More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2625 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2941  extracellular solute-binding protein family 5  76.24 
 
 		 626 aa  957    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1510  extracellular solute-binding protein  72.82 
 
 		 620 aa  898    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.14042  normal  0.0541168 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4153  ABC transporter substrate-binding protein  71.74 
 
 		 601 aa  889    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.162536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3867  extracellular solute-binding protein  59.52 
 
 		 621 aa  672    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2847  extracellular solute-binding protein  86.04 
 
 		 623 aa  1072    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2613  extracellular solute-binding protein  76.91 
 
 		 604 aa  891    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674629  normal  0.538496 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2625  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 610 aa  1231    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.15211  decreased coverage  0.0000486729 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2050  extracellular solute-binding protein  73.12 
 
 		 620 aa  912    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3093  extracellular solute-binding protein  52 
 
 		 640 aa  614  9.999999999999999e-175  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.311181 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2194  extracellular solute-binding protein  51.75 
 
 		 606 aa  588  1e-166  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.808425 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3826  extracellular solute-binding protein family 5  50 
 
 		 610 aa  580  1e-164  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0497538 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0576  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  48.09 
 
 		 615 aa  578  1.0000000000000001e-163  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0542  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  47.93 
 
 		 616 aa  577  1.0000000000000001e-163  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3638  extracellular solute-binding protein  48.99 
 
 		 592 aa  567  1e-160  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1733  extracellular solute-binding protein family 5  45.41 
 
 		 600 aa  554  1e-156  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.197004 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1917  extracellular solute-binding protein family 5  45.17 
 
 		 601 aa  551  1e-155  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.530573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1397  extracellular solute-binding protein  46.56 
 
 		 606 aa  545  1e-153  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.982775  normal  0.886089 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1699  extracellular solute-binding protein  44.99 
 
 		 611 aa  526  1e-148  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2370  ABC transporter substrate binding protein (peptide)  43.34 
 
 		 615 aa  508  9.999999999999999e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0597  extracellular solute-binding protein  41.72 
 
 		 633 aa  476  1e-133  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41130  putative binding protein component of ABC transporter  43.71 
 
 		 615 aa  476  1e-133  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3486  ABC transporter periplasmic binding protein  43.53 
 
 		 615 aa  473  1e-132  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1538  extracellular solute-binding protein  41.92 
 
 		 609 aa  474  1e-132  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1506  extracellular solute-binding protein  45.84 
 
 		 604 aa  475  1e-132  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0138783 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2060  extracellular solute-binding protein  42.81 
 
 		 615 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163136  normal  0.391933 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0931  extracellular solute-binding protein  43.76 
 
 		 618 aa  461  9.999999999999999e-129  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2181  extracellular solute-binding protein  42 
 
 		 613 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3719  extracellular solute-binding protein  42.19 
 
 		 611 aa  455  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0280101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1718  extracellular solute-binding protein  42.19 
 
 		 611 aa  449  1e-125  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.359306  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29650  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  42.31 
 
 		 613 aa  449  1e-125  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000703906  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1348  extracellular solute-binding protein family 5  42.26 
 
 		 603 aa  449  1e-125  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0798387  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4147  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  41.84 
 
 		 611 aa  448  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2856  putative oligopeptide ABC transporter, periplasmic-binding protein  44.43 
 
 		 603 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.481742  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3166  extracellular solute-binding protein  41.62 
 
 		 615 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2274  extracellular solute-binding protein  41.05 
 
 		 600 aa  446  1.0000000000000001e-124  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1758  extracellular solute-binding protein  41.15 
 
 		 618 aa  444  1e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.316004  normal  0.0569954 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1437  extracellular solute-binding protein  44.09 
 
 		 603 aa  444  1e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0112279 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3472  extracellular solute-binding protein  41.15 
 
 		 611 aa  445  1e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3717  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  41.15 
 
 		 618 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1545  putative extracellular solute-binding protein  42.57 
 
 		 606 aa  441  9.999999999999999e-123  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.0971522 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0180  extracellular solute-binding protein family 5  40.87 
 
 		 607 aa  436  1e-121  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0115715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0289  ABC transporter extracellular solute-binding protein  39.79 
 
 		 606 aa  432  1e-120  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0514  extracellular solute-binding protein family 5  41.45 
 
 		 617 aa  431  1e-119  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.772903  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37880  putative binding protein component of ABC transporter  41.25 
 
 		 602 aa  428  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00173754  normal  0.230207 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1946  extracellular solute-binding protein  41.04 
 
 		 611 aa  425  1e-117  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.185407  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2310  extracellular solute-binding protein  40.66 
 
 		 603 aa  418  9.999999999999999e-116  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0736306  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1616  extracellular solute-binding protein  41.21 
 
 		 621 aa  414  1e-114  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0448  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.14 
 
 		 628 aa  410  1e-113  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0189227  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0249  extracellular solute-binding protein  39.79 
 
 		 670 aa  411  1e-113  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3639  extracellular solute-binding protein  39.66 
 
