More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1564 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 402 aa  801    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18238  normal  0.253617 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  99 
 
 		 402 aa  789    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.227434 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1653  putative transport/efflux transmembrane protein  86.57 
 
 		 402 aa  621  1e-177  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.493931 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1372  secretion protein HlyD  66.86 
 
 		 405 aa  449  1e-125  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203736  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  60.32 
 
 		 523 aa  429  1e-119  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2027  secretion protein HlyD  48.73 
 
 		 390 aa  291  2e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.423658  normal  0.283543 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  45.38 
 
 		 418 aa  287  2e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1289  putative transport/efflux transmembrane protein  50.57 
 
 		 378 aa  283  5.000000000000001e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.173538 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2574  RND family efflux transporter MFP subunit  47.4 
 
 		 416 aa  264  2e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0205378 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2508  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.31 
 
 		 397 aa  253  3e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2960  RND family efflux transporter MFP subunit  46.07 
 
 		 387 aa  251  1e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.147665  hitchhiker  0.0025793 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1125  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.15 
 
 		 417 aa  251  1e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255605  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1551  secretion protein HlyD  47.29 
 
 		 398 aa  248  1e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.828693  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1206  RND family efflux transporter MFP subunit  46.2 
 
 		 385 aa  247  3e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2547  RND family efflux transporter MFP subunit  45.06 
 
 		 393 aa  241  2e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0278745 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2814  RND family efflux transporter MFP subunit  42.41 
 
 		 370 aa  219  8.999999999999998e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0915  secretion protein, putative  41.01 
 
 		 368 aa  217  2e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2214  putative component of multidrug efflux system  41.57 
 
 		 368 aa  218  2e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.082194  normal  0.474627 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.16 
 
 		 379 aa  213  5.999999999999999e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.07 
 
 		 360 aa  212  7.999999999999999e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2752  RND family efflux transporter MFP subunit  43.44 
 
 		 365 aa  211  1e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.239628  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  39.04 
 
 		 369 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  39.04 
 
 		 369 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  39.04 
 
 		 369 aa  209  7e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2040  RND family mulitdrug efflux protein  41.83 
 
 		 358 aa  208  1e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.428821  normal  0.886334 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3760  secretion protein HlyD  42.55 
 
 		 362 aa  207  2e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.196565 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2532  secretion protein HlyD  40.96 
 
 		 363 aa  208  2e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3773  RND family efflux transporter MFP subunit  36.87 
 
 		 384 aa  208  2e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265534  normal  0.799504 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  36.59 
 
 		 367 aa  208  2e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  38.2 
 
 		 369 aa  205  1e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  36.28 
 
 		 367 aa  205  1e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  38.14 
 
 		 361 aa  204  2e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1356  secretion protein HlyD  42.23 
 
 		 365 aa  204  2e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1081  secretion protein HlyD  41.69 
 
 		 374 aa  204  2e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.157732  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  37.64 
 
 		 366 aa  203  3e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  37.92 
 
 		 396 aa  202  7e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1555  secretion protein HlyD  38.06 
 
 		 394 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  36.13 
 
 		 367 aa  200  3e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3470  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.65 
 
 		 379 aa  199  6e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430372  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2178  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.05 
 
 		 371 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.700364  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2532  secretion protein HlyD  38.66 
 
 		 359 aa  196  7e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19676  normal  0.860631 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3223  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.23 
 
 		 381 aa  195  1e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2826  RND family efflux transporter MFP subunit  40.97 
 
 		 396 aa  193  4e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0174041 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1520  RND family efflux transporter MFP subunit  38.66 
 
 		 370 aa  193  4e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.289277 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3130  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.96 
 
 		 377 aa  193  4e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.645496  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4902  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.94 
 
 		 368 aa  193  5e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6002  RND family efflux transporter MFP subunit  42.12 
 
 		 363 aa  193  5e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.249457  normal  0.124375 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1452  RND family efflux transporter MFP subunit  38.16 
 
 		 369 aa  192  7e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0187105  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4375  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.72 
 
 		 369 aa  192  8e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0827  RND family efflux transporter MFP subunit  40.95 
 
 		 374 aa  192  9e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.308781  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4074  secretion protein HlyD  40.17 
 
