		 632 aa  992    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1615  extracellular solute-binding protein  61.17 
 
 		 627 aa  756    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.316028 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0388  extracellular solute-binding protein family 5  57.17 
 
 		 624 aa  677    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.420489  normal  0.698142 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1771  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 625 aa  1270    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.235807  normal  0.0344403 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0422  extracellular solute-binding protein family 5  58.06 
 
 		 625 aa  700    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.175563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3728  extracellular solute-binding protein  77.76 
 
 		 621 aa  998    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4213  extracellular solute-binding protein family 5  85.67 
 
 		 621 aa  1085    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.238618  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0343  extracellular solute-binding protein  57.17 
 
 		 624 aa  679    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3914  extracellular solute-binding protein family 5  55.27 
 
 		 630 aa  659    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3534  extracellular solute-binding protein  86.1 
 
 		 626 aa  1102    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.173833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0379  extracellular solute-binding protein  77.46 
 
 		 628 aa  998    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7054  oligopeptide ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  67.61 
 
 		 614 aa  872    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.334122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0248  extracellular solute-binding protein  53.93 
 
 		 626 aa  657    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3640  extracellular solute-binding protein  58.92 
 
 		 615 aa  719    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.133111 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2633  extracellular solute-binding protein  51.84 
 
 		 629 aa  630  1e-179  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.350381  normal  0.525149 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0014  extracellular solute-binding protein  45.28 
 
 		 615 aa  526  1e-148  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.498204  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0009  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  44.19 
 
 		 615 aa  509  1e-143  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.193969  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2274  extracellular solute-binding protein  43.84 
 
 		 600 aa  511  1e-143  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0009  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  45.16 
 
 		 604 aa  504  1e-141  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4147  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  43.74 
 
 		 611 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3166  extracellular solute-binding protein  42.88 
 
 		 615 aa  487  1e-136  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1718  extracellular solute-binding protein  44.07 
 
 		 611 aa  488  1e-136  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.359306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0249  extracellular solute-binding protein  41.99 
 
 		 670 aa  484  1e-135  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4083  twin-arginine translocation pathway signal  44.55 
 
 		 626 aa  484  1e-135  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3472  extracellular solute-binding protein  43.57 
 
 		 611 aa  483  1e-135  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3719  extracellular solute-binding protein  43.41 
 
 		 611 aa  479  1e-134  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0280101  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1348  extracellular solute-binding protein family 5  42.4 
 
 		 603 aa  478  1e-133  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0798387  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2181  extracellular solute-binding protein  41.12 
 
 		 613 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0597  extracellular solute-binding protein  42.42 
 
 		 633 aa  471  1.0000000000000001e-131  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2060  extracellular solute-binding protein  42.25 
 
 		 615 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163136  normal  0.391933 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3717  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  41.97 
 
 		 618 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1758  extracellular solute-binding protein  41.45 
 
 		 618 aa  451  1e-125  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.316004  normal  0.0569954 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1759  extracellular solute-binding protein  40.74 
 
 		 609 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.358749  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3716  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  40.24 
 
 		 609 aa  444  1e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3486  ABC transporter periplasmic binding protein  40.03 
 
 		 615 aa  444  1e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41130  putative binding protein component of ABC transporter  40.73 
 
 		 615 aa  443  1e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0655  ABC peptide transporter  41.46 
 
 		 633 aa  440  9.999999999999999e-123  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2182  extracellular solute-binding protein  38.99 
 
 		 610 aa  434  1e-120  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1946  extracellular solute-binding protein  39.65 
 
 		 611 aa  435  1e-120  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.185407  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2153  extracellular solute-binding protein  39.29 
 
 		 597 aa  435  1e-120  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.453344 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4146  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  38.71 
 
 		 609 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0180  extracellular solute-binding protein family 5  39.11 
 
 		 607 aa  429  1e-119  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0115715  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3471  extracellular solute-binding protein  38.39 
 
 		 609 aa  430  1e-119  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.640162  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1719  extracellular solute-binding protein  38.71 
 
 		 646 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.244782  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3718  extracellular solute-binding protein  38.4 
 
 		 590 aa  428  1e-118  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.357391  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29650  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  39.08 
 
 		 613 aa  429  1e-118  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000703906  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1538  extracellular solute-binding protein  37.33 
 
 		 609 aa  426  1e-118  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3485  putative solute-binding protein  39.3 
 
 		 626 aa  427  1e-118  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0526  extracellular solute-binding protein  40.5 
 
 		 643 aa  428  1e-118  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0241638  normal  0.268494 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2061  extracellular solute-binding protein  38.94 
 
 		 616 aa  419  1e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.409615  normal  0.170665 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29640  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  38.32 
 
