More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0390 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0390  ligand-binding sensor domain-containing protein  100 
 
 		 1275 aa  2628    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3384  Signal transduction histidine kinase-like  24.7 
 
 		 761 aa  152  3e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.411252 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  26.11 
 
 		 1093 aa  150  1.0000000000000001e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3167  signal transduction histidine kinase-like protein  29.57 
 
 		 1077 aa  130  2.0000000000000002e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0540842 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10770  putative sensor/response regulator hybrid  25.25 
 
 		 1417 aa  122  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.903284 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0064  Signal transduction histidine kinase  26.25 
 
 		 1714 aa  120  9.999999999999999e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.274411 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0981  putative sensor/response regulator hybrid  24.71 
 
 		 1418 aa  119  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.195382  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1160  hypothetical protein  24.34 
 
 		 2303 aa  117  1.0000000000000001e-24  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1083  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.44 
 
 		 986 aa  117  1.0000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0721424  decreased coverage  0.00000190438 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2222  diguanylate cyclase  25.71 
 
 		 847 aa  117  2.0000000000000002e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.162543  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0602  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  24.83 
 
 		 1057 aa  115  4.0000000000000004e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.862038  hitchhiker  0.00157552 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  27.15 
 
 		 1209 aa  114  8.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3821  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  27.15 
 
 		 1209 aa  114  9e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0235394 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0798  diguanylate cyclase  28.14 
 
 		 550 aa  114  2.0000000000000002e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0577  multi-sensor hybrid histidine kinase  22.74 
 
 		 1236 aa  112  3e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3453  multi-sensor hybrid histidine kinase  22.74 
 
 		 1236 aa  113  3e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0576  multi-sensor hybrid histidine kinase  22.74 
 
 		 1236 aa  113  3e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2234  signal transduction histidine kinase  23.58 
 
 		 1676 aa  112  5e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3300  multi-sensor hybrid histidine kinase  22.74 
 
 		 1234 aa  110  1e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.881781  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.02 
 
 		 1143 aa  110  1e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4425  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.02 
 
 		 1143 aa  110  1e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3030  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.18 
 
 		 801 aa  110  1e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  26.44 
 
 		 1228 aa  111  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1379  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.04 
 
 		 1611 aa  110  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  23.64 
 
 		 3706 aa  109  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4301  signal transduction histidine kinase  24.83 
 
 		 2693 aa  109  4e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0667  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.44 
 
 		 929 aa  108  5e-22  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0577  sensory box histidine kinase/response regulator  22.37 
 
 		 1188 aa  108  6e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3043  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.62 
 
 		 1122 aa  108  6e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000641159  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1099  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.66 
 
 		 696 aa  108  6e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0252232  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1349  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  22.76 
 
 		 1578 aa  108  7e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4348  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  28.46 
 
 		 1215 aa  106  2e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0595  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.74 
 
 		 752 aa  107  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0647  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.34 
 
 		 1064 aa  107  2e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4656.2  hypothetical protein  27.15 
 
 		 673 aa  106  3e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3788  multi-sensor hybrid histidine kinase  22.18 
 
 		 1238 aa  106  3e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0328  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.75 
 
 		 951 aa  106  3e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3664  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.38 
 
 		 708 aa  106  3e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3731  multi-sensor hybrid histidine kinase  22.18 
 
 		 1238 aa  106  3e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  22.18 
 
 		 1238 aa  105  4e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0537  multi-sensor hybrid histidine kinase  22.18 
 
 		 1238 aa  105  4e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3129  sensory box histidine kinase/response regulator  23.29 
 
 		 1236 aa  105  4e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0323  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.69 
 
 		 789 aa  105  4e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.179581  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4144  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  27.72 
 
 		 1215 aa  105  4e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4329  multi-sensor signal transduction histidine kinase  21.55 
 
 		 683 aa  105  6e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.213628  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2953  multi-sensor hybrid histidine kinase  21.97 
 
 		 1202 aa  105  7e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.999143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0647  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  23.23 
 
 		 1741 aa  104  9e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.294056 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0618  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.54 
 
 		 1484 aa  104  9e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3300  multi-sensor hybrid histidine kinase  22.66 
 
 		 745 aa  104  1e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.705901 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0462  multi-sensor signal transduction histidine kinase  20.83 
 
