More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_0704 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_0526  extracellular solute-binding protein  88.53 
 
 		 643 aa  1171    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0241638  normal  0.268494 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0655  ABC peptide transporter  69.46 
 
 		 633 aa  857    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0704  ABC peptide transporter, substrate binding protein  100 
 
 		 645 aa  1322    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.49782  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3863  extracellular solute-binding protein  55.73 
 
 		 643 aa  684    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1807  extracellular solute-binding protein  58.16 
 
 		 665 aa  726    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.625712  normal  0.143321 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2359  extracellular solute-binding protein  99.69 
 
 		 645 aa  1319    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0844875  normal  0.182874 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2552  extracellular solute-binding protein  48.71 
 
 		 616 aa  559  1e-158  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.437338  normal  0.0565568 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0248  extracellular solute-binding protein  43.37 
 
 		 626 aa  469  1.0000000000000001e-131  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3166  extracellular solute-binding protein  42.98 
 
 		 615 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1759  extracellular solute-binding protein  41.21 
 
 		 609 aa  436  1e-121  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.358749  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3728  extracellular solute-binding protein  42.16 
 
 		 621 aa  433  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3716  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  40 
 
 		 609 aa  431  1e-119  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0422  extracellular solute-binding protein family 5  40.1 
 
 		 625 aa  429  1e-119  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.175563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0597  extracellular solute-binding protein  40.36 
 
 		 633 aa  431  1e-119  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0289  extracellular solute-binding protein  41.41 
 
 		 632 aa  431  1e-119  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0515  extracellular solute-binding protein family 5  41.18 
 
 		 626 aa  431  1e-119  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3914  extracellular solute-binding protein family 5  40.37 
 
 		 630 aa  432  1e-119  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0249  extracellular solute-binding protein  41.4 
 
 		 670 aa  432  1e-119  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1615  extracellular solute-binding protein  40.94 
 
 		 627 aa  428  1e-118  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.316028 
 
 
-
 
NC_004310  BR0010  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  39.74 
 
 		 622 aa  426  1e-118  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.427067  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7054  oligopeptide ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  40.5 
 
 		 614 aa  428  1e-118  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.334122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0379  extracellular solute-binding protein  41.4 
 
 		 628 aa  426  1e-118  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3640  extracellular solute-binding protein  40 
 
 		 615 aa  425  1e-117  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.133111 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2633  extracellular solute-binding protein  40.13 
 
 		 629 aa  422  1e-117  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.350381  normal  0.525149 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0010  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.84 
 
 		 610 aa  424  1e-117  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0388  extracellular solute-binding protein family 5  40.63 
 
 		 624 aa  424  1e-117  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.420489  normal  0.698142 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4213  extracellular solute-binding protein family 5  40.75 
 
 		 621 aa  424  1e-117  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.238618  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3472  extracellular solute-binding protein  40.33 
 
 		 611 aa  425  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2182  extracellular solute-binding protein  39.7 
 
 		 610 aa  419  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0343  extracellular solute-binding protein  40.16 
 
 		 624 aa  421  1e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3534  extracellular solute-binding protein  40.33 
 
 		 626 aa  419  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.173833  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4147  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  39.67 
 
 		 611 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1771  extracellular solute-binding protein  40.48 
 
 		 625 aa  418  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.235807  normal  0.0344403 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1718  extracellular solute-binding protein  39.84 
 
 		 611 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.359306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2274  extracellular solute-binding protein  39.65 
 
 		 600 aa  416  9.999999999999999e-116  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0015  extracellular solute-binding protein  40.19 
 
 		 622 aa  419  9.999999999999999e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.440164  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4146  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  38.91 
 
 		 609 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3719  extracellular solute-binding protein  39.35 
 
 		 611 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0280101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1719  extracellular solute-binding protein  39.14 
 
 		 646 aa  413  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.244782  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3718  extracellular solute-binding protein  39.34 
 
 		 590 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.357391  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3358  extracellular solute-binding protein  39.73 
 
 		 636 aa  415  1e-114  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0726814  normal  0.160875 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2061  extracellular solute-binding protein  40.17 
 
 		 616 aa  414  1e-114  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.409615  normal  0.170665 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2060  extracellular solute-binding protein  40.52 
 
 		 615 aa  411  1e-113  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163136  normal  0.391933 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2181  extracellular solute-binding protein  39.35 
 
 		 613 aa  411  1e-113  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1348  extracellular solute-binding protein family 5  39.67 
 
 		 603 aa  411  1e-113  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0798387  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2153  extracellular solute-binding protein  40.47 
 
 		 597 aa  412  1e-113  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.453344 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3471  extracellular solute-binding protein  38.82 
 
 		 609 aa  409  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.640162  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0180  extracellular solute-binding protein family 5  39.29 
 
 		 607 aa  403  1e-111  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0115715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1538  extracellular solute-binding protein  39.31 
 
 		 609 aa  400  9.999999999999999e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1946  extracellular solute-binding protein  38.07 
 
