More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1719 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4146  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  99.51 
 
 		 609 aa  1250    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2061  extracellular solute-binding protein  77.61 
 
 		 616 aa  971    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.409615  normal  0.170665 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3716  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  80.07 
 
 		 609 aa  1017    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1759  extracellular solute-binding protein  80.89 
 
 		 609 aa  1026    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.358749  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2182  extracellular solute-binding protein  81.42 
 
 		 610 aa  1033    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29640  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  74.54 
 
 		 609 aa  943    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113024  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3485  putative solute-binding protein  73.74 
 
 		 626 aa  956    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3718  extracellular solute-binding protein  99.32 
 
 		 590 aa  1211    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.357391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1719  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 646 aa  1334    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.244782  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3471  extracellular solute-binding protein  93.76 
 
 		 609 aa  1172    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.640162  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41110  putative solute-binding protein  74.01 
 
 		 609 aa  949    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0597  extracellular solute-binding protein  48.03 
 
 		 633 aa  585  1.0000000000000001e-165  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2181  extracellular solute-binding protein  48.03 
 
 		 613 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2274  extracellular solute-binding protein  46.64 
 
 		 600 aa  567  1e-160  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2060  extracellular solute-binding protein  47.64 
 
 		 615 aa  560  1e-158  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163136  normal  0.391933 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3472  extracellular solute-binding protein  47.27 
 
 		 611 aa  555  1e-157  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3166  extracellular solute-binding protein  46.26 
 
 		 615 aa  546  1e-154  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3719  extracellular solute-binding protein  46.45 
 
 		 611 aa  542  1e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0280101  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4147  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  46.45 
 
 		 611 aa  541  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1758  extracellular solute-binding protein  46.09 
 
 		 618 aa  538  9.999999999999999e-153  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.316004  normal  0.0569954 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1718  extracellular solute-binding protein  46.61 
 
 		 611 aa  541  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.359306  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3717  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  46.26 
 
 		 618 aa  538  1e-151  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3486  ABC transporter periplasmic binding protein  45.1 
 
 		 615 aa  535  1e-150  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41130  putative binding protein component of ABC transporter  46.7 
 
 		 615 aa  533  1e-150  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29650  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  46.1 
 
 		 613 aa  520  1e-146  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000703906  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1348  extracellular solute-binding protein family 5  44.97 
 
 		 603 aa  518  1.0000000000000001e-145  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0798387  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1538  extracellular solute-binding protein  45.7 
 
 		 609 aa  515  1.0000000000000001e-145  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37880  putative binding protein component of ABC transporter  46.53 
 
 		 602 aa  508  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00173754  normal  0.230207 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0249  extracellular solute-binding protein  44.86 
 
 		 670 aa  504  1e-141  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0180  extracellular solute-binding protein family 5  43.73 
 
 		 607 aa  495  9.999999999999999e-139  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0115715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0010  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  42.83 
 
 		 610 aa  491  1e-137  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0015  extracellular solute-binding protein  42.88 
 
 		 622 aa  491  1e-137  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.440164  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0010  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  42.66 
 
 		 622 aa  488  1e-136  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.427067  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1946  extracellular solute-binding protein  42.48 
 
 		 611 aa  487  1e-136  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.185407  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0248  extracellular solute-binding protein  43.45 
 
 		 626 aa  478  1e-133  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0289  ABC transporter extracellular solute-binding protein  40.44 
 
 		 606 aa  472  1e-132  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0448  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  44.56 
 
 		 628 aa  473  1e-132  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0189227  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4214  extracellular solute-binding protein family 5  40.93 
 
 		 631 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.159532  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0393  extracellular solute-binding protein family 5  41.84 
 
 		 658 aa  465  1e-129  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.305694  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0535  putative peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  40.52 
 
 		 611 aa  460  9.999999999999999e-129  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2146  extracellular solute-binding protein  42.38 
 
 		 661 aa  459  9.999999999999999e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.155446  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0515  extracellular solute-binding protein family 5  41.83 
 
 		 626 aa  456  1e-127  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1770  extracellular solute-binding protein  42.09 
 
 		 635 aa  457  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.235807  normal  0.035612 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3640  extracellular solute-binding protein  41.93 
 
 		 615 aa  456  1e-127  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.133111 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1616  extracellular solute-binding protein  42.98 
 
 		 621 aa  457  1e-127  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1615  extracellular solute-binding protein  41.3 
 
 		 627 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.316028 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2153  extracellular solute-binding protein  41.39 
 
 		 597 aa  452  1.0000000000000001e-126  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.453344 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0845  extracellular solute-binding protein  41.58 
 
 		 638 aa  449  1e-125  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0910462 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0288  extracellular solute-binding protein  41.28 
 
 		 631 aa  452  1e-125  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0514  extracellular solute-binding protein family 5  42.69 
 
 		 617 aa  451  1e-125  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.772903  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7055  oligopeptide ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  40.58 
 
