More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2115 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_2115  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE precursor  100 
 
 		 173 aa  326  1.0000000000000001e-88  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0374  Multidrug resistance efflux pump-like protein  45.64 
 
 		 271 aa  99  3e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0800097  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0318  secretion protein HlyD family protein  45.64 
 
 		 271 aa  98.6  4e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.844809  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2361  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE precursor  39.19 
 
 		 172 aa  89  3e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.439727  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0741  hypothetical protein  39.1 
 
 		 290 aa  81.6  0.000000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3238  RND family efflux transporter MFP subunit  36.57 
 
 		 368 aa  81.3  0.000000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0525  hypothetical protein  35.53 
 
 		 168 aa  76.6  0.0000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000120014  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1665  secretion protein HlyD  31.65 
 
 		 398 aa  72.4  0.000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.454837  normal  0.558289 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0537  HlyD family multidrug resistance protein  32.84 
 
 		 381 aa  71.2  0.000000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.996753  normal  0.690705 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1990  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.35 
 
 		 392 aa  68.9  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.759025  normal  0.937313 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  28.38 
 
 		 373 aa  68.2  0.00000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1117  secretion protein HlyD  37.12 
 
 		 367 aa  68.2  0.00000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0416  RND efflux system, membrane fusion protein CmeA  30.3 
 
 		 367 aa  67.8  0.00000000007  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4642  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.33 
 
 		 383 aa  67.8  0.00000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.195012  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6592  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.58 
 
 		 378 aa  67.8  0.00000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.88 
 
 		 390 aa  66.6  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.122287 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3489  RND family efflux transporter MFP subunit  34.69 
 
 		 381 aa  65.9  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.234911 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.92 
 
 		 379 aa  64.7  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0390  RND efflux system, membrane fusion protein CmeA  29.55 
 
 		 367 aa  64.7  0.0000000006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1536  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  30.37 
 
 		 416 aa  63.5  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3513  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.09 
 
 		 398 aa  63.9  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2568  secretion protein HlyD  33.87 
 
 		 412 aa  63.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.807298  normal  0.212557 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4132  RND family efflux transporter MFP subunit  28.89 
 
 		 384 aa  63.2  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0591  RND family efflux transporter MFP subunit  37.6 
 
 		 350 aa  62.8  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0380  secretion protein HlyD  34.31 
 
 		 400 aa  62.4  0.000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1803  secretion protein HlyD family protein  29.66 
 
 		 286 aa  62  0.000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0117208 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2234  RND family efflux transporter MFP subunit  30.23 
 
 		 407 aa  62  0.000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.282252  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3808  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.83 
 
 		 398 aa  62  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0283024  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  34.23 
 
 		 391 aa  62  0.000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4352  RND family efflux transporter MFP subunit  32.48 
 
 		 369 aa  61.6  0.000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.285703  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0880  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.53 
 
 		 397 aa  61.2  0.000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.995952  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.88 
 
 		 372 aa  61.2  0.000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.460897  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1361  HlyD family secretion protein  32.23 
 
 		 387 aa  61.2  0.000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.70378  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0961  RND family efflux transporter MFP subunit  33.87 
 
 		 389 aa  61.2  0.000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.348921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3228  RND family efflux transporter MFP subunit  31.88 
 
 		 378 aa  60.8  0.000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4789  RND family efflux transporter MFP subunit  36.59 
 
 		 392 aa  60.8  0.000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0793  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.6 
 
 		 390 aa  60.8  0.00000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0715  RND family efflux transporter MFP subunit  35.33 
 
 		 404 aa  60.5  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000228  membrane-fusion protein  34.11 
 
 		 357 aa  60.1  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2400  secretion protein HlyD  33.56 
 
 		 440 aa  60.5  0.00000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.705753 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0287  secretion protein HlyD family protein  35.42 
 
 		 275 aa  60.8  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1564  RND family efflux transporter MFP subunit  32.17 
 
 		 369 aa  60.1  0.00000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.000000112948  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.75 
 
 		 349 aa  60.8  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3889  RND family efflux transporter MFP subunit  38.21 
 
 		 364 aa  60.1  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0859  HlyD family secretion protein  36.69 
 
 		 372 aa  60.1  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.585057  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0758  HlyD family secretion protein  35.16 
 
 		 288 aa  59.7  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0191383  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0916  HlyD family secretion protein  36.69 
 
 		 372 aa  60.1  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.33 
 
 		 371 aa  59.3  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0315517 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1204  secretion protein HlyD  34.04 
 
 		 395 aa  60.1  0.00000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.377097  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1704  secretion protein HlyD  34.03 
 
