More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_2333 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_2333  diguanylate cyclase  100 
 
 
339 aa  668    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.409469  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0410  sensor diguanylate cyclase (GGDEF)  75.3 
 
 
335 aa  480  1e-134  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.294866  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2064  diguanylate cyclase  74.7 
 
 
335 aa  479  1e-134  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.325381  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2169  diguanylate cyclase  48.22 
 
 
340 aa  287  2e-76  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.867959  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2814  hypothetical protein  46.77 
 
 
346 aa  271  1e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.10848 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3126  diguanylate cyclase  41.39 
 
 
341 aa  223  2e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.45065  normal  0.164882 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3720  diguanylate cyclase  43.31 
 
 
320 aa  187  2e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.108188 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1017  GGDEF family protein  46.19 
 
 
1051 aa  145  7.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0587  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.5 
 
 
1062 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.41 
 
 
1059 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.730556  normal  0.0496906 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3451  GGDEF family protein  41.94 
 
 
909 aa  129  9.000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2575  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.59 
 
 
566 aa  126  4.0000000000000003e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3136  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.52 
 
 
700 aa  126  5e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.882621  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3006  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.8 
 
 
1064 aa  125  1e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2685  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.86 
 
 
706 aa  124  2e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0221  GGDEF domain-containing protein  43.04 
 
 
710 aa  124  2e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1925  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.33 
 
 
761 aa  123  5e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4444  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.09 
 
 
765 aa  122  7e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.795065  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2134  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.84 
 
 
763 aa  122  9e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.489481  normal  0.0897813 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  43.16 
 
 
601 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1693  diguanylate cyclase  42.77 
 
 
527 aa  122  9.999999999999999e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  38.71 
 
 
631 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  34.95 
 
 
298 aa  121  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1159  PAS:GGDEF  41.99 
 
 
748 aa  120  3e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000161  GGDEF family protein  40.88 
 
 
652 aa  120  3e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.46573  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1500  sensory box protein  41.67 
 
 
998 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1982  diguanylate cyclase  35.68 
 
 
335 aa  120  3.9999999999999996e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0759  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.6 
 
 
718 aa  120  4.9999999999999996e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3314  hypothetical protein  34.83 
 
 
659 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.164525  normal  0.326737 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2222  diguanylate cyclase  40.56 
 
 
847 aa  119  6e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.162543  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1946  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.65 
 
 
722 aa  119  7e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.146362  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0453  GGDEF domain-containing protein  38.12 
 
 
641 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2587  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.94 
 
 
797 aa  118  9.999999999999999e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4425  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with FHA and GAF sensor  40.48 
 
 
880 aa  118  9.999999999999999e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3219  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.97 
 
 
554 aa  118  9.999999999999999e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.267477  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  37.63 
 
 
610 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  38.89 
 
 
574 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0336  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.78 
 
 
319 aa  118  9.999999999999999e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.208046  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2169  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.42 
 
 
722 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0648584  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1934  diguanylate cyclase  41.01 
 
 
937 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0766434  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1877  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.42 
 
 
722 aa  117  3e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1077  sensory box/GGDEF family protein  42.6 
 
 
808 aa  117  3e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1999  diguanylate cyclase  40.46 
 
 
612 aa  117  3e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0474  sensory box/GGDEF family protein  39.46 
 
 
792 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0638  diguanylate cyclase  38.12 
 
 
737 aa  117  3.9999999999999997e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0991066 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1918  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40 
 
 
769 aa  117  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5656  GGDEF domain-containing protein  39.32 
 
 
629 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  37.37 
 
 
625 aa  116  5e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2805  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  37.68 
 
 
878 aa  116  5e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0866778 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1788  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.69 
 
 
760 aa  116  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0914788  normal  0.266006 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2709  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.14 
 
 
873 aa  116  6e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.602276 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4345  diguanylate cyclase  45 
 
 
613 aa  116  6e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.609147  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0604  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.44 
 
 
700 aa  116  6.9999999999999995e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1706  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.64 
 
 
324 aa  116  6.9999999999999995e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44470  transmembrane sensor cyclic di-GMP signal transduction protein  40 
 
 
513 aa  116  6.9999999999999995e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2607  GGDEF domain-containing protein  34.05 
 
 
1054 aa  115  7.999999999999999e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.202674  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3923  sensory box protein  38.1 
 
 
297 aa  115  7.999999999999999e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.3 
 
 
568 aa  115  8.999999999999998e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00246734  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3089  sensory box protein  37.95 
 
 
858 aa  115  1.0000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.168178  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  36.36 
 
 
624 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0437  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.51 
 
 
659 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.18 
 
 
324 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3427  putative diguanylate cyclase (GGDEF)  38.55 
 
 
368 aa  115  1.0000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000401587 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2737  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.41 
 
 
951 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000925868 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3507  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.12 
 
 
1012 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2740  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.13 
 
 
774 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.023979  normal  0.735502 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  37.76 
 
 
625 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3547  diguanylate cyclase  36.36 
 
 
314 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.928319  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3337  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.41 
 
 
1020 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2753  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.35 
 
 
1009 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.35 
 
 
1009 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3319  sensory box protein  41.94 
 
 
733 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0669106 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1343  EAL and GGDEF domain-containing protein  40.12 
 
 
1274 aa  114  3e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5028  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.55 
 
 
637 aa  114  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00518109  normal  0.939284 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2600  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.14 
 
 
978 aa  114  3e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.861539  normal  0.836089 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  40.83 
 
 
1502 aa  114  3e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2229  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.91 
 
 
582 aa  114  3e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3631  diguanylate cyclase  37.5 
 
 
628 aa  114  3e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  37.24 
 
 
625 aa  114  3e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3750  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.6 
 
 
718 aa  114  3e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  36.82 
 
 
625 aa  114  3e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2185  diguanylate cyclase  38.42 
 
 
941 aa  114  3e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.260855  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3270  diguanylate cyclase  42.47 
 
 
552 aa  113  4.0000000000000004e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3330  diguanylate cyclase  36.79 
 
 
401 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.1 
 
 
716 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.486546  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0760  diguanylate cyclase  42.31 
 
 
495 aa  113  4.0000000000000004e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.126237  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4280  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.17 
 
 
796 aa  113  5e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  43.21 
 
 
448 aa  113  5e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0510  hypothetical protein  42.7 
 
 
701 aa  113  6e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0522945 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1949  sensory box protein  38.73 
 
 
654 aa  113  6e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.46 
 
 
905 aa  113  6e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.9 
 
 
1061 aa  112  6e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  36.17 
 
 
650 aa  113  6e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  38.94 
 
 
612 aa  113  6e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.76 
 
 
860 aa  113  6e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.711633  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2926  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.82 
 
 
461 aa  112  7.000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000284142  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1617  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.76 
 
 
860 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00077  Intracellular signaling protein (GAF,GGDEF,EAL domains)  37.86 
 
 
866 aa  112  8.000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  36.68 
 
 
628 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2929  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.77 
 
 
1009 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>