186 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_33880 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_33880  small-conductance mechanosensitive channel  100 
 
 		 727 aa  1423    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.415466  normal  0.49587 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0914  MscS mechanosensitive ion channel  56.92 
 
 		 411 aa  376  1e-103  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6897  MscS mechanosensitive ion channel  55.86 
 
 		 492 aa  362  1e-98  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.587185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1046  MscS mechanosensitive ion channel  52.5 
 
 		 398 aa  358  2.9999999999999997e-97  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0178  MscS mechanosensitive ion channel  57.83 
 
 		 545 aa  352  2e-95  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.760917 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2263  MscS mechanosensitive ion channel  54.09 
 
 		 402 aa  350  6e-95  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2310  MscS mechanosensitive ion channel  54.25 
 
 		 399 aa  350  6e-95  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2302  MscS mechanosensitive ion channel  54.25 
 
 		 399 aa  350  6e-95  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.47196 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5784  MscS mechanosensitive ion channel  54.97 
 
 		 394 aa  339  9.999999999999999e-92  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1771  MscS mechanosensitive ion channel  51.9 
 
 		 400 aa  319  1e-85  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1758  MscS mechanosensitive ion channel  52.53 
 
 		 399 aa  318  3e-85  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.010572 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6211  MscS Mechanosensitive ion channel  54.69 
 
 		 391 aa  295  2e-78  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1009  small-conductance mechanosensitive channel  50.51 
 
 		 331 aa  274  3e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5044  mechanosensitive ion channel protein  43.4 
 
 		 357 aa  266  7e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.861996 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2136  MscS Mechanosensitive ion channel  45.57 
 
 		 349 aa  263  1e-68  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0637665 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1203  MscS Mechanosensitive ion channel  53.38 
 
 		 372 aa  261  4e-68  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.950573  normal  0.0307534 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1933  MscS Mechanosensitive ion channel  47.4 
 
 		 358 aa  260  6e-68  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2062  MscS mechanosensitive ion channel  46.8 
 
 		 352 aa  258  4e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3568  MscS Mechanosensitive ion channel  52.54 
 
 		 353 aa  257  5e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.492229  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02550  membrane protein  45.05 
 
 		 375 aa  254  3e-66  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.290793  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6191  MscS mechanosensitive ion channel  50.61 
 
 		 390 aa  253  8.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.593763  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1888  MscS mechanosensitive ion channel  50.61 
 
 		 390 aa  253  8.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1911  MscS mechanosensitive ion channel  50.61 
 
 		 390 aa  253  8.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00801877 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1797  MscS mechanosensitive ion channel  50.61 
 
 		 390 aa  252  2e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.986921 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4345  MscS mechanosensitive ion channel  42.54 
 
 		 361 aa  252  2e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1825  MscS mechanosensitive ion channel  50.61 
 
 		 390 aa  252  2e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0903923  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2760  MscS Mechanosensitive ion channel  46.03 
 
 		 359 aa  251  2e-65  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.612346 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1386  MscS mechanosensitive ion channel  50.2 
 
 		 391 aa  251  2e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.155035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5188  MscS mechanosensitive ion channel  49.8 
 
 		 390 aa  250  6e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1945  MscS Mechanosensitive ion channel  40.28 
 
 		 407 aa  249  9e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415325  normal  0.454872 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3749  Small-conductance mechanosensitive ion channel  41.49 
 
 		 380 aa  249  1e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.175296  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6267  Small-conductance mechanosensitive channel-like protein  49.24 
 
 		 365 aa  248  2e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2275  MscS mechanosensitive ion channel  41.55 
 
 		 376 aa  249  2e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.312032  normal  0.0129381 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2114  MscS Mechanosensitive ion channel  45.17 
 
 		 361 aa  248  3e-64  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1241  mechanosensitive ion channel family protein  43.37 
 
 		 362 aa  246  9e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0123912  normal  0.116476 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2257  small-conductance mechanosensitive ion channel  46.27 
 
 		 407 aa  246  9.999999999999999e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0990371  normal  0.811141 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0785  MscS Mechanosensitive ion channel  46.33 
 
 		 395 aa  246  9.999999999999999e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0017606  normal  0.0299135 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2268  MscS mechanosensitive ion channel  46.42 
 
 		 362 aa  246  9.999999999999999e-64  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.528739  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1419  mechanosensitive ion channel family protein  49.59 
 
 		 395 aa  245  1.9999999999999999e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2436  mechanosensitive ion channel family protein  49.59 
 
 		 395 aa  245  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2160  mechanosensitive ion channel family protein  47.35 
 
 		 394 aa  246  1.9999999999999999e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1910  mechanosensitive ion channel family protein  49.59 
 
 		 395 aa  245  1.9999999999999999e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.593752  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3394  mechanosensitive ion channel family protein  49.59 
 
 		 395 aa  245  1.9999999999999999e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2275  mechanosensitive ion channel family protein  49.59 
 
 		 395 aa  245  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2314  mechanosensitive ion channel family protein  49.59 
 
 		 395 aa  245  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.557878  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1183  mechanosensitive ion channel family protein  49.59 
 
 		 395 aa  245  1.9999999999999999e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0292  hypothetical protein  44.36 
 
 		 360 aa  243  7e-63  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.40096  hitchhiker  0.00233312 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0415  small-conductance mechanosensitive channel  39.39 
 
 		 371 aa  242  2e-62  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.344204  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2161  MscS Mechanosensitive ion channel  40 
 
 		 365 aa  241  4e-62  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.307461  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3972  MscS Mechanosensitive ion channel  37.69 
 