 		 345 aa  59.3  0.00000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000161104  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1562  RND family efflux transporter MFP subunit  31.16 
 
 		 371 aa  59.7  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3581  secretion protein HlyD  32.19 
 
 		 407 aa  59.3  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.434034  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.83 
 
 		 409 aa  59.7  0.00000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  32.62 
 
 		 370 aa  58.9  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1968  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.19 
 
 		 379 aa  58.9  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000000223491  normal  0.235934 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4863  RND family efflux transporter MFP subunit  30.53 
 
 		 360 aa  59.3  0.00000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.176323  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3470  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.15 
 
 		 379 aa  58.9  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1554  MFP family transporter  33.61 
 
 		 285 aa  58.9  0.00000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.602347  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2293  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.21 
 
 		 430 aa  58.9  0.00000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1996  secretion protein HlyD family protein  33.61 
 
 		 285 aa  58.5  0.00000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000694745  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1985  secretion protein HlyD family protein  33.61 
 
 		 285 aa  58.5  0.00000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.172504  hitchhiker  0.00138161 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1721  MFP family transporter  33.61 
 
 		 285 aa  58.5  0.00000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.336288  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0142  RND family efflux transporter MFP subunit  32.59 
 
 		 389 aa  58.5  0.00000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.285006 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3424  secretion protein HlyD  32.67 
 
 		 412 aa  58.2  0.00000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3421  secretion protein HlyD  36.24 
 
 		 381 aa  57.8  0.00000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.159892  normal  0.759602 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1334  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  36.05 
 
 		 393 aa  57.8  0.00000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0169276  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  33.97 
 
 		 349 aa  57.8  0.00000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.43 
 
 		 374 aa  57.8  0.00000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3375  HlyD family membrane fusion protein  37.59 
 
 		 425 aa  57.4  0.00000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1140  RND family efflux transporter MFP subunit  30.43 
 
 		 374 aa  57.4  0.00000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1188  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.69 
 
 		 389 aa  57.4  0.00000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.856123  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3096  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.09 
 
 		 396 aa  57.4  0.00000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.219805 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01614  undecaprenyl pyrophosphate phosphatase  32.79 
 
 		 285 aa  57.4  0.0000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.880107  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2957  secretion protein HlyD  37.31 
 
 		 389 aa  57  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0178504  normal  0.933874 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2356  auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  32.79 
 
 		 285 aa  57  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000721779  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.62 
 
 		 360 aa  57.4  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0948  secretion protein HlyD  33.61 
 
 		 413 aa  57  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.297274  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1855  MFP family transporter  32.79 
 
 		 285 aa  57.4  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0284898  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1836  auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  32.79 
 
 		 285 aa  57.4  0.0000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.182346  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01604  hypothetical protein  32.79 
 
 		 285 aa  57.4  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.787651  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3021  RND family efflux transporter MFP subunit  37.59 
 
 		 418 aa  57  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0354964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.62 
 
 		 360 aa  57.4  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5137  RND family efflux transporter MFP subunit  34.31 
 
 		 427 aa  56.6  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.259338 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3773  RND family efflux transporter MFP subunit  32.31 
 
 		 384 aa  56.2  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265534  normal  0.799504 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01444  hypothetical protein  31.61 
 
 		 350 aa  56.6  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  30.32 
 
 		 369 aa  56.2  0.0000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4314  RND family efflux transporter MFP subunit  38.13 
 
 		 360 aa  56.6  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00180968  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1067  secretion protein HlyD  30.3 
 
 		 364 aa  56.2  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.133207 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3252  RND family efflux transporter MFP subunit  35.76 
 
 		 431 aa  56.2  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0557412 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3902  RND family efflux transporter MFP subunit  38.28 
 
 		 392 aa  55.8  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.538028 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4731  secretion protein HlyD family protein  36.57 
 
 		 239 aa  55.5  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  31.9 
 
 		 429 aa  55.8  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1234  RND family efflux transporter MFP subunit  30.77 
 
 		 359 aa  55.5  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.580475  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2562  RND family efflux transporter MFP subunit  30.51 
 
 		 389 aa  55.5  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.718255  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0970  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.17 
 
 		 375 aa  55.1  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05965  hypothetical protein  30.77 
 
 		 357 aa  55.5  0.0000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0429  secretion protein HlyD  36 
 
 		 213 aa  55.5  0.0000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.398543  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0782  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.85 
 
 		 428 aa  55.1  0.0000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00204407  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0706  HlyD family secretion protein  35.16 
 
 		 288 aa  55.1  0.0000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.516634  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1901  P-hydroxybenzoic acid efflux pump subunit AaeA  30.34 
 
 		 286 aa  54.7  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>