More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2060 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4147  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  71.59 
 
 		 611 aa  917    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3486  ABC transporter periplasmic binding protein  67.7 
 
 		 615 aa  870    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29650  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  67.24 
 
 		 613 aa  830    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000703906  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3717  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  70.96 
 
 		 618 aa  910    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1758  extracellular solute-binding protein  71.13 
 
 		 618 aa  918    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.316004  normal  0.0569954 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2181  extracellular solute-binding protein  73.49 
 
 		 613 aa  944    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3719  extracellular solute-binding protein  72.09 
 
 		 611 aa  922    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0280101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2060  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 615 aa  1259    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163136  normal  0.391933 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0180  extracellular solute-binding protein family 5  54.9 
 
 		 607 aa  660    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0115715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1718  extracellular solute-binding protein  71.43 
 
 		 611 aa  915    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.359306  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1348  extracellular solute-binding protein family 5  55.18 
 
 		 603 aa  652    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0798387  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0597  extracellular solute-binding protein  55.4 
 
 		 633 aa  650    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2274  extracellular solute-binding protein  54.05 
 
 		 600 aa  645    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37880  putative binding protein component of ABC transporter  57.39 
 
 		 602 aa  694    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00173754  normal  0.230207 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41130  putative binding protein component of ABC transporter  70.24 
 
 		 615 aa  857    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3472  extracellular solute-binding protein  71.67 
 
 		 611 aa  909    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3166  extracellular solute-binding protein  53.65 
 
 		 615 aa  632  1e-180  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1538  extracellular solute-binding protein  53.67 
 
 		 609 aa  630  1e-179  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0289  ABC transporter extracellular solute-binding protein  52.45 
 
 		 606 aa  629  1e-179  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0249  extracellular solute-binding protein  53.33 
 
 		 670 aa  626  1e-178  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3120  extracellular solute-binding protein  49.75 
 
 		 617 aa  620  1e-176  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.821712 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3073  extracellular solute-binding protein  49.49 
 
 		 622 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2902  extracellular solute-binding protein  49.06 
 
 		 622 aa  601  1e-170  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.19921  normal  0.272453 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3029  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  48.88 
 
 		 622 aa  595  1e-169  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.778411  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1946  extracellular solute-binding protein  51.52 
 
 		 611 aa  595  1e-169  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.185407  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0139  extracellular solute-binding protein  48.7 
 
 		 627 aa  593  1e-168  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0448  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  49.75 
 
 		 628 aa  592  1e-168  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0189227  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2646  extracellular solute-binding protein  49.49 
 
 		 599 aa  592  1e-168  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0267  bacterial extracellular solute-binding protein, family 5  47.64 
 
 		 638 aa  587  1e-166  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2788  extracellular solute-binding protein  48.91 
 
 		 640 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0852598  normal  0.110267 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3741  extracellular solute-binding protein  48.74 
 
 		 623 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2713  extracellular solute-binding protein  49 
 
 		 608 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.155019 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3078  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  47.73 
 
 		 642 aa  570  1e-161  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.926861 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3485  putative solute-binding protein  46.69 
 
 		 626 aa  569  1e-161  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3716  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  48.87 
 
 		 609 aa  566  1e-160  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1759  extracellular solute-binding protein  49.22 
 
 		 609 aa  567  1e-160  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.358749  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2182  extracellular solute-binding protein  48.34 
 
 		 610 aa  566  1e-160  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41110  putative solute-binding protein  46.55 
 
 		 609 aa  565  1e-160  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2061  extracellular solute-binding protein  49.13 
 
 		 616 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.409615  normal  0.170665 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4146  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  47.64 
 
 		 609 aa  559  1e-158  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3718  extracellular solute-binding protein  47.64 
 
 		 590 aa  558  1e-158  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.357391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1719  extracellular solute-binding protein  47.64 
 
 		 646 aa  560  1e-158  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.244782  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29640  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  49.21 
 
 		 609 aa  556  1e-157  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113024  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3639  extracellular solute-binding protein  49.07 
 
 		 641 aa  555  1e-156  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.294463  normal  0.053682 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3471  extracellular solute-binding protein  46.94 
 
 		 609 aa  552  1e-156  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.640162  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1616  extracellular solute-binding protein  49.58 
 
 		 621 aa  545  1e-153  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0514  extracellular solute-binding protein family 5  48.52 
 
 		 617 aa  542  1e-153  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.772903  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0393  extracellular solute-binding protein family 5  47.55 
 
 		 658 aa  541  9.999999999999999e-153  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.305694  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0378  extracellular solute-binding protein  47.75 
 
 		 659 aa  541  9.999999999999999e-153  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.296975  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0845  extracellular solute-binding protein  46.35 
 
 		 638 aa  536  1e-151  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0910462 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0421  extracellular solute-binding protein family 5  48.14 
 
 		 641 aa  530  1e-149  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.427516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0288  extracellular solute-binding protein  45.95 
 
 		 631 aa  531  1e-149  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1770  extracellular solute-binding protein  48 
 
