34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1921 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_1921  cation efflux protein  100 
 
 
275 aa  553  1e-156  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000577471  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1094  hypothetical protein  29.58 
 
 
291 aa  99.4  5e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.658963  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001280  small-conductance mechanosensitive channel  26.06 
 
 
282 aa  97.4  2e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05165  hypothetical protein  28.06 
 
 
282 aa  92.8  6e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0155  MscS mechanosensitive ion channel  27.48 
 
 
300 aa  91.7  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2731  MscS mechanosensitive ion channel  28.29 
 
 
282 aa  87.8  2e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0729456  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1959  MscS mechanosensitive ion channel  26.58 
 
 
278 aa  85.5  9e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00109223  normal  0.0228344 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0966  mechanosensitive ion channel  34 
 
 
266 aa  81.6  0.00000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.247343  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2100  MscS mechanosensitive ion channel  28.68 
 
 
278 aa  72.4  0.000000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3690  MscS mechanosensitive ion channel  25.48 
 
 
290 aa  65.5  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.158195 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0259  MscS mechanosensitive ion channel  29.88 
 
 
305 aa  61.6  0.00000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2854  MscS Mechanosensitive ion channel  23.94 
 
 
314 aa  58.9  0.00000008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.247394  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5589  putative MscS mechanosensitive ion channel protein  24.23 
 
 
275 aa  58.2  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.204924  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3992  MscS Mechanosensitive ion channel  32.17 
 
 
657 aa  57.4  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.27926  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3884  LigA  29.82 
 
 
667 aa  57  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.47617  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1890  MscS mechanosensitive ion channel  31.58 
 
 
284 aa  55.1  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0215932  normal  0.0189512 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0474  MscS mechanosensitive ion channel  22.69 
 
 
320 aa  54.3  0.000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.738891  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01814  MscS Mechanosensitive ion channel  29.79 
 
 
315 aa  54.3  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000781562  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2154  MscS Mechanosensitive ion channel  33.71 
 
 
316 aa  49.7  0.00005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.568534  normal  0.399111 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2392  MscS mechanosensitive ion channel  29.61 
 
 
794 aa  49.7  0.00006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.211304  hitchhiker  0.00331512 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1508  MscS Mechanosensitive ion channel  24.76 
 
 
301 aa  49.3  0.00007  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.0603757 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4008  MscS mechanosensitive ion channel  26.61 
 
 
583 aa  48.1  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.370784 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3620  MscS mechanosensitive ion channel  29.94 
 
 
277 aa  47.4  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.812148  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1752  MscS Mechanosensitive ion channel  24.2 
 
 
356 aa  46.6  0.0004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00593  MscS Mechanosensitive ion channel  23.46 
 
 
356 aa  46.2  0.0006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.863063  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3482  MscS mechanosensitive ion channel  27.71 
 
 
813 aa  45.4  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.144458  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2526  MscS mechanosensitive ion channel  30.37 
 
 
272 aa  44.7  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0123409 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0812  small-conductance mechanosensitive channel  28.83 
 
 
274 aa  43.9  0.003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3258  MscS mechanosensitive ion channel  26.63 
 
 
600 aa  43.1  0.005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0680122  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0434  MscS mechanosensitive ion channel  21.2 
 
 
333 aa  42.7  0.006  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.302543  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4338  MscS mechanosensitive ion channel  22.82 
 
 
533 aa  42.7  0.007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2049  mechanosensitive ion channel  28.35 
 
 
291 aa  42.7  0.007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.492316  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3719  MscS mechanosensitive ion channel  23.79 
 
 
538 aa  42.4  0.009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00173633  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2779  hypothetical protein  25 
 
 
313 aa  42.4  0.009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.188203  normal  0.0353015 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>