54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1959 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1959  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 278 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00109223  normal  0.0228344 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0155  MscS mechanosensitive ion channel  80.87 
 
 		 300 aa  483  1e-135  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2731  MscS mechanosensitive ion channel  78.34 
 
 		 282 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0729456  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2100  MscS mechanosensitive ion channel  79.06 
 
 		 278 aa  434  1e-121  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05165  hypothetical protein  71.74 
 
 		 282 aa  431  1e-120  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001280  small-conductance mechanosensitive channel  71.74 
 
 		 282 aa  431  1e-120  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0966  mechanosensitive ion channel  73.18 
 
 		 266 aa  417  9.999999999999999e-116  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.247343  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1094  hypothetical protein  71.01 
 
 		 291 aa  412  1e-114  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.658963  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0259  MscS mechanosensitive ion channel  40.89 
 
 		 305 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1890  MscS mechanosensitive ion channel  39.25 
 
 		 284 aa  196  3e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0215932  normal  0.0189512 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3690  MscS mechanosensitive ion channel  37.02 
 
 		 290 aa  183  3e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.158195 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01814  MscS Mechanosensitive ion channel  34.22 
 
 		 315 aa  178  1e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000781562  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5589  putative MscS mechanosensitive ion channel protein  32.45 
 
 		 275 aa  94.4  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.204924  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1921  cation efflux protein  27.57 
 
 		 275 aa  89.7  4e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000577471  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1058  MscS Mechanosensitive ion channel  23.95 
 
 		 315 aa  57  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0474  MscS mechanosensitive ion channel  27.27 
 
 		 320 aa  54.7  0.000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.738891  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0013  mechanosensitive ion channel family protein  25.21 
 
 		 682 aa  53.9  0.000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3884  LigA  25.9 
 
 		 667 aa  52.8  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.47617  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0786  MscS mechanosensitive ion channel  28.12 
 
 		 327 aa  53.1  0.000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0154774  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3992  MscS Mechanosensitive ion channel  25.66 
 
 		 657 aa  52  0.00001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.27926  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4008  MscS mechanosensitive ion channel  22.82 
 
 		 583 aa  51.6  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.370784 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5647  MscS mechanosensitive ion channel  25.79 
 
 		 359 aa  49.3  0.00007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.560781 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2117  mechanosensitive ion channel family protein  26.56 
 
 		 633 aa  48.5  0.0001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2824  MscS mechanosensitive ion channel  21.43 
 
 		 330 aa  47.8  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10263  putative transmembrane transport protein  35.8 
 
 		 428 aa  47  0.0004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.109786  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46240  hypothetical protein  23.81 
 
 		 807 aa  46.2  0.0005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.566889  normal  0.0303227 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3931  hypothetical protein  23.81 
 
 		 806 aa  46.2  0.0006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.604151  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0707  MscS mechanosensitive ion channel  23.02 
 
 		 855 aa  46.2  0.0006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1546  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  28.16 
 
 		 479 aa  45.8  0.0007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.514924  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0741  MscS mechanosensitive ion channel  23.02 
 
 		 803 aa  45.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0289  mechanosensitive ion channel family protein  33.73 
 
 		 627 aa  45.1  0.001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.658149  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0263  mechanosensitive ion channel family protein  33.73 
 
 		 627 aa  45.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0740  MscS mechanosensitive ion channel  23.02 
 
 		 803 aa  44.7  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.333087  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1852  mechanosensitive ion channel family protein  23.81 
 
 		 804 aa  44.7  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0601787  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3549  MscS mechanosensitive ion channel  23.81 
 
 		 803 aa  44.3  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.566467  normal  0.27975 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1856  hypothetical protein  24.74 
 
 		 281 aa  44.3  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.130527  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1293  MscS Mechanosensitive ion channel  24.82 
 
 		 814 aa  44.7  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1162  MscS Mechanosensitive ion channel  28.7 
 
 		 294 aa  44.3  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.102088  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1504  conserved hypothetical integral membrane protein, mechanosensitive ion channel family  31.25 
 
 		 624 aa  44.7  0.002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2105  MscS Mechanosensitive ion channel  20.83 
 
 		 414 aa  44.3  0.002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0600957  normal  0.059013 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4476  MscS mechanosensitive ion channel  23.02 
 
 		 799 aa  44.3  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.878237 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4382  MscS mechanosensitive ion channel  25 
 
 		 262 aa  44.3  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.496887  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0236  mechanosensitive ion channel family protein  33.73 
 
 		 627 aa  44.3  0.002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3862  MscS mechanosensitive ion channel  28.42 
 
 		 830 aa  43.9  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.725538  normal  0.276406 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2215  MscS mechanosensitive ion channel  23.84 
 
 		 820 aa  43.9  0.003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.311174 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03630  mechanosensitive ion channel  32.29 
 
 		 476 aa  43.1  0.004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03384  small-conductance mechanosensitive channel  23.74 
 
 		 803 aa  43.5  0.004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.670806  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0057  MscS Mechanosensitive ion channel  25.64 
 
 		 421 aa  43.5  0.004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.185804  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1737  mechanosensitive ion channel family protein  31.31 
 
 		 624 aa  43.1  0.005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.64597  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4074  MscS mechanosensitive ion channel  30.3 
 
 		 572 aa  42.7  0.006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3758  MscS Mechanosensitive ion channel  26.19 
 
 		 809 aa  42.7  0.006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.992907  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3656  MscS mechanosensitive ion channel  25.77 
 
 		 856 aa  42.4  0.009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.570339  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2895  helix-turn-helix, AraC type  23.15 
 
 		 264 aa  42  0.01  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0170548 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1404  MscS Mechanosensitive ion channel  25.45 
 
 		 817 aa  42  0.01  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>