155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0259 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0259  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 305 aa  627  1e-179  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1890  MscS mechanosensitive ion channel  58.21 
 
 		 284 aa  333  2e-90  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0215932  normal  0.0189512 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01814  MscS Mechanosensitive ion channel  40.07 
 
 		 315 aa  252  7e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000781562  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3690  MscS mechanosensitive ion channel  40.64 
 
 		 290 aa  248  7e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.158195 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1094  hypothetical protein  40.89 
 
 		 291 aa  214  1.9999999999999998e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.658963  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0155  MscS mechanosensitive ion channel  38.6 
 
 		 300 aa  212  5.999999999999999e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1959  MscS mechanosensitive ion channel  40.89 
 
 		 278 aa  209  6e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00109223  normal  0.0228344 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05165  hypothetical protein  37.5 
 
 		 282 aa  208  8e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001280  small-conductance mechanosensitive channel  37.5 
 
 		 282 aa  208  1e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0966  mechanosensitive ion channel  40.08 
 
 		 266 aa  205  7e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.247343  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2731  MscS mechanosensitive ion channel  38.46 
 
 		 282 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0729456  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2100  MscS mechanosensitive ion channel  38.1 
 
 		 278 aa  185  6e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5589  putative MscS mechanosensitive ion channel protein  28.52 
 
 		 275 aa  99.8  5e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.204924  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0474  MscS mechanosensitive ion channel  21.15 
 
 		 320 aa  70.5  0.00000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.738891  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1921  cation efflux protein  29.88 
 
 		 275 aa  61.6  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000577471  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08930  MscS Mechanosensitive ion channel  25.22 
 
 		 225 aa  61.2  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2154  MscS Mechanosensitive ion channel  27.16 
 
 		 316 aa  60.8  0.00000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.568534  normal  0.399111 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2779  hypothetical protein  25.58 
 
 		 313 aa  60.1  0.00000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.188203  normal  0.0353015 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2393  MscS Mechanosensitive ion channel  24.26 
 
 		 408 aa  58.2  0.0000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1021  MscS mechanosensitive ion channel  27.33 
 
 		 548 aa  57.4  0.0000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.69997  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0442  MscS Mechanosensitive ion channel  25.31 
 
 		 279 aa  57.8  0.0000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1093  MscS Mechanosensitive ion channel  21.78 
 
 		 389 aa  57  0.0000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.464677  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03384  small-conductance mechanosensitive channel  26.92 
 
 		 803 aa  57  0.0000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.670806  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3758  MscS Mechanosensitive ion channel  25.41 
 
 		 809 aa  56.6  0.0000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.992907  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2229  MscS Mechanosensitive ion channel  26.36 
 
 		 400 aa  55.5  0.000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.224666  normal  0.568068 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6131  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  31.82 
 
 		 489 aa  55.5  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1862  MscS mechanosensitive ion channel  22.08 
 
 		 867 aa  54.3  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1073  mechanosensitive ion channel family protein  25.55 
 
 		 535 aa  53.9  0.000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1712  MscS mechanosensitive ion channel  26.09 
 
 		 291 aa  53.9  0.000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2387  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  33.72 
 
 		 490 aa  53.1  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.178532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0940  MscS mechanosensitive ion channel  23.83 
 
 		 275 aa  53.1  0.000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.546965 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1264  MscS Mechanosensitive ion channel  23.96 
 
 		 536 aa  52.8  0.000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.908729  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2608  mechanosensitive ion channel family protein  23.74 
 
 		 825 aa  52  0.00001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.349131  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1529  MscS Mechanosensitive ion channel  26.73 
 
 		 385 aa  52  0.00001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03562  hypothetical protein  23.27 
 
 		 288 aa  52.4  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1647  MscS Mechanosensitive ion channel  27 
 
 		 429 aa  50.8  0.00002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0057  MscS Mechanosensitive ion channel  23.9 
 
 		 421 aa  51.6  0.00002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.185804  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2105  MscS Mechanosensitive ion channel  23.64 
 
 		 414 aa  51.6  0.00002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0600957  normal  0.059013 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3656  MscS mechanosensitive ion channel  22.95 
 
 		 856 aa  51.2  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.570339  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0697  mechanosensitive ion channel family protein  28.89 
 
 		 509 aa  51.6  0.00002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0434  MscS mechanosensitive ion channel  29.34 
 
 		 333 aa  51.2  0.00002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.302543  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1546  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  25.71 
 
 		 479 aa  50.8  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.514924  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1606  MscS mechanosensitive ion channel  26.79 
 
 		 307 aa  49.7  0.00005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.696801  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1690  MscS mechanosensitive ion channel  29.29 
 
 		 476 aa  49.7  0.00006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2854  MscS Mechanosensitive ion channel  25.57 
 
 		 314 aa  49.7  0.00007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.247394  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2824  MscS mechanosensitive ion channel  20.19 
 
 		 330 aa  49.3  0.00007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46240  hypothetical protein  23.81 
 
 		 807 aa  49.3  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.566889  normal  0.0303227 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1197  MscS mechanosensitive ion channel  23.26 
 
 		 247 aa  49.3  0.00009  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3931  hypothetical protein  23.02 
 
 		 806 aa  49.3  0.00009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.604151  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0786  MscS mechanosensitive ion channel  19.51 
 
