More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3546 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0914  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 		 143 aa  276  7e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.423224  normal  0.223625 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3546  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 		 143 aa  276  7e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212621  normal  0.456883 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3813  MarR family transcriptional regulator  51.49 
 
 		 147 aa  125  3e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.363185  normal  0.48019 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1302  MarR family transcriptional regulator  43.07 
 
 		 154 aa  98.2  3e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.475565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2337  MarR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 164 aa  96.7  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.585939 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2739  MarR family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 144 aa  95.5  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3945  MarR family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 145 aa  90.5  7e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.341405 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4476  MarR family transcriptional regulator  38.66 
 
 		 174 aa  88.2  4e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04217  transcriptional regulator MarR/emrR family  43.69 
 
 		 149 aa  87.4  5e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3866  MarR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 150 aa  86.3  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1042  transcriptional regulator, MarR family  36.69 
 
 		 160 aa  85.9  2e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.465044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1073  MarR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 152 aa  83.2  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.136141  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3190  MarR family transcriptional regulator  41.91 
 
 		 175 aa  83.2  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.7082 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3334  transcriptional regulator, TrmB  39.13 
 
 		 151 aa  82  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2455  MarR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 148 aa  82.8  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3740  transcriptional regulator, MarR family  37.01 
 
 		 164 aa  81.3  0.000000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3545  MarR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 163 aa  81.3  0.000000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.2487  normal  0.476183 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1903  transcriptional regulator, MarR family  36.84 
 
 		 149 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0221368  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1374  MarR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 148 aa  79  0.00000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1469  MarR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 149 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2485  MarR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 173 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1962  MarR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 149 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3343  MarR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 149 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.119035  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2369  MarR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 149 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.275534  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1236  MarR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 149 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.322451  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2328  MarR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 149 aa  77.4  0.00000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.217001  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1122  MarR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 151 aa  76.6  0.00000000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2740  MarR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 169 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0732382 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0259  MarR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 144 aa  75.9  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1346  MarR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 149 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0685392  normal  0.0717875 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1844  MarR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 149 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.851332  hitchhiker  0.00903999 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1914  MarR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 149 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.202978  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2116  MarR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 138 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2299  MarR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 149 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1995  MarR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 158 aa  75.1  0.0000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.911966  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5227  MarR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 149 aa  73.9  0.0000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.651457 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1949  MarR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 149 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0745921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6153  MarR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 149 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.834602  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2834  MarR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 152 aa  73.6  0.0000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.237719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1926  MarR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 149 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.609155  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1008  MarR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 151 aa  72  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.467576  normal  0.750434 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1592  MarR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 304 aa  71.6  0.000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0532297  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0337  MarR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 191 aa  71.2  0.000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.732334  normal  0.045327 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1301  MarR family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 144 aa  70.9  0.000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.630849  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2620  MarR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 152 aa  70.9  0.000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.955931 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3392  MarR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 140 aa  70.1  0.000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0284351 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4032  transcriptional regulatory protein  32.12 
 
 		 162 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0606552 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6069  transcriptional regulator, MarR family  43.07 
 
 		 146 aa  69.3  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.683287 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0634  MarR family transcriptional regulator  33 
 
 		 161 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.353254 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0562  MarR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 185 aa  67.4  0.00000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.490708 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0651  transcriptional regulator, MarR family  37.07 
 
 		 161 aa  67  0.00000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3592  MarR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 174 aa  66.6  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2122  MarR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 179 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0472416  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1198  transcriptional regulator, MarR family  37.1 
 
 		 150 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.60771  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3117  MarR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 156 aa  65.1  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1152  MarR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 179 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.327782  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1960  MarR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 179 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0252  MarR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 179 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0908  MarR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 304 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1325  MarR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 168 aa  64.7  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1341  MarR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 156 aa  63.5  0.0000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.116793  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5793  transcriptional regulator, MarR family  33.82 
 
 		 186 aa  63.2  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0312  MarR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 146 aa  62.4  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3668  transcriptional regulator, MarR family  32.62 
 
 		 147 aa  62.8  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.400003  normal  0.620653 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0743  MarR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 159 aa  62  0.000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.841359  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4745  transcriptional regulator, MarR family  32.62 
 
 		 147 aa  62.8  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.427221 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3873  putative transcriptional regulator  32.52 
 
 		 172 aa  62.8  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0174769  normal  0.875929 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0728  MarR/EmrR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 168 aa  62  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0902  MarR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 165 aa  62  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5157  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 		 165 aa  62  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.14169  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2803  transcriptional regulator, MarR family  35.56 
 
 		 170 aa  62  0.000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7252  transcriptional regulator, MarR family  30.47 
 
 		 170 aa  62  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0832  MarR family transcriptional regulator  25.55 
 
 		 159 aa  61.6  0.000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.431988  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2076  transcriptional regulator, MarR family  31.37 
 
 		 171 aa  60.8  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1307  MarR family transcriptional regulator  38.53 
 
 		 159 aa  60.8  0.000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.702718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5322  MarR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 152 aa  60.5  0.000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30420  transcriptional regulator  35.59 
 
 		 159 aa  60.1  0.000000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.147448  normal  0.274535 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5531  transcriptional regulator, TrmB  42.02 
 
 		 158 aa  60.1  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.412859  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3612  MarR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 171 aa  59.3  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.463026  normal  0.818554 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5144  MarR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 156 aa  58.5  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2998  MarR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 154 aa  58.5  0.00000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.414929 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1113  transcriptional regulator, TrmB  35.29 
 
 		 167 aa  58.2  0.00000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0294  MarR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 171 aa  57.8  0.00000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0960  MarR family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 146 aa  57.8  0.00000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.305429  normal  0.461467 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2033  MarR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 303 aa  57.4  0.00000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.368826 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1130  MarR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 148 aa  57.4  0.00000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4468  transcriptional regulator, TrmB  38.35 
 
 		 206 aa  57.8  0.00000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.160154  normal  0.0294539 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3022  transcriptional regulator, TrmB  40 
 
 		 157 aa  57.4  0.00000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.195041  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0731  transcriptional regulator, MarR family  34.75 
 
 		 156 aa  57.4  0.00000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000118752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1251  MarR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 155 aa  56.6  0.0000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.461848  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0435  MarR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 150 aa  56.6  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21070  transcriptional regulator  38.83 
 
 		 143 aa  56.6  0.0000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0880  regulatory protein, MarR  34.23 
 
 		 162 aa  56.2  0.0000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2137  transcriptional regulator, MarR family  30.47 
 
 		 154 aa  55.8  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.727084 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6797  transcriptional regulator, MarR family  32.04 
 
 		 150 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000341321  decreased coverage  0.0000000109708 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1979  transcriptional regulator  36.46 
 
 		 144 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.590401  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2842  MarR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 150 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3415  MarR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 149 aa  55.5  0.0000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0058743 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5307  transcriptional regulator, MarR family  33.07 
 
 		 178 aa  56.2  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2174  regulatory protein MarR  31.25 
 
 		 154 aa  55.8  0.0000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.363681 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>