148 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3331 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_3331  cytochrome d1, heme region  100 
 
 		 519 aa  1068    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3029  cytochrome d1 heme subunit  59.96 
 
 		 527 aa  600  1e-170  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.612791  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2495  cytochrome d1, heme region  32.78 
 
 		 484 aa  190  7e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.399935 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2608  cytochrome d1 heme region  30.31 
 
 		 547 aa  177  6e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.213874  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0610  putative c-type cytochrome  30.02 
 
 		 493 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.221994  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1905  cytochrome d1, heme region  27.83 
 
 		 542 aa  173  5e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.275872  normal  0.619697 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1710  cytochrome d1 heme region  27.83 
 
 		 566 aa  173  5.999999999999999e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.111193  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4229  heme-binding protein NirN  26.96 
 
 		 542 aa  172  1e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3260  cytochrome d1, heme region  28.43 
 
 		 528 aa  171  4e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06650  putative c-type cytochrome  30.71 
 
 		 493 aa  170  5e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0252622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5018  nitrite reductase (NO-forming)  28.33 
 
 		 503 aa  166  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3169  cytochrome d1, heme region  27.79 
 
 		 493 aa  162  9e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3132  hydroxylamine reductase  26.35 
 
 		 504 aa  162  1e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3172  nitrite reductase protein N  26.99 
 
 		 517 aa  162  2e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.854794 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0070  nitrite reductase (NO-forming)  26.85 
 
 		 517 aa  156  7e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.532245  normal  0.428629 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1450  cytochrome d1 heme region  27.22 
 
 		 525 aa  151  2e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.593871 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4220  nitrite reductase  27.1 
 
 		 542 aa  149  9e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0434848  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0462  Hydroxylamine reductase  27.32 
 
 		 553 aa  136  9.999999999999999e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000301578  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1985  nitrite reductase NirS  25.23 
 
 		 546 aa  124  3e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.0000493691  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3274  cytochrome d1, heme region  25.87 
 
 		 561 aa  124  5e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.825394  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3172  cytochrome d1, heme region  27.93 
 
 		 549 aa  120  7e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3123  cytochrome d1, heme region  27.41 
 
 		 400 aa  118  3e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.475371  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0652  Nitrite reductase (NO-forming)  27.09 
 
 		 565 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5010  hydroxylamine reductase  24.67 
 
 		 567 aa  116  8.999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.824886  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0077  nitrite reductase (NO-forming)  26.33 
 
 		 575 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.157876  normal  0.459085 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0617  heme d1 biosynthesis protein NirF  25.44 
 
 		 392 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2618  Nitrite reductase (NO-forming)  24.81 
 
 		 560 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0412143  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1717  Hydroxylamine reductase  25.14 
 
 		 574 aa  114  3e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1912  nitrite reductase (NO-forming)  25.14 
 
 		 574 aa  114  3e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06720  heme d1 biosynthesis protein NirF  25.15 
 
 		 392 aa  114  5e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.729227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3430  hydroxylamine reductase  25.6 
 
 		 690 aa  113  7.000000000000001e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.133713  decreased coverage  0.000818462 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4223  nirF protein  28.95 
 
 		 413 aa  110  6e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2487  hydroxylamine reductase  25.55 
 
 		 596 aa  108  2e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.756283 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06750  nitrite reductase precursor  25.48 
 
 		 568 aa  108  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3180  nitrite reductase precursor  27.15 
 
 		 583 aa  107  5e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.795013  normal  0.689934 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0620  nitrite reductase precursor  25.1 
 
 		 568 aa  107  6e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3323  cytochrome c, class I:cytochrome d1, heme region  25.05 
 
 		 576 aa  106  8e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000018049 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0339  Hydroxylamine reductase  26.05 
 
 		 548 aa  106  1e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000373839  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2490  cytochrome d1, heme region  28.4 
 
 		 384 aa  105  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.697669 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1910  cytochrome d1, heme region  27.93 
 
 		 404 aa  105  1e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3270  cytochrome d1, heme region  27.44 
 
 		 387 aa  105  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1715  cytochrome d1 heme region  27.93 
 
 		 404 aa  104  3e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.792941  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0461  cytochrome d1 heme region  23.98 
 
 		 556 aa  104  5e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00181768  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0075  heme d1 biosynthesis protein NirF  26.49 
 
 		 391 aa  103  8e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.61983 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3125  hydroxylamine reductase  25 
 
 		 574 aa  103  8e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.74527  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1442  hydroxylamine reductase  23.49 
 
