More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_2856 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_2856  putative oligopeptide ABC transporter, periplasmic-binding protein  100 
 
 		 603 aa  1212    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.481742  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2310  extracellular solute-binding protein  53.96 
 
 		 603 aa  637    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0736306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1545  putative extracellular solute-binding protein  61.71 
 
 		 606 aa  740    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.0971522 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1437  extracellular solute-binding protein  99.34 
 
 		 603 aa  1205    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0112279 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1506  extracellular solute-binding protein  84.93 
 
 		 604 aa  1044    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0138783 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1343  extracellular solute-binding protein  57.71 
 
 		 609 aa  665    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0931  extracellular solute-binding protein  60.1 
 
 		 618 aa  712    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3093  extracellular solute-binding protein  44.15 
 
 		 640 aa  487  1e-136  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.311181 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0576  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  42.76 
 
 		 615 aa  472  1e-132  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0542  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  42.76 
 
 		 616 aa  473  1e-132  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3638  extracellular solute-binding protein  42.44 
 
 		 592 aa  462  1e-129  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0597  extracellular solute-binding protein  43.9 
 
 		 633 aa  461  9.999999999999999e-129  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1510  extracellular solute-binding protein  45.45 
 
 		 620 aa  459  9.999999999999999e-129  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.14042  normal  0.0541168 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1917  extracellular solute-binding protein family 5  41.74 
 
 		 601 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.530573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2050  extracellular solute-binding protein  45.47 
 
 		 620 aa  461  9.999999999999999e-129  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1397  extracellular solute-binding protein  41.83 
 
 		 606 aa  459  9.999999999999999e-129  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.982775  normal  0.886089 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2847  extracellular solute-binding protein  43.91 
 
 		 623 aa  456  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1733  extracellular solute-binding protein family 5  41.97 
 
 		 600 aa  457  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.197004 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1538  extracellular solute-binding protein  42.59 
 
 		 609 aa  454  1.0000000000000001e-126  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3867  extracellular solute-binding protein  44.68 
 
 		 621 aa  453  1.0000000000000001e-126  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0180  extracellular solute-binding protein family 5  43.05 
 
 		 607 aa  449  1e-125  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0115715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2060  extracellular solute-binding protein  43.79 
 
 		 615 aa  448  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163136  normal  0.391933 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2274  extracellular solute-binding protein  42.67 
 
 		 600 aa  445  1.0000000000000001e-124  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4153  ABC transporter substrate-binding protein  44.48 
 
 		 601 aa  447  1.0000000000000001e-124  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.162536  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2941  extracellular solute-binding protein family 5  42.95 
 
 		 626 aa  444  1e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3826  extracellular solute-binding protein family 5  43.18 
 
 		 610 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0497538 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1946  extracellular solute-binding protein  43.43 
 
 		 611 aa  440  9.999999999999999e-123  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.185407  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2625  extracellular solute-binding protein  44.39 
 
 		 610 aa  436  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.15211  decreased coverage  0.0000486729 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3486  ABC transporter periplasmic binding protein  42.5 
 
 		 615 aa  438  1e-121  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41130  putative binding protein component of ABC transporter  42.66 
 
 		 615 aa  436  1e-121  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2370  ABC transporter substrate binding protein (peptide)  41.07 
 
 		 615 aa  434  1e-120  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29650  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  42.27 
 
 		 613 aa  434  1e-120  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000703906  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1348  extracellular solute-binding protein family 5  42.96 
 
 		 603 aa  433  1e-120  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0798387  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0249  extracellular solute-binding protein  43.08 
 
 		 670 aa  435  1e-120  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3472  extracellular solute-binding protein  40.7 
 
 		 611 aa  431  1e-119  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1699  extracellular solute-binding protein  40.23 
 
 		 611 aa  422  1e-117  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1718  extracellular solute-binding protein  39.7 
 
 		 611 aa  420  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.359306  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4147  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  39.7 
 
 		 611 aa  420  1e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2194  extracellular solute-binding protein  43.26 
 
 		 606 aa  421  1e-116  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.808425 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3719  extracellular solute-binding protein  39.53 
 
 		 611 aa  421  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0280101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2181  extracellular solute-binding protein  40.48 
 
 		 613 aa  420  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3717  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  40.6 
 
 		 618 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1758  extracellular solute-binding protein  40.66 
 
 		 618 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.316004  normal  0.0569954 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3166  extracellular solute-binding protein  41.07 
 
 		 615 aa  418  9.999999999999999e-116  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0393  extracellular solute-binding protein family 5  41.87 
 
 		 658 aa  412  1e-114  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.305694  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1759  extracellular solute-binding protein  42.05 
 
 		 609 aa  409  1e-113  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.358749  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2153  extracellular solute-binding protein  40.32 
 
 		 597 aa  409  1e-113  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.453344 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3716  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  41.18 
 
