More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1807 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_0704  ABC peptide transporter, substrate binding protein  59.53 
 
 		 645 aa  724    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.49782  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2359  extracellular solute-binding protein  59.53 
 
 		 645 aa  724    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0844875  normal  0.182874 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1807  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 665 aa  1372    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.625712  normal  0.143321 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0655  ABC peptide transporter  55.89 
 
 		 633 aa  683    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0526  extracellular solute-binding protein  59.63 
 
 		 643 aa  731    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0241638  normal  0.268494 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3863  extracellular solute-binding protein  50.24 
 
 		 643 aa  601  1e-170  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2552  extracellular solute-binding protein  48.94 
 
 		 616 aa  575  1.0000000000000001e-162  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.437338  normal  0.0565568 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0248  extracellular solute-binding protein  41.9 
 
 		 626 aa  437  1e-121  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3914  extracellular solute-binding protein family 5  41.89 
 
 		 630 aa  435  1e-120  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3640  extracellular solute-binding protein  41.69 
 
 		 615 aa  428  1e-118  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.133111 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1615  extracellular solute-binding protein  40.45 
 
 		 627 aa  424  1e-117  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.316028 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7054  oligopeptide ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  40.57 
 
 		 614 aa  414  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.334122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3358  extracellular solute-binding protein  39.9 
 
 		 636 aa  416  1e-114  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0726814  normal  0.160875 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0422  extracellular solute-binding protein family 5  39.77 
 
 		 625 aa  412  1e-113  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.175563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2633  extracellular solute-binding protein  40.55 
 
 		 629 aa  408  1.0000000000000001e-112  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.350381  normal  0.525149 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3166  extracellular solute-binding protein  39.41 
 
 		 615 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0515  extracellular solute-binding protein family 5  40.48 
 
 		 626 aa  403  1e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3534  extracellular solute-binding protein  41.19 
 
 		 626 aa  402  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.173833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1759  extracellular solute-binding protein  39.93 
 
 		 609 aa  398  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.358749  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0388  extracellular solute-binding protein family 5  39.35 
 
 		 624 aa  398  1e-109  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.420489  normal  0.698142 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0343  extracellular solute-binding protein  39.35 
 
 		 624 aa  398  1e-109  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2274  extracellular solute-binding protein  39.87 
 
 		 600 aa  398  1e-109  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3716  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.25 
 
 		 609 aa  394  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0597  extracellular solute-binding protein  38.57 
 
 		 633 aa  392  1e-108  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3719  extracellular solute-binding protein  40.24 
 
 		 611 aa  389  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0280101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0249  extracellular solute-binding protein  39.41 
 
 		 670 aa  387  1e-106  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4147  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  39.46 
 
 		 611 aa  388  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1718  extracellular solute-binding protein  39.46 
 
 		 611 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.359306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2061  extracellular solute-binding protein  39.76 
 
 		 616 aa  388  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.409615  normal  0.170665 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1771  extracellular solute-binding protein  38.95 
 
 		 625 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.235807  normal  0.0344403 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2153  extracellular solute-binding protein  40.81 
 
 		 597 aa  387  1e-106  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.453344 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4213  extracellular solute-binding protein family 5  38.74 
 
 		 621 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.238618  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1538  extracellular solute-binding protein  40.84 
 
 		 609 aa  382  1e-105  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2182  extracellular solute-binding protein  37.82 
 
 		 610 aa  385  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3728  extracellular solute-binding protein  40.07 
 
 		 621 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0289  extracellular solute-binding protein  38.82 
 
 		 632 aa  380  1e-104  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1348  extracellular solute-binding protein family 5  38.32 
 
 		 603 aa  381  1e-104  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0798387  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7055  oligopeptide ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  37.84 
 
 		 614 aa  379  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0391894  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0379  extracellular solute-binding protein  38.72 
 
 		 628 aa  377  1e-103  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3472  extracellular solute-binding protein  38.71 
 
 		 611 aa  379  1e-103  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2632  extracellular solute-binding protein  38.53 
 
 		 638 aa  373  1e-102  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.267737 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3471  extracellular solute-binding protein  37.52 
 
 		 609 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.640162  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1946  extracellular solute-binding protein  38.24 
 
 		 611 aa  374  1e-102  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.185407  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29640  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  38.59 
 
 		 609 aa  375  1e-102  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113024  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2773  extracellular solute-binding protein  37.82 
 
 		 600 aa  371  1e-101  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0010  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  37.26 
 
 		 622 aa  372  1e-101  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.427067  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2060  extracellular solute-binding protein  37.77 
 
 		 615 aa  370  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163136  normal  0.391933 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2181  extracellular solute-binding protein  37.63 
 
 		 613 aa  372  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0015  extracellular solute-binding protein  38.89 
 
 		 622 aa  372  1e-101  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.440164  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0535  putative peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  36.7 
 
