More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2613 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_1510  extracellular solute-binding protein  74.87 
 
 
620 aa  914    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.14042  normal  0.0541168 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2847  extracellular solute-binding protein  73.67 
 
 
623 aa  924    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2613  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
604 aa  1216    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674629  normal  0.538496 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4153  ABC transporter substrate-binding protein  74.28 
 
 
601 aa  918    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.162536  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2625  extracellular solute-binding protein  75.68 
 
 
610 aa  907    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.15211  decreased coverage  0.0000486729 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2050  extracellular solute-binding protein  74.5 
 
 
620 aa  920    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3867  extracellular solute-binding protein  58.81 
 
 
621 aa  665    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2941  extracellular solute-binding protein family 5  74.62 
 
 
626 aa  912    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3093  extracellular solute-binding protein  50.67 
 
 
640 aa  612  9.999999999999999e-175  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.311181 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0576  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  48.26 
 
 
615 aa  578  1.0000000000000001e-163  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3826  extracellular solute-binding protein family 5  48.43 
 
 
610 aa  578  1.0000000000000001e-163  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0497538 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0542  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  48.1 
 
 
616 aa  577  1.0000000000000001e-163  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1733  extracellular solute-binding protein family 5  46.94 
 
 
600 aa  568  1e-161  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.197004 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2194  extracellular solute-binding protein  50.35 
 
 
606 aa  568  1e-160  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.808425 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3638  extracellular solute-binding protein  47.95 
 
 
592 aa  565  1.0000000000000001e-159  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1397  extracellular solute-binding protein  47.76 
 
 
606 aa  560  1e-158  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.982775  normal  0.886089 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1917  extracellular solute-binding protein family 5  46.05 
 
 
601 aa  557  1e-157  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.530573  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2370  ABC transporter substrate binding protein (peptide)  44.46 
 
 
615 aa  516  1.0000000000000001e-145  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1699  extracellular solute-binding protein  42.15 
 
 
611 aa  501  1e-140  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0597  extracellular solute-binding protein  43.72 
 
 
633 aa  491  1e-137  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3719  extracellular solute-binding protein  42.54 
 
 
611 aa  474  1e-132  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0280101  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4147  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  42.37 
 
 
611 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3472  extracellular solute-binding protein  42.54 
 
 
611 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3486  ABC transporter periplasmic binding protein  41.67 
 
 
615 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2274  extracellular solute-binding protein  43.58 
 
 
600 aa  470  1.0000000000000001e-131  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41130  putative binding protein component of ABC transporter  42.68 
 
 
615 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1718  extracellular solute-binding protein  42.71 
 
 
611 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.359306  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1538  extracellular solute-binding protein  41.74 
 
 
609 aa  468  9.999999999999999e-131  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0514  extracellular solute-binding protein family 5  42.95 
 
 
617 aa  457  1e-127  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.772903  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2060  extracellular solute-binding protein  43.06 
 
 
615 aa  456  1e-127  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163136  normal  0.391933 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1758  extracellular solute-binding protein  41.22 
 
 
618 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.316004  normal  0.0569954 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2181  extracellular solute-binding protein  41.79 
 
 
613 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3166  extracellular solute-binding protein  41.52 
 
 
615 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29650  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  42.58 
 
 
613 aa  452  1.0000000000000001e-126  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000703906  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0931  extracellular solute-binding protein  42.52 
 
 
618 aa  452  1.0000000000000001e-126  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1348  extracellular solute-binding protein family 5  43.08 
 
 
603 aa  454  1.0000000000000001e-126  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0798387  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3717  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  41.04 
 
 
618 aa  449  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1506  extracellular solute-binding protein  44.09 
 
 
604 aa  449  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0138783 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0180  extracellular solute-binding protein family 5  40.85 
 
 
607 aa  447  1.0000000000000001e-124  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0115715  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4146  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  43.01 
 
 
609 aa  436  1e-121  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1616  extracellular solute-binding protein  42.69 
 
 
621 aa  439  1e-121  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1719  extracellular solute-binding protein  43.01 
 
 
646 aa  437  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.244782  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3718  extracellular solute-binding protein  43.09 
 
 
590 aa  436  1e-121  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.357391  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1759  extracellular solute-binding protein  42.56 
 
 
609 aa  434  1e-120  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.358749  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2182  extracellular solute-binding protein  42.36 
 
 
610 aa  434  1e-120  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3471  extracellular solute-binding protein  42.83 
 
 
609 aa  435  1e-120  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.640162  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2856  putative oligopeptide ABC transporter, periplasmic-binding protein  44 
 
 
603 aa  432  1e-120  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.481742  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1437  extracellular solute-binding protein  43.05 
 
 
603 aa  429  1e-119  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0112279 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1946  extracellular solute-binding protein  41.19 
 
 
611 aa  432  1e-119  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.185407  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3639  extracellular solute-binding protein  40.85 
 
 
641 aa  430  1e-119  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.294463  normal  0.053682 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37880  putative binding protein component of ABC transporter  42.47 
 
