49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_2731 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009901  Spea_2731  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 
282 aa  578  1e-164  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0729456  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0155  MscS mechanosensitive ion channel  86.48 
 
 
300 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2100  MscS mechanosensitive ion channel  83.75 
 
 
278 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1959  MscS mechanosensitive ion channel  78.34 
 
 
278 aa  447  1e-125  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00109223  normal  0.0228344 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05165  hypothetical protein  74.28 
 
 
282 aa  442  1e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001280  small-conductance mechanosensitive channel  73.19 
 
 
282 aa  436  1e-121  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1094  hypothetical protein  72.4 
 
 
291 aa  416  9.999999999999999e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.658963  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0966  mechanosensitive ion channel  72.62 
 
 
266 aa  413  1e-114  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.247343  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0259  MscS mechanosensitive ion channel  37.45 
 
 
305 aa  206  3e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3690  MscS mechanosensitive ion channel  36.84 
 
 
290 aa  191  1e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.158195 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1890  MscS mechanosensitive ion channel  36.4 
 
 
284 aa  181  9.000000000000001e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0215932  normal  0.0189512 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01814  MscS Mechanosensitive ion channel  33.58 
 
 
315 aa  172  5e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000781562  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5589  putative MscS mechanosensitive ion channel protein  25.94 
 
 
275 aa  92.4  8e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.204924  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1921  cation efflux protein  28.11 
 
 
275 aa  91.7  1e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000577471  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0474  MscS mechanosensitive ion channel  29.84 
 
 
320 aa  60.1  0.00000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.738891  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4008  MscS mechanosensitive ion channel  22.58 
 
 
583 aa  52.8  0.000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.370784 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0013  mechanosensitive ion channel family protein  24.45 
 
 
682 aa  52  0.00001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0786  MscS mechanosensitive ion channel  28.91 
 
 
327 aa  52  0.00001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0154774  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3992  MscS Mechanosensitive ion channel  24.73 
 
 
657 aa  51.6  0.00001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.27926  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1058  MscS Mechanosensitive ion channel  23.03 
 
 
315 aa  52  0.00001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10263  putative transmembrane transport protein  25.91 
 
 
428 aa  51.2  0.00002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.109786  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3884  LigA  23.41 
 
 
667 aa  51.2  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.47617  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2117  mechanosensitive ion channel family protein  26.99 
 
 
633 aa  50.1  0.00005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2824  MscS mechanosensitive ion channel  19.92 
 
 
330 aa  48.1  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03630  mechanosensitive ion channel  33.94 
 
 
476 aa  46.6  0.0005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1647  MscS Mechanosensitive ion channel  22.67 
 
 
429 aa  45.8  0.0008  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4382  MscS mechanosensitive ion channel  27.71 
 
 
262 aa  45.4  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.496887  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0707  MscS mechanosensitive ion channel  22.73 
 
 
855 aa  44.3  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441898  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5647  MscS mechanosensitive ion channel  24.4 
 
 
359 aa  44.7  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.560781 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0263  mechanosensitive ion channel family protein  34.44 
 
 
627 aa  44.7  0.002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3656  MscS mechanosensitive ion channel  27.12 
 
 
856 aa  44.7  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.570339  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1737  mechanosensitive ion channel family protein  31.53 
 
 
624 aa  44.7  0.002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.64597  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0289  mechanosensitive ion channel family protein  34.44 
 
 
627 aa  44.7  0.002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.658149  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1504  conserved hypothetical integral membrane protein, mechanosensitive ion channel family  29.09 
 
 
624 aa  44.3  0.002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1546  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  24.89 
 
 
479 aa  44.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.514924  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2895  helix-turn-helix, AraC type  25 
 
 
264 aa  43.9  0.003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0170548 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3838  MscS Mechanosensitive ion channel  25.29 
 
 
563 aa  43.9  0.003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0236  mechanosensitive ion channel family protein  34.44 
 
 
627 aa  43.9  0.003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4074  MscS mechanosensitive ion channel  32.35 
 
 
572 aa  43.9  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1692  MscS Mechanosensitive ion channel  27.33 
 
 
403 aa  43.9  0.003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000105564 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0508  MscS Mechanosensitive ion channel  31.4 
 
 
566 aa  43.5  0.004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0057  MscS Mechanosensitive ion channel  24.68 
 
 
421 aa  43.5  0.004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.185804  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3888  MscS Mechanosensitive ion channel  25.29 
 
 
563 aa  43.5  0.004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.203429 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2229  MscS Mechanosensitive ion channel  20.55 
 
 
400 aa  43.1  0.005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.224666  normal  0.568068 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46240  hypothetical protein  23.21 
 
 
807 aa  42.7  0.006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.566889  normal  0.0303227 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3758  MscS Mechanosensitive ion channel  23.87 
 
 
809 aa  42.7  0.007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.992907  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3931  hypothetical protein  23.21 
 
 
806 aa  42.7  0.007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.604151  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08930  MscS Mechanosensitive ion channel  19.57 
 
 
225 aa  42.4  0.009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2105  MscS Mechanosensitive ion channel  24.66 
 
 
414 aa  42.4  0.009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0600957  normal  0.059013 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>