 		 611 aa  396  1e-109  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.185407  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1758  extracellular solute-binding protein  40.24 
 
 		 618 aa  395  1e-108  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.316004  normal  0.0569954 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0288  extracellular solute-binding protein  39.26 
 
 		 631 aa  395  1e-108  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3485  putative solute-binding protein  37.72 
 
 		 626 aa  394  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0378  extracellular solute-binding protein  38.23 
 
 		 659 aa  392  1e-108  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.296975  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3717  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.56 
 
 		 618 aa  390  1e-107  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3486  ABC transporter periplasmic binding protein  39.11 
 
 		 615 aa  390  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0514  extracellular solute-binding protein family 5  39.78 
 
 		 617 aa  390  1e-107  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.772903  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0014  extracellular solute-binding protein  38.01 
 
 		 615 aa  389  1e-107  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.498204  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41130  putative binding protein component of ABC transporter  39.59 
 
 		 615 aa  391  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0009  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.68 
 
 		 615 aa  387  1e-106  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.193969  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0009  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  37.68 
 
 		 604 aa  386  1e-106  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7055  oligopeptide ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  38.04 
 
 		 614 aa  388  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0391894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4083  twin-arginine translocation pathway signal  40.16 
 
 		 626 aa  389  1e-106  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3639  extracellular solute-binding protein  38.44 
 
 		 641 aa  383  1e-105  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.294463  normal  0.053682 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29640  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  37.4 
 
 		 609 aa  384  1e-105  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113024  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41110  putative solute-binding protein  37.13 
 
 		 609 aa  383  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2632  extracellular solute-binding protein  38.02 
 
 		 638 aa  380  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.267737 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2741  extracellular solute-binding protein family 5  39.3 
 
 		 598 aa  380  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.982648  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0387  extracellular solute-binding protein family 5  38.71 
 
 		 637 aa  382  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.651599 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1616  extracellular solute-binding protein  38.54 
 
 		 621 aa  379  1e-103  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2129  extracellular solute-binding protein  38.17 
 
 		 627 aa  377  1e-103  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.641802  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4214  extracellular solute-binding protein family 5  39.25 
 
 		 631 aa  376  1e-103  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.159532  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2420  extracellular solute-binding protein  38.91 
 
 		 601 aa  379  1e-103  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0712361  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0342  extracellular solute-binding protein  38.59 
 
 		 637 aa  378  1e-103  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4084  extracellular solute-binding protein  38.18 
 
 		 622 aa  374  1e-102  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2094  extracellular solute-binding protein  39.6 
 
 		 627 aa  373  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37880  putative binding protein component of ABC transporter  35.73 
 
 		 602 aa  374  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00173754  normal  0.230207 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29650  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  37.35 
 
 		 613 aa  375  1e-102  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000703906  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0421  extracellular solute-binding protein family 5  38.44 
 
 		 641 aa  370  1e-101  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.427516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3254  extracellular solute-binding protein  37.81 
 
 		 643 aa  369  1e-101  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2128  extracellular solute-binding protein  37.21 
 
 		 603 aa  369  1e-101  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.603606  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1636  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  37.44 
 
 		 654 aa  372  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.106746  normal  0.365226 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1412  extracellular solute-binding protein  36.61 
 
 		 619 aa  371  1e-101  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.902569 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4446  extracellular solute-binding protein family 5  36.64 
 
 		 610 aa  369  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.215863  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1964  extracellular solute-binding protein  39.39 
 
 		 627 aa  369  1e-101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1545  putative extracellular solute-binding protein  39.69 
 
 		 606 aa  367  1e-100  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.0971522 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0535  putative peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  35.53 
 
 		 611 aa  366  1e-100  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3729  extracellular solute-binding protein  39.86 
 
 		 605 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4132  extracellular solute-binding protein family 5  36.03 
 
 		 610 aa  367  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2146  extracellular solute-binding protein  37.62 
 
 		 661 aa  368  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.155446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1506  extracellular solute-binding protein  39.18 
 
 		 604 aa  367  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0138783 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0542  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  37.07 
 
 		 616 aa  365  1e-99  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2501  extracellular solute-binding protein family 5  36.17 
 
 		 613 aa  365  1e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0677964  normal  0.0181569 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1014  extracellular solute-binding protein family 5  37.05 
 
 		 628 aa  364  2e-99  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.517437  normal  0.0342428 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3535  twin-arginine translocation pathway signal  37.88 
 
 		 631 aa  364  2e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.10202  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1214  extracellular solute-binding protein  38.49 
 
 		 627 aa  364  2e-99  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.454357 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1770  extracellular solute-binding protein  37.84 
 
 		 635 aa  363  6e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.235807  normal  0.035612 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1437  extracellular solute-binding protein  39.15 
 
 		 603 aa  363  7.0000000000000005e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0112279 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0576  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  36.91 
 
 		 615 aa  362  1e-98  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2856  putative oligopeptide ABC transporter, periplasmic-binding protein  39.42 
 
 		 603 aa  362  1e-98  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.481742  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>