More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1272 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_1272  tRNA modification GTPase TrmE  100 
 
 		 438 aa  840    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.803467 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3624  tRNA modification GTPase TrmE  54.92 
 
 		 455 aa  389  1e-107  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.473452  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2964  tRNA modification GTPase TrmE  52.55 
 
 		 438 aa  387  1e-106  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1833  tRNA modification GTPase TrmE  54.83 
 
 		 431 aa  382  1e-105  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0890064  normal  0.0768704 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1411  tRNA modification GTPase TrmE  53.67 
 
 		 437 aa  372  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.03827 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3454  tRNA modification GTPase TrmE  50.11 
 
 		 429 aa  368  1e-101  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1940  tRNA modification GTPase TrmE  53.48 
 
 		 435 aa  368  1e-100  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.704243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0858  tRNA modification GTPase TrmE  48.55 
 
 		 442 aa  365  1e-100  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1029  tRNA modification GTPase TrmE  52.12 
 
 		 434 aa  364  2e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.111023  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0291  tRNA modification GTPase TrmE  50.33 
 
 		 449 aa  363  3e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2062  tRNA modification GTPase TrmE  49.1 
 
 		 442 aa  362  6e-99  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00847213  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1982  tRNA modification GTPase TrmE  49.44 
 
 		 442 aa  362  6e-99  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.535641  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1580  tRNA modification GTPase TrmE  51.92 
 
 		 444 aa  362  7.0000000000000005e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.183316 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0098  tRNA modification GTPase TrmE  50 
 
 		 456 aa  360  3e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0727899 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0429  tRNA modification GTPase TrmE  51.62 
 
 		 462 aa  359  6e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0297  tRNA modification GTPase TrmE  51.56 
 
 		 441 aa  355  6.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3931  tRNA modification GTPase TrmE  49.09 
 
 		 437 aa  353  5e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1658  tRNA modification GTPase TrmE  53.74 
 
 		 444 aa  352  5e-96  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.844134  normal  0.296272 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5023  tRNA modification GTPase TrmE  51.11 
 
 		 447 aa  352  8e-96  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0584026  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1230  tRNA modification GTPase TrmE  50.23 
 
 		 428 aa  350  3e-95  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1859  tRNA modification GTPase TrmE  51.59 
 
 		 444 aa  350  4e-95  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.517365 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4390  tRNA modification GTPase TrmE  45.6 
 
 		 436 aa  349  5e-95  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1284  tRNA modification GTPase TrmE  47.99 
 
 		 451 aa  349  6e-95  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2891  tRNA modification GTPase TrmE  49.44 
 
 		 428 aa  348  1e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2587  tRNA modification GTPase TrmE  48.65 
 
 		 448 aa  346  4e-94  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.147171 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3472  tRNA modification GTPase TrmE  48.78 
 
 		 442 aa  345  1e-93  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0164  tRNA modification GTPase TrmE  50.22 
 
 		 445 aa  343  2.9999999999999997e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.364073  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2667  tRNA modification GTPase TrmE  49.44 
 
 		 428 aa  343  5e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0398705  normal  0.380735 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0032  tRNA modification GTPase TrmE  42.28 
 
 		 441 aa  342  5.999999999999999e-93  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2864  tRNA modification GTPase TrmE  47.51 
 
 		 428 aa  341  1e-92  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.234827 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4257  tRNA modification GTPase TrmE  48.97 
 
 		 437 aa  340  2.9999999999999998e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.910878 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0060  tRNA modification GTPase TrmE  41.61 
 
 		 439 aa  335  1e-90  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.646746  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0392  tRNA modification GTPase TrmE  49.14 
 
 		 460 aa  331  1e-89  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.379406 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0106  tRNA modification GTPase TrmE  49.56 
 
 		 457 aa  327  2.0000000000000001e-88  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.446893  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4081  tRNA modification GTPase TrmE  50.11 
 
 		 441 aa  325  1e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0162579 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_33876  predicted protein  46.28 
 
 		 489 aa  323  4e-87  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.242987 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3205  tRNA modification GTPase TrmE  46.9 
 
 		 440 aa  321  1.9999999999999998e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0010  tRNA modification GTPase TrmE  42.6 
 
 		 435 aa  305  1.0000000000000001e-81  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000341639  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_56161  predicted protein  39.25 
 
 		 478 aa  303  4.0000000000000003e-81  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0981  tRNA modification GTPase TrmE  50.17 
 
 		 508 aa  300  2e-80  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2407  tRNA modification GTPase TrmE  49.21 
 
 		 433 aa  297  3e-79  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2515  tRNA modification GTPase TrmE  41.23 
 
 		 464 aa  294  2e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000310293  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0137  tRNA modification GTPase TrmE  44.87 
 
 		 437 aa  292  7e-78  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2930  tRNA modification GTPase TrmE  38.86 
 
 		 458 aa  291  1e-77  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.137366  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4127  tRNA modification GTPase TrmE  41.92 
 
 		 454 aa  291  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.357729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4234  tRNA modification GTPase TrmE  41.92 
 
 		 467 aa  291  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4177  tRNA modification GTPase TrmE  41.92 
 
 		 467 aa  291  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.357651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4055  tRNA modification GTPase TrmE  41.92 
 
 		 454 aa  291  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.765231  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4070  tRNA modification GTPase TrmE  41.92 
 
 		 467 aa  291  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.125734  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0199  tRNA modification GTPase TrmE  46.07 
 
 		 426 aa  291  2e-77  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.649237 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0027  tRNA modification GTPase TrmE  43.07 
 
