More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2128 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008752  Aave_3254  extracellular solute-binding protein  67.27 
 
 		 643 aa  852    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3814  extracellular solute-binding protein  64.3 
 
 		 650 aa  812    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0812118 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1918  extracellular solute-binding protein family 5  74.83 
 
 		 624 aa  917    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.141115  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2128  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 603 aa  1245    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.603606  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2973  extracellular solute-binding protein  72.13 
 
 		 609 aa  911    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1810  extracellular solute-binding protein  75 
 
 		 624 aa  920    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0607685  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2741  extracellular solute-binding protein family 5  51.97 
 
 		 598 aa  625  1e-178  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.982648  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2420  extracellular solute-binding protein  51.11 
 
 		 601 aa  626  1e-178  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0712361  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2017  extracellular solute-binding protein  50.41 
 
 		 604 aa  621  1e-176  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1108  extracellular solute-binding protein family 5  50.74 
 
 		 628 aa  609  1e-173  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.762365 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1014  extracellular solute-binding protein family 5  50.74 
 
 		 628 aa  608  9.999999999999999e-173  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.517437  normal  0.0342428 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2109  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  51.09 
 
 		 936 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.556934  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3204  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  51.09 
 
 		 650 aa  604  1.0000000000000001e-171  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0292064  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1607  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  51.09 
 
 		 650 aa  604  1.0000000000000001e-171  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00266452  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1382  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  51.09 
 
 		 650 aa  604  1.0000000000000001e-171  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.417398  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1636  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  49.75 
 
 		 654 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.106746  normal  0.365226 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2493  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  51.9 
 
 		 650 aa  599  1e-170  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.409062  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2547  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  51.9 
 
 		 650 aa  600  1e-170  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.524722  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2635  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  51.9 
 
 		 686 aa  599  1e-170  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63534  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2501  extracellular solute-binding protein family 5  50.34 
 
 		 613 aa  596  1e-169  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0677964  normal  0.0181569 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1173  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  51.44 
 
 		 625 aa  592  1e-168  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000592479  normal  0.415148 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1978  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  51.04 
 
 		 686 aa  593  1e-168  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00175999  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1383  extracellular solute-binding protein  48.35 
 
 		 640 aa  587  1e-166  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.138715  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1964  extracellular solute-binding protein  50.69 
 
 		 627 aa  584  1.0000000000000001e-165  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2146  extracellular solute-binding protein  49.49 
 
 		 661 aa  579  1e-164  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.155446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2094  extracellular solute-binding protein  50.35 
 
 		 627 aa  581  1e-164  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5371  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  50.34 
 
 		 623 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.970504 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2062  extracellular solute-binding protein  50.6 
 
 		 624 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.389023  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6015  extracellular solute-binding protein  50.6 
 
 		 624 aa  578  1.0000000000000001e-163  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2081  extracellular solute-binding protein  50.43 
 
 		 624 aa  574  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1214  extracellular solute-binding protein  50.26 
 
 		 627 aa  575  1.0000000000000001e-162  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.454357 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2129  extracellular solute-binding protein  48.2 
 
 		 627 aa  567  1e-160  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.641802  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1237  extracellular solute-binding protein  44.03 
 
 		 622 aa  510  1e-143  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.469932  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1104  extracellular solute-binding protein family 5  44.67 
 
 		 622 aa  500  1e-140  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2153  extracellular solute-binding protein  43.24 
 
 		 597 aa  501  1e-140  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.453344 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0393  extracellular solute-binding protein family 5  44.46 
 
 		 658 aa  493  9.999999999999999e-139  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.305694  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1539  extracellular solute-binding protein  43.76 
 
 		 617 aa  480  1e-134  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.738539 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2993  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  43.17 
 
 		 625 aa  476  1e-133  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.17711  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1448  extracellular solute-binding protein family 5  42.83 
 
 		 651 aa  474  1e-132  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6368  extracellular solute-binding protein  43.64 
 
 		 624 aa  474  1e-132  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.230744  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1725  extracellular solute-binding protein  43.64 
 
 		 624 aa  475  1e-132  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0449384  normal  0.081167 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1710  extracellular solute-binding protein  43.64 
 
 		 624 aa  474  1e-132  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5001  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  42.86 
 
 		 640 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.95388  normal  0.138491 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1277  extracellular solute-binding protein  43.38 
 
 		 641 aa  462  1e-129  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000168 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2274  extracellular solute-binding protein  41.29 
 
 		 600 aa  461  9.999999999999999e-129  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3719  extracellular solute-binding protein  40 
 
 		 611 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0280101  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1348  extracellular solute-binding protein family 5  39.59 
 
 		 603 aa  423  1e-117  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0798387  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4147  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  39.83 
 
 		 611 aa  421  1e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2060  extracellular solute-binding protein  39.93 
 