 		 635 aa  530  1e-149  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.235807  normal  0.035612 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2632  extracellular solute-binding protein  47.4 
 
 		 638 aa  529  1e-149  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.267737 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2153  extracellular solute-binding protein  47.62 
 
 		 597 aa  530  1e-149  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.453344 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0387  extracellular solute-binding protein family 5  48.31 
 
 		 637 aa  528  1e-148  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.651599 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0015  extracellular solute-binding protein  44.52 
 
 		 622 aa  527  1e-148  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.440164  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0342  extracellular solute-binding protein  48.14 
 
 		 637 aa  524  1e-147  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3729  extracellular solute-binding protein  48.17 
 
 		 605 aa  522  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3535  twin-arginine translocation pathway signal  48.26 
 
 		 631 aa  525  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.10202  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4214  extracellular solute-binding protein family 5  48.44 
 
 		 631 aa  520  1e-146  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.159532  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7055  oligopeptide ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  47.92 
 
 		 614 aa  516  1.0000000000000001e-145  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0391894  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0010  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  43.86 
 
 		 622 aa  514  1e-144  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.427067  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0010  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  43.52 
 
 		 610 aa  509  1e-143  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3638  extracellular solute-binding protein  46.18 
 
 		 592 aa  512  1e-143  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0576  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  44.78 
 
 		 615 aa  508  9.999999999999999e-143  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0248  extracellular solute-binding protein  44.95 
 
 		 626 aa  508  9.999999999999999e-143  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0542  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  44.78 
 
 		 616 aa  508  9.999999999999999e-143  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1917  extracellular solute-binding protein family 5  43.68 
 
 		 601 aa  492  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.530573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0535  putative peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  44.98 
 
 		 611 aa  495  9.999999999999999e-139  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4084  extracellular solute-binding protein  43.74 
 
 		 622 aa  493  9.999999999999999e-139  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3366  extracellular solute-binding protein  45.18 
 
 		 619 aa  486  1e-136  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3093  extracellular solute-binding protein  42.79 
 
 		 640 aa  485  1e-136  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.311181 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1733  extracellular solute-binding protein family 5  43.12 
 
 		 600 aa  486  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.197004 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0289  extracellular solute-binding protein  43.11 
 
 		 632 aa  479  1e-134  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2941  extracellular solute-binding protein family 5  44.13 
 
 		 626 aa  481  1e-134  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2146  extracellular solute-binding protein  44.11 
 
 		 661 aa  480  1e-134  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.155446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1397  extracellular solute-binding protein  42.79 
 
 		 606 aa  479  1e-134  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.982775  normal  0.886089 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2129  extracellular solute-binding protein  44.44 
 
 		 627 aa  478  1e-133  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.641802  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7054  oligopeptide ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  42.83 
 
 		 614 aa  475  1e-133  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.334122  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0515  extracellular solute-binding protein family 5  43.28 
 
 		 626 aa  478  1e-133  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1615  extracellular solute-binding protein  43.08 
 
 		 627 aa  478  1e-133  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.316028 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4446  extracellular solute-binding protein family 5  43.83 
 
 		 610 aa  472  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.215863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1510  extracellular solute-binding protein  43.52 
 
 		 620 aa  473  1e-132  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.14042  normal  0.0541168 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2847  extracellular solute-binding protein  42.59 
 
 		 623 aa  473  1e-132  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3728  extracellular solute-binding protein  42.66 
 
 		 621 aa  473  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3640  extracellular solute-binding protein  43.79 
 
 		 615 aa  475  1e-132  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.133111 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1497  ABC transporter periplamic substrate-binding protein  42.54 
 
 		 602 aa  471  1.0000000000000001e-131  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2711  ABC transporter, periplamic substrate-binding protein  42.37 
 
 		 602 aa  469  1.0000000000000001e-131  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2786  extracellular solute-binding protein  42.54 
 
 		 602 aa  472  1.0000000000000001e-131  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.426757  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0244  ABC transporter substrate binding protein (peptide)  43.22 
 
 		 631 aa  467  9.999999999999999e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2633  extracellular solute-binding protein  41.56 
 
 		 629 aa  467  9.999999999999999e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.350381  normal  0.525149 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0379  extracellular solute-binding protein  42.28 
 
 		 628 aa  468  9.999999999999999e-131  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2050  extracellular solute-binding protein  43.52 
 
 		 620 aa  468  9.999999999999999e-131  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0422  extracellular solute-binding protein family 5  43.44 
 
 		 625 aa  468  9.999999999999999e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.175563  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2432  extracellular solute-binding protein family 5  43.54 
 
 		 603 aa  462  1e-129  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4153  ABC transporter substrate-binding protein  42.2 
 
 		 601 aa  464  1e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.162536  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4132  extracellular solute-binding protein family 5  41.86 
 
 		 610 aa  464  1e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1506  extracellular solute-binding protein  43.74 
 
 		 604 aa  463  1e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0138783 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3534  extracellular solute-binding protein  42.71 
 
 		 626 aa  464  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.173833  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>