 		 454 aa  290  3e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.151422 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5136  tRNA modification GTPase TrmE  41.92 
 
 		 454 aa  289  5.0000000000000004e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.041745  normal  0.0619684 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4260  tRNA modification GTPase TrmE  41.92 
 
 		 454 aa  289  8e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4073  tRNA modification GTPase TrmE  41.92 
 
 		 454 aa  289  8e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.420944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4148  tRNA modification GTPase TrmE  42.27 
 
 		 454 aa  289  8e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4288  tRNA modification GTPase TrmE  41.92 
 
 		 454 aa  289  8e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4219  tRNA modification GTPase TrmE  41.92 
 
 		 454 aa  289  8e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.99545  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03590  tRNA modification GTPase  41.7 
 
 		 454 aa  287  2e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3920  tRNA modification GTPase TrmE  41.7 
 
 		 454 aa  287  2e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.189642  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03534  hypothetical protein  41.7 
 
 		 454 aa  287  2e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.948294  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2881  tRNA modification GTPase TrmE  46.15 
 
 		 444 aa  286  5e-76  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.470737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3865  tRNA modification GTPase TrmE  40.17 
 
 		 453 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000363316 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4158  tRNA modification GTPase TrmE  41.79 
 
 		 454 aa  285  1.0000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000196641  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0132  tRNA modification GTPase TrmE  40.88 
 
 		 452 aa  285  1.0000000000000001e-75  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.849325  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2124  tRNA modification GTPase TrmE  39.87 
 
 		 452 aa  284  2.0000000000000002e-75  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3317  tRNA modification GTPase TrmE  45.07 
 
 		 446 aa  285  2.0000000000000002e-75  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4183  tRNA modification GTPase TrmE  41.79 
 
 		 454 aa  284  2.0000000000000002e-75  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000380111  normal  0.0649437 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4216  tRNA modification GTPase TrmE  41.48 
 
 		 454 aa  284  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.021791  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0199  tRNA modification GTPase TrmE  39.87 
 
 		 473 aa  284  2.0000000000000002e-75  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0717  tRNA modification GTPase TrmE  48.01 
 
 		 550 aa  284  3.0000000000000004e-75  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4245  tRNA modification GTPase TrmE  41.79 
 
 		 454 aa  284  3.0000000000000004e-75  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00411948  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4263  tRNA modification GTPase TrmE  41.18 
 
 		 454 aa  283  4.0000000000000003e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.226045  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0003  tRNA modification GTPase TrmE  39.56 
 
 		 457 aa  283  5.000000000000001e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5742  tRNA modification GTPase TrmE  42.58 
 
 		 456 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.206283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0001  tRNA modification GTPase TrmE  39.43 
 
 		 453 aa  283  6.000000000000001e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201746  hitchhiker  0.00000000323985 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5611  tRNA modification GTPase TrmE  43.36 
 
 		 456 aa  282  7.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4001  tRNA modification GTPase TrmE  40.31 
 
 		 453 aa  282  9e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.73411  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4058  tRNA modification GTPase TrmE  40.7 
 
 		 455 aa  281  1e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.239105  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04098  tRNA modification GTPase  39.61 
 
 		 462 aa  281  1e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52440  tRNA modification GTPase TrmE  42.76 
 
 		 455 aa  281  1e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0008  tRNA modification GTPase TrmE  40.09 
 
 		 453 aa  282  1e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.185087  hitchhiker  0.000721309 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4292  tRNA modification GTPase TrmE  40.83 
 
 		 454 aa  281  2e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.10556  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2929  tRNA modification GTPase TrmE  37.39 
 
 		 446 aa  281  2e-74  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3612  tRNA modification GTPase TrmE  39.78 
 
 		 455 aa  280  3e-74  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4034  tRNA modification GTPase TrmE  42.67 
 
 		 453 aa  280  3e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.461545  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00435  tRNA modification GTPase TrmE  40 
 
 		 453 aa  280  5e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4615  tRNA modification GTPase TrmE  41.34 
 
 		 454 aa  279  8e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394021  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3774  tRNA modification GTPase TrmE  39.56 
 
 		 466 aa  278  1e-73  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0161001  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0005  tRNA modification GTPase TrmE  39.34 
 
 		 453 aa  278  1e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.135343  hitchhiker  0.00000014804 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0002  tRNA modification GTPase TrmE  38.82 
 
 		 455 aa  277  2e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5133  tRNA modification GTPase TrmE  43.01 
 
 		 456 aa  278  2e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4062  tRNA modification GTPase TrmE  40.09 
 
 		 453 aa  278  2e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.112278  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5443  tRNA modification GTPase TrmE  42.58 
 
 		 456 aa  278  2e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4928  tRNA modification GTPase TrmE  38.77 
 
 		 453 aa  278  2e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0035842  hitchhiker  0.00000248868 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0005  tRNA modification GTPase TrmE  42.58 
 
 		 456 aa  277  3e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.273487  hitchhiker  0.00022418 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5308  tRNA modification GTPase TrmE  42.58 
 
 		 456 aa  277  3e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.832252  normal  0.0803697 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3939  tRNA modification GTPase TrmE  39.12 
 
 		 453 aa  276  4e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000114268 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2195  tRNA modification GTPase TrmE  40.67 
 
 		 475 aa  276  5e-73  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002017  GTPase and tRNA-U34 5-formylation enzyme TrmE  39.56 
 
 		 453 aa  276  5e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0189213  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5212  tRNA modification GTPase TrmE  42.45 
 
 		 456 aa  276  5e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>