More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3717 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2060  extracellular solute-binding protein  71.79 
 
 		 615 aa  909    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163136  normal  0.391933 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4147  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  75.04 
 
 		 611 aa  977    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3717  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  100 
 
 		 618 aa  1274    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1758  extracellular solute-binding protein  96.6 
 
 		 618 aa  1214    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.316004  normal  0.0569954 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2181  extracellular solute-binding protein  74.72 
 
 		 613 aa  989    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3472  extracellular solute-binding protein  75.45 
 
 		 611 aa  978    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1718  extracellular solute-binding protein  75.21 
 
 		 611 aa  981    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.359306  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3719  extracellular solute-binding protein  75.53 
 
 		 611 aa  981    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0280101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3486  ABC transporter periplasmic binding protein  64.59 
 
 		 615 aa  816    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29650  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  64.17 
 
 		 613 aa  800    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000703906  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37880  putative binding protein component of ABC transporter  54.62 
 
 		 602 aa  669    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00173754  normal  0.230207 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41130  putative binding protein component of ABC transporter  65.79 
 
 		 615 aa  811    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1348  extracellular solute-binding protein family 5  54.37 
 
 		 603 aa  630  1e-179  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0798387  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0180  extracellular solute-binding protein family 5  51.53 
 
 		 607 aa  627  1e-178  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0115715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1538  extracellular solute-binding protein  52.58 
 
 		 609 aa  620  1e-176  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1946  extracellular solute-binding protein  52.56 
 
 		 611 aa  612  9.999999999999999e-175  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.185407  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0597  extracellular solute-binding protein  50.43 
 
 		 633 aa  608  1e-173  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2274  extracellular solute-binding protein  50.17 
 
 		 600 aa  609  1e-173  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3166  extracellular solute-binding protein  51.39 
 
 		 615 aa  598  1e-170  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3120  extracellular solute-binding protein  49.42 
 
 		 617 aa  598  1e-169  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.821712 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2902  extracellular solute-binding protein  48.2 
 
 		 622 aa  595  1e-168  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.19921  normal  0.272453 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3073  extracellular solute-binding protein  48.6 
 
 		 622 aa  592  1e-168  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3029  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  47.91 
 
 		 622 aa  588  1e-166  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.778411  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0139  extracellular solute-binding protein  47.07 
 
 		 627 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0289  ABC transporter extracellular solute-binding protein  48.39 
 
 		 606 aa  580  1e-164  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0267  bacterial extracellular solute-binding protein, family 5  46.09 
 
 		 638 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0448  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  49.12 
 
 		 628 aa  576  1.0000000000000001e-163  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0189227  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0249  extracellular solute-binding protein  51.3 
 
 		 670 aa  570  1e-161  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3741  extracellular solute-binding protein  48.97 
 
 		 623 aa  565  1e-160  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2646  extracellular solute-binding protein  46.76 
 
 		 599 aa  566  1e-160  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2713  extracellular solute-binding protein  47.69 
 
 		 608 aa  556  1e-157  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.155019 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2788  extracellular solute-binding protein  47.43 
 
 		 640 aa  552  1e-156  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0852598  normal  0.110267 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3078  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  46.13 
 
 		 642 aa  545  1e-154  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.926861 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0845  extracellular solute-binding protein  45.03 
 
 		 638 aa  545  1e-154  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0910462 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3718  extracellular solute-binding protein  46.43 
 
 		 590 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.357391  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4146  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  46.26 
 
 		 609 aa  537  1e-151  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3471  extracellular solute-binding protein  45.74 
 
 		 609 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.640162  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1719  extracellular solute-binding protein  46.26 
 
 		 646 aa  537  1e-151  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.244782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3485  putative solute-binding protein  44.71 
 
 		 626 aa  532  1e-150  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41110  putative solute-binding protein  44.28 
 
 		 609 aa  528  1e-148  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3716  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  44.79 
 
 		 609 aa  523  1e-147  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2182  extracellular solute-binding protein  46.26 
 
 		 610 aa  525  1e-147  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2153  extracellular solute-binding protein  46.45 
 
 		 597 aa  522  1e-147  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.453344 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1759  extracellular solute-binding protein  44.79 
 
 		 609 aa  519  1e-146  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.358749  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1770  extracellular solute-binding protein  47.74 
 
 		 635 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.235807  normal  0.035612 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0514  extracellular solute-binding protein family 5  47.86 
 
 		 617 aa  515  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.772903  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29640  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  46.41 
 
 		 609 aa  518  1.0000000000000001e-145  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113024  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3729  extracellular solute-binding protein  47.64 
 
 		 605 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0378  extracellular solute-binding protein  48.17 
 
 		 659 aa  516  1.0000000000000001e-145  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.296975  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2061  extracellular solute-binding protein  46.15 
 
 		 616 aa  514  1e-144  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.409615  normal  0.170665 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3535  twin-arginine translocation pathway signal  47.92 
 
