More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2847 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_1510  extracellular solute-binding protein  74.45 
 
 		 620 aa  912    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.14042  normal  0.0541168 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2847  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 623 aa  1263    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2613  extracellular solute-binding protein  75.69 
 
 		 604 aa  882    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674629  normal  0.538496 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4153  ABC transporter substrate-binding protein  70.37 
 
 		 601 aa  881    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.162536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2625  extracellular solute-binding protein  87.9 
 
 		 610 aa  1036    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.15211  decreased coverage  0.0000486729 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3867  extracellular solute-binding protein  60.07 
 
 		 621 aa  672    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2050  extracellular solute-binding protein  73.15 
 
 		 620 aa  913    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2941  extracellular solute-binding protein family 5  73.1 
 
 		 626 aa  941    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3093  extracellular solute-binding protein  51.67 
 
 		 640 aa  604  1.0000000000000001e-171  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.311181 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2194  extracellular solute-binding protein  53.15 
 
 		 606 aa  599  1e-170  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.808425 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3826  extracellular solute-binding protein family 5  52.79 
 
 		 610 aa  587  1e-166  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0497538 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3638  extracellular solute-binding protein  48.97 
 
 		 592 aa  572  1.0000000000000001e-162  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0576  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  47.76 
 
 		 615 aa  569  1e-161  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0542  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  47.6 
 
 		 616 aa  568  1e-160  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1733  extracellular solute-binding protein family 5  44.61 
 
 		 600 aa  553  1e-156  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.197004 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1397  extracellular solute-binding protein  47.09 
 
 		 606 aa  551  1e-155  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.982775  normal  0.886089 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1917  extracellular solute-binding protein family 5  44.71 
 
 		 601 aa  550  1e-155  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.530573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1699  extracellular solute-binding protein  45.41 
 
 		 611 aa  531  1e-149  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2370  ABC transporter substrate binding protein (peptide)  42.71 
 
 		 615 aa  517  1.0000000000000001e-145  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0597  extracellular solute-binding protein  41.82 
 
 		 633 aa  486  1e-136  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41130  putative binding protein component of ABC transporter  43.36 
 
 		 615 aa  477  1e-133  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3719  extracellular solute-binding protein  41.58 
 
 		 611 aa  473  1e-132  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0280101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1506  extracellular solute-binding protein  45.56 
 
 		 604 aa  472  1e-132  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0138783 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3486  ABC transporter periplasmic binding protein  43.21 
 
 		 615 aa  474  1e-132  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2060  extracellular solute-binding protein  42.46 
 
 		 615 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163136  normal  0.391933 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1718  extracellular solute-binding protein  41.42 
 
 		 611 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.359306  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3472  extracellular solute-binding protein  41.56 
 
 		 611 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1538  extracellular solute-binding protein  41.07 
 
 		 609 aa  468  9.999999999999999e-131  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4147  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  40.92 
 
 		 611 aa  464  1e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29650  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  42.68 
 
 		 613 aa  459  9.999999999999999e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000703906  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1758  extracellular solute-binding protein  40.65 
 
 		 618 aa  455  1e-127  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.316004  normal  0.0569954 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2181  extracellular solute-binding protein  41.78 
 
 		 613 aa  457  1e-127  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0931  extracellular solute-binding protein  42.35 
 
 		 618 aa  457  1e-127  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3717  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  40.65 
 
 		 618 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2856  putative oligopeptide ABC transporter, periplasmic-binding protein  44.25 
 
 		 603 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.481742  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1437  extracellular solute-binding protein  43.74 
 
 		 603 aa  451  1e-125  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0112279 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1545  putative extracellular solute-binding protein  42.83 
 
 		 606 aa  451  1e-125  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.0971522 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1348  extracellular solute-binding protein family 5  42.09 
 
 		 603 aa  451  1e-125  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0798387  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3166  extracellular solute-binding protein  41.52 
 
 		 615 aa  448  1.0000000000000001e-124  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0180  extracellular solute-binding protein family 5  41.91 
 
 		 607 aa  448  1.0000000000000001e-124  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0115715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2274  extracellular solute-binding protein  41.02 
 
 		 600 aa  445  1.0000000000000001e-124  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37880  putative binding protein component of ABC transporter  42.35 
 
 		 602 aa  437  1e-121  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00173754  normal  0.230207 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1946  extracellular solute-binding protein  40.59 
 
 		 611 aa  435  1e-120  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.185407  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0289  ABC transporter extracellular solute-binding protein  38.38 
 
 		 606 aa  426  1e-118  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0448  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  40.24 
 
 		 628 aa  421  1e-116  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0189227  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3716  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.48 
 
 		 609 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1759  extracellular solute-binding protein  39.81 
 
 		 609 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.358749  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2153  extracellular solute-binding protein  38.92 
 
 		 597 aa  416  9.999999999999999e-116  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.453344 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0845  extracellular solute-binding protein  40.03 
 
 		 638 aa  414  1e-114  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0910462 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2310  extracellular solute-binding protein  39.15 
 
