More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_1046 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009616  Tmel_1046  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 304 aa  609  1e-173  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0071  tRNA pseudouridine synthase B  57.57 
 
 		 309 aa  324  1e-87  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.861563  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0071  tRNA pseudouridine synthase B  56.91 
 
 		 309 aa  323  3e-87  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1031  tRNA pseudouridine synthase B  53.62 
 
 		 308 aa  305  8.000000000000001e-82  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1692  tRNA pseudouridine synthase B  49.52 
 
 		 305 aa  260  2e-68  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  39.86 
 
 		 306 aa  202  6e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2771  tRNA pseudouridine synthase B  43.02 
 
 		 307 aa  188  8e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1642  tRNA pseudouridine synthase B  41.05 
 
 		 283 aa  186  3e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  37.42 
 
 		 310 aa  186  6e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  42.28 
 
 		 294 aa  184  1.0000000000000001e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1511  tRNA pseudouridine synthase B  38.98 
 
 		 283 aa  182  5.0000000000000004e-45  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  42.28 
 
 		 294 aa  182  9.000000000000001e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  45.58 
 
 		 300 aa  181  2e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  46.89 
 
 		 297 aa  181  2e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  45.41 
 
 		 297 aa  178  9e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  39.76 
 
 		 303 aa  178  1e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1053  tRNA pseudouridine synthase B  37.76 
 
 		 305 aa  178  1e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000253025  hitchhiker  0.00000016309 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  36.39 
 
 		 304 aa  177  2e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  38.63 
 
 		 300 aa  176  3e-43  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  36.01 
 
 		 304 aa  177  3e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  41.74 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  37.25 
 
 		 303 aa  172  5e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  38.25 
 
 		 294 aa  172  9e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  35.97 
 
 		 295 aa  171  1e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000236822  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  37.69 
 
 		 291 aa  169  4e-41  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  37.07 
 
 		 300 aa  169  8e-41  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  36.96 
 
 		 371 aa  167  1e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  38.91 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2978  tRNA pseudouridine synthase B  35.64 
 
 		 295 aa  167  2e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.09603e-22 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  41.18 
 
 		 292 aa  166  6.9999999999999995e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1232  tRNA pseudouridine synthase B  36.22 
 
 		 306 aa  165  8e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2319  tRNA pseudouridine synthase B  42.33 
 
 		 301 aa  165  9e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.163994  hitchhiker  0.00744574 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3185  tRNA pseudouridine synthase B  35.03 
 
 		 309 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.991117  normal  0.361577 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0929  tRNA pseudouridine synthase B  41.34 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.590741  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  37.72 
 
 		 291 aa  164  2.0000000000000002e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1807  tRNA pseudouridine synthase B  39.08 
 
 		 340 aa  163  4.0000000000000004e-39  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.098308  normal  0.268652 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5113  tRNA pseudouridine synthase B  46.43 
 
 		 308 aa  163  4.0000000000000004e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.679584 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  35.28 
 
 		 299 aa  163  4.0000000000000004e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  34.25 
 
 		 301 aa  162  5.0000000000000005e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  36.88 
 
 		 299 aa  162  9e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2227  tRNA pseudouridine synthase B  41.18 
 
 		 313 aa  161  1e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00164056  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  45.63 
 
 		 293 aa  161  1e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  37.2 
 
 		 302 aa  161  2e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  40.67 
 
 		 293 aa  160  2e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  38.19 
 
 		 308 aa  160  2e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1591  tRNA pseudouridine synthase B  43.2 
 
 		 304 aa  159  4e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00165016  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  37.5 
 
 		 295 aa  159  4e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0640  tRNA pseudouridine synthase B  36.08 
 
 		 298 aa  159  4e-38  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.951154  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0735  tRNA pseudouridine synthase B  36.82 
 
 		 285 aa  159  5e-38  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 		 308 aa  159  7e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  35.71 
 
 		 307 aa  158  1e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  37.8 
 
 		 309 aa  157  2e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  39.92 
 
 		 302 aa  157  2e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0612  tRNA pseudouridine synthase B  35.94 
 
 		 298 aa  157  3e-37  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.259864  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1954  tRNA pseudouridine synthase B  38.19 
 