 		 368 aa  191  1e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4222  secretion protein HlyD  41.47 
 
 		 368 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.163749 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3799  RND family efflux transporter MFP subunit  40.8 
 
 		 361 aa  189  5.999999999999999e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2289  RND family efflux transporter MFP subunit  37.98 
 
 		 371 aa  188  1e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.412391  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4122  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.8 
 
 		 361 aa  188  2e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1309  efflux protein  35.96 
 
 		 364 aa  187  3e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0809  hypothetical protein  36.18 
 
 		 360 aa  186  5e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.244326 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3461  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.11 
 
 		 370 aa  186  6e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2781  RND family efflux transporter MFP subunit  37.98 
 
 		 364 aa  186  7e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.11 
 
 		 379 aa  186  7e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2797  secretion protein HlyD  35.31 
 
 		 367 aa  186  9e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.798419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1424  RND family mulitdrug efflux protein  41.09 
 
 		 358 aa  185  1.0000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.451308  normal  0.17832 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2103  RND family efflux transporter MFP subunit  35.52 
 
 		 403 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0796794  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  35.14 
 
 		 356 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5640  secretion protein HlyD  38.9 
 
 		 375 aa  181  2e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1968  multidrug efflux pump, membrane fusion protein CzcB subfamily  38.06 
 
 		 394 aa  181  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0347448 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4857  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.29 
 
 		 384 aa  180  4e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.491578 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2171  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.29 
 
 		 357 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.434682  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.76 
 
 		 361 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3539  RND family efflux transporter MFP subunit  34.26 
 
 		 392 aa  179  9e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2292  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.57 
 
 		 383 aa  178  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.516168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5081  RND family efflux transporter MFP subunit  35.98 
 
 		 355 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.167851  normal  0.243186 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2041  RND family mulitdrug efflux protein  35.17 
 
 		 374 aa  178  1e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.527576 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.48 
 
 		 357 aa  177  3e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0231  secretion protein HlyD  35.33 
 
 		 354 aa  176  8e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  36.54 
 
 		 366 aa  176  9e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3506  RND family efflux transporter MFP subunit  36.19 
 
 		 364 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.164445  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0954  RND family efflux transporter MFP subunit  36.36 
 
 		 371 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2295  RND family efflux transporter MFP subunit  36.36 
 
 		 371 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2162  RND family efflux transporter MFP subunit  36.36 
 
 		 371 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01960  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  35.43 
 
 		 356 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0288  RND family efflux transporter MFP subunit  34.8 
 
 		 355 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.527133 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5174  RND efflux transporter  36.08 
 
 		 355 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.274772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3410  secretion protein HlyD  35.34 
 
 		 357 aa  172  7.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.795724  normal  0.633009 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1559  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.9 
 
 		 369 aa  172  9e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.331949  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5234  RND family efflux transporter MFP subunit  36.08 
 
 		 355 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3466  AbgT putative transporter  35.41 
 
 		 361 aa  172  1e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.081468 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1100  RND family efflux transporter MFP subunit  36.73 
 
 		 361 aa  172  1e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.204612 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2484  secretion protein HlyD  37.33 
 
 		 369 aa  171  2e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00634188  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4102  RND family efflux transporter MFP subunit  36.22 
 
 		 366 aa  171  3e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3301  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.26 
 
 		 366 aa  169  6e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.168698  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2038  secretion protein HlyD  37.21 
 
 		 357 aa  169  6e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.213803 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5192  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.82 
 
 		 356 aa  169  7e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0345  secretion protein HlyD  37.17 
 
 		 361 aa  169  8e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.336549 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2193  secretion protein HlyD  37.57 
 
 		 367 aa  169  8e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00691004  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2562  RND family efflux transporter MFP subunit  37.42 
 
 		 371 aa  169  1e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.032186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1392  RND family efflux transporter MFP subunit  33.63 
 
 		 369 aa  168  1e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.484541  normal  0.684664 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3140  RND family efflux transporter MFP subunit  38.78 
 
 		 369 aa  169  1e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3131  secretion protein HlyD  30.81 
 
 		 363 aa  168  2e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.735534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4207  RND family efflux transporter MFP subunit  36.22 
 
 		 366 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.647045 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>