More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0244 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011369  Rleg2_4132  extracellular solute-binding protein family 5  57.64 
 
 
610 aa  743    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0244  ABC transporter substrate binding protein (peptide)  100 
 
 
631 aa  1293    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3366  extracellular solute-binding protein  57.75 
 
 
619 aa  706    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4446  extracellular solute-binding protein family 5  58.78 
 
 
610 aa  752    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.215863  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0288  extracellular solute-binding protein  50.32 
 
 
631 aa  626  1e-178  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0378  extracellular solute-binding protein  50.48 
 
 
659 aa  626  1e-178  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.296975  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2632  extracellular solute-binding protein  51.44 
 
 
638 aa  615  9.999999999999999e-175  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.267737 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7055  oligopeptide ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  50.08 
 
 
614 aa  603  1.0000000000000001e-171  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0391894  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1770  extracellular solute-binding protein  50.93 
 
 
635 aa  597  1e-169  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.235807  normal  0.035612 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3729  extracellular solute-binding protein  49.67 
 
 
605 aa  595  1e-169  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3535  twin-arginine translocation pathway signal  50.76 
 
 
631 aa  595  1e-169  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.10202  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4214  extracellular solute-binding protein family 5  49.35 
 
 
631 aa  592  1e-168  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.159532  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0015  extracellular solute-binding protein  48.46 
 
 
622 aa  592  1e-168  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.440164  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3639  extracellular solute-binding protein  49.32 
 
 
641 aa  576  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.294463  normal  0.053682 
 
 
-
 
NC_004310  BR0010  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  46.35 
 
 
622 aa  572  1.0000000000000001e-162  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.427067  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0514  extracellular solute-binding protein family 5  48.5 
 
 
617 aa  573  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.772903  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1616  extracellular solute-binding protein  49.66 
 
 
621 aa  566  1e-160  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0010  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  47.11 
 
 
610 aa  565  1e-160  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0342  extracellular solute-binding protein  48.18 
 
 
637 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0387  extracellular solute-binding protein family 5  48.02 
 
 
637 aa  562  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.651599 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0421  extracellular solute-binding protein family 5  48.05 
 
 
641 aa  554  1e-156  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.427516  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0249  extracellular solute-binding protein  45.2 
 
 
670 aa  536  1e-151  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4084  extracellular solute-binding protein  42.72 
 
 
622 aa  516  1.0000000000000001e-145  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2274  extracellular solute-binding protein  44.71 
 
 
600 aa  500  1e-140  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1538  extracellular solute-binding protein  43.99 
 
 
609 aa  490  1e-137  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0180  extracellular solute-binding protein family 5  42.16 
 
 
607 aa  467  9.999999999999999e-131  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0115715  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2060  extracellular solute-binding protein  43.22 
 
 
615 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163136  normal  0.391933 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3166  extracellular solute-binding protein  43.03 
 
 
615 aa  462  1e-129  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0597  extracellular solute-binding protein  41.38 
 
 
633 aa  464  1e-129  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4147  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  41.53 
 
 
611 aa  462  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1718  extracellular solute-binding protein  41.53 
 
 
611 aa  460  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.359306  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3486  ABC transporter periplasmic binding protein  42.76 
 
 
615 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1348  extracellular solute-binding protein family 5  43 
 
 
603 aa  459  9.999999999999999e-129  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0798387  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3472  extracellular solute-binding protein  41.45 
 
 
611 aa  456  1e-127  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3719  extracellular solute-binding protein  41.04 
 
 
611 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0280101  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2181  extracellular solute-binding protein  41.67 
 
 
613 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41130  putative binding protein component of ABC transporter  42.95 
 
 
615 aa  449  1e-125  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29650  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  40.65 
 
 
613 aa  442  1e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000703906  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37880  putative binding protein component of ABC transporter  39.67 
 
 
602 aa  432  1e-119  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00173754  normal  0.230207 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1758  extracellular solute-binding protein  40.24 
 
 
618 aa  425  1e-117  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.316004  normal  0.0569954 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0448  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.61 
 
 
628 aa  422  1e-117  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0189227  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1946  extracellular solute-binding protein  40.36 
 
 
611 aa  425  1e-117  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.185407  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3717  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.9 
 
 
618 aa  420  1e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0393  extracellular solute-binding protein family 5  39.9 
 
 
658 aa  416  9.999999999999999e-116  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.305694  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3093  extracellular solute-binding protein  37.66 
 
 
640 aa  413  1e-114  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.311181 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0576  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  38.28 
 
 
615 aa  410  1e-113  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0845  extracellular solute-binding protein  40.89 
 
 
638 aa  411  1e-113  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0910462 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0542  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  38.12 
 
 
616 aa  407  1.0000000000000001e-112  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2370  ABC transporter substrate binding protein (peptide)  37.59 
 
 
615 aa  404  1e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3718  extracellular solute-binding protein  38.51 
 
