More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2895 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2895  helix-turn-helix, AraC type  100 
 
 		 264 aa  526  1e-148  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0170548 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5463  MscS Mechanosensitive ion channel  40.23 
 
 		 343 aa  189  4e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02267  hypothetical protein  35.94 
 
 		 292 aa  185  7e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2049  mechanosensitive ion channel  35.38 
 
 		 291 aa  177  1e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.492316  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1524  mechanosensitive ion channel  36.64 
 
 		 291 aa  174  9.999999999999999e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.288114  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0141  MscS Mechanosensitive ion channel  33.74 
 
 		 373 aa  153  2e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.195967  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2715  small-conductance mechanosensitive channel  34.78 
 
 		 270 aa  141  9.999999999999999e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008942  Mlab_0330  hypothetical protein  31.62 
 
 		 287 aa  141  9.999999999999999e-33  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007575  Suden_0108  MscS mechanosensitive ion channel  30.8 
 
 		 291 aa  131  9e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007355  Mbar_A2780  hypothetical protein  30.43 
 
 		 301 aa  125  6e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.188886  normal  0.0383383 
 
 
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NC_012029  Hlac_0987  MscS Mechanosensitive ion channel  35.29 
 
 		 238 aa  122  5e-27  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1093  MscS mechanosensitive ion channel  29.22 
 
 		 271 aa  113  3e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.746887  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0849  MscS mechanosensitive ion channel  29.95 
 
 		 270 aa  109  5e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.925309  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1914  MscS mechanosensitive ion channel  28.4 
 
 		 275 aa  107  2e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2830  MscS mechanosensitive ion channel  30.39 
 
 		 269 aa  98.6  9e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1723  mechanosensitive ion channel family protein  26.61 
 
 		 545 aa  90.5  3e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.242798  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2101  MscS Mechanosensitive ion channel  31.64 
 
 		 299 aa  89.4  5e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000172333  normal  0.177745 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6057  MscS Mechanosensitive ion channel  25.48 
 
 		 779 aa  89.7  5e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1137  MscS Mechanosensitive ion channel  30.67 
 
 		 276 aa  87.4  2e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.463886 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1569  MscS mechanosensitive ion channel  31.49 
 
 		 342 aa  87.8  2e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.50156  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0207  MscS Mechanosensitive ion channel  27.38 
 
 		 981 aa  87.4  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2316  mechanosensitive ion channel family protein  30.94 
 
 		 291 aa  85.5  8e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2529  MscS Mechanosensitive ion channel  24.8 
 
 		 864 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_008312  Tery_0209  MscS mechanosensitive ion channel  26.19 
 
 		 685 aa  82.8  0.000000000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0673077 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2581  MscS mechanosensitive ion channel  28.89 
 
 		 298 aa  82  0.000000000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.391196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1300  MscS mechanosensitive ion channel  30.95 
 
 		 343 aa  82  0.00000000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.987941  hitchhiker  0.00895683 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3862  MscS mechanosensitive ion channel  28.08 
 
 		 830 aa  81.6  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.725538  normal  0.276406 
 
 
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NC_007355  Mbar_A3071  hypothetical protein  30.61 
 
 		 366 aa  80.5  0.00000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.962312  normal  0.378174 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1146  MscS mechanosensitive ion channel  28.64 
 
 		 366 aa  79.7  0.00000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.779955  n/a   
 
 
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NC_002939  GSU1633  hypothetical protein  32.2 
 
 		 364 aa  79  0.00000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.246622  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4892  MscS Mechanosensitive ion channel  37.07 
 
 		 560 aa  78.6  0.00000000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2065  MscS mechanosensitive ion channel  31.88 
 
 		 359 aa  78.2  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011726  PCC8801_1311  MscS Mechanosensitive ion channel  32.24 
 
 		 636 aa  77.8  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1339  MscS Mechanosensitive ion channel  32.24 
 
 		 636 aa  77.8  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000323872 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2332  MscS Mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 362 aa  77.4  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2344  MscS Mechanosensitive ion channel  25.21 
 
