More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4482 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4482  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 197 aa  401  1e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14402  normal  0.0182705 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0274  transcriptional regulator, TetR family  53.48 
 
 		 193 aa  185  4e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0735  TetR family transcriptional regulator  43.59 
 
 		 212 aa  170  1e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.177644  normal  0.315987 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2948  transcriptional regulator, TetR family  34.54 
 
 		 193 aa  125  3e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000720602  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06210  putative transcriptional regulator  39.41 
 
 		 189 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0238159 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5683  transcriptional regulator, TetR family  33.86 
 
 		 189 aa  106  2e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2114  transcriptional regulator, TetR family  34.62 
 
 		 193 aa  105  4e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0581  putative transcriptional regulator  35.88 
 
 		 189 aa  105  6e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10198  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 194 aa  104  8e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1740  transcriptional regulator, TetR family  34.57 
 
 		 188 aa  102  4e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.976934  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4071  putative transcriptional regulator, TetR family  32.63 
 
 		 193 aa  102  5e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0294777  normal  0.94431 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3452  transcriptional regulator, TetR family  32.35 
 
 		 205 aa  101  6e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0294937  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0275  TetR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 193 aa  100  2e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.280469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4057  TetR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 191 aa  99  4e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5016  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 191 aa  98.2  6e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.000793722  normal  0.491919 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1467  TetR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 192 aa  95.1  7e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.861342  normal  0.113855 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3287  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 194 aa  93.2  2e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.482502 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2750  TetR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 194 aa  93.2  2e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.209675  normal  0.0475693 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7118  putative transcriptional regulator, TetR family  29.48 
 
 		 186 aa  91.7  7e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0105564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2720  TetR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 194 aa  90.9  1e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.532546  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2764  TetR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 194 aa  90.9  1e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0206  TetR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 205 aa  89.4  3e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.611612 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4649  transcriptional regulator, TetR family  29.82 
 
 		 186 aa  88.6  6e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.490512  normal  0.521268 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6178  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 196 aa  87  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5671  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 190 aa  86.3  3e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3185  transcriptional regulator, TetR family  30.81 
 
 		 192 aa  84.3  0.000000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0726  regulatory protein TetR  28.26 
 
 		 200 aa  83.2  0.000000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3237  TetR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 193 aa  81.6  0.000000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0582489  normal  0.651915 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3009  TetR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 199 aa  79.3  0.00000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.101347  normal  0.721246 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2924  regulatory protein TetR  28.57 
 
 		 204 aa  76.6  0.0000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0973  TetR family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 215 aa  76.6  0.0000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.269206  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2194  transcriptional regulator, TetR family  27.62 
 
 		 203 aa  75.1  0.0000000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.285199  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1940  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 198 aa  73.9  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.688335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5685  TetR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 193 aa  73.6  0.000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2645  TetR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 194 aa  72.8  0.000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.154552  normal  0.491764 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5860  TetR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 194 aa  73.2  0.000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4133  transcriptional regulator, TetR family  29.59 
 
 		 193 aa  72.8  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01911  putative transcription regulator protein  28.18 
 
 		 191 aa  71.6  0.000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0303213 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6109  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 209 aa  71.2  0.000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0617571  normal  0.147608 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5870  TetR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 209 aa  71.2  0.000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0770  TetR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 196 aa  70.1  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1689  transcriptional regulator, TetR family  28.16 
 
 		 199 aa  70.1  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.403978 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1963  TetR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 190 aa  70.5  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.264679 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2958  transcriptional regulator, TetR family  28.41 
 
 		 186 aa  70.1  0.00000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0440878  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5306  TetR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 193 aa  70.1  0.00000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.635344  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5395  TetR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 193 aa  70.1  0.00000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.488916  normal  0.171159 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0480  transcriptional regulator, TetR family  28 
 