 		 609 aa  421  1e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113024  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41110  putative solute-binding protein  38.98 
 
 		 609 aa  422  1e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0289  ABC transporter extracellular solute-binding protein  37.85 
 
 		 606 aa  417  9.999999999999999e-116  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4214  extracellular solute-binding protein family 5  39.65 
 
 		 631 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.159532  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2359  extracellular solute-binding protein  40.4 
 
 		 645 aa  413  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0844875  normal  0.182874 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0378  extracellular solute-binding protein  39.02 
 
 		 659 aa  414  1e-114  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.296975  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7055  oligopeptide ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  38.35 
 
 		 614 aa  409  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0391894  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0704  ABC peptide transporter, substrate binding protein  40.37 
 
 		 645 aa  411  1e-113  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.49782  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3639  extracellular solute-binding protein  39.24 
 
 		 641 aa  411  1e-113  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.294463  normal  0.053682 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0288  extracellular solute-binding protein  38.92 
 
 		 631 aa  408  1.0000000000000001e-112  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1770  extracellular solute-binding protein  39.16 
 
 		 635 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.235807  normal  0.035612 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3729  extracellular solute-binding protein  39.41 
 
 		 605 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3535  twin-arginine translocation pathway signal  39.59 
 
 		 631 aa  408  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.10202  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0514  extracellular solute-binding protein family 5  38.88 
 
 		 617 aa  403  1e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.772903  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37880  putative binding protein component of ABC transporter  37.91 
 
 		 602 aa  402  1e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00173754  normal  0.230207 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1616  extracellular solute-binding protein  39.06 
 
 		 621 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0393  extracellular solute-binding protein family 5  41.11 
 
 		 658 aa  401  9.999999999999999e-111  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.305694  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0010  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  36.6 
 
 		 622 aa  396  1e-109  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.427067  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0015  extracellular solute-binding protein  36.59 
 
 		 622 aa  397  1e-109  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.440164  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0387  extracellular solute-binding protein family 5  38.63 
 
 		 637 aa  399  1e-109  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.651599 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0342  extracellular solute-binding protein  38.63 
 
 		 637 aa  397  1e-109  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2741  extracellular solute-binding protein family 5  39.62 
 
 		 598 aa  398  1e-109  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.982648  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0421  extracellular solute-binding protein family 5  37.9 
 
 		 641 aa  395  1e-108  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.427516  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0010  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.6 
 
 		 610 aa  393  1e-108  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2129  extracellular solute-binding protein  38.47 
 
 		 627 aa  389  1e-107  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.641802  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2632  extracellular solute-binding protein  38.06 
 
 		 638 aa  389  1e-107  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.267737 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3863  extracellular solute-binding protein  39.16 
 
 		 643 aa  392  1e-107  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1636  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  37.18 
 
 		 654 aa  390  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.106746  normal  0.365226 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3120  extracellular solute-binding protein  36.58 
 
 		 617 aa  388  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.821712 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1807  extracellular solute-binding protein  38.95 
 
 		 665 aa  387  1e-106  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.625712  normal  0.143321 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2501  extracellular solute-binding protein family 5  36.61 
 
 		 613 aa  385  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0677964  normal  0.0181569 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0448  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.71 
 
 		 628 aa  380  1e-104  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0189227  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2146  extracellular solute-binding protein  37.82 
 
 		 661 aa  379  1e-104  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.155446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3254  extracellular solute-binding protein  38.86 
 
 		 643 aa  380  1e-104  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4132  extracellular solute-binding protein family 5  36.86 
 
 		 610 aa  376  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1014  extracellular solute-binding protein family 5  37.82 
 
 		 628 aa  377  1e-103  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.517437  normal  0.0342428 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2420  extracellular solute-binding protein  38.59 
 
 		 601 aa  379  1e-103  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0712361  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2547  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.56 
 
 		 650 aa  375  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.524722  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1173  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  37.21 
 
 		 625 aa  374  1e-102  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000592479  normal  0.415148 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1382  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.26 
 
 		 650 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.417398  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1607  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.26 
 
 		 650 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00266452  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2902  extracellular solute-binding protein  35.77 
 
 		 622 aa  372  1e-102  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.19921  normal  0.272453 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2635  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.56 
 
 		 686 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63534  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3204  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.26 
 
 		 650 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0292064  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3073  extracellular solute-binding protein  35.75 
 
 		 622 aa  374  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2109  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.12 
 
 		 936 aa  373  1e-102  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.556934  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2493  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.56 
 
 		 650 aa  375  1e-102  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.409062  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2017  extracellular solute-binding protein  38.1 
 
 		 604 aa  374  1e-102  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>