140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_3648 on replicon NC_009429
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009429  Rsph17025_3648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
286 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0394614 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3944  AP endonuclease  79 
 
 
285 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0718494  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5464  xylose isomerase domain-containing protein  32.1 
 
 
279 aa  134  3e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.448037  normal  0.953141 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03223  predicted isomerase  29.54 
 
 
276 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0340  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.54 
 
 
276 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3568  fructoselysine 3-epimerase  29.54 
 
 
276 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3842  fructoselysine 3-epimerase  29.54 
 
 
276 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3750  fructoselysine 3-epimerase  29.54 
 
 
276 aa  121  9.999999999999999e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238004  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4684  fructoselysine 3-epimerase  29.54 
 
 
275 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03175  hypothetical protein  29.54 
 
 
276 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0340  fructoselysine 3-epimerase  29.54 
 
 
276 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.452792 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  27.57 
 
 
268 aa  76.6  0.0000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3671  putative D-tagatose 3-epimerase  31.82 
 
 
295 aa  73.2  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3406  xylose isomerase domain-containing protein  31.99 
 
 
295 aa  73.2  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.784337 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4979  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.14 
 
 
283 aa  72.8  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426661  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0511  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.19 
 
 
258 aa  70.1  0.00000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.717082  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1679  xylose isomerase domain-containing protein  27.84 
 
 
300 aa  68.2  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.338989  normal  0.812615 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0401  xylose isomerase-like TIM barrel  32.17 
 
 
354 aa  67  0.0000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0010085  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0779  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.8 
 
 
276 aa  65.1  0.000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0782  xylose isomerase domain-containing protein  28.71 
 
 
289 aa  64.7  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4163  xylose isomerase domain-containing protein  30.05 
 
 
257 aa  64.3  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1536  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32 
 
 
292 aa  64.7  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00467401  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0531  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.39 
 
 
258 aa  64.3  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.86 
 
 
282 aa  64.7  0.000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5867  xylose isomerase domain-containing protein  25.85 
 
 
295 aa  63.5  0.000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.102013  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.48 
 
 
289 aa  63.2  0.000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0941  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.45 
 
 
293 aa  63.2  0.000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0529  xylose isomerase-like TIM barrel  25.76 
 
 
281 aa  62.8  0.000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0189964  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1297  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.85 
 
 
262 aa  62.4  0.000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0189  xylose isomerase domain-containing protein  28.68 
 
 
293 aa  62  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.258985  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4228  xylose isomerase domain-containing protein  28.46 
 
 
268 aa  62  0.00000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.27 
 
 
295 aa  61.6  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.263775  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0820  xylose isomerase domain-containing protein  33.58 
 
 
278 aa  60.8  0.00000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3200  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.72 
 
 
287 aa  60.1  0.00000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.278083  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4299  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.66 
 
 
275 aa  60.1  0.00000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.172805  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11110  sugar phosphate isomerase/epimerase  28.03 
 
 
480 aa  59.7  0.00000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.479367  normal  0.230414 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2842  Hydroxypyruvate isomerase  35.94 
 
 
271 aa  58.9  0.00000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0814661  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5868  xylose isomerase domain-containing protein  29.83 
 
 
283 aa  58.9  0.00000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0781  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 
282 aa  58.5  0.0000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2326  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.57 
 
 
284 aa  57.4  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00147679  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0666  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.53 
 
 
264 aa  57  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.539887 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0504  xylose isomerase domain-containing protein  23.53 
 
 
270 aa  55.8  0.0000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000275929  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0870  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.66 
 
 
280 aa  55.8  0.0000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.505971  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0554  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.44 
 
 
275 aa  55.1  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3316  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.56 
 
 
313 aa  55.1  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3271  xylose isomerase domain-containing protein  24.12 
 
 
295 aa  55.5  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.170281  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1978  xylose isomerase domain-containing protein  27.31 
 
 
274 aa  55.5  0.000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2321  xylose isomerase domain-containing protein  26.52 
 
 
320 aa  55.5  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1263  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.1 
 
 
297 aa  55.1  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.281951  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4059  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.77 
 
 
290 aa  54.3  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4185  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.34 
 
 
273 aa  55.1  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2522  xylose isomerase domain-containing protein  21.37 
 