 		 1138 aa  104  1e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.84915  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0538  ATP-binding region, ATPase-like protein  22.87 
 
 		 1233 aa  104  1e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0225  multi-sensor hybrid histidine kinase  22.24 
 
 		 1418 aa  103  2e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.180068  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4216  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  27.68 
 
 		 1215 aa  103  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0459  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  22.7 
 
 		 1230 aa  101  7e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.328016  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3017  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.33 
 
 		 1669 aa  101  8e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1424  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.17 
 
 		 1050 aa  100  1e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.4662  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2453  multi-sensor hybrid histidine kinase  21.09 
 
 		 969 aa  100  1e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.19952  normal  0.304956 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1798  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.55 
 
 		 1501 aa  101  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2827  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.5 
 
 		 1064 aa  101  1e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3856  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  26.81 
 
 		 1216 aa  100  2e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3028  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.7 
 
 		 1426 aa  100  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.514624  normal  0.437775 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2981  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.92 
 
 		 384 aa  100  3e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2815  sensory box histidine kinase  21.31 
 
 		 749 aa  99.8  3e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4325  Signal transduction histidine kinase  32.34 
 
 		 1654 aa  99  5e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3502  multi-sensor hybrid histidine kinase  22.02 
 
 		 1236 aa  99  6e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0627  histidine kinase  22.12 
 
 		 1200 aa  98.2  9e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0139  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.84 
 
 		 1066 aa  98.2  9e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4322  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  22.59 
 
 		 1245 aa  97.8  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3784  putative sensory transduction system, regulatory protein  25.92 
 
 		 549 aa  97.1  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0687  putative PAS/PAC sensor protein  24.84 
 
 		 914 aa  97.1  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000503319  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1796  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.93 
 
 		 1965 aa  96.3  3e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0404  hypothetical protein  26.99 
 
 		 1182 aa  95.9  4e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.465468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2786  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.4 
 
 		 496 aa  96.3  4e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00094173  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4049  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.42 
 
 		 883 aa  95.9  4e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3722  ATP-binding region, ATPase-like protein  22.5 
 
 		 1120 aa  96.3  4e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  24.54 
 
 		 538 aa  96.3  4e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3702  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  22.35 
 
 		 1234 aa  95.9  5e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3777  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.26 
 
 		 1068 aa  95.5  6e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0640729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3279  multi-sensor hybrid histidine kinase  21.9 
 
 		 1433 aa  94.7  9e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.681112  normal  0.627666 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3783  sensory transduction system, regulatory protein  24.23 
 
 		 546 aa  94.4  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3613  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.03 
 
 		 1808 aa  94.4  1e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.643019 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3409  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.71 
 
 		 2654 aa  94.4  1e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0600  putative PAS/PAC sensor protein  25.96 
 
 		 727 aa  94  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000188746  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2084  sensor for ctr capsule biosynthesis; sensor histidine kinase  21.48 
 
 		 660 aa  93.2  3e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3242  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  21.62 
 
 		 1027 aa  93.2  3e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.073449  normal  0.0177381 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4016  putative PAS/PAC sensor protein  21.76 
 
 		 1626 aa  93.2  3e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5451  signal transduction histidine kinase  32.39 
 
 		 547 aa  92.4  5e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.915879  normal  0.94618 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  20.18 
 
 		 862 aa  92  6e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0270  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.12 
 
 		 626 aa  92  7e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3203  multi-sensor hybrid histidine kinase  22.63 
 
 		 765 aa  91.7  8e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0763722 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2021  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.44 
 
 		 1516 aa  91.7  8e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3538  hypothetical protein  24.36 
 
 		 754 aa  90.9  1e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0655709  normal  0.940328 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0198  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.71 
 
 		 1344 aa  91.3  1e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.592297 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0142  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.24 
 
 		 1178 aa  90.9  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0999  hypothetical protein  22.52 
 
 		 2272 aa  91.3  1e-16  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.715869 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1962  multi-sensor signal transduction histidine kinase  21.1 
 
 		 603 aa  90.9  1e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0232  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.44 
 
 		 1116 aa  91.3  1e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_935  sensor histidine kinase  23.72 
 
 		 1226 aa  90.1  2e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1931  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.44 
 
 		 1289 aa  90.5  2e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0959119  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1021  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.84 
 
 		 960 aa  89.7  3e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>