236 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5589 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5589  putative MscS mechanosensitive ion channel protein  100 
 
 		 275 aa  557  1e-158  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.204924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0259  MscS mechanosensitive ion channel  28.52 
 
 		 305 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0155  MscS mechanosensitive ion channel  30.59 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3690  MscS mechanosensitive ion channel  38.55 
 
 		 290 aa  105  6e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.158195 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001280  small-conductance mechanosensitive channel  32.26 
 
 		 282 aa  105  8e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05165  hypothetical protein  28.77 
 
 		 282 aa  103  3e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1959  MscS mechanosensitive ion channel  32.45 
 
 		 278 aa  103  3e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00109223  normal  0.0228344 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2100  MscS mechanosensitive ion channel  31.51 
 
 		 278 aa  102  5e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1890  MscS mechanosensitive ion channel  32.23 
 
 		 284 aa  102  6e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0215932  normal  0.0189512 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0966  mechanosensitive ion channel  29.68 
 
 		 266 aa  102  1e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.247343  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01814  MscS Mechanosensitive ion channel  30.91 
 
 		 315 aa  100  2e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000781562  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2731  MscS mechanosensitive ion channel  28.02 
 
 		 282 aa  100  3e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0729456  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1094  hypothetical protein  31.94 
 
 		 291 aa  100  3e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.658963  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0474  MscS mechanosensitive ion channel  24.82 
 
 		 320 aa  99  8e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.738891  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2779  hypothetical protein  22.6 
 
 		 313 aa  80.1  0.00000000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.188203  normal  0.0353015 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08930  MscS Mechanosensitive ion channel  27.12 
 
 		 225 aa  75.9  0.0000000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2393  MscS Mechanosensitive ion channel  25.13 
 
 		 408 aa  72  0.000000000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0786  MscS mechanosensitive ion channel  23.66 
 
 		 327 aa  70.9  0.00000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0154774  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1093  MscS Mechanosensitive ion channel  25.64 
 
 		 389 aa  68.9  0.00000000008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.464677  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1921  cation efflux protein  24.67 
 
 		 275 aa  67.4  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000577471  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0434  MscS mechanosensitive ion channel  26.54 
 
 		 333 aa  67  0.0000000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.302543  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2229  MscS Mechanosensitive ion channel  26.53 
 
 		 400 aa  65.5  0.0000000009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.224666  normal  0.568068 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1529  MscS Mechanosensitive ion channel  25.79 
 
 		 385 aa  63.5  0.000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0444  MscS Mechanosensitive ion channel  26.55 
 
 		 404 aa  62  0.000000009  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.920627  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3992  MscS Mechanosensitive ion channel  29.41 
 
 		 657 aa  62  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.27926  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2105  MscS Mechanosensitive ion channel  26.88 
 
 		 414 aa  61.6  0.00000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0600957  normal  0.059013 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3884  LigA  29.19 
 
 		 667 aa  60.1  0.00000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.47617  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2154  MscS Mechanosensitive ion channel  26.25 
 
 		 316 aa  58.9  0.00000008  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.568534  normal  0.399111 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2824  MscS mechanosensitive ion channel  24.27 
 
 		 330 aa  57.4  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4008  MscS mechanosensitive ion channel  27.46 
 
 		 583 aa  56.2  0.0000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.370784 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0914  MscS mechanosensitive ion channel  24.18 
 
 		 842 aa  55.8  0.0000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00707445 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1058  MscS Mechanosensitive ion channel  27.74 
 
 		 315 aa  55.8  0.0000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3656  MscS mechanosensitive ion channel  27.05 
 
 		 856 aa  55.5  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.570339  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2326  MscS mechanosensitive ion channel  25.85 
 
 		 1127 aa  54.7  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5647  MscS mechanosensitive ion channel  25.13 
 
 		 359 aa  53.9  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.560781 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2469  putative transport protein  27.8 
 
 		 269 aa  53.1  0.000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0047  MscS mechanosensitive ion channel  26.09 
 
 		 270 aa  52.8  0.000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5024  potassium efflux system protein KefA, putative  24.74 
 
 		 1134 aa  52.4  0.000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0501  potassium efflux protein KefA  24.74 
 
 		 1134 aa  52.8  0.000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4003  MscS mechanosensitive ion channel  27.48 
 
 		 362 aa  52.8  0.000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0737574  normal  0.463755 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1066  mechanosensitive ion channel family protein  23.64 
 
 		 528 aa  52.4  0.000008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.0000663249  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1752  MscS Mechanosensitive ion channel  25.27 
 
 		 356 aa  52.4  0.000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2981  hypothetical protein  27.73 
 
 		 298 aa  52.4  0.000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0759175  normal  0.0858863 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0445  potassium efflux protein KefA  23.68 
 
 		 1117 aa  52  0.000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953711  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2101  MscS Mechanosensitive ion channel  29.93 
 
 		 299 aa  51.6  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000172333  normal  0.177745 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0476  MscS mechanosensitive ion channel  24.26 
 
 		 279 aa  51.6  0.00001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.139506  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1438  MscS mechanosensitive ion channel  30.23 
 
 		 840 aa  52  0.00001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.139296  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3012  MscS mechanosensitive ion channel  28.26 
 
 		 297 aa  52  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0359  MscS mechanosensitive ion channel  24.02 
 
 		 360 aa  52  0.00001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.821631  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1647  MscS Mechanosensitive ion channel  26.21 
 
