More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_1205 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_1205  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 
307 aa  629  1e-179  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.618681  normal  0.182798 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  35.07 
 
 
548 aa  169  4e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  35.81 
 
 
492 aa  169  5e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  32.77 
 
 
451 aa  147  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.57 
 
 
308 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.57 
 
 
308 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  32.41 
 
 
312 aa  144  2e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  38.28 
 
 
321 aa  144  2e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.65 
 
 
419 aa  144  3e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0331  diguanylate cyclase  39.6 
 
 
318 aa  142  9e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.552505  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  43.6 
 
 
448 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  34.47 
 
 
1000 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.86 
 
 
317 aa  139  3.9999999999999997e-32  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  38.03 
 
 
638 aa  140  3.9999999999999997e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1272  diguanylate cyclase  38.22 
 
 
632 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0623275  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.67 
 
 
628 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.77 
 
 
469 aa  138  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  40.31 
 
 
343 aa  137  2e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.09 
 
 
578 aa  137  2e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0921  putative GGDEF protein  37.62 
 
 
322 aa  137  3.0000000000000003e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.48 
 
 
1466 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.765492  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  38.46 
 
 
417 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  43.33 
 
 
517 aa  135  7.000000000000001e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.77 
 
 
482 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  33.22 
 
 
768 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  31.94 
 
 
367 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2593  diguanylate cyclase  37.62 
 
 
569 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0279465  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.63 
 
 
769 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.09 
 
 
686 aa  134  1.9999999999999998e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4904  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.12 
 
 
642 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0484368  normal  0.638753 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.31 
 
 
505 aa  133  3e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  36.3 
 
 
506 aa  133  3e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  36.36 
 
 
350 aa  133  3e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  36.3 
 
 
499 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  36.3 
 
 
489 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  36.3 
 
 
499 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  36.3 
 
 
489 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  36.3 
 
 
484 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  36.3 
 
 
499 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.22 
 
 
407 aa  133  5e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.98 
 
 
322 aa  132  5e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.42 
 
 
352 aa  132  5e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2182  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.32 
 
 
305 aa  132  6e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.724323  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4930  diguanylate cyclase  40.72 
 
 
530 aa  132  6.999999999999999e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.22973 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3230  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.45 
 
 
642 aa  132  6.999999999999999e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.7142  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.69 
 
 
324 aa  132  6.999999999999999e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  38.6 
 
 
364 aa  131  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  36.3 
 
 
506 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  44.44 
 
 
417 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.08 
 
 
301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.99 
 
 
698 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  42.94 
 
 
570 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  39.15 
 
 
582 aa  131  2.0000000000000002e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  39.43 
 
 
821 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2518  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.12 
 
 
751 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00063624  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.93 
 
 
322 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.93 
 
 
322 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.5 
 
 
1248 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  42.86 
 
 
492 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  40.48 
 
 
345 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.79 
 
 
424 aa  130  3e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  43.03 
 
 
395 aa  130  3e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.61 
 
 
772 aa  130  4.0000000000000003e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  42.86 
 
 
492 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  37.95 
 
 
523 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  43.03 
 
 
395 aa  130  4.0000000000000003e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3373  diguanylate cyclase  40.64 
 
 
505 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  42.86 
 
 
492 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.66 
 
 
632 aa  129  5.0000000000000004e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.6 
 
 
301 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5857  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.97 
 
 
341 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  34.72 
 
 
325 aa  129  6e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3863  diguanylate cyclase  39.52 
 
 
426 aa  129  7.000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  35.81 
 
 
302 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.93 
 
 
351 aa  129  7.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  28.62 
 
 
498 aa  129  7.000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  34.16 
 
 
320 aa  129  7.000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  30.19 
 
 
307 aa  129  8.000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  38.24 
 
 
609 aa  129  9.000000000000001e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  34.48 
 
 
354 aa  128  1.0000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.65 
 
 
820 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  42.77 
 
 
413 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  40.98 
 
 
559 aa  128  1.0000000000000001e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  41.42 
 
 
295 aa  128  1.0000000000000001e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  38.19 
 
 
532 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.42 
 
 
564 aa  127  2.0000000000000002e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0335  PAS sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.77 
 
 
979 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000621491  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  44.51 
 
 
323 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1759  diguanylate cyclase  43.21 
 
 
266 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0198551  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.25 
 
 
434 aa  127  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.74 
 
 
827 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3042  response regulator receiver protein  38.33 
 
 
388 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22780  GGDEF protein  42.42 
 
 
318 aa  128  2.0000000000000002e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0043996  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  34.83 
 
 
320 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  40.12 
 
 
583 aa  127  3e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  37.02 
 
 
280 aa  127  3e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.73 
 
 
568 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00246734  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.06 
 
 
901 aa  126  4.0000000000000003e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.42 
 
 
531 aa  126  4.0000000000000003e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  41.32 
 
 
564 aa  126  4.0000000000000003e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>