 		 641 aa  409  1e-113  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.294463  normal  0.053682 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3716  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.27 
 
 		 609 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1759  extracellular solute-binding protein  40.51 
 
 		 609 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.358749  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0845  extracellular solute-binding protein  40.64 
 
 		 638 aa  406  1.0000000000000001e-112  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0910462 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0387  extracellular solute-binding protein family 5  40.17 
 
 		 637 aa  404  1e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.651599 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0342  extracellular solute-binding protein  40.33 
 
 		 637 aa  405  1e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4214  extracellular solute-binding protein family 5  39.58 
 
 		 631 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.159532  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2061  extracellular solute-binding protein  40.24 
 
 		 616 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.409615  normal  0.170665 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1770  extracellular solute-binding protein  40.31 
 
 		 635 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.235807  normal  0.035612 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0421  extracellular solute-binding protein family 5  39.7 
 
 		 641 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.427516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1343  extracellular solute-binding protein  40.7 
 
 		 609 aa  401  9.999999999999999e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2153  extracellular solute-binding protein  39.01 
 
 		 597 aa  401  9.999999999999999e-111  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.453344 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0288  extracellular solute-binding protein  39.97 
 
 		 631 aa  397  1e-109  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2182  extracellular solute-binding protein  38.2 
 
 		 610 aa  397  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3073  extracellular solute-binding protein  37.23 
 
 		 622 aa  396  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0393  extracellular solute-binding protein family 5  40.21 
 
 		 658 aa  396  1e-109  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.305694  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0378  extracellular solute-binding protein  39.38 
 
 		 659 aa  395  1e-109  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.296975  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0015  extracellular solute-binding protein  37.02 
 
 		 622 aa  397  1e-109  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.440164  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0010  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  37.11 
 
 		 622 aa  394  1e-108  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.427067  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1037  ABC peptide transporter, periplasmic solute-binding protein  38.13 
 
 		 610 aa  395  1e-108  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.490346  normal  0.882306 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29640  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  39.72 
 
 		 609 aa  391  1e-107  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113024  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3471  extracellular solute-binding protein  38.42 
 
 		 609 aa  391  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.640162  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3729  extracellular solute-binding protein  39.9 
 
 		 605 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1719  extracellular solute-binding protein  38.08 
 
 		 646 aa  389  1e-107  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.244782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0010  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.41 
 
 		 610 aa  391  1e-107  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4146  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  38.08 
 
 		 609 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3718  extracellular solute-binding protein  38.08 
 
 		 590 aa  389  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.357391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3535  twin-arginine translocation pathway signal  39.9 
 
 		 631 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.10202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1433  extracellular solute-binding protein  37.09 
 
 		 610 aa  388  1e-106  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.569191 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7055  oligopeptide ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  39.46 
 
 		 614 aa  388  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0391894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0248  extracellular solute-binding protein  38.91 
 
 		 626 aa  385  1e-105  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3485  putative solute-binding protein  38.03 
 
 		 626 aa  385  1e-105  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4084  extracellular solute-binding protein  36.74 
 
 		 622 aa  384  1e-105  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2902  extracellular solute-binding protein  36.56 
 
 		 622 aa  379  1e-104  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.19921  normal  0.272453 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0244  ABC transporter substrate binding protein (peptide)  37.18 
 
 		 631 aa  380  1e-104  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1412  extracellular solute-binding protein  37.69 
 
 		 619 aa  382  1e-104  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.902569 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3366  extracellular solute-binding protein  39.61 
 
 		 619 aa  380  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3640  extracellular solute-binding protein  40.33 
 
 		 615 aa  376  1e-103  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.133111 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3358  extracellular solute-binding protein  37.54 
 
 		 636 aa  375  1e-103  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0726814  normal  0.160875 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2632  extracellular solute-binding protein  37.93 
 
 		 638 aa  377  1e-103  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.267737 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02107  predicted oligopeptide transporter subunit  36.76 
 
 		 604 aa  375  1e-102  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.213726  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1480  extracellular solute-binding protein family 5  36.59 
 
 		 604 aa  374  1e-102  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.173724  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3029  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  36.32 
 
 		 622 aa  375  1e-102  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.778411  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2326  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  36.59 
 
 		 604 aa  374  1e-102  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00440714 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3315  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  36.59 
 
 		 604 aa  374  1e-102  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.644955  normal  0.133502 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1470  extracellular solute-binding protein  36.76 
 
 		 604 aa  375  1e-102  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000141163  normal  0.0234366 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02066  hypothetical protein  36.76 
 
 		 604 aa  375  1e-102  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.250617  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2475  ABC transporter, peripllasmic solute-binding proteins  36.42 
 
 		 604 aa  373  1e-102  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0781  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  36.76 
 
 		 604 aa  374  1e-102  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2315  ABC transporter, peripllasmic solute-binding proteins  36.76 
 
 		 604 aa  375  1e-102  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41110  putative solute-binding protein  37.68 
 
 		 609 aa  368  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>