More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5647 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5647  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 359 aa  729    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.560781 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1508  MscS Mechanosensitive ion channel  42.91 
 
 		 301 aa  220  3e-56  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.0603757 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2154  MscS Mechanosensitive ion channel  37.81 
 
 		 316 aa  211  2e-53  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.568534  normal  0.399111 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2854  MscS Mechanosensitive ion channel  40 
 
 		 314 aa  203  3e-51  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.247394  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1030  MscS mechanosensitive ion channel  33.71 
 
 		 408 aa  137  4e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0474  MscS mechanosensitive ion channel  25.47 
 
 		 320 aa  107  4e-22  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.738891  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2824  MscS mechanosensitive ion channel  26.55 
 
 		 330 aa  103  6e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0786  MscS mechanosensitive ion channel  25.97 
 
 		 327 aa  97.4  3e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0154774  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08930  MscS Mechanosensitive ion channel  35.53 
 
 		 225 aa  95.5  1e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2779  hypothetical protein  23.95 
 
 		 313 aa  94.7  2e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.188203  normal  0.0353015 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1058  MscS Mechanosensitive ion channel  30.99 
 
 		 315 aa  92.8  8e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0434  MscS mechanosensitive ion channel  29.44 
 
 		 333 aa  92  1e-17  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.302543  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3884  LigA  25.4 
 
 		 667 aa  77  0.0000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.47617  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3992  MscS Mechanosensitive ion channel  25.5 
 
 		 657 aa  75.5  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.27926  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0697  mechanosensitive ion channel family protein  25.68 
 
 		 509 aa  75.1  0.000000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1073  mechanosensitive ion channel family protein  22.65 
 
 		 535 aa  73.6  0.000000000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0855  mechanosensitive ion channel family protein  23.53 
 
 		 526 aa  69.7  0.00000000007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0047  MscS mechanosensitive ion channel  26.78 
 
 		 270 aa  68.6  0.0000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4382  MscS mechanosensitive ion channel  29.38 
 
 		 262 aa  67.8  0.0000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.496887  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2295  mechanosensitive ion channel family protein  26.97 
 
 		 289 aa  67  0.0000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1087  mechanosensitive ion channel family protein  31.3 
 
 		 523 aa  67  0.0000000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0312609  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0514  MscS Mechanosensitive ion channel  26.17 
 
 		 288 aa  66.6  0.0000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1025  mechanosensitive ion channel family protein  31.3 
 
 		 523 aa  66.6  0.0000000007  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.902569  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2229  MscS Mechanosensitive ion channel  26.45 
 
 		 400 aa  65.9  0.000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.224666  normal  0.568068 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0782  mechanosensitive ion channel family protein  31.3 
 
 		 523 aa  65.5  0.000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.916079  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0086  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  28.57 
 
 		 529 aa  65.1  0.000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.00266935  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2381  MscS mechanosensitive ion channel  26.59 
 
 		 287 aa  64.3  0.000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.42777  hitchhiker  0.00000285336 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2137  MscS mechanosensitive ion channel  29.68 
 
 		 288 aa  63.9  0.000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.857102  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3778  MscS mechanosensitive ion channel  28.11 
 
 		 276 aa  63.9  0.000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.981923 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0559  potassium efflux protein KefA  27.32 
 
 		 1111 aa  63.2  0.000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000200237 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1186  MscS mechanosensitive ion channel  30.08 
 
 		 256 aa  63.5  0.000000006  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.757811 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2981  hypothetical protein  20.94 
 
 		 298 aa  62.8  0.000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0759175  normal  0.0858863 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3240  mechanosensitive channel MscS  28.57 
 
 		 286 aa  62.8  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3307  mechanosensitive channel MscS  28.57 
 
 		 286 aa  62.8  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3409  mechanosensitive channel MscS  28.57 
 
 		 286 aa  62.8  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.427229  normal  0.109816 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1010  MscS mechanosensitive ion channel  26.27 
 
 		 308 aa  62.8  0.000000009  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.926579  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3229  mechanosensitive channel MscS  28.57 
 
 		 286 aa  62.8  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3304  mechanosensitive channel MscS  28.57 
 
 		 286 aa  62.4  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2985  hypothetical protein  26.02 
 
 		 351 aa  62.8  0.00000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0299284  normal  0.0305677 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1062  MscS Mechanosensitive ion channel  23.78 
 
 		 310 aa  62.8  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.771269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1775  MscS mechanosensitive ion channel  27.33 
 
 		 283 aa  62  0.00000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1689  MscS mechanosensitive ion channel  25.83 
 
 		 356 aa  62.8  0.00000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0786  mechanosensitive channel MscS  27.89 
 
 		 286 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1350  hypothetical protein  24.47 
 
 		 292 aa  61.2  0.00000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3061  mechanosensitive channel MscS  27.89 
 
 		 291 aa  60.8  0.00000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.397816  normal  0.219365 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002474  small-conductance mechanosensitive channel  23.28 
 
 		 288 aa  60.8  0.00000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4008  MscS mechanosensitive ion channel  26.02 
 
 		 583 aa  61.2  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.370784 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0955  MscS mechanosensitive ion channel  26.04 
 
 		 298 aa  61.2  0.00000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1453  MscS mechanosensitive ion channel  23.15 
 
