More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS00940 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS00355  putative RHS-related transmembrane protein  86.18 
 
 		 741 aa  765    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00940  rhs-related protein  100 
 
 		 468 aa  914    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.70443 
 
 
-
 
NC_003296  RS04760  putative RHS-related protein  94.29 
 
 		 788 aa  823    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05537  putative RHS-related protein  83.11 
 
 		 764 aa  737    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.285743  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05695  putative RHS-related protein  94.29 
 
 		 788 aa  823    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05526  putative RHS-related protein  82.59 
 
 		 705 aa  629  1e-179  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04723  RhsD protein  34.62 
 
 		 920 aa  187  4e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.370413  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04849  RhsD protein  34.52 
 
 		 917 aa  186  9e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0148662  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2251  YD repeat protein  35.02 
 
 		 1577 aa  183  5.0000000000000004e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.37026  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  36.36 
 
 		 1467 aa  181  2e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0173  Rhs family protein  34.97 
 
 		 1381 aa  181  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2322  YD repeat-containing protein  33.71 
 
 		 913 aa  173  5.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.330208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32830  hypothetical protein  32.81 
 
 		 889 aa  172  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000050197  hitchhiker  0.0000345173 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20520  hypothetical protein  32.81 
 
 		 903 aa  169  7e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000061545  normal  0.488224 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  31.4 
 
 		 927 aa  157  4e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2453  YD repeat-containing protein  35.32 
 
 		 1177 aa  155  1e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0637205 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1946  YD repeat-containing protein  31.7 
 
 		 1433 aa  150  6e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.465933  normal  0.94223 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2292  hypothetical protein  38.81 
 
 		 347 aa  149  1.0000000000000001e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00576  RhsD protein  37.11 
 
 		 613 aa  146  6e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0017  YD repeat protein  30.79 
 
 		 738 aa  144  4e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.215545  hitchhiker  0.000002636 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4158  YD repeat-containing protein  32.28 
 
 		 1198 aa  144  4e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.529985 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3720  YD repeat-containing protein  28.4 
 
 		 1301 aa  137  4e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.148361  decreased coverage  0.000379992 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2437  YD repeat-containing protein  30.28 
 
 		 690 aa  131  3e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  29.71 
 
 		 2277 aa  119  9.999999999999999e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1945  YD repeat-containing protein  31.51 
 
 		 605 aa  114  4.0000000000000004e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.312246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  29.91 
 
 		 2096 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  29.38 
 
 		 1271 aa  112  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2016  hypothetical protein  45.95 
 
 		 159 aa  110  5e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  32.09 
 
 		 1352 aa  107  5e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4802  hypothetical protein  27.5 
 
 		 2017 aa  105  2e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.772458  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1472  NHL/RHS/YD repeat-containing protein  27.27 
 
 		 1834 aa  103  6e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  25.98 
 
 		 2035 aa  102  1e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  25.17 
 
 		 3027 aa  102  2e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3459  YD repeat-containing protein  28.15 
 
 		 3193 aa  101  2e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2934  YD repeat protein  28.57 
 
 		 1953 aa  100  6e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.601825 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1158  YD repeat-containing protein  30.3 
 
 		 1517 aa  99.4  1e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0480723  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  28.85 
 
 		 1197 aa  97.4  5e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00942  signal peptide protein  94.12 
 
 		 58 aa  95.1  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.494822 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2953  YD repeat-containing protein  28.16 
 
 		 1127 aa  93.2  1e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.000628016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  23.76 
 
 		 1942 aa  92  2e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  28.57 
 
 		 1485 aa  91.3  3e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  35.29 
 
 		 1626 aa  91.3  4e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1441  hypothetical protein  29.22 
 
 		 2138 aa  90.9  5e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  25.39 
 
 		 1434 aa  90.9  5e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4514  YD repeat-containing protein  29.12 
 
 		 3689 aa  89  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40016 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  24.96 
 
 		 2149 aa  89  2e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  22.86 
 
 		 1917 aa  88.6  2e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1558  YD repeat-containing protein  23.63 
 
 		 3320 aa  88.2  3e-16  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1373  integrins alpha chain  31.22 
 
 		 1976 aa  87.8  3e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2808  peptidase C39, bacteriocin processing  28.57 
 