 		 615 aa  419  1e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163136  normal  0.391933 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3472  extracellular solute-binding protein  40.56 
 
 		 611 aa  420  1e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1718  extracellular solute-binding protein  40 
 
 		 611 aa  422  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.359306  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3716  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.93 
 
 		 609 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1759  extracellular solute-binding protein  37.76 
 
 		 609 aa  413  1e-114  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.358749  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2181  extracellular solute-binding protein  39.52 
 
 		 613 aa  412  1e-114  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3471  extracellular solute-binding protein  39.16 
 
 		 609 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.640162  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0597  extracellular solute-binding protein  40.65 
 
 		 633 aa  414  1e-114  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4146  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  38.99 
 
 		 609 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0249  extracellular solute-binding protein  39.79 
 
 		 670 aa  411  1e-113  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1719  extracellular solute-binding protein  38.99 
 
 		 646 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.244782  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3718  extracellular solute-binding protein  38.99 
 
 		 590 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.357391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0289  ABC transporter extracellular solute-binding protein  35.7 
 
 		 606 aa  410  1e-113  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0180  extracellular solute-binding protein family 5  39.5 
 
 		 607 aa  410  1e-113  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0115715  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1758  extracellular solute-binding protein  39.97 
 
 		 618 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.316004  normal  0.0569954 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0248  extracellular solute-binding protein  39.86 
 
 		 626 aa  407  1.0000000000000001e-112  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7054  oligopeptide ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  40.17 
 
 		 614 aa  406  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.334122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1538  extracellular solute-binding protein  37.22 
 
 		 609 aa  407  1.0000000000000001e-112  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3640  extracellular solute-binding protein  39.25 
 
 		 615 aa  404  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.133111 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2061  extracellular solute-binding protein  39.2 
 
 		 616 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.409615  normal  0.170665 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3166  extracellular solute-binding protein  38.73 
 
 		 615 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3717  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.52 
 
 		 618 aa  397  1e-109  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3486  ABC transporter periplasmic binding protein  37.9 
 
 		 615 aa  399  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2633  extracellular solute-binding protein  39.29 
 
 		 629 aa  395  1e-108  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.350381  normal  0.525149 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2182  extracellular solute-binding protein  36.61 
 
 		 610 aa  394  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0015  extracellular solute-binding protein  38.22 
 
 		 622 aa  395  1e-108  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.440164  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29650  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  36.84 
 
 		 613 aa  394  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000703906  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41130  putative binding protein component of ABC transporter  38 
 
 		 615 aa  394  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0515  extracellular solute-binding protein family 5  39.04 
 
 		 626 aa  390  1e-107  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0514  extracellular solute-binding protein family 5  39.15 
 
 		 617 aa  392  1e-107  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.772903  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1615  extracellular solute-binding protein  38.71 
 
 		 627 aa  388  1e-106  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.316028 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1616  extracellular solute-binding protein  40.48 
 
 		 621 aa  386  1e-106  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29640  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  37.37 
 
 		 609 aa  387  1e-106  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113024  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3485  putative solute-binding protein  37.1 
 
 		 626 aa  387  1e-106  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3914  extracellular solute-binding protein family 5  38.53 
 
 		 630 aa  387  1e-106  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41110  putative solute-binding protein  37.26 
 
 		 609 aa  387  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0535  putative peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  36.87 
 
 		 611 aa  384  1e-105  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0010  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  37.04 
 
 		 622 aa  382  1e-104  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.427067  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0342  extracellular solute-binding protein  38.74 
 
 		 637 aa  379  1e-104  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0421  extracellular solute-binding protein family 5  38.57 
 
 		 641 aa  381  1e-104  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.427516  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0526  extracellular solute-binding protein  38.01 
 
 		 643 aa  376  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0241638  normal  0.268494 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2632  extracellular solute-binding protein  37.29 
 
 		 638 aa  377  1e-103  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.267737 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3729  extracellular solute-binding protein  38.28 
 
 		 605 aa  376  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0387  extracellular solute-binding protein family 5  38.4 
 
 		 637 aa  378  1e-103  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.651599 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0010  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.87 
 
 		 610 aa  379  1e-103  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3358  extracellular solute-binding protein  36.43 
 
 		 636 aa  373  1e-102  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0726814  normal  0.160875 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0288  extracellular solute-binding protein  37.11 
 
 		 631 aa  373  1e-102  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3639  extracellular solute-binding protein  36.93 
 
 		 641 aa  374  1e-102  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.294463  normal  0.053682 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0009  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.64 
 
 		 615 aa  373  1e-102  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.193969  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3728  extracellular solute-binding protein  37.03 
 
 		 621 aa  373  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3535  twin-arginine translocation pathway signal  38.68 
 
 		 631 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.10202  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0343  extracellular solute-binding protein  37.67 
 
 		 624 aa  371  1e-101  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>