 		 609 aa  409  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2182  extracellular solute-binding protein  41.22 
 
 		 610 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0289  ABC transporter extracellular solute-binding protein  38.52 
 
 		 606 aa  408  1.0000000000000001e-112  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37880  putative binding protein component of ABC transporter  40.47 
 
 		 602 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00173754  normal  0.230207 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1616  extracellular solute-binding protein  43.58 
 
 		 621 aa  402  1e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2129  extracellular solute-binding protein  39.27 
 
 		 627 aa  401  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.641802  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2613  extracellular solute-binding protein  44 
 
 		 604 aa  402  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674629  normal  0.538496 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0514  extracellular solute-binding protein family 5  43 
 
 		 617 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.772903  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3366  extracellular solute-binding protein  40.9 
 
 		 619 aa  399  1e-109  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0015  extracellular solute-binding protein  39.22 
 
 		 622 aa  396  1e-109  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.440164  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0845  extracellular solute-binding protein  40.59 
 
 		 638 aa  397  1e-109  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0910462 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1214  extracellular solute-binding protein  41.17 
 
 		 627 aa  398  1e-109  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.454357 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29640  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  40.84 
 
 		 609 aa  397  1e-109  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113024  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2146  extracellular solute-binding protein  38.67 
 
 		 661 aa  396  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.155446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2094  extracellular solute-binding protein  41.9 
 
 		 627 aa  397  1e-109  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1964  extracellular solute-binding protein  41.38 
 
 		 627 aa  394  1e-108  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4146  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  40.52 
 
 		 609 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1382  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  40.92 
 
 		 650 aa  392  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.417398  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1607  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  40.92 
 
 		 650 aa  392  1e-107  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00266452  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3204  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  40.92 
 
 		 650 aa  392  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0292064  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2635  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  41.24 
 
 		 686 aa  390  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63534  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3718  extracellular solute-binding protein  40.52 
 
 		 590 aa  392  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.357391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3485  putative solute-binding protein  39.38 
 
 		 626 aa  389  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3471  extracellular solute-binding protein  40.17 
 
 		 609 aa  389  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.640162  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2547  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  41.24 
 
 		 650 aa  390  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.524722  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2081  extracellular solute-binding protein  40.86 
 
 		 624 aa  390  1e-107  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6015  extracellular solute-binding protein  40.69 
 
 		 624 aa  389  1e-107  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1719  extracellular solute-binding protein  40.52 
 
 		 646 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.244782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41110  putative solute-binding protein  39.54 
 
 		 609 aa  391  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0248  extracellular solute-binding protein  41.95 
 
 		 626 aa  390  1e-107  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2109  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  40.92 
 
 		 936 aa  391  1e-107  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.556934  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2061  extracellular solute-binding protein  41.07 
 
 		 616 aa  387  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.409615  normal  0.170665 
 
 
-
 
NC_004310  BR0010  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  38.03 
 
 		 622 aa  386  1e-106  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.427067  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2493  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  41.07 
 
 		 650 aa  387  1e-106  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.409062  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1108  extracellular solute-binding protein family 5  38.32 
 
 		 628 aa  385  1e-106  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.762365 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5371  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  40.03 
 
 		 623 aa  385  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.970504 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2062  extracellular solute-binding protein  40.52 
 
 		 624 aa  387  1e-106  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.389023  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1173  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  39.66 
 
 		 625 aa  384  1e-105  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000592479  normal  0.415148 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0010  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.5 
 
 		 610 aa  384  1e-105  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0448  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.2 
 
 		 628 aa  383  1e-105  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0189227  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1978  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  40.21 
 
 		 686 aa  382  1e-105  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00175999  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1014  extracellular solute-binding protein family 5  38.6 
 
 		 628 aa  384  1e-105  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.517437  normal  0.0342428 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0526  extracellular solute-binding protein  41.27 
 
 		 643 aa  379  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0241638  normal  0.268494 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1383  extracellular solute-binding protein  37.32 
 
 		 640 aa  377  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.138715  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3535  twin-arginine translocation pathway signal  40.2 
 
 		 631 aa  378  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.10202  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3639  extracellular solute-binding protein  39.8 
 
 		 641 aa  374  1e-102  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.294463  normal  0.053682 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1770  extracellular solute-binding protein  40.17 
 
 		 635 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.235807  normal  0.035612 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0515  extracellular solute-binding protein family 5  40.48 
 
 		 626 aa  372  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1615  extracellular solute-binding protein  39.97 
 
 		 627 aa  369  1e-100  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.316028 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3729  extracellular solute-binding protein  39.77 
 
 		 605 aa  369  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1636  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  36.91 
 
 		 654 aa  369  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.106746  normal  0.365226 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0378  extracellular solute-binding protein  38.74 
 
 		 659 aa  367  1e-100  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.296975  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7055  oligopeptide ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  38.63 
 
 		 614 aa  365  1e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0391894  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>