 		 429 aa  51.6  0.00001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1690  MscS mechanosensitive ion channel  25.59 
 
 		 476 aa  51.6  0.00002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3333  MscS mechanosensitive ion channel  25.97 
 
 		 275 aa  51.2  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1552  MscS mechanosensitive ion channel  24 
 
 		 359 aa  50.8  0.00002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.101944 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0442  MscS Mechanosensitive ion channel  19.21 
 
 		 279 aa  51.2  0.00002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3291  MscS mechanosensitive ion channel  24.1 
 
 		 1068 aa  50.8  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.563171  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1856  hypothetical protein  25.14 
 
 		 281 aa  50.8  0.00003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.130527  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3045  potassium efflux protein KefA  28.05 
 
 		 1133 aa  50.4  0.00003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3443  MscS mechanosensitive ion channel  22.56 
 
 		 1067 aa  50.1  0.00003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0586  MscS mechanosensitive ion channel  24.1 
 
 		 1067 aa  50.4  0.00003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0875624 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1074  MscS mechanosensitive ion channel  21.58 
 
 		 360 aa  50.4  0.00003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.287098  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2641  MscS Mechanosensitive ion channel  25.75 
 
 		 280 aa  50.4  0.00003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1852  MscS Mechanosensitive ion channel  30.82 
 
 		 344 aa  50.1  0.00004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.390235  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0587  MscS mechanosensitive ion channel  23.59 
 
 		 1067 aa  50.1  0.00004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0226105 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03562  hypothetical protein  26.67 
 
 		 288 aa  50.1  0.00004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0390  MscS mechanosensitive ion channel  26.75 
 
 		 274 aa  50.1  0.00004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.855015  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0086  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  21.46 
 
 		 529 aa  49.7  0.00005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.00266935  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0555  potassium efflux protein KefA  25.59 
 
 		 1118 aa  49.7  0.00005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.364262  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002474  small-conductance mechanosensitive channel  25.71 
 
 		 288 aa  49.7  0.00005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0786  MscS mechanosensitive ion channel  25.12 
 
 		 1066 aa  49.7  0.00005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.213544  hitchhiker  0.000495101 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1701  phosphoglycerate mutase  23.11 
 
 		 310 aa  50.1  0.00005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00416  fused conserved protein  25.59 
 
 		 1120 aa  49.3  0.00006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3145  MscS Mechanosensitive ion channel  25.59 
 
 		 1120 aa  49.3  0.00006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.178032  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00421  hypothetical protein  25.59 
 
 		 1120 aa  49.3  0.00006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0588  transporter, putative  22.56 
 
 		 1067 aa  49.3  0.00006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0508  potassium efflux protein KefA  25.59 
 
 		 1120 aa  49.7  0.00006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000540502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3151  potassium efflux protein KefA  25.59 
 
 		 1120 aa  49.3  0.00006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.800258  normal  0.703774 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2528  MscS mechanosensitive ion channel  29.82 
 
 		 817 aa  49.7  0.00006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.290655  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0500  potassium efflux protein KefA  25.59 
 
 		 1120 aa  49.3  0.00006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.527944  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2162  periplasmic binding protein; mechanosensitive ion channel component  21.88 
 
 		 794 aa  49.7  0.00006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.387859 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0397  potassium efflux protein KefA  25.59 
 
 		 1120 aa  49.3  0.00006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0987  MscS Mechanosensitive ion channel  31.48 
 
 		 238 aa  49.3  0.00006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0541  potassium efflux protein KefA  25.59 
 
 		 1120 aa  49.3  0.00006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3721  MscS Mechanosensitive ion channel  23.59 
 
 		 1072 aa  49.3  0.00007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2451  small-conductance mechanosensitive channel  29.33 
 
 		 380 aa  49.3  0.00007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1130  potassium efflux protein KefA  26.95 
 
 		 1130 aa  49.3  0.00007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000811569 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3778  MscS mechanosensitive ion channel  23.59 
 
 		 1072 aa  49.3  0.00007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0547  MscS mechanosensitive ion channel  23.59 
 
 		 1067 aa  49.3  0.00007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3904  MscS mechanosensitive ion channel  23.59 
 
 		 1072 aa  49.3  0.00007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1311  MscS Mechanosensitive ion channel  24.44 
 
 		 636 aa  48.9  0.00008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2595  hypothetical protein  29.73 
 
 		 422 aa  49.3  0.00008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0637117  normal  0.346925 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1339  MscS Mechanosensitive ion channel  24.44 
 
 		 636 aa  48.9  0.00008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000323872 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1300  MscS mechanosensitive ion channel  28.21 
 
 		 343 aa  48.9  0.00009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.987941  hitchhiker  0.00895683 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2715  small-conductance mechanosensitive channel  24.39 
 
 		 270 aa  48.9  0.00009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3036  transporter, putative  22.51 
 
 		 1080 aa  48.9  0.00009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0415629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3064  potassium efflux protein KefA  23.56 
 
 		 1120 aa  48.1  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5470  MscS mechanosensitive ion channel  26.4 
 
 		 835 aa  48.5  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2109  MscS Mechanosensitive ion channel  26.67 
 
 		 306 aa  48.5  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1417  MscS Mechanosensitive ion channel  25.36 
 
 		 304 aa  48.9  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5117  potassium efflux protein KefA  23.16 
 
 		 1102 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.666166  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2883  potassium efflux protein KefA  23.56 
 
 		 1120 aa  48.1  0.0001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0991479 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>