More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_1237 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009080  BMA10247_1382  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  57.84 
 
 		 650 aa  699    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.417398  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1173  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  56.78 
 
 		 625 aa  696    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000592479  normal  0.415148 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1014  extracellular solute-binding protein family 5  56.35 
 
 		 628 aa  700    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.517437  normal  0.0342428 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2062  extracellular solute-binding protein  56.56 
 
 		 624 aa  687    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.389023  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2081  extracellular solute-binding protein  56.56 
 
 		 624 aa  685    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1607  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  57.84 
 
 		 650 aa  699    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00266452  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2129  extracellular solute-binding protein  57.03 
 
 		 627 aa  709    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.641802  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2547  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  58.09 
 
 		 650 aa  695    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.524722  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1214  extracellular solute-binding protein  56.9 
 
 		 627 aa  688    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.454357 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2635  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  58.09 
 
 		 686 aa  696    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63534  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2501  extracellular solute-binding protein family 5  56.51 
 
 		 613 aa  702    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0677964  normal  0.0181569 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5371  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  56.37 
 
 		 623 aa  688    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.970504 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3204  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  57.84 
 
 		 650 aa  699    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0292064  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1978  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  57.72 
 
 		 686 aa  696    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00175999  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1636  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  56.34 
 
 		 654 aa  704    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.106746  normal  0.365226 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1237  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 622 aa  1283    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.469932  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1964  extracellular solute-binding protein  56.39 
 
 		 627 aa  691    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1104  extracellular solute-binding protein family 5  87.46 
 
 		 622 aa  1109    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2146  extracellular solute-binding protein  57.53 
 
 		 661 aa  704    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.155446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2109  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  57.84 
 
 		 936 aa  703    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.556934  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1383  extracellular solute-binding protein  55.81 
 
 		 640 aa  685    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.138715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6015  extracellular solute-binding protein  56.73 
 
 		 624 aa  689    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2493  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  58.09 
 
 		 650 aa  694    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.409062  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1108  extracellular solute-binding protein family 5  56.03 
 
 		 628 aa  696    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.762365 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2094  extracellular solute-binding protein  56.22 
 
 		 627 aa  690    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2993  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  48.03 
 
 		 625 aa  560  1e-158  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.17711  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1448  extracellular solute-binding protein family 5  47.7 
 
 		 651 aa  556  1e-157  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2017  extracellular solute-binding protein  46.58 
 
 		 604 aa  554  1e-156  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2420  extracellular solute-binding protein  46.74 
 
 		 601 aa  555  1e-156  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0712361  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2741  extracellular solute-binding protein family 5  46.79 
 
 		 598 aa  543  1e-153  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.982648  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1710  extracellular solute-binding protein  46.47 
 
 		 624 aa  530  1e-149  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2973  extracellular solute-binding protein  43.51 
 
 		 609 aa  531  1e-149  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6368  extracellular solute-binding protein  46.47 
 
 		 624 aa  530  1e-149  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.230744  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1725  extracellular solute-binding protein  46.31 
 
 		 624 aa  526  1e-148  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0449384  normal  0.081167 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5001  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  46.01 
 
 		 640 aa  525  1e-147  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.95388  normal  0.138491 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3254  extracellular solute-binding protein  44.66 
 
 		 643 aa  525  1e-147  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1539  extracellular solute-binding protein  44.21 
 
 		 617 aa  521  1e-146  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.738539 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1918  extracellular solute-binding protein family 5  44.88 
 
 		 624 aa  515  1.0000000000000001e-145  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.141115  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1810  extracellular solute-binding protein  44.88 
 
 		 624 aa  518  1.0000000000000001e-145  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0607685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3814  extracellular solute-binding protein  43.97 
 
 		 650 aa  518  1.0000000000000001e-145  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0812118 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0393  extracellular solute-binding protein family 5  46.56 
 
 		 658 aa  514  1e-144  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.305694  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2128  extracellular solute-binding protein  43.51 
 
 		 603 aa  513  1e-144  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.603606  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2153  extracellular solute-binding protein  45.39 
 
 		 597 aa  513  1e-144  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.453344 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1277  extracellular solute-binding protein  43.41 
 
 		 641 aa  456  1e-127  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000168 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2274  extracellular solute-binding protein  40.85 
 
 		 600 aa  448  1.0000000000000001e-124  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1538  extracellular solute-binding protein  41.65 
 
 		 609 aa  444  1e-123  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3486  ABC transporter periplasmic binding protein  40.46 
 
 		 615 aa  433  1e-120  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1348  extracellular solute-binding protein family 5  39.56 
 
 		 603 aa  430  1e-119  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0798387  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41130  putative binding protein component of ABC transporter  40.96 
 
 		 615 aa  431  1e-119  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0597  extracellular solute-binding protein  39.12 
 