 		 570 aa  77  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.809256 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1447  MscS mechanosensitive ion channel  27.01 
 
 		 1166 aa  76.6  0.0000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009511  Swit_3427  MscS mechanosensitive ion channel  29.61 
 
 		 428 aa  76.6  0.0000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.259375  normal  0.309045 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1504  conserved hypothetical integral membrane protein, mechanosensitive ion channel family  35.09 
 
 		 624 aa  76.3  0.0000000000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009049  Rsph17029_0822  MscS mechanosensitive ion channel  29.31 
 
 		 847 aa  75.9  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0649099  normal  1 
 
 
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NC_010513  Xfasm12_0592  small conductance mechanosensitive ion channel  27.92 
 
 		 305 aa  75.9  0.0000000000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.311151  n/a   
 
 
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NC_007493  RSP_2148  small conductance mechanosensitive Ion channel  29.31 
 
 		 847 aa  75.9  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.667496  n/a   
 
 
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NC_009707  JJD26997_0236  mechanosensitive ion channel family protein  36.84 
 
 		 627 aa  75.9  0.0000000000007  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012918  GM21_1888  MscS Mechanosensitive ion channel  26.74 
 
 		 362 aa  75.5  0.0000000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_008609  Ppro_3258  MscS mechanosensitive ion channel  29.07 
 
 		 600 aa  75.5  0.0000000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0680122  n/a   
 
 
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NC_011071  Smal_3758  MscS Mechanosensitive ion channel  30.12 
 
 		 809 aa  74.7  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.992907  normal  1 
 
 
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NC_011884  Cyan7425_0533  MscS Mechanosensitive ion channel  32.28 
 
 		 472 aa  75.1  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.818253 
 
 
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NC_008228  Patl_2842  MscS mechanosensitive ion channel  29.36 
 
 		 369 aa  74.7  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010623  Bphy_4585  MscS mechanosensitive ion channel  33.88 
 
 		 571 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.711383 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1942  MscS mechanosensitive ion channel  32.41 
 
 		 360 aa  73.9  0.000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0145  MscS Mechanosensitive ion channel  25.49 
 
 		 795 aa  74.3  0.000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.584574 
 
 
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NC_008787  CJJ81176_0263  mechanosensitive ion channel family protein  35.96 
 
 		 627 aa  73.9  0.000000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010505  Mrad2831_4343  MscS mechanosensitive ion channel  26.4 
 
 		 910 aa  73.9  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008261  CPF_0253  mechanosensitive ion channel family protein  44.16 
 
 		 378 aa  73.9  0.000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0247  mechanosensitive ion channel family protein  44.16 
 
 		 378 aa  73.9  0.000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2117  mechanosensitive ion channel family protein  29.41 
 
 		 633 aa  74.3  0.000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1587  MscS mechanosensitive ion channel  23.53 
 
 		 807 aa  74.3  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.370206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0013  mechanosensitive ion channel family protein  37.72 
 
 		 682 aa  73.6  0.000000000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0289  mechanosensitive ion channel family protein  35.96 
 
 		 627 aa  73.9  0.000000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.658149  n/a   
 
 
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NC_010725  Mpop_5378  MscS Mechanosensitive ion channel  30.51 
 
 		 909 aa  73.6  0.000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.287309  normal  0.723398 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1650  MscS mechanosensitive ion channel  47.95 
 
 		 570 aa  73.6  0.000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.598293 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  30.47 
 
 		 806 aa  73.9  0.000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2696  MscS Mechanosensitive ion channel  34.23 
 
 		 369 aa  73.6  0.000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.415509  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0820  MscS mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 		 849 aa  72.8  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0343003  normal  1 
 
 
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NC_011083  SeHA_C4765  hypothetical protein  26.7 
 
 		 1108 aa  72.4  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.514219  normal  0.17769 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4625  hypothetical protein  26.7 
 
