More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HY04AAS1_0927 on replicon NC_011126
Organism: Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011126  HY04AAS1_0927  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 
283 aa  566  1e-160  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.000000000000224094  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1511  tRNA pseudouridine synthase B  43.31 
 
 
283 aa  201  9.999999999999999e-51  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2833  tRNA pseudouridine synthase B  44.64 
 
 
291 aa  158  1e-37  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  32.89 
 
 
309 aa  158  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  32.66 
 
 
311 aa  152  8e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  35 
 
 
305 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  30.64 
 
 
311 aa  151  1e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  30.64 
 
 
302 aa  151  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  30.64 
 
 
321 aa  151  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  30.64 
 
 
302 aa  151  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  30.64 
 
 
321 aa  151  1e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  30.64 
 
 
302 aa  151  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  31.99 
 
 
311 aa  150  2e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  34.29 
 
 
305 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  33 
 
 
311 aa  150  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  34.29 
 
 
305 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  30.64 
 
 
302 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1046  tRNA pseudouridine synthase B  41.29 
 
 
304 aa  149  4e-35  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  42.79 
 
 
292 aa  149  5e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  34.53 
 
 
305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  34.17 
 
 
305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  32.32 
 
 
310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  32.87 
 
 
304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0612  tRNA pseudouridine synthase B  36.51 
 
 
298 aa  147  3e-34  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.259864  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  32.87 
 
 
305 aa  146  4.0000000000000006e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2203  tRNA pseudouridine synthase B  32.55 
 
 
302 aa  145  5e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.147231  normal  0.936738 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  32.87 
 
 
304 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1091  tRNA pseudouridine synthase B  33.67 
 
 
303 aa  145  8.000000000000001e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0150332  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  34.17 
 
 
305 aa  144  1e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0071  tRNA pseudouridine synthase B  32.89 
 
 
309 aa  145  1e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  32.32 
 
 
310 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  32.7 
 
 
310 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1465  tRNA pseudouridine synthase B  37.25 
 
 
318 aa  143  3e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2227  tRNA pseudouridine synthase B  35.98 
 
 
313 aa  143  4e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00164056  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  33.07 
 
 
310 aa  142  6e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  32.29 
 
 
298 aa  142  6e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0071  tRNA pseudouridine synthase B  32.55 
 
 
309 aa  142  6e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.861563  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  32.17 
 
 
306 aa  142  8e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1642  tRNA pseudouridine synthase B  34.86 
 
 
283 aa  142  9e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  35.86 
 
 
310 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  32.16 
 
 
307 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0823  tRNA pseudouridine synthase B  31.01 
 
 
308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.939729  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1144  tRNA pseudouridine synthase B  29.15 
 
 
315 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.431473  normal  0.105946 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  32.87 
 
 
301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  35.55 
 
 
303 aa  140  3e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  31.8 
 
 
310 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  31.8 
 
 
310 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2818  tRNA pseudouridine synthase B  35.97 
 
 
303 aa  139  7e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2687  tRNA pseudouridine synthase B  35.97 
 
 
303 aa  138  1e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  31.16 
 
 
314 aa  137  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1232  tRNA pseudouridine synthase B  32.05 
 
 
306 aa  137  3.0000000000000003e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1225  tRNA pseudouridine synthase B  32.44 
 
 
302 aa  136  4e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.886706  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1031  tRNA pseudouridine synthase B  40.37 
 
 
308 aa  135  6.0000000000000005e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  32.95 
 
 
322 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  36.86 
 
 
294 aa  135  8e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2750  tRNA pseudouridine synthase B  40.78 
 
 
318 aa  134  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  29.51 
 
 
304 aa  134  9.999999999999999e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  39.59 
 
 
318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  35.82 
 
 
304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3473  tRNA pseudouridine synthase B  39.39 
 
 
314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3473  tRNA pseudouridine synthase B  39.9 
 
 
314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3542  tRNA pseudouridine synthase B  39.9 
 
 
314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3641  tRNA pseudouridine synthase B  39.39 
 
 
314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  39.09 
 
 
318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0816  tRNA pseudouridine synthase B  36.12 
 
 
297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0170651  normal  0.0612098 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4487  tRNA pseudouridine synthase B  37.38 
 
 
314 aa  133  3e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  32.06 
 
 
291 aa  133  3.9999999999999996e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3808  tRNA pseudouridine synthase B  31.19 
 
 
324 aa  133  3.9999999999999996e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0201981 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  33.84 
 
 
307 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  33.19 
 
 
308 aa  133  3.9999999999999996e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0963  tRNA pseudouridine synthase B  35.68 
 
 
315 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0397132  normal  0.0378785 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  33.84 
 
 
307 aa  132  5e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  33.1 
 
 
293 aa  132  5e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  31.73 
 
 
298 aa  132  5e-30  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3579  tRNA pseudouridine synthase B  39.38 
 
 
314 aa  132  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.911389  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03033  tRNA pseudouridine synthase B  37.38 
 
 
314 aa  132  7.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.975802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0539  tRNA pseudouridine synthase B  37.38 
 
 
314 aa  132  7.999999999999999e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02984  hypothetical protein  37.38 
 
 
314 aa  132  7.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  31.72 
 
 
314 aa  132  7.999999999999999e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3358  tRNA pseudouridine synthase B  37.38 
 
 
314 aa  132  7.999999999999999e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.928747  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3462  tRNA pseudouridine synthase B  37.38 
 
 
314 aa  132  7.999999999999999e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.266438 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0532  tRNA pseudouridine synthase B  37.38 
 
 
314 aa  132  7.999999999999999e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000405191 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  35 
 
 
300 aa  132  9e-30  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2978  tRNA pseudouridine synthase B  32.94 
 
 
295 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.09603e-22 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3603  tRNA pseudouridine synthase B  38.34 
 
 
314 aa  131  1.0000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0328137 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3463  tRNA pseudouridine synthase B  37.88 
 
 
318 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  37.81 
 
 
241 aa  131  1.0000000000000001e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  32.55 
 
 
295 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000236822  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2921  tRNA pseudouridine synthase B  32.94 
 
 
341 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0697495  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0810  tRNA pseudouridine synthase B  36.36 
 
 
314 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.384443  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3605  tRNA pseudouridine synthase B  36.89 
 
 
314 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  31.34 
 
 
297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2695  tRNA pseudouridine synthase B  32.94 
 
 
341 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  31.34 
 
 
297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  31.34 
 
 
297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  30.43 
 
 
315 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0735  tRNA pseudouridine synthase B  35.38 
 
 
285 aa  130  4.0000000000000003e-29  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2771  tRNA pseudouridine synthase B  36.61 
 
 
307 aa  129  4.0000000000000003e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3058  tRNA pseudouridine synthase B  35.51 
 
 
315 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.538597  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1009  tRNA pseudouridine synthase B  34.74 
 
 
317 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>