More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_2219 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011071  Smal_2219  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 
176 aa  343  6e-94  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0934432  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2212  sigma-24 (FecI-like)  46.91 
 
 
202 aa  132  3e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.255212 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0480  sigma-24 (FecI-like)  44.3 
 
 
182 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0637094  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  41.4 
 
 
183 aa  112  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55550  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  41.03 
 
 
181 aa  109  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0813524 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1076  sigma-24 (FecI-like)  43.62 
 
 
182 aa  108  5e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.525306  normal  0.461788 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  41.03 
 
 
181 aa  108  5e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2205  sigma-24 (FecI-like)  42.14 
 
 
193 aa  102  4e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.367222  normal  0.070332 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2232  sigma-24 (FecI-like)  41.45 
 
 
181 aa  100  8e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.684813  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3128  sigma-24 (FecI-like)  39.88 
 
 
169 aa  100  8e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.311095 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2217  sigma-24 (FecI-like)  32.9 
 
 
183 aa  97.8  8e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.10129  normal  0.130898 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2102  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.31 
 
 
178 aa  96.3  2e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.488578  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3198  sigma-24 (FecI)  35.76 
 
 
183 aa  89.4  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0767993  hitchhiker  0.00326086 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2905  sigma-24 (FecI-like)  31.79 
 
 
180 aa  80.5  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0305707  normal  0.216525 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.47 
 
 
171 aa  75.9  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6088  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.21 
 
 
181 aa  75.1  0.0000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13008  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2143  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.15 
 
 
174 aa  69.7  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  35.53 
 
 
173 aa  68.6  0.00000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1521  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.14 
 
 
163 aa  68.6  0.00000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2051  fec I like protein  34.64 
 
 
176 aa  68.2  0.00000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40230  RNA polymerase sigma factor, FecI family  31.79 
 
 
169 aa  67.8  0.00000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1353  sigma-24 (FecI-like)  26.54 
 
 
171 aa  67.8  0.00000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  37.42 
 
 
178 aa  67.4  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.64 
 
 
165 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.21 
 
 
173 aa  66.2  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1816  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.79 
 
 
169 aa  66.2  0.0000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  32.5 
 
 
175 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  31.87 
 
 
158 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  31.91 
 
 
179 aa  62.8  0.000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2781  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.48 
 
 
260 aa  63.2  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.269223 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  30.63 
 
 
175 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  32.12 
 
 
172 aa  62.8  0.000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1413  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.08 
 
 
169 aa  62  0.000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.70955  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  31.94 
 
 
188 aa  62  0.000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  31.29 
 
 
158 aa  61.6  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46660  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  27.16 
 
 
246 aa  61.6  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00128883  hitchhiker  0.00000365459 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4275  sigma24, FecI  31.54 
 
 
165 aa  60.8  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4119  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.54 
 
 
165 aa  60.8  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  29.45 
 
 
165 aa  60.1  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1450  anti-FecI sigma factor, FecR  33.12 
 
 
440 aa  59.3  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.523851  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2918  putative extracytoplasmic function sigma factor (IRON-regulated) transcription regulator protein  30.99 
 
 
174 aa  58.9  0.00000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  30.77 
 
 
158 aa  59.3  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4021  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  25.93 
 
 
174 aa  59.3  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.27293  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39800  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  34.36 
 
 
168 aa  59.3  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1935  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.87 
 
 
169 aa  58.9  0.00000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.020135 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45020  RNA polymerase sigma factor, ECF subfamily  31.74 
 
 
172 aa  57.8  0.00000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2006  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.81 
 
 
203 aa  57.4  0.0000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.593856  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4590  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.56 
 
 
191 aa  57  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  29.38 
 
 
160 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64700  RNA polymerase sigma factor  31.01 
 
 
178 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00208026  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.66 
 
 
180 aa  56.2  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3271  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.14 
 
 
168 aa  56.6  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.24577  normal  0.0205939 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3098  RNA polymerase sigma-70 factor  28.03 
 
 
199 aa  56.2  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.29649 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2529  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.97 
 
 
202 aa  56.2  0.0000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  28.67 
 
 
180 aa  55.8  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3372  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  33.12 
 
 
157 aa  55.8  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.163111  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.39 
 
 
166 aa  55.5  0.0000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.685716 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.3 
 
 
194 aa  55.5  0.0000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.431761  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5619  RNA polymerase sigma factor  29.92 
 
 
178 aa  55.1  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1734  FecI like protein  34.78 
 
 
236 aa  55.1  0.0000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.112021 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5462  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.81 
 
 
171 aa  55.1  0.0000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0000000465068  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0883  sigma-24 (FecI)  31.82 
 
 
171 aa  55.1  0.0000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0745  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.21 
 
 
167 aa  55.1  0.0000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4467  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.81 
 
 
194 aa  55.1  0.0000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3588  sigma-24 (FecI-like)  33.33 
 
 
185 aa  54.7  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0877  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.19 
 
 
169 aa  54.7  0.0000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1359  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.19 
 
 
169 aa  54.7  0.0000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1587  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.9 
 
 
199 aa  54.7  0.0000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.387563 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4804  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25 
 
 
219 aa  54.7  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.127624  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2018  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.31 
 
 
228 aa  54.3  0.0000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.865187  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7286  sigma factor  27.54 
 
 
180 aa  54.3  0.0000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4608  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  28 
 
 
191 aa  54.3  0.0000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2873  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.68 
 
 
210 aa  54.3  0.0000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.444727 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0176  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.61 
 
 
206 aa  54.3  0.0000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.658272  normal  0.578435 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  28.29 
 
 
159 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  31.72 
 
 
180 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1182  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  32.87 
 
 
169 aa  53.5  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.324595  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0141  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  32.87 
 
 
169 aa  53.5  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0728748  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2429  transcriptional regulator, LuxR family  30.3 
 
 
196 aa  53.9  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4502  sigma-24 (FecI-like)  32.41 
 
 
169 aa  53.9  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0212205  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1159  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  32.87 
 
 
169 aa  53.5  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4391  sigma-24 (FecI-like)  28.12 
 
 
166 aa  53.5  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.934112  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0420  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  32.87 
 
 
164 aa  53.5  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.193061  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3286  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.5 
 
 
190 aa  53.9  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.561294  hitchhiker  0.00143892 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17710  sigma factor, FecI family  34.03 
 
 
170 aa  53.5  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.463274  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0667  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  27.33 
 
 
178 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1107  sigma-70 region 2  30.72 
 
 
187 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1383  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  32.87 
 
 
169 aa  53.1  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00102713  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  32.87 
 
 
169 aa  52.8  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.50478  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4377  sigma-24 (FecI)  29.53 
 
 
172 aa  52.4  0.000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.316099  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1339  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.72 
 
 
169 aa  52.8  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.427786  normal  0.0741559 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1506  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  32.87 
 
 
169 aa  52.8  0.000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0804229  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1419  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  32.87 
 
 
169 aa  52.8  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0340587  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6284  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.63 
 
 
227 aa  52  0.000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.354079 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1500  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.06 
 
 
170 aa  52  0.000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40940  RNA polymerase sigma factor, FecI family  30.87 
 
 
166 aa  52  0.000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2303  fec I like protein  28.37 
 
 
166 aa  52  0.000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.709829 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5893  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.56 
 
 
171 aa  52.4  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.830728  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1008  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  30.49 
 
 
170 aa  51.6  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.719302  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1045  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.49 
 
 
170 aa  51.6  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162254  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>