More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3078 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3078  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  100 
 
 		 642 aa  1312    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.926861 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2646  extracellular solute-binding protein  97.83 
 
 		 599 aa  1201    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0267  bacterial extracellular solute-binding protein, family 5  58.96 
 
 		 638 aa  764    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3029  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  68.24 
 
 		 622 aa  870    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.778411  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0139  extracellular solute-binding protein  60.57 
 
 		 627 aa  764    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2902  extracellular solute-binding protein  65.84 
 
 		 622 aa  861    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.19921  normal  0.272453 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3073  extracellular solute-binding protein  69.57 
 
 		 622 aa  898    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3120  extracellular solute-binding protein  64.62 
 
 		 617 aa  823    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.821712 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3741  extracellular solute-binding protein  61.42 
 
 		 623 aa  764    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2788  extracellular solute-binding protein  90.44 
 
 		 640 aa  1157    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0852598  normal  0.110267 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2713  extracellular solute-binding protein  86.94 
 
 		 608 aa  1069    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.155019 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3486  ABC transporter periplasmic binding protein  48.44 
 
 		 615 aa  589  1e-167  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2060  extracellular solute-binding protein  48.24 
 
 		 615 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163136  normal  0.391933 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4147  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  47.33 
 
 		 611 aa  580  1e-164  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41130  putative binding protein component of ABC transporter  48.79 
 
 		 615 aa  579  1e-164  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29650  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  48.71 
 
 		 613 aa  577  1.0000000000000001e-163  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000703906  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1718  extracellular solute-binding protein  47.33 
 
 		 611 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.359306  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3719  extracellular solute-binding protein  47.17 
 
 		 611 aa  574  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0280101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3472  extracellular solute-binding protein  47.55 
 
 		 611 aa  571  1e-161  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1758  extracellular solute-binding protein  48.21 
 
 		 618 aa  568  1e-160  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.316004  normal  0.0569954 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3717  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  46.49 
 
 		 618 aa  555  1e-157  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2181  extracellular solute-binding protein  45.62 
 
 		 613 aa  551  1e-155  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37880  putative binding protein component of ABC transporter  46.92 
 
 		 602 aa  544  1e-153  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00173754  normal  0.230207 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1348  extracellular solute-binding protein family 5  41.47 
 
 		 603 aa  453  1.0000000000000001e-126  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0798387  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3166  extracellular solute-binding protein  41 
 
 		 615 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0180  extracellular solute-binding protein family 5  41.23 
 
 		 607 aa  440  9.999999999999999e-123  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0115715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1538  extracellular solute-binding protein  38.51 
 
 		 609 aa  437  1e-121  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0597  extracellular solute-binding protein  39.67 
 
 		 633 aa  433  1e-120  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2274  extracellular solute-binding protein  39.9 
 
 		 600 aa  432  1e-120  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3471  extracellular solute-binding protein  40.78 
 
 		 609 aa  420  1e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.640162  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2061  extracellular solute-binding protein  41.05 
 
 		 616 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.409615  normal  0.170665 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0289  ABC transporter extracellular solute-binding protein  36.21 
 
 		 606 aa  416  9.999999999999999e-116  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3485  putative solute-binding protein  38.82 
 
 		 626 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41110  putative solute-binding protein  39.04 
 
 		 609 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4146  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  40.17 
 
 		 609 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0393  extracellular solute-binding protein family 5  39 
 
 		 658 aa  414  1e-114  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.305694  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1719  extracellular solute-binding protein  40.37 
 
 		 646 aa  415  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.244782  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3718  extracellular solute-binding protein  40.1 
 
 		 590 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.357391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0448  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  40.42 
 
 		 628 aa  411  1e-113  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0189227  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3716  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.3 
 
 		 609 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2182  extracellular solute-binding protein  39.35 
 
 		 610 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1759  extracellular solute-binding protein  39.66 
 
 		 609 aa  403  1e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.358749  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2786  extracellular solute-binding protein  38.54 
 
 		 602 aa  397  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.426757  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1497  ABC transporter periplamic substrate-binding protein  38.54 
 
 		 602 aa  397  1e-109  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2711  ABC transporter, periplamic substrate-binding protein  38.37 
 
 		 602 aa  395  1e-108  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1645  extracellular solute-binding protein family 5  37.42 
 
 		 602 aa  394  1e-108  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.819399  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0422  extracellular solute-binding protein family 5  39.06 
 
 		 625 aa  392  1e-108  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.175563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0845  extracellular solute-binding protein  38.55 
 
 		 638 aa  389  1e-107  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0910462 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1916  extracellular solute-binding protein family 5  37.08 
 
 		 602 aa  392  1e-107  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2773  extracellular solute-binding protein  38.27 
 
 		 600 aa  391  1e-107  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29640  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  38.77 
 
 		 609 aa  391  1e-107  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113024  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2153  extracellular solute-binding protein  35.97 
 
