More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1545 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1545  putative extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 606 aa  1228    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.0971522 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2856  putative oligopeptide ABC transporter, periplasmic-binding protein  62.52 
 
 		 603 aa  736    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.481742  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1506  extracellular solute-binding protein  63.24 
 
 		 604 aa  751    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0138783 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2310  extracellular solute-binding protein  62.92 
 
 		 603 aa  774    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0736306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1437  extracellular solute-binding protein  61.37 
 
 		 603 aa  735    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0112279 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1343  extracellular solute-binding protein  60.91 
 
 		 609 aa  728    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0931  extracellular solute-binding protein  59.38 
 
 		 618 aa  718    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3093  extracellular solute-binding protein  43.33 
 
 		 640 aa  488  1e-136  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.311181 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2274  extracellular solute-binding protein  44.33 
 
 		 600 aa  479  1e-134  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0597  extracellular solute-binding protein  43.69 
 
 		 633 aa  464  1e-129  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1397  extracellular solute-binding protein  41.15 
 
 		 606 aa  452  1.0000000000000001e-126  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.982775  normal  0.886089 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0576  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  40.48 
 
 		 615 aa  450  1e-125  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0542  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  40.48 
 
 		 616 aa  451  1e-125  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2847  extracellular solute-binding protein  42.83 
 
 		 623 aa  451  1e-125  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3867  extracellular solute-binding protein  43.8 
 
 		 621 aa  448  1.0000000000000001e-124  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3638  extracellular solute-binding protein  41.02 
 
 		 592 aa  445  1e-123  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2941  extracellular solute-binding protein family 5  42.98 
 
 		 626 aa  445  1e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3826  extracellular solute-binding protein family 5  43.23 
 
 		 610 aa  442  1e-123  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0497538 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1699  extracellular solute-binding protein  40.91 
 
 		 611 aa  438  1e-121  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0393  extracellular solute-binding protein family 5  41.61 
 
 		 658 aa  432  1e-120  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.305694  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1917  extracellular solute-binding protein family 5  39.8 
 
 		 601 aa  431  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.530573  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0180  extracellular solute-binding protein family 5  42.91 
 
 		 607 aa  430  1e-119  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0115715  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2050  extracellular solute-binding protein  42.48 
 
 		 620 aa  429  1e-119  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1538  extracellular solute-binding protein  41.21 
 
 		 609 aa  426  1e-118  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1510  extracellular solute-binding protein  42.11 
 
 		 620 aa  427  1e-118  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.14042  normal  0.0541168 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2370  ABC transporter substrate binding protein (peptide)  39.27 
 
 		 615 aa  425  1e-118  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0249  extracellular solute-binding protein  42.61 
 
 		 670 aa  426  1e-118  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2194  extracellular solute-binding protein  42.04 
 
 		 606 aa  426  1e-118  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.808425 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4153  ABC transporter substrate-binding protein  41.95 
 
 		 601 aa  424  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.162536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3166  extracellular solute-binding protein  41.2 
 
 		 615 aa  423  1e-117  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1733  extracellular solute-binding protein family 5  39.8 
 
 		 600 aa  422  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.197004 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2625  extracellular solute-binding protein  42.76 
 
 		 610 aa  421  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.15211  decreased coverage  0.0000486729 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1348  extracellular solute-binding protein family 5  40.99 
 
 		 603 aa  421  1e-116  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0798387  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3486  ABC transporter periplasmic binding protein  41.2 
 
 		 615 aa  421  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41130  putative binding protein component of ABC transporter  41.14 
 
 		 615 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2060  extracellular solute-binding protein  41.62 
 
 		 615 aa  415  1e-114  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163136  normal  0.391933 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1946  extracellular solute-binding protein  41.65 
 
 		 611 aa  414  1e-114  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.185407  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2153  extracellular solute-binding protein  39.45 
 
 		 597 aa  412  1e-113  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.453344 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29650  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  40.79 
 
 		 613 aa  407  1.0000000000000001e-112  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000703906  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3716  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.19 
 
 		 609 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1759  extracellular solute-binding protein  39.7 
 
 		 609 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.358749  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3472  extracellular solute-binding protein  39.1 
 
 		 611 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1718  extracellular solute-binding protein  38.78 
 
 		 611 aa  396  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.359306  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4147  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  38.94 
 
 		 611 aa  396  1e-109  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1770  extracellular solute-binding protein  41.25 
 
 		 635 aa  397  1e-109  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.235807  normal  0.035612 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0514  extracellular solute-binding protein family 5  41.79 
 
 		 617 aa  398  1e-109  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.772903  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1616  extracellular solute-binding protein  42.11 
 
 		 621 aa  396  1e-109  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2613  extracellular solute-binding protein  41.74 
 
 		 604 aa  397  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674629  normal  0.538496 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0015  extracellular solute-binding protein  38.53 
 
 		 622 aa  398  1e-109  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.440164  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1758  extracellular solute-binding protein  40.04 
 