 		 1105 aa  61.2  0.00000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02755  mechanosensitive channel  27.89 
 
 		 286 aa  60.5  0.00000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0769  MscS Mechanosensitive ion channel  27.89 
 
 		 286 aa  60.5  0.00000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3251  mechanosensitive channel MscS  27.89 
 
 		 286 aa  60.5  0.00000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4221  mechanosensitive channel MscS  27.89 
 
 		 286 aa  60.5  0.00000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0445  potassium efflux protein KefA  27.32 
 
 		 1117 aa  60.8  0.00000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953711  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00921  small conductance mechanosensitive ion channel  24.27 
 
 		 322 aa  60.5  0.00000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.230623  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0476  MscS mechanosensitive ion channel  22 
 
 		 279 aa  60.5  0.00000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.139506  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02718  hypothetical protein  27.89 
 
 		 286 aa  60.5  0.00000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3082  mechanosensitive channel MscS  27.89 
 
 		 286 aa  60.5  0.00000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0945  potassium efflux protein KefA  27.14 
 
 		 1115 aa  60.5  0.00000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.612496  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3349  mechanosensitive channel MscS  27.89 
 
 		 286 aa  60.5  0.00000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3071  hypothetical protein  24.79 
 
 		 366 aa  60.5  0.00000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.962312  normal  0.378174 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0757  MscS mechanosensitive ion channel  26.49 
 
 		 479 aa  60.1  0.00000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1797  mechanosensitive ion channel  23.7 
 
 		 561 aa  60.5  0.00000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.433096  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01752  putative mechanosensitive channel protein (MscS family)  21.95 
 
 		 328 aa  60.1  0.00000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.249612  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3671  MscS mechanosensitive ion channel  25 
 
 		 277 aa  60.1  0.00000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2284  MscS mechanosensitive ion channel  26.79 
 
 		 273 aa  59.3  0.00000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0444  MscS mechanosensitive ion channel  25.99 
 
 		 540 aa  58.9  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0935  MscS Mechanosensitive ion channel  28.19 
 
 		 484 aa  58.9  0.0000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3337  mechanosensitive channel MscS  26.53 
 
 		 284 aa  59.3  0.0000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.306942  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0258  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  26.78 
 
 		 492 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.986681 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03062  hypothetical protein  25.61 
 
 		 563 aa  59.3  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4338  MscS mechanosensitive ion channel  25.99 
 
 		 533 aa  58.9  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1701  phosphoglycerate mutase  21.21 
 
 		 310 aa  59.3  0.0000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0556  MscS Mechanosensitive ion channel  29.86 
 
 		 293 aa  58.2  0.0000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5024  potassium efflux system protein KefA, putative  26.4 
 
 		 1134 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5759  potassium efflux protein KefA  30.2 
 
 		 1118 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.738971  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1021  MscS mechanosensitive ion channel  22.44 
 
 		 548 aa  58.2  0.0000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.69997  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1690  MscS mechanosensitive ion channel  22.97 
 
 		 476 aa  58.5  0.0000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0585  putative small-conductance mechanosensitive channel  26.67 
 
 		 277 aa  58.2  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000591532  normal  0.0145572 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1447  MscS mechanosensitive ion channel  23.4 
 
 		 1166 aa  58.2  0.0000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0032  hypothetical protein  24.08 
 
 		 287 aa  58.2  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.20954  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002898  small-conductance mechanosensitive channel  25.61 
 
 		 532 aa  58.5  0.0000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.341732  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1162  MscS Mechanosensitive ion channel  29.52 
 
 		 294 aa  58.2  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.102088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66400  potassium efflux protein KefA  30.2 
 
 		 1118 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3896  MscS Mechanosensitive ion channel  27.78 
 
 		 283 aa  58.2  0.0000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2316  mechanosensitive ion channel family protein  28.29 
 
 		 291 aa  57.8  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1746  mechanosensitive ion channel family protein  22.22 
 
 		 531 aa  57.8  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1153  MscS Mechanosensitive ion channel  28.22 
 
 		 352 aa  57.4  0.0000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0501  potassium efflux protein KefA  25.89 
 
 		 1134 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2105  MscS Mechanosensitive ion channel  24.52 
 
 		 414 aa  57.8  0.0000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0600957  normal  0.059013 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1417  MscS Mechanosensitive ion channel  31.58 
 
 		 304 aa  57.8  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0515  MscS Mechanosensitive ion channel  25.54 
 
 		 292 aa  57.8  0.0000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3468  MscS mechanosensitive ion channel  26.26 
 
 		 550 aa  57.8  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0057  MscS Mechanosensitive ion channel  20.17 
 
 		 421 aa  57.8  0.0000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.185804  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5117  potassium efflux protein KefA  25.51 
 
 		 1102 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.666166  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0613  MscS mechanosensitive ion channel  25.99 
 
 		 547 aa  57.4  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000873032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1770  MscS mechanosensitive ion channel  32.05 
 
 		 406 aa  57.4  0.0000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1074  MscS mechanosensitive ion channel  23.38 
 
 		 360 aa  57.4  0.0000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.287098  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0399  potassium efflux protein KefA  28 
 
 		 1102 aa  57  0.0000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0104  MscS mechanosensitive ion channel  27.63 
 
 		 278 aa  57  0.0000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00989653  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>