 		 327 aa  48.9  0.0001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0154774  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4433  MscS Mechanosensitive ion channel  25.45 
 
 		 285 aa  48.9  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002474  small-conductance mechanosensitive channel  23.4 
 
 		 288 aa  48.9  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0444  MscS Mechanosensitive ion channel  25.33 
 
 		 404 aa  48.9  0.0001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.920627  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4349  MscS Mechanosensitive ion channel  25.71 
 
 		 285 aa  47.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4436  MscS Mechanosensitive ion channel  25.45 
 
 		 285 aa  48.1  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.312478 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2451  small-conductance mechanosensitive channel  26.67 
 
 		 380 aa  48.1  0.0002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1460  MscS mechanosensitive ion channel  26.77 
 
 		 493 aa  48.1  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1245  ion channel protein  23.85 
 
 		 261 aa  47.8  0.0002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.306888 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4503  MscS Mechanosensitive ion channel  25.45 
 
 		 285 aa  48.1  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6368  MscS mechanosensitive ion channel  26.77 
 
 		 493 aa  48.1  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0855  mechanosensitive ion channel family protein  23.11 
 
 		 526 aa  47.8  0.0002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1784  mechanosensitive ion channel family protein  27.73 
 
 		 891 aa  47.8  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1066  MscS Mechanosensitive ion channel  25.48 
 
 		 261 aa  47.8  0.0002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02489  putative mechanosensitive channel protein (MscS family)  31.68 
 
 		 367 aa  47.8  0.0002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7035  MscS mechanosensitive ion channel  25.6 
 
 		 493 aa  47.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.666416  normal  0.218312 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0042  MscS Mechanosensitive ion channel  29.92 
 
 		 375 aa  47.4  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.634821  normal  0.103785 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1822  MscS mechanosensitive ion channel  28.06 
 
 		 374 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00396347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0108  MscS mechanosensitive ion channel  31.82 
 
 		 291 aa  47.4  0.0003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1461  MscS Mechanosensitive ion channel  27.05 
 
 		 785 aa  47.4  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3246  MscS mechanosensitive ion channel  24.81 
 
 		 381 aa  47.4  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00298811  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2326  MscS mechanosensitive ion channel  29.52 
 
 		 1127 aa  47.4  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1058  MscS Mechanosensitive ion channel  22.3 
 
 		 315 aa  47  0.0004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0236  mechanosensitive ion channel family protein  23.18 
 
 		 627 aa  46.6  0.0005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6691  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  29.29 
 
 		 485 aa  46.6  0.0005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4048  MscS mechanosensitive ion channel  26.92 
 
 		 569 aa  46.2  0.0006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.138882  normal  0.12233 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0914  MscS mechanosensitive ion channel  22.66 
 
 		 842 aa  46.6  0.0006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00707445 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0541  MscS mechanosensitive ion channel  26.09 
 
 		 273 aa  46.2  0.0006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2117  mechanosensitive ion channel family protein  23.65 
 
 		 633 aa  46.2  0.0006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0207  MscS Mechanosensitive ion channel  22.63 
 
 		 283 aa  46.2  0.0007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1508  MscS Mechanosensitive ion channel  23.08 
 
 		 301 aa  46.2  0.0008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.0603757 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0857  MscS mechanosensitive ion channel  25 
 
 		 840 aa  45.8  0.0008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1674  MscS mechanosensitive ion channel  23.7 
 
 		 270 aa  45.8  0.0008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.702305  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0786  MscS Mechanosensitive ion channel  25 
 
 		 840 aa  45.8  0.0008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5470  MscS mechanosensitive ion channel  23.97 
 
 		 835 aa  45.8  0.0008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0987  MscS Mechanosensitive ion channel  27.78 
 
 		 238 aa  45.8  0.0008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0289  mechanosensitive ion channel family protein  23.02 
 
 		 627 aa  45.4  0.001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.658149  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1856  hypothetical protein  25.81 
 
 		 281 aa  45.8  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.130527  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4074  MscS mechanosensitive ion channel  28.41 
 
 		 572 aa  45.4  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1438  MscS mechanosensitive ion channel  24.07 
 
 		 840 aa  45.4  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.139296  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2865  MscS Mechanosensitive ion channel  32.91 
 
 		 545 aa  45.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0263  mechanosensitive ion channel family protein  23.02 
 
 		 627 aa  45.8  0.001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3012  MscS mechanosensitive ion channel  27 
 
 		 297 aa  45.1  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3231  MscS Mechanosensitive ion channel  32.91 
 
 		 545 aa  45.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.371413 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2296  MscS mechanosensitive ion channel  24.55 
 
 		 270 aa  45.4  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3549  MscS mechanosensitive ion channel  22.81 
 
 		 803 aa  44.7  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.566467  normal  0.27975 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1452  MscS mechanosensitive ion channel  24.72 
 
 		 355 aa  44.7  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.678727  normal  0.0144942 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0308  MscS mechanosensitive ion channel  25.42 
 
 		 459 aa  44.7  0.002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4382  MscS mechanosensitive ion channel  22.99 
 
 		 262 aa  45.1  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.496887  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0971  MscS mechanosensitive ion channel  21.93 
 
 		 272 aa  44.7  0.002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0975842 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2171  MscS mechanosensitive ion channel  24.39 
 
 		 374 aa  45.1  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.920192  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>