More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4147 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012560  Avin_29650  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  65.52 
 
 		 613 aa  824    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000703906  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4147  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  100 
 
 		 611 aa  1261    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1348  extracellular solute-binding protein family 5  52.68 
 
 		 603 aa  636    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0798387  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3717  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  75.04 
 
 		 618 aa  958    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3472  extracellular solute-binding protein  90.83 
 
 		 611 aa  1168    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1758  extracellular solute-binding protein  75.95 
 
 		 618 aa  971    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.316004  normal  0.0569954 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2181  extracellular solute-binding protein  78.07 
 
 		 613 aa  1000    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2060  extracellular solute-binding protein  72.53 
 
 		 615 aa  904    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163136  normal  0.391933 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0597  extracellular solute-binding protein  52.15 
 
 		 633 aa  645    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1718  extracellular solute-binding protein  99.35 
 
 		 611 aa  1256    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.359306  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3719  extracellular solute-binding protein  97.05 
 
 		 611 aa  1230    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0280101  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0180  extracellular solute-binding protein family 5  54.09 
 
 		 607 aa  660    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0115715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37880  putative binding protein component of ABC transporter  55.31 
 
 		 602 aa  690    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00173754  normal  0.230207 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41130  putative binding protein component of ABC transporter  69.11 
 
 		 615 aa  854    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3486  ABC transporter periplasmic binding protein  67.11 
 
 		 615 aa  864    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2274  extracellular solute-binding protein  52.92 
 
 		 600 aa  633  1e-180  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3120  extracellular solute-binding protein  52.07 
 
 		 617 aa  622  1e-177  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.821712 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2902  extracellular solute-binding protein  50.74 
 
 		 622 aa  618  1e-176  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.19921  normal  0.272453 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1538  extracellular solute-binding protein  52.71 
 
 		 609 aa  620  1e-176  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3166  extracellular solute-binding protein  52.44 
 
 		 615 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1946  extracellular solute-binding protein  51.34 
 
 		 611 aa  612  9.999999999999999e-175  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.185407  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3029  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  50 
 
 		 622 aa  608  9.999999999999999e-173  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.778411  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0249  extracellular solute-binding protein  52.54 
 
 		 670 aa  597  1e-169  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0267  bacterial extracellular solute-binding protein, family 5  49 
 
 		 638 aa  597  1e-169  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0139  extracellular solute-binding protein  49.91 
 
 		 627 aa  596  1e-169  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3073  extracellular solute-binding protein  48.89 
 
 		 622 aa  598  1e-169  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0289  ABC transporter extracellular solute-binding protein  48.72 
 
 		 606 aa  591  1e-167  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3741  extracellular solute-binding protein  49.91 
 
 		 623 aa  584  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0448  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  47.61 
 
 		 628 aa  579  1e-164  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0189227  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2646  extracellular solute-binding protein  48.87 
 
 		 599 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2713  extracellular solute-binding protein  47.93 
 
 		 608 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.155019 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2788  extracellular solute-binding protein  48.8 
 
 		 640 aa  569  1e-161  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0852598  normal  0.110267 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3078  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  47.41 
 
 		 642 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.926861 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0845  extracellular solute-binding protein  46.77 
 
 		 638 aa  555  1e-157  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0910462 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0342  extracellular solute-binding protein  48.73 
 
 		 637 aa  538  9.999999999999999e-153  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3471  extracellular solute-binding protein  47.11 
 
 		 609 aa  538  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.640162  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0387  extracellular solute-binding protein family 5  48.73 
 
 		 637 aa  538  1e-151  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.651599 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4146  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  47.11 
 
 		 609 aa  537  1e-151  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3718  extracellular solute-binding protein  46.94 
 
 		 590 aa  537  1e-151  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.357391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1719  extracellular solute-binding protein  47.11 
 
 		 646 aa  538  1e-151  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.244782  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0421  extracellular solute-binding protein family 5  48.22 
 
 		 641 aa  537  1e-151  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.427516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0514  extracellular solute-binding protein family 5  48.26 
 
 		 617 aa  538  1e-151  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.772903  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3639  extracellular solute-binding protein  48.14 
 
 		 641 aa  532  1e-150  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.294463  normal  0.053682 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1616  extracellular solute-binding protein  48.45 
 
 		 621 aa  529  1e-149  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2153  extracellular solute-binding protein  45.88 
 
 		 597 aa  529  1e-149  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.453344 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2632  extracellular solute-binding protein  47.31 
 
 		 638 aa  526  1e-148  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.267737 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0378  extracellular solute-binding protein  47.79 
 
 		 659 aa  526  1e-148  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.296975  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2182  extracellular solute-binding protein  46.06 
 
 		 610 aa  523  1e-147  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1770  extracellular solute-binding protein  47.8 
 
 		 635 aa  523  1e-147  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.235807  normal  0.035612 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3485  putative solute-binding protein  43.91 
 
 		 626 aa  522  1e-147  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0015  extracellular solute-binding protein  45.71 
 
 		 622 aa  519  1e-146  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.440164  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0288  extracellular solute-binding protein  46.71 
 