 		 631 aa  512  1e-144  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.10202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7055  oligopeptide ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  47.2 
 
 		 614 aa  510  1e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0391894  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1616  extracellular solute-binding protein  47.96 
 
 		 621 aa  510  1e-143  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0387  extracellular solute-binding protein family 5  46.76 
 
 		 637 aa  507  9.999999999999999e-143  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.651599 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0342  extracellular solute-binding protein  46.76 
 
 		 637 aa  506  9.999999999999999e-143  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2632  extracellular solute-binding protein  46.18 
 
 		 638 aa  504  1e-141  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.267737 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0421  extracellular solute-binding protein family 5  45.84 
 
 		 641 aa  505  1e-141  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.427516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0288  extracellular solute-binding protein  47.6 
 
 		 631 aa  504  1e-141  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4214  extracellular solute-binding protein family 5  47.25 
 
 		 631 aa  502  1e-141  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.159532  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3639  extracellular solute-binding protein  45.95 
 
 		 641 aa  504  1e-141  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.294463  normal  0.053682 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0015  extracellular solute-binding protein  44.74 
 
 		 622 aa  489  1e-137  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.440164  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0393  extracellular solute-binding protein family 5  44.48 
 
 		 658 aa  484  1e-135  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.305694  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0248  extracellular solute-binding protein  42.81 
 
 		 626 aa  476  1e-133  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4084  extracellular solute-binding protein  44.04 
 
 		 622 aa  475  1e-133  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2129  extracellular solute-binding protein  43.66 
 
 		 627 aa  475  1e-132  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.641802  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0535  putative peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  44.66 
 
 		 611 aa  473  1e-132  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0010  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  42.19 
 
 		 622 aa  469  1.0000000000000001e-131  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.427067  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0289  extracellular solute-binding protein  42.5 
 
 		 632 aa  470  1.0000000000000001e-131  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0010  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  42.4 
 
 		 610 aa  471  1.0000000000000001e-131  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1615  extracellular solute-binding protein  42.21 
 
 		 627 aa  462  1e-129  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.316028 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2633  extracellular solute-binding protein  42.53 
 
 		 629 aa  464  1e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.350381  normal  0.525149 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3728  extracellular solute-binding protein  42.16 
 
 		 621 aa  465  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0576  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  41.43 
 
 		 615 aa  459  9.999999999999999e-129  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3638  extracellular solute-binding protein  42.35 
 
 		 592 aa  459  9.999999999999999e-129  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0515  extracellular solute-binding protein family 5  41.85 
 
 		 626 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7054  oligopeptide ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  43.28 
 
 		 614 aa  462  9.999999999999999e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.334122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0379  extracellular solute-binding protein  41.26 
 
 		 628 aa  462  9.999999999999999e-129  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2050  extracellular solute-binding protein  42.32 
 
 		 620 aa  459  9.999999999999999e-129  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2146  extracellular solute-binding protein  44.64 
 
 		 661 aa  461  9.999999999999999e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.155446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0542  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  41.43 
 
 		 616 aa  459  9.999999999999999e-129  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1510  extracellular solute-binding protein  41.72 
 
 		 620 aa  456  1e-127  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.14042  normal  0.0541168 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2941  extracellular solute-binding protein family 5  42.33 
 
 		 626 aa  457  1e-127  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3093  extracellular solute-binding protein  40.24 
 
 		 640 aa  458  1e-127  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.311181 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1771  extracellular solute-binding protein  41.97 
 
 		 625 aa  455  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.235807  normal  0.0344403 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2847  extracellular solute-binding protein  40.83 
 
 		 623 aa  456  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3640  extracellular solute-binding protein  41.91 
 
 		 615 aa  455  1e-127  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.133111 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4153  ABC transporter substrate-binding protein  41.81 
 
 		 601 aa  456  1e-127  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.162536  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4213  extracellular solute-binding protein family 5  40.59 
 
 		 621 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.238618  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2194  extracellular solute-binding protein  42.61 
 
 		 606 aa  455  1.0000000000000001e-126  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.808425 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3826  extracellular solute-binding protein family 5  41.39 
 
 		 610 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0497538 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1214  extracellular solute-binding protein  43.23 
 
 		 627 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.454357 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3366  extracellular solute-binding protein  43.13 
 
 		 619 aa  451  1e-125  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3534  extracellular solute-binding protein  41 
 
 		 626 aa  451  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.173833  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0422  extracellular solute-binding protein family 5  41.81 
 
 		 625 aa  448  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.175563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2109  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  42.12 
 
 		 936 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.556934  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3204  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  42.24 
 
 		 650 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0292064  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2786  extracellular solute-binding protein  40.78 
 
 		 602 aa  447  1.0000000000000001e-124  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.426757  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1964  extracellular solute-binding protein  43.21 
 
 		 627 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2094  extracellular solute-binding protein  43.21 
 
 		 627 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1014  extracellular solute-binding protein family 5  42.58 
 
 		 628 aa  447  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.517437  normal  0.0342428 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>