 		 363 aa  240  9e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0682489  normal  0.528998 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0838  MscS Mechanosensitive ion channel  40.18 
 
 		 374 aa  236  1.0000000000000001e-60  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0247  hypothetical protein  45.86 
 
 		 361 aa  234  4.0000000000000004e-60  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1121  MscS mechanosensitive ion channel  40.54 
 
 		 374 aa  233  1e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3654  MscS mechanosensitive ion channel  40.48 
 
 		 393 aa  232  1e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3015  MscS Mechanosensitive ion channel  46.09 
 
 		 379 aa  232  2e-59  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.58232 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0118  MscS Mechanosensitive ion channel  48.33 
 
 		 358 aa  232  2e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.472344 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3947  MscS Mechanosensitive ion channel  40.48 
 
 		 393 aa  230  7e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0285178  normal  0.460909 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2022  small-conductance mechanosensitive channel  36.49 
 
 		 379 aa  229  2e-58  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3940  MscS Mechanosensitive ion channel  44.4 
 
 		 393 aa  226  8e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0755374 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2855  MscS mechanosensitive ion channel  47.06 
 
 		 374 aa  225  3e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.154936 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2539  MscS Mechanosensitive ion channel  43.92 
 
 		 360 aa  224  4.9999999999999996e-57  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.984511  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3905  MscS mechanosensitive ion channel  42.28 
 
 		 373 aa  222  1.9999999999999999e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3703  MscS mechanosensitive ion channel  41.9 
 
 		 373 aa  221  6e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0936689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0636  MscS mechanosensitive ion channel  46.7 
 
 		 364 aa  218  4e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5934  MscS Mechanosensitive ion channel  43.03 
 
 		 378 aa  214  4.9999999999999996e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3570  MscS mechanosensitive ion channel  45.37 
 
 		 368 aa  211  3e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0017  MscS Mechanosensitive ion channel  35.91 
 
 		 392 aa  209  1e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.305748 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0235  MscS mechanosensitive ion channel  42.12 
 
 		 368 aa  208  3e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10518  MscS Mechanosensitive ion channel  32.7 
 
 		 591 aa  182  2e-44  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.526339  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1861  MscS Mechanosensitive ion channel  37.4 
 
 		 402 aa  168  4e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1004  MscS mechanosensitive ion channel  30.8 
 
 		 648 aa  124  6e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1262  MscS mechanosensitive ion channel  26.13 
 
 		 627 aa  121  4.9999999999999996e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.523793  normal  0.0747451 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0783  MscS mechanosensitive ion channel  27.83 
 
 		 571 aa  110  1e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2331  MscS mechanosensitive ion channel  31.35 
 
 		 307 aa  94.7  6e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0340157  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2985  hypothetical protein  29.37 
 
 		 351 aa  92.8  2e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0299284  normal  0.0305677 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2527  MscS mechanosensitive ion channel  29.3 
 
 		 566 aa  90.1  1e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.131998  normal  0.145786 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0227  MscS mechanosensitive ion channel  25.35 
 
 		 268 aa  86.7  0.000000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1010  MscS mechanosensitive ion channel  30.67 
 
 		 308 aa  85.9  0.000000000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.926579  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2942  MscS mechanosensitive ion channel  25.25 
 
 		 304 aa  72.8  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.176096  normal  0.766616 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2627  MscS mechanosensitive ion channel  25.79 
 
 		 278 aa  68.2  0.0000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.159228  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5898  MscS Mechanosensitive ion channel  28.93 
 
 		 268 aa  65.9  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.207523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3620  MscS mechanosensitive ion channel  27.86 
 
 		 277 aa  61.2  0.00000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.812148  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2935  MscS Mechanosensitive ion channel  26.94 
 
 		 282 aa  57.4  0.0000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.863949  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2529  MscS Mechanosensitive ion channel  25.36 
 
 		 864 aa  57  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01983  MscS Mechanosensitive ion channel ei VT8  26 
 
 		 279 aa  57.4  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.865643  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1688  MscS mechanosensitive ion channel  25.84 
 
 		 719 aa  55.5  0.000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.265093  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0145  MscS Mechanosensitive ion channel  22.91 
 
 		 795 aa  55.1  0.000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.584574 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0890  MscS mechanosensitive ion channel  25.87 
 
 		 330 aa  53.5  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000201965 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1968  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  33.07 
 
 		 475 aa  53.5  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.805203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0757  MscS mechanosensitive ion channel  22.16 
 
 		 479 aa  53.5  0.00001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0207  MscS Mechanosensitive ion channel  29 
 
 		 981 aa  53.9  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3871  MscS mechanosensitive ion channel  29.38 
 
 		 674 aa  52.8  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1632  MscS mechanosensitive ion channel  25.86 
 
 		 877 aa  52.8  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.253181  normal  0.172693 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03115  MscS Mechanosensitive ion channel  22.58 
 
 		 378 aa  53.1  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0499  mechanosensitive ion channel  28.44 
 
 		 321 aa  52.4  0.00003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.979826 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13183  putative mechanosensitive channel protein (MscS family)  25.68 
 
 		 316 aa  52.4  0.00003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0951  MscS Mechanosensitive ion channel  26.32 
 
 		 341 aa  52  0.00003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0676  mechanosensitive ion channel family protein  28.57 
 
 		 767 aa  52  0.00004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4477  MscS mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 		 772 aa  52  0.00004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2983  Small-conductance mechanosensitive channel-like protein  23.53 
 
 		 1144 aa  51.6  0.00005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>