More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1277 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1277  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 641 aa  1304    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000168 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1014  extracellular solute-binding protein family 5  47.03 
 
 		 628 aa  523  1e-147  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.517437  normal  0.0342428 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1108  extracellular solute-binding protein family 5  46.78 
 
 		 628 aa  521  1e-146  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.762365 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2094  extracellular solute-binding protein  48.1 
 
 		 627 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1964  extracellular solute-binding protein  48.1 
 
 		 627 aa  514  1e-144  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3204  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  47.15 
 
 		 650 aa  512  1e-144  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0292064  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1607  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  47.15 
 
 		 650 aa  512  1e-144  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00266452  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2129  extracellular solute-binding protein  46.32 
 
 		 627 aa  512  1e-144  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.641802  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1382  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  47.15 
 
 		 650 aa  512  1e-144  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.417398  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2109  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  47.15 
 
 		 936 aa  509  1e-143  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.556934  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1636  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  47.44 
 
 		 654 aa  510  1e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.106746  normal  0.365226 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2081  extracellular solute-binding protein  47.93 
 
 		 624 aa  511  1e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6015  extracellular solute-binding protein  48.1 
 
 		 624 aa  511  1e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2062  extracellular solute-binding protein  48.1 
 
 		 624 aa  511  1e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.389023  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1173  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  47.05 
 
 		 625 aa  508  9.999999999999999e-143  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000592479  normal  0.415148 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2635  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  47.93 
 
 		 686 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63534  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5371  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  47.76 
 
 		 623 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.970504 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2493  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  47.93 
 
 		 650 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.409062  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2547  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  47.93 
 
 		 650 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.524722  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1214  extracellular solute-binding protein  47.41 
 
 		 627 aa  505  1e-141  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.454357 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1978  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  47.24 
 
 		 686 aa  499  1e-140  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00175999  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2501  extracellular solute-binding protein family 5  45.86 
 
 		 613 aa  501  1e-140  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0677964  normal  0.0181569 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2146  extracellular solute-binding protein  45.9 
 
 		 661 aa  501  1e-140  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.155446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1383  extracellular solute-binding protein  46.96 
 
 		 640 aa  497  1e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.138715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2017  extracellular solute-binding protein  44.69 
 
 		 604 aa  486  1e-136  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1810  extracellular solute-binding protein  45.97 
 
 		 624 aa  486  1e-136  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0607685  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1918  extracellular solute-binding protein family 5  45.8 
 
 		 624 aa  484  1e-135  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.141115  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2973  extracellular solute-binding protein  45.07 
 
 		 609 aa  473  1e-132  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2741  extracellular solute-binding protein family 5  45.08 
 
 		 598 aa  474  1e-132  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.982648  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3814  extracellular solute-binding protein  44.27 
 
 		 650 aa  467  9.999999999999999e-131  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0812118 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2128  extracellular solute-binding protein  43.38 
 
 		 603 aa  462  1e-129  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.603606  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2420  extracellular solute-binding protein  43.71 
 
 		 601 aa  463  1e-129  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0712361  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1237  extracellular solute-binding protein  43.41 
 
 		 622 aa  456  1e-127  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.469932  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3254  extracellular solute-binding protein  43.12 
 
 		 643 aa  457  1e-127  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5001  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  44.18 
 
 		 640 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.95388  normal  0.138491 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1725  extracellular solute-binding protein  43.88 
 
 		 624 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0449384  normal  0.081167 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6368  extracellular solute-binding protein  43.71 
 
 		 624 aa  449  1e-125  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.230744  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1710  extracellular solute-binding protein  43.71 
 
 		 624 aa  449  1e-125  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0393  extracellular solute-binding protein family 5  41.93 
 
 		 658 aa  447  1.0000000000000001e-124  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.305694  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1448  extracellular solute-binding protein family 5  42.07 
 
 		 651 aa  444  1e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2993  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  42.44 
 
 		 625 aa  442  1e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.17711  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2153  extracellular solute-binding protein  41.69 
 
 		 597 aa  439  9.999999999999999e-123  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.453344 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1104  extracellular solute-binding protein family 5  43.24 
 
 		 622 aa  438  1e-121  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1539  extracellular solute-binding protein  41.1 
 
 		 617 aa  409  1e-113  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.738539 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3719  extracellular solute-binding protein  38.59 
 
 		 611 aa  396  1e-109  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0280101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3472  extracellular solute-binding protein  39.59 
 
 		 611 aa  395  1e-108  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4147  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  38.26 
 
 		 611 aa  391  1e-107  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3486  ABC transporter periplasmic binding protein  38.97 
 
 		 615 aa  390  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1718  extracellular solute-binding protein  38.26 
 
 		 611 aa  391  1e-107  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.359306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41130  putative binding protein component of ABC transporter  38.97 
 
 		 615 aa  390  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3166  extracellular solute-binding protein  39.02 
 