 		 1108 aa  72.4  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.288253  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3172  MscS Mechanosensitive ion channel  24.86 
 
 		 784 aa  72.4  0.000000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4744  hypothetical protein  26.7 
 
 		 1108 aa  72.4  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4616  hypothetical protein  26.7 
 
 		 1108 aa  72.4  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.115019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4708  hypothetical protein  26.7 
 
 		 1108 aa  72.4  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.749013  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1438  MscS mechanosensitive ion channel  28.25 
 
 		 840 aa  72.4  0.000000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.139296  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0935  MscS Mechanosensitive ion channel  28.26 
 
 		 484 aa  72.4  0.000000000007  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3013  MscS mechanosensitive ion channel  26.25 
 
 		 843 aa  72.4  0.000000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1852  MscS Mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 344 aa  72.4  0.000000000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.390235  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0951  MscS Mechanosensitive ion channel  42.71 
 
 		 341 aa  72  0.000000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4726  MscS mechanosensitive ion channel  31.36 
 
 		 325 aa  72  0.000000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.440183  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3059  MscS mechanosensitive ion channel  30.4 
 
 		 879 aa  71.6  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0365719  normal  0.0542576 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1862  MscS mechanosensitive ion channel  27.36 
 
 		 867 aa  72  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3246  MscS mechanosensitive ion channel  31.37 
 
 		 381 aa  72  0.00000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00298811  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2829  MscS mechanosensitive ion channel  25.4 
 
 		 294 aa  71.6  0.00000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4873  MscS Mechanosensitive ion channel  40.21 
 
 		 567 aa  70.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45100  potassium efflux protein KefA  30.16 
 
 		 1117 aa  71.2  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534635  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1934  mechanosensitive ion channel family protein  27.84 
 
 		 287 aa  71.2  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.117079  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0508  MscS Mechanosensitive ion channel  28.41 
 
 		 566 aa  71.2  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0547  MscS mechanosensitive ion channel  27.73 
 
 		 305 aa  70.5  0.00000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.881892  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0806  MscS mechanosensitive ion channel  33.61 
 
 		 549 aa  71.2  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1737  mechanosensitive ion channel family protein  32.2 
 
 		 624 aa  71.2  0.00000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.64597  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3656  MscS mechanosensitive ion channel  33.1 
 
 		 856 aa  70.9  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.570339  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4048  MscS mechanosensitive ion channel  32.89 
 
 		 569 aa  70.5  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.138882  normal  0.12233 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5300  MscS Mechanosensitive ion channel  29.15 
 
 		 909 aa  70.1  0.00000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.154619  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0997  MscS Mechanosensitive ion channel  26.97 
 
 		 579 aa  70.1  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.00010123  normal  0.396482 
 
 
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NC_010172  Mext_4833  MscS mechanosensitive ion channel  29.15 
 
 		 947 aa  69.7  0.00000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.882104  normal  0.702316 
 
 
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NC_011884  Cyan7425_1803  MscS Mechanosensitive ion channel  24.86 
 
 		 595 aa  69.7  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.514924  normal  0.895337 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0945  potassium efflux protein KefA  29.07 
 
 		 1115 aa  69.7  0.00000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.612496  normal  1 
 
 
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NC_011726  PCC8801_2865  MscS Mechanosensitive ion channel  24.18 
 
 		 545 aa  69.3  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_011729  PCC7424_1169  MscS Mechanosensitive ion channel  28.74 
 
 		 556 aa  69.3  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_007955  Mbur_1250  MscS mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 361 aa  68.9  0.00000000007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.00000000000414305  n/a   
 
 
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NC_009439  Pmen_0559  potassium efflux protein KefA  36.04 
 
 		 1111 aa  68.9  0.00000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000200237 
 
 
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NC_008048  Sala_3058  MscS mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 		 435 aa  68.9  0.00000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.914338 
 
 
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NC_013161  Cyan8802_3231  MscS Mechanosensitive ion channel  24.18 
 
 		 545 aa  69.3  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.371413 
 
 
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