More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0249 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_7055  oligopeptide ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  55.15 
 
 		 614 aa  662    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0391894  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0288  extracellular solute-binding protein  57.46 
 
 		 631 aa  695    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0387  extracellular solute-binding protein family 5  55.21 
 
 		 637 aa  665    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.651599 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2632  extracellular solute-binding protein  56.13 
 
 		 638 aa  672    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.267737 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0421  extracellular solute-binding protein family 5  54.37 
 
 		 641 aa  659    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.427516  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0342  extracellular solute-binding protein  55.05 
 
 		 637 aa  660    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0514  extracellular solute-binding protein family 5  54.53 
 
 		 617 aa  635    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.772903  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3729  extracellular solute-binding protein  53.94 
 
 		 605 aa  649    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3639  extracellular solute-binding protein  56.77 
 
 		 641 aa  698    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.294463  normal  0.053682 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4214  extracellular solute-binding protein family 5  54.47 
 
 		 631 aa  637    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.159532  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0249  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 670 aa  1386    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3535  twin-arginine translocation pathway signal  54.3 
 
 		 631 aa  644    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.10202  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1616  extracellular solute-binding protein  55.08 
 
 		 621 aa  648    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0378  extracellular solute-binding protein  54.89 
 
 		 659 aa  671    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.296975  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2274  extracellular solute-binding protein  55 
 
 		 600 aa  653    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1770  extracellular solute-binding protein  54.02 
 
 		 635 aa  629  1e-179  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.235807  normal  0.035612 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2060  extracellular solute-binding protein  54.34 
 
 		 615 aa  630  1e-179  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163136  normal  0.391933 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0015  extracellular solute-binding protein  51.86 
 
 		 622 aa  627  1e-178  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.440164  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3472  extracellular solute-binding protein  53.31 
 
 		 611 aa  617  1e-175  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0597  extracellular solute-binding protein  52.95 
 
 		 633 aa  612  9.999999999999999e-175  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0010  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  50.94 
 
 		 622 aa  611  1e-173  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.427067  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3719  extracellular solute-binding protein  52.71 
 
 		 611 aa  608  1e-173  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0280101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1718  extracellular solute-binding protein  52.54 
 
 		 611 aa  606  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.359306  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4147  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  52.54 
 
 		 611 aa  608  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2181  extracellular solute-binding protein  50.91 
 
 		 613 aa  607  9.999999999999999e-173  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0010  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  50.77 
 
 		 610 aa  608  9.999999999999999e-173  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3166  extracellular solute-binding protein  51.9 
 
 		 615 aa  596  1e-169  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1538  extracellular solute-binding protein  51.38 
 
 		 609 aa  590  1e-167  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0289  ABC transporter extracellular solute-binding protein  48.87 
 
 		 606 aa  589  1e-167  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3486  ABC transporter periplasmic binding protein  50.08 
 
 		 615 aa  586  1e-166  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3366  extracellular solute-binding protein  50 
 
 		 619 aa  585  1.0000000000000001e-165  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1348  extracellular solute-binding protein family 5  50.7 
 
 		 603 aa  585  1.0000000000000001e-165  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0798387  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3717  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  51.3 
 
 		 618 aa  581  1e-164  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1758  extracellular solute-binding protein  50.96 
 
 		 618 aa  581  1e-164  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.316004  normal  0.0569954 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4446  extracellular solute-binding protein family 5  49.21 
 
 		 610 aa  581  1e-164  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.215863  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4132  extracellular solute-binding protein family 5  48.87 
 
 		 610 aa  576  1.0000000000000001e-163  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29650  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  49.4 
 
 		 613 aa  578  1.0000000000000001e-163  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000703906  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41130  putative binding protein component of ABC transporter  50.17 
 
 		 615 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4084  extracellular solute-binding protein  49.48 
 
 		 622 aa  573  1.0000000000000001e-162  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0180  extracellular solute-binding protein family 5  49.66 
 
 		 607 aa  565  1e-160  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0115715  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1946  extracellular solute-binding protein  49.66 
 
 		 611 aa  562  1.0000000000000001e-159  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.185407  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0244  ABC transporter substrate binding protein (peptide)  45.2 
 
 		 631 aa  549  1e-155  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0248  extracellular solute-binding protein  46.91 
 
 		 626 aa  528  1e-148  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0515  extracellular solute-binding protein family 5  45.47 
 
 		 626 aa  519  1e-146  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4146  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  44.86 
 
 		 609 aa  512  1e-144  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3716  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  44.99 
 
 		 609 aa  512  1e-144  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1759  extracellular solute-binding protein  46.17 
 
 		 609 aa  513  1e-144  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.358749  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1719  extracellular solute-binding protein  44.86 
 
 		 646 aa  512  1e-144  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.244782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3728  extracellular solute-binding protein  44.63 
 
 		 621 aa  514  1e-144  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3534  extracellular solute-binding protein  43.75 
 
 		 626 aa  512  1e-144  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.173833  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1615  extracellular solute-binding protein  43.72 
 
 		 627 aa  512  1e-144  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.316028 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37880  putative binding protein component of ABC transporter  44.58 
 