 		 615 aa  382  1e-105  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1348  extracellular solute-binding protein family 5  37.44 
 
 		 603 aa  380  1e-104  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0798387  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29650  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  37.24 
 
 		 613 aa  375  1e-102  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000703906  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37880  putative binding protein component of ABC transporter  39.01 
 
 		 602 aa  375  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00173754  normal  0.230207 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1758  extracellular solute-binding protein  36.61 
 
 		 618 aa  367  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.316004  normal  0.0569954 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2181  extracellular solute-binding protein  37.06 
 
 		 613 aa  366  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0180  extracellular solute-binding protein family 5  37.61 
 
 		 607 aa  368  1e-100  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0115715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0597  extracellular solute-binding protein  37.44 
 
 		 633 aa  366  1e-100  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1538  extracellular solute-binding protein  36.53 
 
 		 609 aa  364  3e-99  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7054  oligopeptide ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  37.83 
 
 		 614 aa  355  1e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.334122  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0515  extracellular solute-binding protein family 5  39.05 
 
 		 626 aa  355  2e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2786  extracellular solute-binding protein  36.87 
 
 		 602 aa  354  2.9999999999999997e-96  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.426757  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0289  ABC transporter extracellular solute-binding protein  35.69 
 
 		 606 aa  353  5e-96  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1497  ABC transporter periplamic substrate-binding protein  36.87 
 
 		 602 aa  353  5.9999999999999994e-96  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2711  ABC transporter, periplamic substrate-binding protein  36.7 
 
 		 602 aa  351  2e-95  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3717  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.59 
 
 		 618 aa  350  4e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1615  extracellular solute-binding protein  37.84 
 
 		 627 aa  350  5e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.316028 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3640  extracellular solute-binding protein  38.84 
 
 		 615 aa  350  7e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.133111 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2060  extracellular solute-binding protein  36.6 
 
 		 615 aa  348  1e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163136  normal  0.391933 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3728  extracellular solute-binding protein  38.51 
 
 		 621 aa  348  2e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3073  extracellular solute-binding protein  36.88 
 
 		 622 aa  345  1e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2633  extracellular solute-binding protein  37.08 
 
 		 629 aa  343  7e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.350381  normal  0.525149 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0015  extracellular solute-binding protein  34.4 
 
 		 622 aa  342  2e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.440164  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0267  bacterial extracellular solute-binding protein, family 5  34.8 
 
 		 638 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1645  extracellular solute-binding protein family 5  35.96 
 
 		 602 aa  339  9.999999999999999e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.819399  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41110  putative solute-binding protein  35.34 
 
 		 609 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2902  extracellular solute-binding protein  34.02 
 
 		 622 aa  337  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.19921  normal  0.272453 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2713  extracellular solute-binding protein  37.71 
 
 		 608 aa  337  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.155019 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3914  extracellular solute-binding protein family 5  37.33 
 
 		 630 aa  337  3.9999999999999995e-91  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0248  extracellular solute-binding protein  36.27 
 
 		 626 aa  337  5e-91  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3471  extracellular solute-binding protein  36.35 
 
 		 609 aa  337  5e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.640162  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1916  extracellular solute-binding protein family 5  35.96 
 
 		 602 aa  336  5.999999999999999e-91  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4213  extracellular solute-binding protein family 5  36.46 
 
 		 621 aa  336  9e-91  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.238618  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3485  putative solute-binding protein  35.01 
 
 		 626 aa  335  1e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3716  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.08 
 
 		 609 aa  335  2e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3029  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  34.92 
 
 		 622 aa  334  3e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.778411  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3120  extracellular solute-binding protein  35.37 
 
 		 617 aa  333  6e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.821712 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0422  extracellular solute-binding protein family 5  35.95 
 
 		 625 aa  333  6e-90  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.175563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4084  extracellular solute-binding protein  35.75 
 
 		 622 aa  333  6e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0378  extracellular solute-binding protein  35.8 
 
 		 659 aa  333  7.000000000000001e-90  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.296975  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0010  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.89 
 
 		 610 aa  332  1e-89  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0535  putative peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  35.12 
 
 		 611 aa  332  1e-89  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3718  extracellular solute-binding protein  35.41 
 
 		 590 aa  331  2e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.357391  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0010  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  32.81 
 
 		 622 aa  331  2e-89  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.427067  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2646  extracellular solute-binding protein  35.93 
 
 		 599 aa  332  2e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1759  extracellular solute-binding protein  35.25 
 
 		 609 aa  331  3e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.358749  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0289  extracellular solute-binding protein  35.99 
 
 		 632 aa  330  6e-89  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1719  extracellular solute-binding protein  35.08 
 
 		 646 aa  330  6e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.244782  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1616  extracellular solute-binding protein  35.76 
 
 		 621 aa  330  7e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0448  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.95 
 
 		 628 aa  329  1.0000000000000001e-88  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0189227  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>