 
602 aa  430  1e-119  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00173754  normal  0.230207 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1545  putative extracellular solute-binding protein  41.58 
 
 
606 aa  431  1e-119  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.0971522 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2061  extracellular solute-binding protein  42.29 
 
 
616 aa  428  1e-118  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.409615  normal  0.170665 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3716  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  41.41 
 
 
609 aa  428  1e-118  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0845  extracellular solute-binding protein  41.68 
 
 
638 aa  427  1e-118  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0910462 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0289  ABC transporter extracellular solute-binding protein  40.14 
 
 
606 aa  424  1e-117  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0249  extracellular solute-binding protein  40.3 
 
 
670 aa  416  9.999999999999999e-116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29640  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  42.26 
 
 
609 aa  416  9.999999999999999e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113024  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0387  extracellular solute-binding protein family 5  40.3 
 
 
637 aa  412  1e-114  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.651599 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1770  extracellular solute-binding protein  39.83 
 
 
635 aa  410  1e-113  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.235807  normal  0.035612 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0342  extracellular solute-binding protein  40.3 
 
 
637 aa  412  1e-113  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2153  extracellular solute-binding protein  39.7 
 
 
597 aa  410  1e-113  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.453344 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4214  extracellular solute-binding protein family 5  40 
 
 
631 aa  408  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.159532  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0248  extracellular solute-binding protein  41.02 
 
 
626 aa  406  1.0000000000000001e-112  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0421  extracellular solute-binding protein family 5  39.61 
 
 
641 aa  405  1e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.427516  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0448  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.26 
 
 
628 aa  404  1e-111  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0189227  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0015  extracellular solute-binding protein  38.16 
 
 
622 aa  403  1e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.440164  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3485  putative solute-binding protein  40.61 
 
 
626 aa  404  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4084  extracellular solute-binding protein  39.08 
 
 
622 aa  403  1e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0010  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  38.26 
 
 
622 aa  402  9.999999999999999e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.427067  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0288  extracellular solute-binding protein  39.72 
 
 
631 aa  402  9.999999999999999e-111  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3366  extracellular solute-binding protein  39.82 
 
 
619 aa  401  9.999999999999999e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3535  twin-arginine translocation pathway signal  40.34 
 
 
631 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.10202  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0010  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.21 
 
 
610 aa  400  9.999999999999999e-111  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1037  ABC peptide transporter, periplasmic solute-binding protein  38.15 
 
 
610 aa  397  1e-109  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.490346  normal  0.882306 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7055  oligopeptide ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  39.04 
 
 
614 aa  398  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0391894  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0244  ABC transporter substrate binding protein (peptide)  37.31 
 
 
631 aa  398  1e-109  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3729  extracellular solute-binding protein  40.07 
 
 
605 aa  397  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2632  extracellular solute-binding protein  38.64 
 
 
638 aa  398  1e-109  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.267737 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41110  putative solute-binding protein  40.14 
 
 
609 aa  399  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3029  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  37.67 
 
 
622 aa  394  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.778411  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1343  extracellular solute-binding protein  40.59 
 
 
609 aa  394  1e-108  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2310  extracellular solute-binding protein  38.33 
 
 
603 aa  389  1e-107  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0736306  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0378  extracellular solute-binding protein  38.82 
 
 
659 aa  391  1e-107  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.296975  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1433  extracellular solute-binding protein  38.35 
 
 
610 aa  391  1e-107  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.569191 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3073  extracellular solute-binding protein  37.52 
 
 
622 aa  389  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3358  extracellular solute-binding protein  38.25 
 
 
636 aa  386  1e-106  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0726814  normal  0.160875 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2902  extracellular solute-binding protein  37.12 
 
 
622 aa  384  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.19921  normal  0.272453 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4132  extracellular solute-binding protein family 5  38.38 
 
 
610 aa  380  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4446  extracellular solute-binding protein family 5  38.52 
 
 
610 aa  380  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.215863  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3144  extracellular solute-binding protein  38.22 
 
 
637 aa  378  1e-103  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.369096 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1412  extracellular solute-binding protein  38.45 
 
 
619 aa  376  1e-103  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.902569 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0393  extracellular solute-binding protein family 5  38.77 
 
 
658 aa  372  1e-102  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.305694  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1173  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  38.89 
 
 
625 aa  369  1e-101  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000592479  normal  0.415148 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1615  extracellular solute-binding protein  38.88 
 
 
627 aa  372  1e-101  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.316028 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1014  extracellular solute-binding protein family 5  38.74 
 
 
628 aa  372  1e-101  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.517437  normal  0.0342428 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1108  extracellular solute-binding protein family 5  38.33 
 
 
628 aa  369  1e-100  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.762365 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3640  extracellular solute-binding protein  38.58 
 
 
615 aa  367  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.133111 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0515  extracellular solute-binding protein family 5  38.42 
 
 
626 aa  365  1e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2646  extracellular solute-binding protein  37.87 
 
 
599 aa  362  9e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>