50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0155 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0155  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 300 aa  618  1e-176  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2731  MscS mechanosensitive ion channel  86.48 
 
 		 282 aa  497  1e-139  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0729456  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1959  MscS mechanosensitive ion channel  80.87 
 
 		 278 aa  464  9.999999999999999e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00109223  normal  0.0228344 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2100  MscS mechanosensitive ion channel  83.03 
 
 		 278 aa  449  1e-125  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001280  small-conductance mechanosensitive channel  73.19 
 
 		 282 aa  432  1e-120  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05165  hypothetical protein  71.74 
 
 		 282 aa  430  1e-119  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0966  mechanosensitive ion channel  74.14 
 
 		 266 aa  418  1e-116  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.247343  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1094  hypothetical protein  71.58 
 
 		 291 aa  408  1e-113  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.658963  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0259  MscS mechanosensitive ion channel  38.6 
 
 		 305 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1890  MscS mechanosensitive ion channel  39.46 
 
 		 284 aa  194  1e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0215932  normal  0.0189512 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3690  MscS mechanosensitive ion channel  36.23 
 
 		 290 aa  189  4e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.158195 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01814  MscS Mechanosensitive ion channel  32.72 
 
 		 315 aa  167  2e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000781562  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5589  putative MscS mechanosensitive ion channel protein  30.59 
 
 		 275 aa  99.4  6e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.204924  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1921  cation efflux protein  27.48 
 
 		 275 aa  91.7  1e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000577471  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0474  MscS mechanosensitive ion channel  26.32 
 
 		 320 aa  61.6  0.00000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.738891  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0786  MscS mechanosensitive ion channel  30.47 
 
 		 327 aa  56.6  0.0000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0154774  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0013  mechanosensitive ion channel family protein  24.89 
 
 		 682 aa  54.3  0.000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1058  MscS Mechanosensitive ion channel  22.42 
 
 		 315 aa  51.6  0.00001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4008  MscS mechanosensitive ion channel  20.43 
 
 		 583 aa  48.9  0.00009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.370784 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3992  MscS Mechanosensitive ion channel  23.19 
 
 		 657 aa  48.9  0.0001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.27926  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2117  mechanosensitive ion channel family protein  28.12 
 
 		 633 aa  47.8  0.0002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10263  putative transmembrane transport protein  37.35 
 
 		 428 aa  48.5  0.0002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.109786  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03630  mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 476 aa  47.4  0.0003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4074  MscS mechanosensitive ion channel  26.23 
 
 		 572 aa  46.6  0.0005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3656  MscS mechanosensitive ion channel  26.59 
 
 		 856 aa  46.2  0.0007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.570339  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3884  LigA  21.5 
 
 		 667 aa  45.8  0.0008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.47617  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1154  hypothetical protein  22.9 
 
 		 363 aa  46.2  0.0008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0298455  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1546  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  29.13 
 
 		 479 aa  45.8  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.514924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0910  MscS mechanosensitive ion channel  22.22 
 
 		 400 aa  45.1  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.505459  normal  0.0192096 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1647  MscS Mechanosensitive ion channel  22.09 
 
 		 429 aa  44.3  0.002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2215  MscS mechanosensitive ion channel  23.17 
 
 		 820 aa  44.7  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.311174 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1504  conserved hypothetical integral membrane protein, mechanosensitive ion channel family  30 
 
 		 624 aa  45.1  0.002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0289  mechanosensitive ion channel family protein  33.73 
 
 		 627 aa  43.9  0.003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.658149  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1529  MscS Mechanosensitive ion channel  21.83 
 
 		 385 aa  44.3  0.003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0263  mechanosensitive ion channel family protein  33.73 
 
 		 627 aa  43.9  0.004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2229  MscS Mechanosensitive ion channel  20.55 
 
 		 400 aa  43.5  0.004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.224666  normal  0.568068 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3246  MscS mechanosensitive ion channel  22.83 
 
 		 381 aa  43.5  0.004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00298811  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3758  MscS Mechanosensitive ion channel  27.59 
 
 		 809 aa  43.1  0.005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.992907  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1293  MscS Mechanosensitive ion channel  25.9 
 
 		 814 aa  43.1  0.005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5647  MscS mechanosensitive ion channel  25.16 
 
 		 359 aa  43.1  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.560781 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0236  mechanosensitive ion channel family protein  33.73 
 
 		 627 aa  43.1  0.006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3931  hypothetical protein  22.46 
 
 		 806 aa  43.1  0.006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.604151  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46240  hypothetical protein  22.46 
 
 		 807 aa  43.1  0.006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.566889  normal  0.0303227 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2451  small-conductance mechanosensitive channel  22.7 
 
 		 380 aa  43.1  0.006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1640  MscS mechanosensitive ion channel  27.91 
 
 		 406 aa  42.7  0.007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.868645  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3838  MscS Mechanosensitive ion channel  23.3 
 
 		 563 aa  42.4  0.009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1737  mechanosensitive ion channel family protein  30.3 
 
 		 624 aa  42.4  0.009  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.64597  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6222  MscS Mechanosensitive ion channel  25.98 
 
 		 404 aa  42.4  0.01  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3888  MscS Mechanosensitive ion channel  23.3 
 
 		 563 aa  42.4  0.01  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.203429 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0434  MscS mechanosensitive ion channel  25.4 
 
 		 333 aa  42.4  0.01  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.302543  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>