 		 597 aa  388  1e-106  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.453344 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0343  extracellular solute-binding protein  40.21 
 
 		 624 aa  385  1e-105  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0248  extracellular solute-binding protein  37.52 
 
 		 626 aa  384  1e-105  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0388  extracellular solute-binding protein family 5  40.03 
 
 		 624 aa  382  1e-105  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.420489  normal  0.698142 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2129  extracellular solute-binding protein  37.44 
 
 		 627 aa  378  1e-103  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.641802  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2410  extracellular solute-binding protein  38.57 
 
 		 601 aa  376  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00115101 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0535  putative peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  36.4 
 
 		 611 aa  376  1e-103  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2456  extracellular solute-binding protein  38.57 
 
 		 601 aa  376  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2453  extracellular solute-binding protein  38.57 
 
 		 601 aa  376  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.958299  hitchhiker  0.000003014 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2365  extracellular solute-binding protein  38.39 
 
 		 601 aa  373  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0436387  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2567  extracellular solute-binding protein  38.39 
 
 		 601 aa  374  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00156108 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0249  extracellular solute-binding protein  37.37 
 
 		 670 aa  374  1e-102  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2633  extracellular solute-binding protein  36.11 
 
 		 629 aa  375  1e-102  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.350381  normal  0.525149 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2941  extracellular solute-binding protein family 5  39.16 
 
 		 626 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3638  extracellular solute-binding protein  37.07 
 
 		 592 aa  372  1e-102  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02107  predicted oligopeptide transporter subunit  36.78 
 
 		 604 aa  369  1e-101  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.213726  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1480  extracellular solute-binding protein family 5  36.95 
 
 		 604 aa  370  1e-101  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.173724  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2315  ABC transporter, peripllasmic solute-binding proteins  36.78 
 
 		 604 aa  369  1e-101  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02066  hypothetical protein  36.78 
 
 		 604 aa  369  1e-101  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.250617  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1615  extracellular solute-binding protein  37.41 
 
 		 627 aa  370  1e-101  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.316028 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1470  extracellular solute-binding protein  36.78 
 
 		 604 aa  369  1e-101  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000141163  normal  0.0234366 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1964  extracellular solute-binding protein  38.96 
 
 		 627 aa  372  1e-101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3246  extracellular solute-binding protein  36.57 
 
 		 602 aa  369  1e-101  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.645009  normal  0.0170676 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1810  extracellular solute-binding protein  37.79 
 
 		 624 aa  369  1e-101  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0607685  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1014  extracellular solute-binding protein family 5  37.73 
 
 		 628 aa  370  1e-101  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.517437  normal  0.0342428 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1946  extracellular solute-binding protein  36.89 
 
 		 611 aa  372  1e-101  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.185407  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2094  extracellular solute-binding protein  38.61 
 
 		 627 aa  370  1e-101  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1173  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  37.6 
 
 		 625 aa  367  1e-100  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000592479  normal  0.415148 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3640  extracellular solute-binding protein  36.94 
 
 		 615 aa  366  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.133111 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0781  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  36.78 
 
 		 604 aa  367  1e-100  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2475  ABC transporter, peripllasmic solute-binding proteins  36.95 
 
 		 604 aa  369  1e-100  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0576  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  35.37 
 
 		 615 aa  367  1e-100  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3914  extracellular solute-binding protein family 5  36.22 
 
 		 630 aa  366  1e-100  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0515  extracellular solute-binding protein family 5  37.63 
 
 		 626 aa  368  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0542  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  35.21 
 
 		 616 aa  367  1e-100  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2081  extracellular solute-binding protein  38.61 
 
 		 624 aa  367  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1108  extracellular solute-binding protein family 5  36.6 
 
 		 628 aa  367  1e-100  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.762365 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2336  extracellular solute-binding protein family 5  37.35 
 
 		 603 aa  369  1e-100  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3315  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  36.95 
 
 		 604 aa  368  1e-100  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.644955  normal  0.133502 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6015  extracellular solute-binding protein  38.61 
 
 		 624 aa  368  1e-100  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2326  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  36.95 
 
 		 604 aa  369  1e-100  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00440714 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2062  extracellular solute-binding protein  38.61 
 
 		 624 aa  367  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.389023  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1918  extracellular solute-binding protein family 5  37.63 
 
 		 624 aa  365  1e-99  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.141115  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2432  extracellular solute-binding protein family 5  36.84 
 
 		 603 aa  365  2e-99  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2847  extracellular solute-binding protein  37.39 
 
 		 623 aa  364  3e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3358  extracellular solute-binding protein  35.3 
 
 		 636 aa  363  4e-99  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0726814  normal  0.160875 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5371  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  38.43 
 
 		 623 aa  363  6e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.970504 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3093  extracellular solute-binding protein  35.71 
 
 		 640 aa  362  8e-99  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.311181 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3826  extracellular solute-binding protein family 5  37.13 
 
 		 610 aa  362  1e-98  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0497538 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>