49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2100 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2100  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 278 aa  570  1e-161  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0155  MscS mechanosensitive ion channel  83.03 
 
 		 300 aa  488  1e-137  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2731  MscS mechanosensitive ion channel  83.75 
 
 		 282 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0729456  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1959  MscS mechanosensitive ion channel  79.06 
 
 		 278 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00109223  normal  0.0228344 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05165  hypothetical protein  70.76 
 
 		 282 aa  421  1e-117  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001280  small-conductance mechanosensitive channel  71.74 
 
 		 282 aa  422  1e-117  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0966  mechanosensitive ion channel  72.03 
 
 		 266 aa  404  1.0000000000000001e-112  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.247343  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1094  hypothetical protein  67.87 
 
 		 291 aa  385  1e-106  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.658963  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0259  MscS mechanosensitive ion channel  38.1 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1890  MscS mechanosensitive ion channel  39.15 
 
 		 284 aa  191  1e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0215932  normal  0.0189512 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3690  MscS mechanosensitive ion channel  36.9 
 
 		 290 aa  190  2e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.158195 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01814  MscS Mechanosensitive ion channel  33.08 
 
 		 315 aa  167  1e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000781562  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5589  putative MscS mechanosensitive ion channel protein  31.51 
 
 		 275 aa  105  7e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.204924  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1921  cation efflux protein  28.68 
 
 		 275 aa  93.6  3e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000577471  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0474  MscS mechanosensitive ion channel  26.94 
 
 		 320 aa  63.5  0.000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.738891  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1058  MscS Mechanosensitive ion channel  25 
 
 		 315 aa  55.5  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0013  mechanosensitive ion channel family protein  30.53 
 
 		 682 aa  53.1  0.000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0786  MscS mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 		 327 aa  51.2  0.00002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0154774  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2117  mechanosensitive ion channel family protein  29.37 
 
 		 633 aa  49.3  0.00006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2824  MscS mechanosensitive ion channel  19.76 
 
 		 330 aa  48.5  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1546  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  30.48 
 
 		 479 aa  47.4  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.514924  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03630  mechanosensitive ion channel  35.79 
 
 		 476 aa  47.4  0.0003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3656  MscS mechanosensitive ion channel  26.19 
 
 		 856 aa  46.6  0.0004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.570339  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1504  conserved hypothetical integral membrane protein, mechanosensitive ion channel family  26.85 
 
 		 624 aa  46.6  0.0005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1737  mechanosensitive ion channel family protein  30.63 
 
 		 624 aa  46.2  0.0007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.64597  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2895  helix-turn-helix, AraC type  27.59 
 
 		 264 aa  46.2  0.0007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0170548 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3884  LigA  22.71 
 
 		 667 aa  45.8  0.0008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.47617  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3992  MscS Mechanosensitive ion channel  23.19 
 
 		 657 aa  45.8  0.0008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.27926  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10263  putative transmembrane transport protein  35.8 
 
 		 428 aa  45.4  0.001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.109786  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0289  mechanosensitive ion channel family protein  34.94 
 
 		 627 aa  45.1  0.001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.658149  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0263  mechanosensitive ion channel family protein  34.94 
 
 		 627 aa  45.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4008  MscS mechanosensitive ion channel  21.93 
 
 		 583 aa  44.7  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.370784 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0707  MscS mechanosensitive ion channel  21.6 
 
 		 855 aa  44.7  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441898  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1852  mechanosensitive ion channel family protein  23.2 
 
 		 804 aa  44.3  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0601787  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2715  small-conductance mechanosensitive channel  27.16 
 
 		 270 aa  44.7  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0434  MscS mechanosensitive ion channel  26.19 
 
 		 333 aa  44.3  0.002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.302543  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5647  MscS mechanosensitive ion channel  22.61 
 
 		 359 aa  43.9  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.560781 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0236  mechanosensitive ion channel family protein  34.94 
 
 		 627 aa  43.9  0.003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3549  MscS mechanosensitive ion channel  23.2 
 
 		 803 aa  43.9  0.003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.566467  normal  0.27975 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0857  MscS mechanosensitive ion channel  27.84 
 
 		 840 aa  43.5  0.004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0108  MscS mechanosensitive ion channel  26.36 
 
 		 291 aa  43.5  0.004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0786  MscS Mechanosensitive ion channel  27.84 
 
 		 840 aa  43.5  0.004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5470  MscS mechanosensitive ion channel  27.84 
 
 		 835 aa  43.5  0.004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3758  MscS Mechanosensitive ion channel  28.07 
 
 		 809 aa  43.1  0.005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.992907  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4074  MscS mechanosensitive ion channel  28.38 
 
 		 572 aa  43.1  0.005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2779  hypothetical protein  26.79 
 
 		 313 aa  43.1  0.005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.188203  normal  0.0353015 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08930  MscS Mechanosensitive ion channel  21.2 
 
 		 225 aa  42.7  0.007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2105  MscS Mechanosensitive ion channel  22.22 
 
 		 414 aa  42.4  0.008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0600957  normal  0.059013 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0741  MscS mechanosensitive ion channel  25.24 
 
 		 803 aa  42  0.01  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>