 		 633 aa  428  1e-118  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0289  ABC transporter extracellular solute-binding protein  37.7 
 
 		 606 aa  423  1e-117  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29650  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  40.1 
 
 		 613 aa  415  1e-114  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000703906  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0180  extracellular solute-binding protein family 5  39.48 
 
 		 607 aa  410  1e-113  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0115715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1718  extracellular solute-binding protein  38.47 
 
 		 611 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.359306  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4147  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  38.47 
 
 		 611 aa  402  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3716  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.75 
 
 		 609 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3717  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  40.14 
 
 		 618 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1758  extracellular solute-binding protein  38.93 
 
 		 618 aa  402  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.316004  normal  0.0569954 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1759  extracellular solute-binding protein  38.91 
 
 		 609 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.358749  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2181  extracellular solute-binding protein  39.53 
 
 		 613 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3719  extracellular solute-binding protein  38.31 
 
 		 611 aa  402  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0280101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2060  extracellular solute-binding protein  39.24 
 
 		 615 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163136  normal  0.391933 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4146  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  38.98 
 
 		 609 aa  398  1e-109  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1719  extracellular solute-binding protein  38.73 
 
 		 646 aa  398  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.244782  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3472  extracellular solute-binding protein  38.49 
 
 		 611 aa  397  1e-109  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3718  extracellular solute-binding protein  38.73 
 
 		 590 aa  399  1e-109  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.357391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0249  extracellular solute-binding protein  39.06 
 
 		 670 aa  395  1e-108  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3471  extracellular solute-binding protein  37.99 
 
 		 609 aa  392  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.640162  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37880  putative binding protein component of ABC transporter  37.81 
 
 		 602 aa  391  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00173754  normal  0.230207 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41110  putative solute-binding protein  37.52 
 
 		 609 aa  384  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3485  putative solute-binding protein  37.2 
 
 		 626 aa  380  1e-104  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2182  extracellular solute-binding protein  37.17 
 
 		 610 aa  380  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0448  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.64 
 
 		 628 aa  379  1e-104  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0189227  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3166  extracellular solute-binding protein  37.48 
 
 		 615 aa  379  1e-104  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1946  extracellular solute-binding protein  37.88 
 
 		 611 aa  381  1e-104  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.185407  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3640  extracellular solute-binding protein  36.92 
 
 		 615 aa  376  1e-103  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.133111 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0288  extracellular solute-binding protein  37.12 
 
 		 631 aa  374  1e-102  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0515  extracellular solute-binding protein family 5  36.73 
 
 		 626 aa  372  1e-102  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1770  extracellular solute-binding protein  37.52 
 
 		 635 aa  375  1e-102  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.235807  normal  0.035612 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0015  extracellular solute-binding protein  37.08 
 
 		 622 aa  371  1e-101  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.440164  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0267  bacterial extracellular solute-binding protein, family 5  36.48 
 
 		 638 aa  372  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2061  extracellular solute-binding protein  37.42 
 
 		 616 aa  371  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.409615  normal  0.170665 
 
 
-
 
NC_004310  BR0010  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  35.92 
 
 		 622 aa  367  1e-100  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.427067  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0139  extracellular solute-binding protein  35.84 
 
 		 627 aa  366  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3073  extracellular solute-binding protein  35.62 
 
 		 622 aa  369  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29640  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  36.65 
 
 		 609 aa  367  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113024  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0010  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.17 
 
 		 610 aa  367  1e-100  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3729  extracellular solute-binding protein  37.52 
 
 		 605 aa  368  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3535  twin-arginine translocation pathway signal  37.02 
 
 		 631 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.10202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0535  putative peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  36.03 
 
 		 611 aa  365  1e-99  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2632  extracellular solute-binding protein  37.82 
 
 		 638 aa  365  1e-99  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.267737 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1615  extracellular solute-binding protein  36.73 
 
 		 627 aa  365  1e-99  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.316028 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0378  extracellular solute-binding protein  37.54 
 
 		 659 aa  364  3e-99  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.296975  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7054  oligopeptide ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  35.47 
 
 		 614 aa  364  3e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.334122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0248  extracellular solute-binding protein  35.64 
 
 		 626 aa  361  2e-98  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4214  extracellular solute-binding protein family 5  37.02 
 
 		 631 aa  360  4e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.159532  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3914  extracellular solute-binding protein family 5  35.79 
 
 		 630 aa  359  7e-98  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0931  extracellular solute-binding protein  35.52 
 
 		 618 aa  358  1.9999999999999998e-97  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4084  extracellular solute-binding protein  37.39 
 
 		 622 aa  357  2.9999999999999997e-97  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3120  extracellular solute-binding protein  35.02 
 
 		 617 aa  356  5.999999999999999e-97  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.821712 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>