More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppro_3049 on replicon NC_008609
Organism: Pelobacter propionicus DSM 2379



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU3089  RNA polymerase sigma factor RpoD  73.85 
 
 
577 aa  794    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3049  RpoD family RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
582 aa  1150    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000323778  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3694  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  76.58 
 
 
584 aa  808    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2678  RNA polymerase, sigma(70) factor  63.7 
 
 
588 aa  695    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD-like  75.26 
 
 
579 aa  808    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.309099  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1013  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  77.13 
 
 
586 aa  858    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.241628  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3789  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  76.41 
 
 
584 aa  811    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4047  RpoD family RNA polymerase sigma factor  77.34 
 
 
586 aa  832    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000898252  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  56.66 
 
 
819 aa  632  1e-180  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.023937  normal  0.967295 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  56.57 
 
 
802 aa  624  1e-177  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  56.57 
 
 
805 aa  624  1e-177  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1212  RpoD family RNA polymerase sigma factor  57.63 
 
 
599 aa  613  9.999999999999999e-175  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.389301 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6393  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  56.97 
 
 
697 aa  609  1e-173  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4296  sigma 38, RpoS  53.08 
 
 
574 aa  546  1e-154  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.939988  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2052  sigma-70 factor  50.08 
 
 
589 aa  531  1e-149  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0289381  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1370  RpoD family RNA polymerase sigma factor  51.01 
 
 
590 aa  531  1e-149  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.69514  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0494  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  49.75 
 
 
590 aa  524  1e-147  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00018772 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1085  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  51.11 
 
 
589 aa  525  1e-147  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.348489  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1894  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  50.77 
 
 
587 aa  519  1e-146  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0780433  normal  0.0147198 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3036  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.9 
 
 
650 aa  519  1e-146  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.672133  normal  0.0730738 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2457  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  51.02 
 
 
588 aa  516  1.0000000000000001e-145  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.36607  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2956  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.36 
 
 
685 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.661846  normal  0.765968 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2698  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.36 
 
 
685 aa  518  1.0000000000000001e-145  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2223  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.22 
 
 
684 aa  512  1e-144  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.909568 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3104  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.27 
 
 
681 aa  514  1e-144  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.218533  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.34 
 
 
666 aa  510  1e-143  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183053  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3299  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.07 
 
 
685 aa  506  9.999999999999999e-143  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.269398  normal  0.821458 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1434  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.36 
 
 
672 aa  508  9.999999999999999e-143  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.960837  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1479  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.36 
 
 
672 aa  508  9.999999999999999e-143  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2317  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.4 
 
 
656 aa  506  9.999999999999999e-143  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.1091  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7520  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.57 
 
 
665 aa  508  9.999999999999999e-143  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1688  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.29 
 
 
671 aa  508  9.999999999999999e-143  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.585859  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0573  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.09 
 
 
659 aa  502  1e-141  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0966  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.54 
 
 
666 aa  503  1e-141  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0575289  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.62 
 
 
666 aa  504  1e-141  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2261  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.77 
 
 
664 aa  504  1e-141  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.435799 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0418  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.51 
 
 
616 aa  501  1e-140  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.8 
 
 
666 aa  501  1e-140  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.06387 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  49.43 
 
 
616 aa  501  1e-140  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2310  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  47.88 
 
 
621 aa  501  1e-140  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2283  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  47.88 
 
 
621 aa  501  1e-140  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  49.43 
 
 
616 aa  500  1e-140  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0610  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.8 
 
 
718 aa  499  1e-140  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.112929 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0045  hypothetical protein  49.17 
 
 
602 aa  500  1e-140  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250484  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.19 
 
 
707 aa  499  1e-140  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2322  sigma 70 (RpoD)  47.02 
 
 
644 aa  501  1e-140  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000648058  hitchhiker  0.00289182 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0586  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.57 
 
 
667 aa  499  1e-140  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  0.0214442 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3035  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48.31 
 
 
619 aa  500  1e-140  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2151  RpoD family RNA polymerase sigma factor  50.67 
 
 
738 aa  499  1e-140  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0387  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.43 
 
 
616 aa  497  1e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.00859546  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  48.17 
 
 
602 aa  497  1e-139  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0421  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.43 
 
 
616 aa  497  1e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0853887  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1970  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48.05 
 
 
631 aa  492  9.999999999999999e-139  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.53576  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0862  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.46 
 
 
638 aa  494  9.999999999999999e-139  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0093579  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2336  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.05 
 
 
624 aa  493  9.999999999999999e-139  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.684077  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  48.76 
 
