283 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2612 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  97.59 
 
 		 1385 aa  926    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2612  YD repeat-containing protein  100 
 
 		 497 aa  1030    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.346414 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  75.22 
 
 		 1411 aa  733    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0373  Rhs family protein  68.91 
 
 		 855 aa  666    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4081  Rhs family protein  71.52 
 
 		 1140 aa  702    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.451767  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  71.4 
 
 		 1386 aa  703    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4805  YD repeat-containing protein  70.22 
 
 		 1229 aa  674    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739306  normal  0.809733 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  74.02 
 
 		 1409 aa  724    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  97.15 
 
 		 1400 aa  923    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2528  YD repeat-containing protein  78.89 
 
 		 283 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2613  YD repeat-containing protein  96 
 
 		 866 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.315185 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4990  YD repeat-containing protein  73.8 
 
 		 867 aa  353  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6085  YD repeat-containing protein  36.62 
 
 		 1410 aa  283  7.000000000000001e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  37.45 
 
 		 1446 aa  274  3e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6210  RHS protein  37.23 
 
 		 1421 aa  268  2e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0158165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1283  YD repeat-containing protein  33.69 
 
 		 1531 aa  247  4e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.950777 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0321  Rhs family protein  33.4 
 
 		 1359 aa  244  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.73436  hitchhiker  0.000636537 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2838  YD repeat-containing protein  32.38 
 
 		 1654 aa  233  7.000000000000001e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0573188  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0403  YD repeat-containing protein  32.4 
 
 		 1390 aa  226  8e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0333  RHS/YD repeat-containing protein  31.97 
 
 		 1418 aa  226  1e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0330  RHS/YD repeat-containing protein  32.4 
 
 		 1402 aa  225  1e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.581458  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  33.48 
 
 		 1568 aa  214  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3692  RHS/YD repeat-containing protein  30.75 
 
 		 1419 aa  213  7e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.333413  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3345  YD repeat-containing protein  31.01 
 
 		 1583 aa  209  7e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.370886  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0499  YD repeat-containing protein  30.69 
 
 		 1604 aa  204  4e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  33.09 
 
 		 1362 aa  203  5e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4997  YD repeat-containing protein  75 
 
 		 555 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2434  RHS protein  34.39 
 
 		 1348 aa  197  3e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  30.91 
 
 		 1379 aa  195  2e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4085  RHS family protein, putative  31.64 
 
 		 1530 aa  176  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.572678  normal  0.0133781 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  29.47 
 
 		 1586 aa  174  3.9999999999999995e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  31.47 
 
 		 1520 aa  169  1e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2330  RHS protein  30.27 
 
 		 1573 aa  167  5e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.361613 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  31.47 
 
 		 1527 aa  167  5e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  31.2 
 
 		 1550 aa  166  8e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  36.86 
 
 		 924 aa  166  8e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3017  YD repeat-containing protein  29.92 
 
 		 1149 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  31.47 
 
 		 1551 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  30.67 
 
 		 1547 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2647  YD repeat-containing protein  31.23 
 
 		 934 aa  164  3e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.217872  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  31.82 
 
 		 1626 aa  162  1e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  30.24 
 
 		 1602 aa  155  2e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3480  YD repeat-containing protein  31.39 
 
 		 1620 aa  152  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.219558 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6684  YD repeat-containing protein  28.73 
 
 		 1149 aa  151  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.198743  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  29.43 
 
 		 1485 aa  150  5e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0131  Rhs1 protein  25.92 
 
 		 1150 aa  149  8e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.462528  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  28.85 
 
 		 1609 aa  149  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3788  YD repeat-containing protein  28.7 
 
 		 1554 aa  149  1.0000000000000001e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0253716  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  30.08 
 
 		 1560 aa  147  6e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1615  Rhs1 protein  25.49 
 
 		 1150 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0145  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  25.49 
 
 		 1150 aa  145  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0168  Rhs1 protein  25.49 
 
 		 1150 aa  145  2e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29400  hypothetical protein  28.57 
 
 		 1317 aa  137  5e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2870  YD repeat protein  27.5 
 
 		 2144 aa  135  1.9999999999999998e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  25 
 
 		 2035 aa  134  3e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0572  YD repeat protein  28.57 
 
 		 1509 aa  133  7.999999999999999e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.442069  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3959  hypothetical protein  28.04 
 
 		 1319 aa  131  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0299  YD repeat-containing protein  30.61 
 
 		 1525 aa  129  9.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4482  YD repeat-containing protein  30.61 
 
 		 1528 aa  129  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2521  YD repeat-containing protein  30.61 
 
 		 1509 aa  129  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  28.66 
 
 		 1981 aa  126  7e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1235  hypothetical protein  31.48 
 
 		 1405 aa  124  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.617923 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0244  protein RhsH  30 
 
 		 1417 aa  124  4e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0246  Rhs protein  29.74 
 
 		 1415 aa  124  4e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3796  YD repeat-containing protein  38.55 
 
 		 422 aa  124  4e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.982597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05538  RHS Repeat family  25.56 
 
 		 1579 aa  124  4e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0425564  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00285  RhsD protein  25.56 
 
 		 1428 aa  124  5e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0673678  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  27.18 
 
 		 1259 aa  123  9e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0252  RHS Repeat family protein  30.2 
 
 		 1410 aa  123  9e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.661469 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  27.87 
 
 		 1488 aa  123  9e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  27.5 
 
 		 2096 aa  119  7.999999999999999e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1115  protein RhsA  29.95 
 
 		 1388 aa  118  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  25.49 
 
 		 3027 aa  116  6.9999999999999995e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2104  rhsD protein  25.56 
 
 		 1593 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0967057  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0601  RHS Repeat family protein  30.08 
 
 		 1398 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  24.49 
 
 		 2277 aa  115  2.0000000000000002e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  26.55 
 
 		 1271 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  26.09 
 
 		 1518 aa  114  4.0000000000000004e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2065  protein rhsD  29.82 
 
 		 1400 aa  113  9e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.595023 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1653  YD repeat-containing protein  27.44 
 
 		 1251 aa  112  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000538479 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1667  YD repeat-containing protein  27.44 
 
 		 1199 aa  111  3e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.620432 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2201  YD repeat-containing protein  29.63 
 
 		 1268 aa  110  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00448  rhsD element protein  29.55 
 
 		 1426 aa  110  5e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3113  YD repeat protein  29.55 
 
 		 1426 aa  110  5e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.637043  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00453  hypothetical protein  29.55 
 
 		 1426 aa  110  5e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  26.96 
 
 		 1352 aa  110  5e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01426  hypothetical protein  29.55 
 
 		 1216 aa  110  8.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0536  RhsD protein precursor  29.55 
 
 		 1429 aa  110  8.000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2951  RhsD protein  27.41 
 
 		 1539 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01414  rhsE element core protein RshE  29.55 
 
 		 1200 aa  109  1e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1639  protein rhsD, truncation  28.91 
 
 		 1405 aa  109  1e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4010  protein rhsA precursor  27.94 
 
 		 1388 aa  108  2e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0548  RhsC protein  27.94 
 
 		 1308 aa  108  2e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  25.73 
 
 		 1434 aa  107  4e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0267  rhsD protein  27.19 
 
 		 1539 aa  107  6e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3712  YD repeat-containing protein  28.03 
 
 		 1490 aa  106  9e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.913964 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  27.48 
 
 		 1614 aa  105  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  27.64 
 
 		 2149 aa  104  3e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2806  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  25 
 
 		 1552 aa  104  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1171  rhsD protein  25 
 
 		 1543 aa  105  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>