More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_4954 on replicon NC_012848
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012848  Rleg_4954  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 
223 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00163752  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5024  cyclic nucleotide-binding protein  60.09 
 
 
221 aa  263  1e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.923745  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3466  regulator of Biofilm formation Fnr Family  44.44 
 
 
235 aa  181  7e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3301  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  41.2 
 
 
227 aa  179  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.306356 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5927  cyclic nucleotide-binding protein  37.38 
 
 
226 aa  123  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.514964 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2376  CRP/FNR family transcriptional regulator  36.11 
 
 
226 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.253524 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2478  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.56 
 
 
249 aa  98.6  7e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.651433 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0301  transcriptional activator FtrB  29.95 
 
 
236 aa  92  7e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.025844  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0277  transcriptional activator FtrB  29.95 
 
 
236 aa  92  7e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.739319  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2709  transcriptional activator FtrB  30.37 
 
 
232 aa  89.4  4e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0829617 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3189  transcriptional regulator  27.14 
 
 
236 aa  89  5e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1522  cyclic nucleotide-binding  30.14 
 
 
241 aa  86.3  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.500349  normal  0.967279 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.36 
 
 
227 aa  83.2  0.000000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0079  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.35 
 
 
225 aa  82.8  0.000000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.849443  normal  0.162256 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2636  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.7 
 
 
234 aa  82.4  0.000000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0740  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.62 
 
 
255 aa  81.3  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3406  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.67 
 
 
227 aa  81.3  0.00000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.757412  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.11 
 
 
230 aa  81.3  0.00000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552774  hitchhiker  0.0000198015 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1012  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.19 
 
 
241 aa  81.3  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.88102  normal  0.736744 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20120  cAMP-binding protein  26.03 
 
 
223 aa  81.3  0.00000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00290987  normal  0.0142715 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3468  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.67 
 
 
227 aa  80.5  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.91 
 
 
241 aa  80.1  0.00000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3191  transcriptional regulator Dnr  28.37 
 
 
227 aa  79.7  0.00000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.7 
 
 
229 aa  80.1  0.00000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.11 
 
 
227 aa  79  0.00000000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2600  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.48 
 
 
229 aa  77.8  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0103419  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.73 
 
 
229 aa  75.5  0.0000000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4620  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.11 
 
 
237 aa  74.3  0.000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.128051 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.45 
 
 
229 aa  74.3  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.9 
 
 
248 aa  73.9  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.27 
 
 
225 aa  73.9  0.000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  25.79 
 
 
226 aa  73.6  0.000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1643  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.51 
 
 
227 aa  72  0.000000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.11 
 
 
228 aa  70.1  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.23 
 
 
226 aa  70.9  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2812  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.05 
 
 
243 aa  70.1  0.00000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0362  Crp/FNR family transcriptional regulator  23 
 
 
234 aa  70.1  0.00000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.74387  normal  0.571703 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0906  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.14 
 
 
238 aa  69.7  0.00000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0460  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.13 
 
 
232 aa  69.3  0.00000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.884408 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3861  transcriptional activator FtrB  27.86 
 
 
256 aa  68.9  0.00000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2574  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.79 
 
 
236 aa  69.3  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2889  transcriptional activator FtrB  24.64 
 
 
239 aa  68.9  0.00000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22661  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0106  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.93 
 
 
254 aa  68.9  0.00000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.12 
 
 
251 aa  68.9  0.00000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1803  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.31 
 
 
249 aa  68.6  0.00000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0808632  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.88 
 
 
226 aa  68.2  0.0000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.64 
 
 
224 aa  67  0.0000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0700  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.72 
 
 
228 aa  66.6  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.259996 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0981  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.99 
 
 
246 aa  66.2  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0154476 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0857  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.99 
 
 
229 aa  66.2  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.84 
 
 
228 aa  66.6  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
230 aa  66.6  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4238  transcriptional activator FtrB  29.33 
 
 
234 aa  66.6  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.363885 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2417  cyclic nucleotide-binding protein  27.69 
 
 
250 aa  66.2  0.0000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.034588  normal  0.0382931 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0027  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.07 
 
 
237 aa  65.5  0.0000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A06  Crp-like transcriptional regulator  22.71 
 
 
230 aa  65.1  0.0000000009  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2572  crpK, Fnr-type transcriptional regulator  26.54 
 
 
263 aa  64.7  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1230  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.54 
 
 
263 aa  64.7  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.03 
 
 
242 aa  64.7  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09560  cAMP-binding protein  26.44 
 
 
231 aa  64.7  0.000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.348668  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5386  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.51 
 
 
230 aa  63.9  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.662421  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.83 
 
 
227 aa  64.3  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.88 
 
 
220 aa  63.5  0.000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3511  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.73 
 
 
233 aa  63.9  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1939  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.23 
 
 
235 aa  63.9  0.000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1531  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 
239 aa  63.9  0.000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.169257  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  24.09 
 
 
228 aa  62.8  0.000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.23 
 
 
225 aa  62.8  0.000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7045  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.76 
 
 
237 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  0.0108856 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1171  cyclic nucleotide-binding protein  23.11 
 
 
226 aa  63.2  0.000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00521884  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  25.52 
 
 
228 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.28 
 
 
229 aa  62.4  0.000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  24.66 
 
 
226 aa  62.4  0.000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.75 
 
 
225 aa  62.4  0.000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1658  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.38 
 
 
222 aa  62  0.000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.365354  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1356  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.38 
 
 
222 aa  62  0.000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  25.23 
 
 
225 aa  62  0.000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  23.66 
 
 
243 aa  62  0.000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.62 
 
 
226 aa  61.6  0.000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3897  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.35 
 
 
227 aa  61.6  0.000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.280734  normal  0.887061 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1678  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.86 
 
 
230 aa  61.2  0.00000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.330352  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.28 
 
 
243 aa  61.2  0.00000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2593  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.06 
 
 
254 aa  60.5  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.431237  normal  0.296758 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.86 
 
 
231 aa  60.5  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.56 
 
 
234 aa  60.5  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1312  CRP/FNR family transcriptional regulator  20.79 
 
 
209 aa  60.8  0.00000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.000433355  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1951  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.12 
 
 
263 aa  60.5  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1286  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.73 
 
 
227 aa  60.5  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0407  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.79 
 
 
243 aa  60.5  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.23 
 
 
242 aa  60.1  0.00000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.191538  hitchhiker  0.00387918 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2668  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.03 
 
 
225 aa  60.1  0.00000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0967754  hitchhiker  0.000000348595 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2027  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.81 
 
 
226 aa  60.1  0.00000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3583  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.59 
 
 
225 aa  59.7  0.00000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4660  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.59 
 
 
225 aa  59.7  0.00000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.85 
 
 
226 aa  59.3  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.43 
 
 
228 aa  59.3  0.00000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2775  Crp/FNR family transcriptional regulator  20.85 
 
 
232 aa  59.3  0.00000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.9012  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  25.34 
 
 
225 aa  58.9  0.00000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  26.58 
 
 
224 aa  58.9  0.00000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1951  transcriptional regulator FixK  29.14 
 
 
231 aa  58.5  0.00000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>