 		 205 aa  69.3  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.318214 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3409  TetR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 212 aa  69.7  0.00000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2215  TetR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 215 aa  68.9  0.00000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0275  TetR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 193 aa  68.6  0.00000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1967  TetR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 202 aa  68.6  0.00000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2558  TetR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 190 aa  68.2  0.00000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3088  transcriptional regulator of TetR family protein  28 
 
 		 198 aa  68.2  0.00000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.119848 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2644  putative transcriptional regulator, TetR family  32.87 
 
 		 205 aa  67  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3375  TetR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 196 aa  66.6  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0127  transcriptional regulator, TetR family  28.65 
 
 		 193 aa  66.6  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1699  transcriptional regulator, TetR family  24.52 
 
 		 205 aa  67  0.0000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.502572  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9229  transcriptional regulator TetR family  25.81 
 
 		 209 aa  66.2  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21864  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0798  transcriptional regulator, TetR family  26.5 
 
 		 194 aa  66.2  0.0000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2488  TetR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 201 aa  65.5  0.0000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0524247 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0685  TetR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 192 aa  65.9  0.0000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0111634 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5526  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 209 aa  64.7  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5890  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 209 aa  64.7  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.223104  normal  0.394498 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1527  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 212 aa  64.7  0.0000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6399  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 193 aa  64.7  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.147882 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1582  transcriptional regulator, TetR family  23.33 
 
 		 194 aa  63.5  0.000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000313158  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6284  regulatory protein, TetR  25.91 
 
 		 195 aa  63.5  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0268  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 202 aa  63.5  0.000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.329049 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0216  TetR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 175 aa  63.5  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2754  regulatory protein, TetR  27.43 
 
 		 219 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.396057  normal  0.0231562 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4813  TetR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 223 aa  62.8  0.000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0803  TetR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 196 aa  62.4  0.000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2843  transcriptional regulator, TetR family  36.08 
 
 		 209 aa  62.4  0.000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0809  transcriptional regulator, TetR family  24.43 
 
 		 214 aa  62.4  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3721  transcriptional regulator, TetR family  26.52 
 
 		 196 aa  62  0.000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0437946 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3038  transcriptional regulator, TetR family  25.57 
 
 		 209 aa  62  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.051717 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4743  TetR family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 212 aa  62.4  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0316  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 176 aa  61.6  0.000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2392  TetR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 198 aa  61.6  0.000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0101662  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1674  transcriptional regulator, TetR family  29.78 
 
 		 204 aa  61.6  0.000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3357  TetR family transcriptional regulator  25.14 
 
 		 211 aa  61.6  0.000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0594456 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0436  TetR/AcrR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 193 aa  61.2  0.000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00014648  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4264  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 181 aa  61.2  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2559  transcriptional regulator, TetR family  25.71 
 
 		 191 aa  60.5  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.927467  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4749  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 207 aa  60.1  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.590058  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5288  TetR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 186 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2110  transcriptional regulator, TetR family  27.69 
 
 		 200 aa  60.1  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0942807  normal  0.362877 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5462  TetR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 212 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0064  TetR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 210 aa  60.1  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5400  TetR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 212 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00236367 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4358  regulatory protein, TetR  29.94 
 
 		 220 aa  59.3  0.00000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0251  TetR family transcriptional regulator  24 
 
 		 212 aa  58.9  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.714148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0479  TetR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 207 aa  59.3  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0335  transcriptional regulator, TetR family  29.53 
 
 		 197 aa  58.5  0.00000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0635756  normal  0.0355079 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2862  TetR family transcriptional regulator  23.33 
 
 		 202 aa  58.5  0.00000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00162474  hitchhiker  0.00695972 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5582  TetR family transcriptional regulator  24.87 
 
 		 198 aa  58.5  0.00000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25370  Transcriptional regulatory protein, TetR  27.81 
 
 		 209 aa  57.8  0.00000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2547  TetR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 196 aa  57.4  0.0000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.28213  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3418  transcriptional regulator protein  27.87 
 
 		 193 aa  57.4  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4395  transcriptional regulator, TetR family  28.95 
 
 		 196 aa  56.6  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.724029  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>