 		 631 aa  516  1.0000000000000001e-145  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3729  extracellular solute-binding protein  46.46 
 
 		 605 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3535  twin-arginine translocation pathway signal  47.62 
 
 		 631 aa  517  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.10202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41110  putative solute-binding protein  43.14 
 
 		 609 aa  515  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3716  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  45.18 
 
 		 609 aa  514  1e-144  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1759  extracellular solute-binding protein  45.36 
 
 		 609 aa  512  1e-144  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.358749  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7055  oligopeptide ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  47.2 
 
 		 614 aa  512  1e-144  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0391894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2061  extracellular solute-binding protein  46.33 
 
 		 616 aa  510  1e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.409615  normal  0.170665 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4214  extracellular solute-binding protein family 5  47.95 
 
 		 631 aa  510  1e-143  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.159532  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0393  extracellular solute-binding protein family 5  46.09 
 
 		 658 aa  509  1e-143  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.305694  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2633  extracellular solute-binding protein  45.39 
 
 		 629 aa  508  9.999999999999999e-143  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.350381  normal  0.525149 
 
 
-
 
NC_004310  BR0010  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  44.32 
 
 		 622 aa  508  9.999999999999999e-143  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.427067  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0010  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  45.03 
 
 		 610 aa  507  9.999999999999999e-143  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7054  oligopeptide ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  45.32 
 
 		 614 aa  506  9.999999999999999e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.334122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2129  extracellular solute-binding protein  44.24 
 
 		 627 aa  499  1e-140  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.641802  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4084  extracellular solute-binding protein  44.68 
 
 		 622 aa  500  1e-140  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29640  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  45.18 
 
 		 609 aa  498  1e-139  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113024  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3728  extracellular solute-binding protein  44.13 
 
 		 621 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0289  extracellular solute-binding protein  44.35 
 
 		 632 aa  486  1e-136  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0248  extracellular solute-binding protein  43.44 
 
 		 626 aa  486  1e-136  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1771  extracellular solute-binding protein  43.74 
 
 		 625 aa  486  1e-136  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.235807  normal  0.0344403 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1615  extracellular solute-binding protein  41.88 
 
 		 627 aa  487  1e-136  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.316028 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3534  extracellular solute-binding protein  43.65 
 
 		 626 aa  486  1e-136  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.173833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0379  extracellular solute-binding protein  43.92 
 
 		 628 aa  488  1e-136  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0515  extracellular solute-binding protein family 5  43.45 
 
 		 626 aa  488  1e-136  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0535  putative peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  44.98 
 
 		 611 aa  485  1e-136  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0576  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  42.74 
 
 		 615 aa  482  1e-135  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0542  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  42.74 
 
 		 616 aa  483  1e-135  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4213  extracellular solute-binding protein family 5  43.6 
 
 		 621 aa  483  1e-135  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.238618  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2146  extracellular solute-binding protein  43.89 
 
 		 661 aa  485  1e-135  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.155446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2711  ABC transporter, periplamic substrate-binding protein  42.71 
 
 		 602 aa  480  1e-134  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2786  extracellular solute-binding protein  42.88 
 
 		 602 aa  481  1e-134  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.426757  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3640  extracellular solute-binding protein  43.32 
 
 		 615 aa  481  1e-134  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.133111 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1497  ABC transporter periplamic substrate-binding protein  42.88 
 
 		 602 aa  481  1e-134  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2194  extracellular solute-binding protein  42.68 
 
 		 606 aa  476  1e-133  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.808425 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0422  extracellular solute-binding protein family 5  43.21 
 
 		 625 aa  478  1e-133  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.175563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0343  extracellular solute-binding protein  43.55 
 
 		 624 aa  473  1e-132  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3366  extracellular solute-binding protein  44.08 
 
 		 619 aa  475  1e-132  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1397  extracellular solute-binding protein  42.45 
 
 		 606 aa  474  1e-132  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.982775  normal  0.886089 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1645  extracellular solute-binding protein family 5  42.59 
 
 		 602 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.819399  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2773  extracellular solute-binding protein  43.84 
 
 		 600 aa  469  1.0000000000000001e-131  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3638  extracellular solute-binding protein  42.61 
 
 		 592 aa  471  1.0000000000000001e-131  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0388  extracellular solute-binding protein family 5  43.55 
 
 		 624 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.420489  normal  0.698142 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2941  extracellular solute-binding protein family 5  42.39 
 
 		 626 aa  465  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1916  extracellular solute-binding protein family 5  42.4 
 
 		 602 aa  467  9.999999999999999e-131  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1510  extracellular solute-binding protein  41.69 
 
 		 620 aa  468  9.999999999999999e-131  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.14042  normal  0.0541168 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2050  extracellular solute-binding protein  42.74 
 
 		 620 aa  468  9.999999999999999e-131  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3093  extracellular solute-binding protein  40.96 
 
 		 640 aa  467  9.999999999999999e-131  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.311181 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4446  extracellular solute-binding protein family 5  42.95 
 
 		 610 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.215863  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>