More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1397 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004311  BRA0576  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  56.69 
 
 		 615 aa  712    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1733  extracellular solute-binding protein family 5  68.51 
 
 		 600 aa  888    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.197004 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2370  ABC transporter substrate binding protein (peptide)  64.29 
 
 		 615 aa  838    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3638  extracellular solute-binding protein  55.91 
 
 		 592 aa  694    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1917  extracellular solute-binding protein family 5  67.73 
 
 		 601 aa  873    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.530573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1397  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 606 aa  1238    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.982775  normal  0.886089 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0542  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  56.69 
 
 		 616 aa  711    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1699  extracellular solute-binding protein  48.93 
 
 		 611 aa  625  1e-178  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4153  ABC transporter substrate-binding protein  48.59 
 
 		 601 aa  560  1e-158  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.162536  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3826  extracellular solute-binding protein family 5  48.53 
 
 		 610 aa  558  1e-157  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0497538 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3093  extracellular solute-binding protein  46.71 
 
 		 640 aa  553  1e-156  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.311181 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2194  extracellular solute-binding protein  48.43 
 
 		 606 aa  548  1e-155  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.808425 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2847  extracellular solute-binding protein  47.09 
 
 		 623 aa  551  1e-155  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2941  extracellular solute-binding protein family 5  49.31 
 
 		 626 aa  548  1e-155  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2050  extracellular solute-binding protein  48.01 
 
 		 620 aa  542  1e-153  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1510  extracellular solute-binding protein  47.93 
 
 		 620 aa  535  1e-150  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.14042  normal  0.0541168 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2625  extracellular solute-binding protein  47.67 
 
 		 610 aa  529  1e-149  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.15211  decreased coverage  0.0000486729 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2613  extracellular solute-binding protein  48.96 
 
 		 604 aa  522  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674629  normal  0.538496 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2274  extracellular solute-binding protein  44.61 
 
 		 600 aa  500  1e-140  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3867  extracellular solute-binding protein  46.95 
 
 		 621 aa  497  1e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1538  extracellular solute-binding protein  43.72 
 
 		 609 aa  483  1e-135  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0597  extracellular solute-binding protein  41.99 
 
 		 633 aa  483  1e-135  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3486  ABC transporter periplasmic binding protein  43.58 
 
 		 615 aa  476  1e-133  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1718  extracellular solute-binding protein  42.62 
 
 		 611 aa  476  1e-133  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.359306  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4147  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  42.45 
 
 		 611 aa  474  1e-132  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3719  extracellular solute-binding protein  42.28 
 
 		 611 aa  472  1e-132  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0280101  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41130  putative binding protein component of ABC transporter  43.94 
 
 		 615 aa  473  1e-132  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3472  extracellular solute-binding protein  42.28 
 
 		 611 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2060  extracellular solute-binding protein  42.88 
 
 		 615 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163136  normal  0.391933 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1506  extracellular solute-binding protein  42.86 
 
 		 604 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0138783 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29650  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  43.79 
 
 		 613 aa  463  1e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000703906  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2181  extracellular solute-binding protein  41.32 
 
 		 613 aa  458  1e-127  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0249  extracellular solute-binding protein  42.47 
 
 		 670 aa  456  1e-127  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2856  putative oligopeptide ABC transporter, periplasmic-binding protein  42.95 
 
 		 603 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.481742  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1545  putative extracellular solute-binding protein  41.15 
 
 		 606 aa  452  1.0000000000000001e-126  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.0971522 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1437  extracellular solute-binding protein  41.67 
 
 		 603 aa  451  1e-125  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0112279 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3166  extracellular solute-binding protein  41.78 
 
 		 615 aa  452  1e-125  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1758  extracellular solute-binding protein  41.52 
 
 		 618 aa  442  1e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.316004  normal  0.0569954 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0931  extracellular solute-binding protein  40.98 
 
 		 618 aa  444  1e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37880  putative binding protein component of ABC transporter  40.5 
 
 		 602 aa  444  1e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00173754  normal  0.230207 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0180  extracellular solute-binding protein family 5  40.2 
 
 		 607 aa  441  9.999999999999999e-123  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0115715  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3717  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  41.52 
 
 		 618 aa  437  1e-121  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1348  extracellular solute-binding protein family 5  40.31 
 
 		 603 aa  437  1e-121  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0798387  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1759  extracellular solute-binding protein  39.3 
 
 		 609 aa  429  1e-119  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.358749  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7055  oligopeptide ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  41.37 
 
 		 614 aa  431  1e-119  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0391894  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2310  extracellular solute-binding protein  39.8 
 
 		 603 aa  431  1e-119  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0736306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1946  extracellular solute-binding protein  39.53 
 
 		 611 aa  431  1e-119  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.185407  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0015  extracellular solute-binding protein  39.09 
 
 		 622 aa  428  1e-118  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.440164  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1616  extracellular solute-binding protein  41.43 
 