 		 614 aa  449  1e-125  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0391894  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3535  twin-arginine translocation pathway signal  42.06 
 
 		 631 aa  451  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.10202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0378  extracellular solute-binding protein  40.73 
 
 		 659 aa  449  1e-125  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.296975  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3639  extracellular solute-binding protein  41.99 
 
 		 641 aa  448  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.294463  normal  0.053682 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2129  extracellular solute-binding protein  42.21 
 
 		 627 aa  443  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.641802  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0289  extracellular solute-binding protein  40.67 
 
 		 632 aa  442  1e-123  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3741  extracellular solute-binding protein  42.53 
 
 		 623 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3728  extracellular solute-binding protein  39.84 
 
 		 621 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3729  extracellular solute-binding protein  41.55 
 
 		 605 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2786  extracellular solute-binding protein  39.64 
 
 		 602 aa  441  9.999999999999999e-123  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.426757  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3366  extracellular solute-binding protein  42.49 
 
 		 619 aa  441  9.999999999999999e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2633  extracellular solute-binding protein  40.54 
 
 		 629 aa  439  9.999999999999999e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.350381  normal  0.525149 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1497  ABC transporter periplamic substrate-binding protein  39.64 
 
 		 602 aa  440  9.999999999999999e-123  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0576  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  40.84 
 
 		 615 aa  436  1e-121  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0139  extracellular solute-binding protein  40.44 
 
 		 627 aa  438  1e-121  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0542  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  40.84 
 
 		 616 aa  437  1e-121  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2711  ABC transporter, periplamic substrate-binding protein  39.48 
 
 		 602 aa  437  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4446  extracellular solute-binding protein family 5  40.84 
 
 		 610 aa  434  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.215863  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0267  bacterial extracellular solute-binding protein, family 5  39.9 
 
 		 638 aa  435  1e-120  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3914  extracellular solute-binding protein family 5  40.64 
 
 		 630 aa  435  1e-120  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4084  extracellular solute-binding protein  40.7 
 
 		 622 aa  432  1e-120  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2632  extracellular solute-binding protein  40.91 
 
 		 638 aa  433  1e-120  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.267737 
 
 
-
 
NC_004310  BR0009  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  38.93 
 
 		 604 aa  429  1e-119  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2902  extracellular solute-binding protein  40 
 
 		 622 aa  432  1e-119  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.19921  normal  0.272453 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3638  extracellular solute-binding protein  40.17 
 
 		 592 aa  430  1e-119  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1771  extracellular solute-binding protein  38.54 
 
 		 625 aa  430  1e-119  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.235807  normal  0.0344403 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0009  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.93 
 
 		 615 aa  430  1e-119  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.193969  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1917  extracellular solute-binding protein family 5  37.71 
 
 		 601 aa  429  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.530573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0422  extracellular solute-binding protein family 5  40.87 
 
 		 625 aa  430  1e-119  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.175563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7054  oligopeptide ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  40.39 
 
 		 614 aa  431  1e-119  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.334122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3534  extracellular solute-binding protein  39.59 
 
 		 626 aa  431  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.173833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0379  extracellular solute-binding protein  40 
 
 		 628 aa  431  1e-119  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3358  extracellular solute-binding protein  39.09 
 
 		 636 aa  432  1e-119  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0726814  normal  0.160875 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3254  extracellular solute-binding protein  40.78 
 
 		 643 aa  426  1e-118  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3073  extracellular solute-binding protein  39.17 
 
 		 622 aa  427  1e-118  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4153  ABC transporter substrate-binding protein  40.07 
 
 		 601 aa  429  1e-118  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.162536  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1733  extracellular solute-binding protein family 5  37.1 
 
 		 600 aa  428  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.197004 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0014  extracellular solute-binding protein  40.68 
 
 		 615 aa  428  1e-118  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.498204  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1397  extracellular solute-binding protein  39.4 
 
 		 606 aa  427  1e-118  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.982775  normal  0.886089 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1645  extracellular solute-binding protein family 5  38.72 
 
 		 602 aa  424  1e-117  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.819399  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1173  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  41.68 
 
 		 625 aa  423  1e-117  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000592479  normal  0.415148 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2713  extracellular solute-binding protein  41.25 
 
 		 608 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.155019 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4132  extracellular solute-binding protein family 5  40.98 
 
 		 610 aa  424  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0421  extracellular solute-binding protein family 5  42.23 
 
 		 641 aa  425  1e-117  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.427516  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0655  ABC peptide transporter  40.23 
 
 		 633 aa  424  1e-117  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1480  extracellular solute-binding protein family 5  37.75 
 
 		 604 aa  419  1e-116  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.173724  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0526  extracellular solute-binding protein  39.4 
 
 		 643 aa  419  1e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0241638  normal  0.268494 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3315  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  37.91 
 
 		 604 aa  419  1e-116  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.644955  normal  0.133502 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2646  extracellular solute-binding protein  40.37 
 
 		 599 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2326  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  37.75 
 
 		 604 aa  419  1e-116  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00440714 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>