 
281 aa  54.7  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0409  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.4 
 
 
274 aa  54.3  0.000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4701  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.01 
 
 
290 aa  54.7  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3955  xylose isomerase domain-containing protein  27.02 
 
 
276 aa  53.9  0.000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00177251  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1026  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.8 
 
 
287 aa  53.5  0.000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0246  xylose isomerase domain-containing protein  25.91 
 
 
296 aa  53.1  0.000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.483047  normal  0.792489 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1496  xylose isomerase domain-containing protein  27.32 
 
 
279 aa  53.1  0.000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00334669  normal  0.969169 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1981  xylose isomerase domain-containing protein  23.1 
 
 
287 aa  52.4  0.000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2157  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.09 
 
 
280 aa  52.4  0.000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.41 
 
 
285 aa  51.6  0.00001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0292  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.23 
 
 
615 aa  52  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0943  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.1 
 
 
291 aa  52  0.00001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1525  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.4 
 
 
306 aa  52  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1049  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.84 
 
 
304 aa  51.6  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.392718  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3371  Hydroxypyruvate isomerase  28.04 
 
 
256 aa  50.8  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55933  normal  0.171039 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1251  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.93 
 
 
274 aa  50.4  0.00003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.725023  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4652  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  25.71 
 
 
290 aa  50.4  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00059422 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0259  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.06 
 
 
294 aa  50.1  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3760  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.88 
 
 
288 aa  49.7  0.00005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1795  xylose isomerase  34.29 
 
 
379 aa  49.7  0.00005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000406384  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0473  xylose isomerase-like  29.47 
 
 
308 aa  49.7  0.00006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.715311 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0388  xylose isomerase domain-containing protein  25.19 
 
 
290 aa  49.7  0.00006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3689  xylose isomerase domain-containing protein  29.38 
 
 
266 aa  49.3  0.00007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4619  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.19 
 
 
282 aa  49.3  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154569  normal  0.87312 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3635  xylose isomerase domain-containing protein  26.79 
 
 
282 aa  49.3  0.00008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1113  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.73 
 
 
277 aa  48.9  0.00008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1971  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  20.97 
 
 
265 aa  48.9  0.00009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2772  xylose isomerase domain-containing protein  22.18 
 
 
304 aa  48.5  0.0001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.549003  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19520  xylose isomerase  29.17 
 
 
354 aa  48.1  0.0001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08170  hydroxypyruvate isomerase  29.91 
 
 
276 aa  48.1  0.0002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.461944  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00570  sugar phosphate isomerase/epimerase  26.18 
 
 
294 aa  48.1  0.0002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.170304 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1079  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  31 
 
 
266 aa  47.8  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4204  xylose isomerase domain-containing protein  26.07 
 
 
629 aa  47.8  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.460434  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2206  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.67 
 
 
260 aa  47.8  0.0002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0313924  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0782  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.71 
 
 
630 aa  47.4  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.817905  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0036  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.11 
 
 
283 aa  47.4  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4781  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.97 
 
 
270 aa  47.4  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.269917  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3700  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.62 
 
 
299 aa  47.4  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5314  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.19 
 
 
282 aa  47.4  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02058  hypothetical protein  26.07 
 
 
626 aa  46.6  0.0005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0224521  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0973  hypothetical protein  21.15 
 
 
257 aa  46.6  0.0005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5002  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.99 
 
 
312 aa  46.2  0.0006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0821356  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3269  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.36 
 
 
303 aa  46.2  0.0006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1912  xylose isomerase domain-containing protein  26.11 
 
 
271 aa  45.8  0.0007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.193983  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1143  xylose isomerase domain-containing protein  28.48 
 
 
243 aa  45.8  0.0008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12330  sugar phosphate isomerase/epimerase  27.72 
 
 
288 aa  45.8  0.0008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.205248  normal  0.361397 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1528  xylose isomerase-like TIM barrel  21.05 
 
 
269 aa  45.4  0.001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.317464  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1677  xylose isomerase domain-containing protein  28.76 
 
 
266 aa  45.4  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.117047  normal  0.802625 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1892  xylose isomerase domain-containing protein  26.83 
 
 
275 aa  45.4  0.001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.230832 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>