 		 611 aa  370  1e-101  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0180  extracellular solute-binding protein family 5  38.16 
 
 		 607 aa  371  1e-101  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0115715  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0387  extracellular solute-binding protein family 5  38.58 
 
 		 637 aa  369  1e-101  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.651599 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4146  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  36.64 
 
 		 609 aa  366  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0009  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  37.34 
 
 		 604 aa  366  1e-100  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0342  extracellular solute-binding protein  38.41 
 
 		 637 aa  367  1e-100  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3717  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.16 
 
 		 618 aa  366  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1758  extracellular solute-binding protein  39.34 
 
 		 618 aa  369  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.316004  normal  0.0569954 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1719  extracellular solute-binding protein  36.91 
 
 		 646 aa  368  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.244782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0009  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.08 
 
 		 615 aa  366  1e-100  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.193969  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0010  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.35 
 
 		 610 aa  368  1e-100  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3718  extracellular solute-binding protein  36.64 
 
 		 590 aa  368  1e-100  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.357391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1506  extracellular solute-binding protein  41.03 
 
 		 604 aa  366  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0138783 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2094  extracellular solute-binding protein  40.24 
 
 		 627 aa  366  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0014  extracellular solute-binding protein  37.22 
 
 		 615 aa  369  1e-100  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.498204  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2326  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  37.65 
 
 		 604 aa  365  1e-99  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00440714 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3485  putative solute-binding protein  35.88 
 
 		 626 aa  364  3e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37880  putative binding protein component of ABC transporter  37.48 
 
 		 602 aa  363  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00173754  normal  0.230207 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02107  predicted oligopeptide transporter subunit  37.48 
 
 		 604 aa  362  1e-98  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.213726  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1480  extracellular solute-binding protein family 5  37.63 
 
 		 604 aa  362  1e-98  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.173724  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1470  extracellular solute-binding protein  37.48 
 
 		 604 aa  362  1e-98  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000141163  normal  0.0234366 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1964  extracellular solute-binding protein  39.73 
 
 		 627 aa  362  1e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2315  ABC transporter, peripllasmic solute-binding proteins  37.48 
 
 		 604 aa  362  1e-98  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0378  extracellular solute-binding protein  36.72 
 
 		 659 aa  362  1e-98  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.296975  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02066  hypothetical protein  37.48 
 
 		 604 aa  362  1e-98  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.250617  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3315  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  37.48 
 
 		 604 aa  361  2e-98  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.644955  normal  0.133502 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3366  extracellular solute-binding protein  38.68 
 
 		 619 aa  362  2e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0781  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  37.48 
 
 		 604 aa  361  3e-98  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2475  ABC transporter, peripllasmic solute-binding proteins  37.31 
 
 		 604 aa  361  3e-98  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3093  extracellular solute-binding protein  36.77 
 
 		 640 aa  361  3e-98  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.311181 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0288  extracellular solute-binding protein  35.84 
 
 		 631 aa  357  2.9999999999999997e-97  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2567  extracellular solute-binding protein  35.86 
 
 		 601 aa  355  2e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00156108 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3639  extracellular solute-binding protein  37.12 
 
 		 641 aa  355  2e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.294463  normal  0.053682 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3729  extracellular solute-binding protein  40 
 
 		 605 aa  355  2e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0514  extracellular solute-binding protein family 5  37.9 
 
 		 617 aa  355  2e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.772903  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1037  ABC peptide transporter, periplasmic solute-binding protein  34.35 
 
 		 610 aa  354  2.9999999999999997e-96  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.490346  normal  0.882306 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1616  extracellular solute-binding protein  38.06 
 
 		 621 aa  354  2.9999999999999997e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2453  extracellular solute-binding protein  35.86 
 
 		 601 aa  353  4e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.958299  hitchhiker  0.000003014 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2456  extracellular solute-binding protein  35.86 
 
 		 601 aa  353  4e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2410  extracellular solute-binding protein  35.86 
 
 		 601 aa  353  4e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00115101 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41130  putative binding protein component of ABC transporter  38.34 
 
 		 615 aa  353  5e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41110  putative solute-binding protein  36.44 
 
 		 609 aa  353  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1607  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.58 
 
 		 650 aa  353  8e-96  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00266452  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3204  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.58 
 
 		 650 aa  353  8e-96  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0292064  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1382  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.58 
 
 		 650 aa  353  8e-96  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.417398  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2547  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.11 
 
 		 650 aa  352  1e-95  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.524722  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2635  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.11 
 
 		 686 aa  352  1e-95  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63534  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4446  extracellular solute-binding protein family 5  36.43 
 
 		 610 aa  352  1e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.215863  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2109  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.58 
 
 		 936 aa  351  2e-95  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.556934  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4214  extracellular solute-binding protein family 5  38.99 
 
 		 631 aa  351  2e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.159532  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4132  extracellular solute-binding protein family 5  35.45 
 
 		 610 aa  352  2e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>