 		 1599 aa  87.4  5e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3232  YD repeat-containing protein  22.31 
 
 		 1669 aa  87.4  6e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  23.14 
 
 		 1840 aa  87  6e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  25.78 
 
 		 1611 aa  85.9  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2577  YD repeat-containing protein  25.78 
 
 		 1565 aa  86.3  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.328115  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0507  FG-GAP/YD repeat-containing protein  28.7 
 
 		 2032 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.584165  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2570  YD repeat-containing protein  25.78 
 
 		 1565 aa  86.3  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.332337  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  26.62 
 
 		 1600 aa  85.5  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1967  YD repeat-containing protein  28.23 
 
 		 2486 aa  85.5  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0622  FG-GAP/YD repeat-containing protein  27.66 
 
 		 2031 aa  84.3  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  25 
 
 		 1959 aa  84.3  0.000000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0606  Rhs family protein  27.94 
 
 		 2031 aa  83.2  0.000000000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1475  YD repeat-containing protein  30.11 
 
 		 2294 aa  82.8  0.00000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.705972 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2020  YD repeat-containing protein  22.57 
 
 		 1140 aa  82  0.00000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5146  YD repeat-containing protein  28.19 
 
 		 2374 aa  82.4  0.00000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0129  Rhs family protein  28.21 
 
 		 1427 aa  82.4  0.00000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0044  hypothetical protein  28.62 
 
 		 2117 aa  81.6  0.00000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  26.28 
 
 		 1259 aa  81.6  0.00000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1560  YD repeat-containing protein  23.66 
 
 		 1126 aa  81.3  0.00000000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2022  YD repeat-containing protein  22.86 
 
 		 1488 aa  80.9  0.00000000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.904557  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0303  YD repeat-containing protein  26.71 
 
 		 3273 aa  81.3  0.00000000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4142  YD repeat protein  29.11 
 
 		 1046 aa  80.9  0.00000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  25.15 
 
 		 1576 aa  80.5  0.00000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0188  YD repeat-containing protein  25.62 
 
 		 1147 aa  80.5  0.00000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.336651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011727  PCC8801_4560  YD repeat protein  29.31 
 
 		 1485 aa  80.5  0.00000000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2036  YD repeat-containing protein  28.25 
 
 		 3073 aa  80.1  0.00000000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  25.16 
 
 		 1518 aa  79  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2107  YD repeat protein  30.66 
 
 		 1681 aa  78.6  0.0000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  24.8 
 
 		 1614 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2951  RhsD protein  25.72 
 
 		 1539 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05538  RHS Repeat family  23.84 
 
 		 1579 aa  78.2  0.0000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0425564  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0792  FG-GAP/YD repeat-containing protein  27.4 
 
 		 2031 aa  78.6  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.766885  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00285  RhsD protein  23.84 
 
 		 1428 aa  77.8  0.0000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0673678  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3345  YD repeat-containing protein  28.28 
 
 		 1583 aa  77.4  0.0000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.370886  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  24.52 
 
 		 1551 aa  77.4  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6111  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  25.85 
 
 		 1558 aa  77  0.0000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.25246 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  25.35 
 
 		 1488 aa  76.6  0.0000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0267  rhsD protein  25.72 
 
 		 1539 aa  76.6  0.0000000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2855  FG-GAP/YD repeat-containing protein  28.64 
 
 		 1825 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  25.61 
 
 		 1528 aa  76.3  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0008  FG-GAP/YD repeat-containing protein  27.96 
 
 		 1806 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.957829  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00283  RhsD protein  25.11 
 
 		 613 aa  76.3  0.000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.333499  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2231  FG-GAP/YD repeat-containing protein  28.64 
 
 		 1825 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.685998  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  24.52 
 
 		 1527 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  23.39 
 
 		 924 aa  74.7  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  24.79 
 
 		 1489 aa  74.3  0.000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  25.63 
 
 		 1560 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1923  peptidoglycan-binding LysM  26.58 
 
 		 5189 aa  73.9  0.000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2813  YD repeat protein  23.61 
 
 		 1673 aa  73.9  0.000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3683  peptidoglycan-binding LysM  26.58 
 
 		 5236 aa  73.6  0.000000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  25.33 
 
 		 1981 aa  73.6  0.000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>