More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_3384 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_3384  diguanylate cyclase  100 
 
 		 481 aa  946    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.32659  normal  0.816188 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2404  diguanylate cyclase  41.08 
 
 		 479 aa  273  4.0000000000000004e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00227226  normal  0.966476 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  41.13 
 
 		 339 aa  166  8e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  46.84 
 
 		 565 aa  164  3e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0709  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.3 
 
 		 322 aa  160  6e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  47.09 
 
 		 340 aa  159  1e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  47.09 
 
 		 340 aa  159  1e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  46.51 
 
 		 340 aa  159  1e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  49.7 
 
 		 1262 aa  159  1e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  45.31 
 
 		 502 aa  156  6e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0308  diguanylate cyclase  46.51 
 
 		 340 aa  156  7e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.21 
 
 		 890 aa  156  7e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.21 
 
 		 890 aa  156  9e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  45.2 
 
 		 334 aa  156  1e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.93 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  45.35 
 
 		 346 aa  155  1e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  45.2 
 
 		 334 aa  155  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.75 
 
 		 352 aa  155  2e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  45.9 
 
 		 328 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 492 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  44.77 
 
 		 344 aa  153  5.9999999999999996e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  44.63 
 
 		 317 aa  153  5.9999999999999996e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.55 
 
 		 636 aa  153  7e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  45.56 
 
 		 620 aa  152  1e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.13 
 
 		 359 aa  151  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 362 aa  152  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0429  diguanylate cyclase  44.83 
 
 		 469 aa  152  2e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.469713 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  46.51 
 
 		 649 aa  152  2e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  44.69 
 
 		 335 aa  152  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  47.62 
 
 		 664 aa  150  5e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.2 
 
 		 333 aa  150  6e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.45 
 
 		 313 aa  149  9e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.67 
 
 		 465 aa  149  9e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.71 
 
 		 337 aa  149  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  45.93 
 
 		 512 aa  148  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.76 
 
 		 372 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.36 
 
 		 461 aa  148  2.0000000000000003e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 308 aa  148  2.0000000000000003e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3843  diguanylate cyclase  44.21 
 
 		 472 aa  147  4.0000000000000006e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  43.5 
 
 		 335 aa  147  5e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.5 
 
 		 334 aa  147  5e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  42.36 
 
 		 502 aa  147  5e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1125  GGDEF  44.89 
 
 		 509 aa  147  5e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.394023  normal  0.376452 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  47.34 
 
 		 501 aa  147  5e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  42.05 
 
 		 422 aa  147  5e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.81 
 
 		 319 aa  147  6e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  40.43 
 
 		 538 aa  146  7.0000000000000006e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0868  GGDEF domain-containing protein  42.21 
 
 		 494 aa  146  8.000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.796056  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  40.98 
 
 		 343 aa  145  1e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  43.92 
 
 		 516 aa  145  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0807  diguanylate cyclase  48.78 
 
 		 340 aa  145  1e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  41.81 
 
 		 410 aa  145  1e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 334 aa  145  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  42.34 
 
 		 492 aa  145  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 334 aa  145  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 516 aa  145  2e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  42.34 
 
 		 492 aa  145  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  42.34 
 
 		 492 aa  145  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3783  sensory transduction system, regulatory protein  37.86 
 
 		 546 aa  145  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0954  diguanylate cyclase  45.09 
 
 		 502 aa  144  3e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0641916  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.24 
 
 		 340 aa  144  3e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.5 
 
 		 310 aa  144  3e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.4 
 
 		 660 aa  144  4e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.4 
 
 		 660 aa  144  5e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  44.14 
 
 		 492 aa  143  6e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  44.14 
 
 		 492 aa  143  6e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4536  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 503 aa  143  6e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1561  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.16 
 
 		 455 aa  143  8e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734361  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  43.5 
 
 		 1637 aa  143  8e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3178  diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 452 aa  143  8e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0366604  hitchhiker  0.0000463802 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5496  diguanylate cyclase  40.89 
 
 		 520 aa  143  8e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.414779  hitchhiker  0.000876281 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  42.06 
 
 		 497 aa  143  8e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0318  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.9 
 
 		 612 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  43.18 
 
 		 1034 aa  142  9.999999999999999e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.63 
 
 		 338 aa  142  9.999999999999999e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3170  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.45 
 
 		 344 aa  142  9.999999999999999e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.103544 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.41 
 
 		 316 aa  142  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1425  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  52.02 
 
 		 483 aa  142  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1356  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 584 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.786537  unclonable  0.00000000000388708 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  46.15 
 
 		 498 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  43.82 
 
 		 347 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.58 
 
 		 353 aa  142  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  45.56 
 
 		 516 aa  142  1.9999999999999998e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2357  diguanylate cyclase  41.4 
 
 		 252 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  44.97 
 
 		 327 aa  142  1.9999999999999998e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6515  diguanylate cyclase  43.01 
 
 		 452 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.683766  normal  0.600963 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4944  diguanylate cyclase  40.44 
 
 		 520 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0582678 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1622  response regulator receiver protein  42.37 
 
 		 641 aa  142  1.9999999999999998e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.923164  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  44.69 
 
 		 536 aa  141  3e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 625 aa  141  3e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 625 aa  141  3e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1599  response regulator receiver protein  43.58 
 
 		 305 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0650224  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.06 
 
 		 322 aa  140  3.9999999999999997e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  43.92 
 
 		 621 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0766  diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 501 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0766  ammonium transporter  42.19 
 
 		 644 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.543841  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  43.92 
 
 		 628 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.06 
 
 		 322 aa  140  3.9999999999999997e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  43.26 
 
 		 327 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.06 
 
 		 351 aa  140  4.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>