 		 618 aa  394  1e-108  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.316004  normal  0.0569954 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2181  extracellular solute-binding protein  38.94 
 
 		 613 aa  395  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3719  extracellular solute-binding protein  38.45 
 
 		 611 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0280101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3535  twin-arginine translocation pathway signal  41.65 
 
 		 631 aa  395  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.10202  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3639  extracellular solute-binding protein  41.68 
 
 		 641 aa  390  1e-107  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.294463  normal  0.053682 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0248  extracellular solute-binding protein  39.1 
 
 		 626 aa  391  1e-107  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4146  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  37.29 
 
 		 609 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0010  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  37.87 
 
 		 622 aa  386  1e-106  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.427067  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3717  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.68 
 
 		 618 aa  387  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7055  oligopeptide ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  39.76 
 
 		 614 aa  388  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0391894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0289  ABC transporter extracellular solute-binding protein  35.07 
 
 		 606 aa  388  1e-106  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3471  extracellular solute-binding protein  37.46 
 
 		 609 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.640162  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3358  extracellular solute-binding protein  39.38 
 
 		 636 aa  386  1e-106  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0726814  normal  0.160875 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0010  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.87 
 
 		 610 aa  385  1e-105  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3718  extracellular solute-binding protein  37.75 
 
 		 590 aa  384  1e-105  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.357391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2182  extracellular solute-binding protein  38.02 
 
 		 610 aa  384  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3729  extracellular solute-binding protein  41.37 
 
 		 605 aa  382  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0378  extracellular solute-binding protein  40.55 
 
 		 659 aa  383  1e-105  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.296975  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1719  extracellular solute-binding protein  37.79 
 
 		 646 aa  385  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.244782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7054  oligopeptide ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  37.58 
 
 		 614 aa  380  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.334122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3640  extracellular solute-binding protein  40.43 
 
 		 615 aa  379  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.133111 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2129  extracellular solute-binding protein  37.77 
 
 		 627 aa  380  1e-104  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.641802  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0288  extracellular solute-binding protein  39.69 
 
 		 631 aa  380  1e-104  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1636  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  37.05 
 
 		 654 aa  380  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.106746  normal  0.365226 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3366  extracellular solute-binding protein  40.14 
 
 		 619 aa  380  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0421  extracellular solute-binding protein family 5  40.82 
 
 		 641 aa  380  1e-104  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.427516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0515  extracellular solute-binding protein family 5  40.4 
 
 		 626 aa  380  1e-104  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0845  extracellular solute-binding protein  38.81 
 
 		 638 aa  377  1e-103  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0910462 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4214  extracellular solute-binding protein family 5  41.03 
 
 		 631 aa  378  1e-103  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.159532  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1108  extracellular solute-binding protein family 5  37.58 
 
 		 628 aa  376  1e-103  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.762365 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2146  extracellular solute-binding protein  37.89 
 
 		 661 aa  378  1e-103  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.155446  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29640  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  38.18 
 
 		 609 aa  378  1e-103  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113024  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1615  extracellular solute-binding protein  38.69 
 
 		 627 aa  374  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.316028 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1173  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  39.12 
 
 		 625 aa  373  1e-102  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000592479  normal  0.415148 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0342  extracellular solute-binding protein  40.24 
 
 		 637 aa  374  1e-102  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0289  extracellular solute-binding protein  38.18 
 
 		 632 aa  374  1e-102  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2632  extracellular solute-binding protein  40.96 
 
 		 638 aa  374  1e-102  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.267737 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2061  extracellular solute-binding protein  38.19 
 
 		 616 aa  374  1e-102  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.409615  normal  0.170665 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1014  extracellular solute-binding protein family 5  38.13 
 
 		 628 aa  375  1e-102  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.517437  normal  0.0342428 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1214  extracellular solute-binding protein  39.1 
 
 		 627 aa  370  1e-101  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.454357 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0387  extracellular solute-binding protein family 5  39.97 
 
 		 637 aa  372  1e-101  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.651599 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1607  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.32 
 
 		 650 aa  368  1e-100  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00266452  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0704  ABC peptide transporter, substrate binding protein  39.69 
 
 		 645 aa  367  1e-100  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.49782  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2501  extracellular solute-binding protein family 5  36.11 
 
 		 613 aa  367  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0677964  normal  0.0181569 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1382  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.32 
 
 		 650 aa  368  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.417398  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2109  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.32 
 
 		 936 aa  369  1e-100  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.556934  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3204  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.32 
 
 		 650 aa  368  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0292064  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3728  extracellular solute-binding protein  38.94 
 
 		 621 aa  369  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2359  extracellular solute-binding protein  39.69 
 
 		 645 aa  367  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0844875  normal  0.182874 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3914  extracellular solute-binding protein family 5  38.83 
 
 		 630 aa  365  1e-99  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37880  putative binding protein component of ABC transporter  37.31 
 
 		 602 aa  365  1e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00173754  normal  0.230207 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>