 
599 aa  491  1e-137  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0721  sigma 70 (RpoD)  64.04 
 
 
805 aa  490  1e-137  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.473729  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01730  RNA polymerase sigma factor  48.13 
 
 
611 aa  490  1e-137  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0157743  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4334  RNA polymerase sigma-70 factor  48.05 
 
 
616 aa  486  1e-136  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0044  RNA polymerase sigma factor RpoD  49.19 
 
 
621 aa  488  1e-136  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00416651  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48.6 
 
 
598 aa  486  1e-136  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1153  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.84 
 
 
611 aa  483  1e-135  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000483168  normal  0.0896301 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0716  Fis family transcriptional regulator  46.74 
 
 
613 aa  483  1e-135  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000378476  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0718  RNA polymerase sigma factor RpoD  49.84 
 
 
617 aa  485  1e-135  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0616  RNA polymerase, sigma 70 factor  46.99 
 
 
612 aa  484  1e-135  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.840508  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3370  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.27 
 
 
612 aa  483  1e-135  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.264997  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2697  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.12 
 
 
610 aa  482  1e-135  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.057224  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3489  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.77 
 
 
611 aa  482  1e-135  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0495804  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1104  RpoD family RNA polymerase sigma factor  47.94 
 
 
616 aa  480  1e-134  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0640269  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1041  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  46.81 
 
 
612 aa  481  1e-134  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.28445  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1575  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48.11 
 
 
623 aa  479  1e-134  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0235989  normal  0.0103568 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0461  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  46.74 
 
 
608 aa  481  1e-134  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1072  RpoD family RNA polymerase sigma factor  48.67 
 
 
612 aa  481  1e-134  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.321598  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0658  RpoD family RNA polymerase sigma factor  47.37 
 
 
618 aa  479  1e-134  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.271928  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2834  RNA polymerase sigma factor RpoD-like protein  47.06 
 
 
617 aa  479  1e-134  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0916822  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0996  RpoD family RNA polymerase sigma factor  48.52 
 
 
616 aa  478  1e-133  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0289616  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2996  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.15 
 
 
614 aa  478  1e-133  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000465174  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4300  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.52 
 
 
647 aa  475  1e-132  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1188  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  46.01 
 
 
627 aa  472  1e-132  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.438947  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1806  sigma 70 (RpoD)  47.76 
 
 
594 aa  473  1e-132  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000803488  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3169  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  46.17 
 
 
611 aa  474  1e-132  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.148528  normal  0.341399 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1221  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  46.01 
 
 
627 aa  472  1e-132  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.104356  normal  0.675776 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2908  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  46.43 
 
 
619 aa  474  1e-132  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.32821  normal  0.122569 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2990  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  46.43 
 
 
619 aa  474  1e-132  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0529376  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1144  RpoD family RNA polymerase sigma factor  46.01 
 
 
627 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0208725  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.75 
 
 
623 aa  467  9.999999999999999e-131  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1784  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.95 
 
 
698 aa  466  9.999999999999999e-131  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.101726  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0623  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.92 
 
 
623 aa  467  9.999999999999999e-131  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0393  RNA polymerase sigma factor  45.95 
 
 
698 aa  466  9.999999999999999e-131  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.735984  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2562  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  45.93 
 
 
754 aa  462  1e-129  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0018126 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3097  sigma 70 (RpoD)  47.28 
 
 
784 aa  460  9.999999999999999e-129  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.884131  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1235  RNA polymerase sigma factor RpoD  46 
 
 
595 aa  461  9.999999999999999e-129  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2491  putative RNA polymerase sigma(sigma-70) factor transcription regulator protein  47.37 
 
 
746 aa  460  9.999999999999999e-129  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.046137  normal  0.87444 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1558  sigma 70 (RpoD)  46.43 
 
 
783 aa  457  1e-127  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.990853  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2058  RpoD family RNA polymerase sigma factor  46.89 
 
 
635 aa  452  1.0000000000000001e-126  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.704789  normal  0.0381419 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1604  RpoD family RNA polymerase sigma factor  46.58 
 
 
736 aa  453  1.0000000000000001e-126  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.362235  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  45.81 
 
 
754 aa  449  1e-125  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.578035  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0315  RNA polymerase sigma factor rpoD  41.11 
 
 
622 aa  447  1.0000000000000001e-124  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0760  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.29 
 
 
622 aa  443  1e-123  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.856067  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2129  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.35 
 
 
710 aa  439  9.999999999999999e-123  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.22382 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>