 		 602 aa  513  1e-144  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00173754  normal  0.230207 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3718  extracellular solute-binding protein  44.86 
 
 		 590 aa  511  1e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.357391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0289  extracellular solute-binding protein  45.07 
 
 		 632 aa  510  1e-143  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3640  extracellular solute-binding protein  45.47 
 
 		 615 aa  512  1e-143  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.133111 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3471  extracellular solute-binding protein  44.52 
 
 		 609 aa  508  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.640162  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2182  extracellular solute-binding protein  44.75 
 
 		 610 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0379  extracellular solute-binding protein  44.56 
 
 		 628 aa  505  1e-141  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3093  extracellular solute-binding protein  44.14 
 
 		 640 aa  500  1e-140  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.311181 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2153  extracellular solute-binding protein  45.39 
 
 		 597 aa  501  1e-140  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.453344 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3914  extracellular solute-binding protein family 5  44.25 
 
 		 630 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0448  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  44.33 
 
 		 628 aa  494  9.999999999999999e-139  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0189227  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1771  extracellular solute-binding protein  41.99 
 
 		 625 aa  495  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.235807  normal  0.0344403 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0422  extracellular solute-binding protein family 5  42.28 
 
 		 625 aa  492  9.999999999999999e-139  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.175563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7054  oligopeptide ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  43.29 
 
 		 614 aa  494  9.999999999999999e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.334122  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29640  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  44.12 
 
 		 609 aa  490  1e-137  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113024  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4213  extracellular solute-binding protein family 5  42.66 
 
 		 621 aa  486  1e-136  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.238618  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2061  extracellular solute-binding protein  44.46 
 
 		 616 aa  488  1e-136  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.409615  normal  0.170665 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3485  putative solute-binding protein  41.96 
 
 		 626 aa  487  1e-136  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3358  extracellular solute-binding protein  42.96 
 
 		 636 aa  483  1e-135  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0726814  normal  0.160875 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0845  extracellular solute-binding protein  45.08 
 
 		 638 aa  479  1e-134  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0910462 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0343  extracellular solute-binding protein  43.84 
 
 		 624 aa  479  1e-134  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0393  extracellular solute-binding protein family 5  44.02 
 
 		 658 aa  482  1e-134  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.305694  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41110  putative solute-binding protein  42.49 
 
 		 609 aa  481  1e-134  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0388  extracellular solute-binding protein family 5  43.49 
 
 		 624 aa  477  1e-133  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.420489  normal  0.698142 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1397  extracellular solute-binding protein  42.47 
 
 		 606 aa  471  1.0000000000000001e-131  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.982775  normal  0.886089 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0535  putative peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  43.55 
 
 		 611 aa  468  9.999999999999999e-131  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0576  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  41.65 
 
 		 615 aa  464  1e-129  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2633  extracellular solute-binding protein  43.39 
 
 		 629 aa  465  1e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.350381  normal  0.525149 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0542  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  41.48 
 
 		 616 aa  461  9.999999999999999e-129  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1917  extracellular solute-binding protein family 5  40.24 
 
 		 601 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.530573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2094  extracellular solute-binding protein  44 
 
 		 627 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1733  extracellular solute-binding protein family 5  40.07 
 
 		 600 aa  456  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.197004 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1964  extracellular solute-binding protein  43.65 
 
 		 627 aa  457  1e-127  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1014  extracellular solute-binding protein family 5  43.36 
 
 		 628 aa  457  1e-127  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.517437  normal  0.0342428 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1214  extracellular solute-binding protein  43.3 
 
 		 627 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.454357 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5371  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  43.3 
 
 		 623 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.970504 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2146  extracellular solute-binding protein  43.17 
 
 		 661 aa  455  1.0000000000000001e-126  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.155446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3638  extracellular solute-binding protein  41.54 
 
 		 592 aa  452  1.0000000000000001e-126  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1108  extracellular solute-binding protein family 5  42.67 
 
 		 628 aa  452  1.0000000000000001e-126  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.762365 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2129  extracellular solute-binding protein  44.06 
 
 		 627 aa  451  1e-125  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.641802  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1506  extracellular solute-binding protein  43.66 
 
 		 604 aa  451  1e-125  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0138783 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6015  extracellular solute-binding protein  42.96 
 
 		 624 aa  449  1e-125  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2081  extracellular solute-binding protein  42.78 
 
 		 624 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2635  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  43.13 
 
 		 686 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63534  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0526  extracellular solute-binding protein  41.88 
 
 		 643 aa  448  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0241638  normal  0.268494 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1645  extracellular solute-binding protein family 5  42.1 
 
 		 602 aa  448  1.0000000000000001e-124  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.819399  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2062  extracellular solute-binding protein  42.96 
 
 		 624 aa  449  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.389023  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2501  extracellular solute-binding protein family 5  41.02 
 
 		 613 aa  442  1e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0677964  normal  0.0181569 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2359  extracellular solute-binding protein  41.91 
 
 		 645 aa  442  1e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0844875  normal  0.182874 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>