 		 573 aa  103  8e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1444  cytochrome d1 heme region  26.03 
 
 		 397 aa  101  3e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2080  cytochrome d1, heme region  26.81 
 
 		 390 aa  100  7e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.79845  normal  0.193812 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0591  cytochrome d1, heme region  26.12 
 
 		 538 aa  97.8  4e-19  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5013  cytochrome d1, heme region  23.64 
 
 		 413 aa  94.4  5e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0340  cytochrome d1 heme region  23.04 
 
 		 557 aa  92.4  2e-17  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000596399  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1921  cytochrome d1, heme region  25.05 
 
 		 541 aa  90.9  6e-17  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2613  cytochrome d1 heme region  27.05 
 
 		 402 aa  90.5  6e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.683986  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3177  cytochrome cd1  26.89 
 
 		 388 aa  90.1  8e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.976412 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1651  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  29.5 
 
 		 366 aa  69.7  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0495995  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3134  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.48 
 
 		 329 aa  67  0.0000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1988  nitrite reductase NirF  26.25 
 
 		 378 aa  65.9  0.000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.250805  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2669  YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  26.81 
 
 		 329 aa  64.7  0.000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3461  hypothetical protein  22.3 
 
 		 1667 aa  64.7  0.000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0200466 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1947  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27 
 
 		 321 aa  64.7  0.000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.107167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3094  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.81 
 
 		 329 aa  63.5  0.000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1180  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.61 
 
 		 348 aa  60.5  0.00000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2474  serine/threonine protein kinase  28 
 
 		 776 aa  58.5  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000122678  hitchhiker  0.00951365 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5012  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.39 
 
 		 328 aa  58.2  0.0000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.87 
 
 		 328 aa  57.8  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.804553 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2720  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.27 
 
 		 327 aa  57.4  0.0000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.441743  normal  0.222343 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0008  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.46 
 
 		 328 aa  56.6  0.0000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1111  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.82 
 
 		 415 aa  56.6  0.000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2182  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.75 
 
 		 328 aa  56.2  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.960919  normal  0.361947 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1847  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.75 
 
 		 328 aa  56.2  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1798  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.75 
 
 		 328 aa  55.8  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.178604 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5946  hypothetical protein  25.98 
 
 		 335 aa  55.8  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.413052  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5316  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  23.9 
 
 		 330 aa  55.1  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.131426  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.89 
 
 		 312 aa  54.7  0.000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1940  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.7 
 
 		 320 aa  54.7  0.000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.960235  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1892  hypothetical protein  26.54 
 
 		 334 aa  54.3  0.000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.181009  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4548  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.83 
 
 		 347 aa  54.3  0.000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.433204  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1279  hypothetical protein  24.62 
 
 		 329 aa  53.5  0.000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5463  hypothetical protein  23.79 
 
 		 329 aa  52  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1241  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.35 
 
 		 320 aa  52.4  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0330167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1260  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.94 
 
 		 345 aa  52.4  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.226766  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3143  cell surface protein  26.47 
 
 		 819 aa  51.2  0.00004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.302282  normal  0.566596 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2583  hypothetical protein  24.35 
 
 		 312 aa  51.2  0.00004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3937  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.29 
 
 		 334 aa  51.6  0.00004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.328417  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2189  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.32 
 
 		 348 aa  51.2  0.00005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3772  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  22.31 
 
 		 406 aa  50.8  0.00006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2282  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.73 
 
 		 658 aa  50.8  0.00006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.512242 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2259  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.49 
 
 		 326 aa  50.4  0.00008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.669403  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0101  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  27.72 
 
 		 354 aa  50.1  0.00009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1242  hypothetical protein  24.54 
 
 		 810 aa  50.1  0.00009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2457  cytochrome d1 heme region  25.31 
 
 		 660 aa  50.1  0.00009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.274267  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2346  cytochrome c class I  38.14 
 
 		 187 aa  50.1  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1859  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.58 
 
 		 329 aa  50.1  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.981734  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0721  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.24 
 
 		 344 aa  49.7  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.285892 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3620  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.71 
 
 		 324 aa  50.1  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.793181  normal  0.0342651 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2106  hypothetical protein  25.42 
 
 		 317 aa  49.3  0.0002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2304  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.58 
 
 		 317 aa  49.3  0.0002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0594691 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1471  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.59 
 
 		 348 aa  49.3  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0484  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  22.09 
 
 		 323 aa  48.9  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.558778 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2448  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.9 
 
 		 658 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.165811  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>