 
590 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.357391  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4153  ABC transporter substrate-binding protein  37.38 
 
 
601 aa  404  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.162536  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4146  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  38.38 
 
 
609 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3716  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.26 
 
 
609 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1719  extracellular solute-binding protein  38.38 
 
 
646 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.244782  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3471  extracellular solute-binding protein  38.22 
 
 
609 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.640162  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2050  extracellular solute-binding protein  38.4 
 
 
620 aa  402  9.999999999999999e-111  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0289  ABC transporter extracellular solute-binding protein  36.71 
 
 
606 aa  397  1e-109  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1759  extracellular solute-binding protein  37.1 
 
 
609 aa  397  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.358749  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1917  extracellular solute-binding protein family 5  36.48 
 
 
601 aa  393  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.530573  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29640  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  37.08 
 
 
609 aa  395  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113024  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1397  extracellular solute-binding protein  35.79 
 
 
606 aa  394  1e-108  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.982775  normal  0.886089 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1733  extracellular solute-binding protein family 5  35.8 
 
 
600 aa  392  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.197004 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2182  extracellular solute-binding protein  37.21 
 
 
610 aa  389  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3485  putative solute-binding protein  36.83 
 
 
626 aa  391  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0535  putative peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  37.07 
 
 
611 aa  386  1e-106  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3638  extracellular solute-binding protein  37.02 
 
 
592 aa  384  1e-105  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0422  extracellular solute-binding protein family 5  36.49 
 
 
625 aa  383  1e-105  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.175563  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3867  extracellular solute-binding protein  38.41 
 
 
621 aa  382  1e-105  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41110  putative solute-binding protein  36.51 
 
 
609 aa  384  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1510  extracellular solute-binding protein  36.62 
 
 
620 aa  380  1e-104  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.14042  normal  0.0541168 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2941  extracellular solute-binding protein family 5  37.01 
 
 
626 aa  381  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2847  extracellular solute-binding protein  36.84 
 
 
623 aa  381  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2061  extracellular solute-binding protein  36.45 
 
 
616 aa  378  1e-103  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.409615  normal  0.170665 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2153  extracellular solute-binding protein  38.66 
 
 
597 aa  377  1e-103  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.453344 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1108  extracellular solute-binding protein family 5  37.15 
 
 
628 aa  372  1e-102  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.762365 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1014  extracellular solute-binding protein family 5  36.68 
 
 
628 aa  371  1e-101  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.517437  normal  0.0342428 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2613  extracellular solute-binding protein  37.31 
 
 
604 aa  372  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674629  normal  0.538496 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0248  extracellular solute-binding protein  35.73 
 
 
626 aa  369  1e-100  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3640  extracellular solute-binding protein  36.23 
 
 
615 aa  366  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.133111 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1506  extracellular solute-binding protein  36.64 
 
 
604 aa  365  2e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0138783 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2146  extracellular solute-binding protein  37.54 
 
 
661 aa  365  2e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.155446  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2625  extracellular solute-binding protein  37.18 
 
 
610 aa  363  4e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.15211  decreased coverage  0.0000486729 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1214  extracellular solute-binding protein  38.67 
 
 
627 aa  363  5.0000000000000005e-99  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.454357 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0515  extracellular solute-binding protein family 5  36.32 
 
 
626 aa  363  6e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0343  extracellular solute-binding protein  35.91 
 
 
624 aa  363  7.0000000000000005e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0931  extracellular solute-binding protein  35.05 
 
 
618 aa  362  9e-99  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1412  extracellular solute-binding protein  35.69 
 
 
619 aa  361  2e-98  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.902569 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0388  extracellular solute-binding protein family 5  35.75 
 
 
624 aa  360  3e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.420489  normal  0.698142 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0655  ABC peptide transporter  36.42 
 
 
633 aa  360  3e-98  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1173  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  37.84 
 
 
625 aa  360  4e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000592479  normal  0.415148 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2129  extracellular solute-binding protein  37.76 
 
 
627 aa  360  5e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.641802  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0289  extracellular solute-binding protein  36.41 
 
 
632 aa  359  7e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0526  extracellular solute-binding protein  35.92 
 
 
643 aa  359  9e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0241638  normal  0.268494 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7054  oligopeptide ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  36.01 
 
 
614 aa  357  2.9999999999999997e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.334122  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1615  extracellular solute-binding protein  35.36 
 
 
627 aa  357  3.9999999999999996e-97  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.316028 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2359  extracellular solute-binding protein  36.74 
 
 
645 aa  357  3.9999999999999996e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0844875  normal  0.182874 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3728  extracellular solute-binding protein  36.64 
 
 
621 aa  357  5e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1964  extracellular solute-binding protein  37.82 
 
 
627 aa  356  6.999999999999999e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3534  extracellular solute-binding protein  36.2 
 
 
626 aa  356  8.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.173833  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0704  ABC peptide transporter, substrate binding protein  36.58 
 
 
645 aa  355  1e-96  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.49782  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>