 		 621 aa  427  1e-118  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3716  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.63 
 
 		 609 aa  427  1e-118  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0448  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.91 
 
 		 628 aa  426  1e-118  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0189227  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0514  extracellular solute-binding protein family 5  40.69 
 
 		 617 aa  427  1e-118  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.772903  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4146  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  39.49 
 
 		 609 aa  424  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0010  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  38.27 
 
 		 622 aa  422  1e-117  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.427067  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3471  extracellular solute-binding protein  39.15 
 
 		 609 aa  425  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.640162  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1719  extracellular solute-binding protein  39.49 
 
 		 646 aa  424  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.244782  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3718  extracellular solute-binding protein  39.38 
 
 		 590 aa  422  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.357391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0845  extracellular solute-binding protein  39.1 
 
 		 638 aa  419  1e-116  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0910462 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0010  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.94 
 
 		 610 aa  421  1e-116  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2182  extracellular solute-binding protein  38.69 
 
 		 610 aa  419  9.999999999999999e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4214  extracellular solute-binding protein family 5  40.51 
 
 		 631 aa  412  1e-114  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.159532  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3639  extracellular solute-binding protein  40.61 
 
 		 641 aa  414  1e-114  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.294463  normal  0.053682 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3366  extracellular solute-binding protein  40.52 
 
 		 619 aa  412  1e-114  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0288  extracellular solute-binding protein  39.93 
 
 		 631 aa  411  1e-113  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1770  extracellular solute-binding protein  39.34 
 
 		 635 aa  410  1e-113  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.235807  normal  0.035612 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3485  putative solute-binding protein  37.64 
 
 		 626 aa  410  1e-113  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2061  extracellular solute-binding protein  39.03 
 
 		 616 aa  409  1e-113  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.409615  normal  0.170665 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4084  extracellular solute-binding protein  38.63 
 
 		 622 aa  411  1e-113  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29640  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  38.17 
 
 		 609 aa  410  1e-113  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113024  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0378  extracellular solute-binding protein  38.61 
 
 		 659 aa  408  1.0000000000000001e-112  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.296975  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41110  putative solute-binding protein  37.29 
 
 		 609 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0342  extracellular solute-binding protein  40.48 
 
 		 637 aa  403  1e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2632  extracellular solute-binding protein  39.46 
 
 		 638 aa  404  1e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.267737 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3535  twin-arginine translocation pathway signal  39.93 
 
 		 631 aa  402  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.10202  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0387  extracellular solute-binding protein family 5  40.31 
 
 		 637 aa  401  9.999999999999999e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.651599 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0289  ABC transporter extracellular solute-binding protein  36.26 
 
 		 606 aa  397  1e-109  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1343  extracellular solute-binding protein  38.56 
 
 		 609 aa  396  1e-109  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4132  extracellular solute-binding protein family 5  39.3 
 
 		 610 aa  396  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0421  extracellular solute-binding protein family 5  39.46 
 
 		 641 aa  393  1e-108  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.427516  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1615  extracellular solute-binding protein  38.83 
 
 		 627 aa  392  1e-108  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.316028 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4446  extracellular solute-binding protein family 5  39.05 
 
 		 610 aa  389  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.215863  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3640  extracellular solute-binding protein  38.07 
 
 		 615 aa  392  1e-107  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.133111 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0244  ABC transporter substrate binding protein (peptide)  36.04 
 
 		 631 aa  390  1e-107  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3729  extracellular solute-binding protein  38.41 
 
 		 605 aa  391  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0515  extracellular solute-binding protein family 5  38.53 
 
 		 626 aa  388  1e-106  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2902  extracellular solute-binding protein  36.03 
 
 		 622 aa  383  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.19921  normal  0.272453 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3741  extracellular solute-binding protein  36.54 
 
 		 623 aa  385  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2094  extracellular solute-binding protein  38.83 
 
 		 627 aa  382  1e-105  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2153  extracellular solute-binding protein  37.58 
 
 		 597 aa  384  1e-105  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.453344 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3029  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  36.08 
 
 		 622 aa  381  1e-104  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.778411  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3073  extracellular solute-binding protein  35.62 
 
 		 622 aa  381  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1964  extracellular solute-binding protein  38.49 
 
 		 627 aa  379  1e-104  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6015  extracellular solute-binding protein  38.32 
 
 		 624 aa  380  1e-104  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2062  extracellular solute-binding protein  38.32 
 
 		 624 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.389023  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1382  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.9 
 
 		 650 aa  376  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.417398  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3204  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.9 
 
 		 650 aa  376  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0292064  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1607  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.9 
 
 		 650 aa  376  1e-103  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00266452  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5371  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  38.46 
 
 		 623 aa  377  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.970504 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2081  extracellular solute-binding protein  38.14 
 
 		 624 aa  377  1e-103  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2109  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.73 
 
 		 936 aa  376  1e-103  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.556934  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>