 		 310 aa  156  4e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3463  tRNA pseudouridine synthase B  39.9 
 
 		 318 aa  155  9e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3031  tRNA pseudouridine synthase B  40.89 
 
 		 303 aa  155  9e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000998148  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2203  tRNA pseudouridine synthase B  37.68 
 
 		 302 aa  154  1e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.147231  normal  0.936738 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1447  tRNA pseudouridine synthase B  39.91 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000785982  normal  0.274975 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0587  tRNA pseudouridine synthase B  40.91 
 
 		 314 aa  154  2e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.25247  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  36.25 
 
 		 293 aa  153  2.9999999999999998e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  36.25 
 
 		 293 aa  153  2.9999999999999998e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0816  tRNA pseudouridine synthase B  32.76 
 
 		 297 aa  153  4e-36  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0170651  normal  0.0612098 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2158  tRNA pseudouridine synthase B  40.08 
 
 		 299 aa  153  4e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.285493  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01762  tRNA pseudouridine synthase B  37.22 
 
 		 323 aa  153  4e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0258018  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0810  tRNA pseudouridine synthase B  40.82 
 
 		 314 aa  152  5e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.384443  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1351  pseudouridine synthase  38.98 
 
 		 302 aa  152  5e-36  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.779318  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3603  tRNA pseudouridine synthase B  41.92 
 
 		 314 aa  152  8e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0328137 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0749  tRNA pseudouridine synthase B  39.38 
 
 		 244 aa  152  8.999999999999999e-36  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.844641 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3641  tRNA pseudouridine synthase B  40.91 
 
 		 314 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  36.33 
 
 		 293 aa  151  1e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3579  tRNA pseudouridine synthase B  40.91 
 
 		 314 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.911389  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3473  tRNA pseudouridine synthase B  40.91 
 
 		 314 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1288  tRNA pseudouridine synthase B  34.4 
 
 		 308 aa  150  2e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2418  tRNA pseudouridine synthase B  37.44 
 
 		 307 aa  150  2e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0980712  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3473  tRNA pseudouridine synthase B  40.4 
 
 		 314 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0491  tRNA pseudouridine synthase B  35.1 
 
 		 323 aa  150  2e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.444271 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  39 
 
 		 297 aa  150  2e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1237  tRNA pseudouridine synthase B  40.85 
 
 		 330 aa  150  2e-35  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.657883  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3542  tRNA pseudouridine synthase B  40.4 
 
 		 314 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  39 
 
 		 297 aa  150  2e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  39 
 
 		 297 aa  150  2e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  38.67 
 
 		 302 aa  150  3e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0927  tRNA pseudouridine synthase B  41.29 
 
 		 283 aa  149  4e-35  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.000000000000224094  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  37.6 
 
 		 306 aa  149  5e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4487  tRNA pseudouridine synthase B  39.9 
 
 		 314 aa  149  5e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  39.9 
 
 		 305 aa  149  7e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0026  tRNA pseudouridine synthase B  33.12 
 
 		 358 aa  149  8e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.148493 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3558  tRNA pseudouridine synthase B  40.38 
 
 		 327 aa  149  8e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.567602  normal  0.599891 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1054  tRNA pseudouridine synthase B  37.7 
 
 		 290 aa  149  8e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000156302  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0491  tRNA pseudouridine synthase B  40.31 
 
 		 314 aa  149  8e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.164014  normal  0.0135399 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03033  tRNA pseudouridine synthase B  39.9 
 
 		 314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.975802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0539  tRNA pseudouridine synthase B  39.9 
 
 		 314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02984  hypothetical protein  39.9 
 
 		 314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0287  tRNA pseudouridine synthase B  40.69 
 
 		 367 aa  148  1.0000000000000001e-34  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  35.78 
 
 		 241 aa  148  1.0000000000000001e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3462  tRNA pseudouridine synthase B  39.9 
 
 		 314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.266438 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0823  tRNA pseudouridine synthase B  39.29 
 
 		 308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.939729  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0532  tRNA pseudouridine synthase B  39.9 
 
 		 314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405191 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3358  tRNA pseudouridine synthase B  39.9 
 
 		 314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.928747  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>