 		 603 aa  414  1e-114  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0736306  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0514  extracellular solute-binding protein family 5  39.77 
 
 		 617 aa  413  1e-114  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.772903  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3639  extracellular solute-binding protein  39.33 
 
 		 641 aa  412  1e-114  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.294463  normal  0.053682 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2182  extracellular solute-binding protein  38.88 
 
 		 610 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0249  extracellular solute-binding protein  38.66 
 
 		 670 aa  409  1.0000000000000001e-112  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1616  extracellular solute-binding protein  39.66 
 
 		 621 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3471  extracellular solute-binding protein  39.01 
 
 		 609 aa  404  1e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.640162  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1719  extracellular solute-binding protein  38.67 
 
 		 646 aa  403  1e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.244782  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29640  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  38.88 
 
 		 609 aa  402  1e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113024  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4084  extracellular solute-binding protein  38.7 
 
 		 622 aa  402  1e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2061  extracellular solute-binding protein  40.24 
 
 		 616 aa  404  1e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.409615  normal  0.170665 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4146  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  38.67 
 
 		 609 aa  402  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3718  extracellular solute-binding protein  38.67 
 
 		 590 aa  402  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.357391  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0387  extracellular solute-binding protein family 5  38.7 
 
 		 637 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.651599 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1343  extracellular solute-binding protein  40.72 
 
 		 609 aa  401  9.999999999999999e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3073  extracellular solute-binding protein  37.17 
 
 		 622 aa  397  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1770  extracellular solute-binding protein  39.06 
 
 		 635 aa  396  1e-109  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.235807  normal  0.035612 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0342  extracellular solute-binding protein  38.7 
 
 		 637 aa  398  1e-109  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0421  extracellular solute-binding protein family 5  39.21 
 
 		 641 aa  393  1e-108  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.427516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1037  ABC peptide transporter, periplasmic solute-binding protein  36.75 
 
 		 610 aa  395  1e-108  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.490346  normal  0.882306 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4214  extracellular solute-binding protein family 5  39.13 
 
 		 631 aa  393  1e-108  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.159532  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3358  extracellular solute-binding protein  37.99 
 
 		 636 aa  393  1e-108  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0726814  normal  0.160875 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0248  extracellular solute-binding protein  39.56 
 
 		 626 aa  393  1e-108  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0393  extracellular solute-binding protein family 5  39.72 
 
 		 658 aa  394  1e-108  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.305694  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1412  extracellular solute-binding protein  37.52 
 
 		 619 aa  392  1e-108  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.902569 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0378  extracellular solute-binding protein  38.13 
 
 		 659 aa  394  1e-108  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.296975  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0015  extracellular solute-binding protein  37.24 
 
 		 622 aa  392  1e-107  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.440164  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3485  putative solute-binding protein  38.38 
 
 		 626 aa  390  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3729  extracellular solute-binding protein  40.03 
 
 		 605 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0010  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  36.56 
 
 		 622 aa  387  1e-106  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.427067  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3029  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  37.26 
 
 		 622 aa  386  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.778411  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2902  extracellular solute-binding protein  37.35 
 
 		 622 aa  386  1e-106  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.19921  normal  0.272453 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0288  extracellular solute-binding protein  37.64 
 
 		 631 aa  387  1e-106  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1433  extracellular solute-binding protein  36.57 
 
 		 610 aa  385  1e-106  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.569191 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0010  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.56 
 
 		 610 aa  388  1e-106  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4446  extracellular solute-binding protein family 5  37.68 
 
 		 610 aa  383  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.215863  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7055  oligopeptide ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  39.41 
 
 		 614 aa  385  1e-105  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0391894  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3535  twin-arginine translocation pathway signal  39.38 
 
 		 631 aa  382  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.10202  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0244  ABC transporter substrate binding protein (peptide)  36.84 
 
 		 631 aa  381  1e-104  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41110  putative solute-binding protein  37.09 
 
 		 609 aa  380  1e-104  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4132  extracellular solute-binding protein family 5  36.54 
 
 		 610 aa  373  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1615  extracellular solute-binding protein  37.34 
 
 		 627 aa  374  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.316028 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3640  extracellular solute-binding protein  38.24 
 
 		 615 aa  370  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.133111 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3366  extracellular solute-binding protein  37.81 
 
 		 619 aa  370  1e-101  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3120  extracellular solute-binding protein  36.72 
 
 		 617 aa  369  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.821712 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2632  extracellular solute-binding protein  37.16 
 
 		 638 aa  369  1e-101  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.267737 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1636  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  38.03 
 
 		 654 aa  370  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.106746  normal  0.365226 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0515  extracellular solute-binding protein family 5  38.02 
 
 		 626 aa  368  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3144  extracellular solute-binding protein  38.15 
 
 		 637 aa  366  1e-100  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.369096 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0422  extracellular solute-binding protein family 5  36.81 
 
 		 625 aa  366  1e-100  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.175563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2646  extracellular solute-binding protein  37.76 
 
 		 599 aa  366  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>