122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2929 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2929  carboxynorspermidine decarboxylase  100 
 
 
365 aa  760    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0987  carboxynorspermidine decarboxylase  89.04 
 
 
365 aa  689    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.728912  hitchhiker  0.0000164001 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2763  carboxynorspermidine decarboxylase  100 
 
 
365 aa  760    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.327061  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2843  carboxynorspermidine decarboxylase  99.18 
 
 
365 aa  756    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.239369 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2126  carboxynorspermidine decarboxylase  97.53 
 
 
365 aa  744    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.934479  normal  0.236457 
 
 
-
 
NC_004310  BR0334  carboxynorspermidine decarboxylase  76.44 
 
 
365 aa  604  9.999999999999999e-173  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.47731  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0351  carboxynorspermidine decarboxylase  76.44 
 
 
365 aa  604  9.999999999999999e-173  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0437  carboxynorspermidine decarboxylase  76.16 
 
 
389 aa  602  1.0000000000000001e-171  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.378018  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1381  carboxynorspermidine decarboxylase  75.34 
 
 
365 aa  597  1e-170  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.0000914545  normal  0.67918 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4156  carboxynorspermidine decarboxylase  72.05 
 
 
365 aa  575  1.0000000000000001e-163  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0736127  normal  0.854388 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5843  carboxynorspermidine decarboxylase  70.96 
 
 
365 aa  573  1.0000000000000001e-162  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.883697  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2883  carboxynorspermidine decarboxylase  67.86 
 
 
365 aa  508  1e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0029  carboxynorspermidine decarboxylase  64.66 
 
 
365 aa  505  9.999999999999999e-143  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0125  carboxynorspermidine decarboxylase  67.03 
 
 
365 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.416541 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1474  putative carboxynorspermidine decarboxylase protein  66.76 
 
 
365 aa  504  1e-141  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2956  carboxynorspermidine decarboxylase  63.11 
 
 
368 aa  493  9.999999999999999e-139  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.64779  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1716  carboxynorspermidine decarboxylase  56.46 
 
 
379 aa  435  1e-121  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00171564  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0913  pyridoxal-dependent decarboxylase  54.02 
 
 
417 aa  430  1e-119  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1502  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  53.88 
 
 
414 aa  427  1e-118  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1230  carboxynorspermidine decarboxylase  50.95 
 
 
387 aa  380  1e-104  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000654114  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2136  carboxynorspermidine decarboxylase  51.77 
 
 
381 aa  378  1e-104  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0231313  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02739  hypothetical protein  50.68 
 
 
377 aa  368  1e-101  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003103  carboxynorspermidine decarboxylase putative  50.41 
 
 
377 aa  368  1e-100  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0984903  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2290  carboxynorspermidine decarboxylase  48.63 
 
 
376 aa  358  7e-98  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1596  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.29 
 
 
387 aa  299  6e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00157002  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1921  carboxynorspermidine decarboxylase  41.67 
 
 
378 aa  298  1e-79  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.380806  hitchhiker  0.00337134 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6505  carboxynorspermidine decarboxylase  42.52 
 
 
399 aa  296  3e-79  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.136453  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1180  carboxynorspermidine decarboxylase  41.01 
 
 
382 aa  285  1.0000000000000001e-75  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.477804  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2538  carboxynorspermidine decarboxylase  40.64 
 
 
400 aa  282  7.000000000000001e-75  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0903  carboxynorspermidine decarboxylase  40.64 
 
 
384 aa  278  7e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000370822 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1129  carboxynorspermidine decarboxylase  38.17 
 
 
382 aa  276  3e-73  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2319  carboxynorspermidine decarboxylase  38.89 
 
 
389 aa  276  5e-73  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1308  carboxynorspermidine decarboxylase  40.64 
 
 
384 aa  276  5e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000618886 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0396  carboxynorspermidine decarboxylase  39.35 
 
 
380 aa  275  1.0000000000000001e-72  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.0000394285  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2917  carboxynorspermidine decarboxylase  40.64 
 
 
384 aa  275  1.0000000000000001e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2515  carboxynorspermidine decarboxylase  39.1 
 
 
390 aa  274  2.0000000000000002e-72  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.721977  normal  0.472801 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2609  carboxynorspermidine decarboxylase  39.27 
 
 
392 aa  272  5.000000000000001e-72  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2141  carboxynorspermidine decarboxylase  40.38 
 
 
379 aa  273  5.000000000000001e-72  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1556  carboxynorspermidine decarboxylase  39.95 
 
 
376 aa  271  2e-71  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000119518  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0982  carboxynorspermidine decarboxylase  38.77 
 
 
384 aa  269  5e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0573  carboxynorspermidine decarboxylase  37.99 
 
 
391 aa  268  1e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1317  carboxynorspermidine decarboxylase  37.89 
 
 
408 aa  266  5.999999999999999e-70  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1677  carboxynorspermidine decarboxylase  39.47 
 
 
384 aa  265  8.999999999999999e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000607636  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3051  carboxynorspermidine decarboxylase  39.68 
 
 
379 aa  265  1e-69  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2096  carboxynorspermidine decarboxylase  39.3 
 
 
397 aa  264  2e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1532  carboxynorspermidine decarboxylase  37.85 
 
 
405 aa  262  6.999999999999999e-69  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1688  carboxynorspermidine decarboxylase  37.87 
 
 
382 aa  259  4e-68  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0811745  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1507  carboxynorspermidine decarboxylase  37.6 
 
 
382 aa  258  9e-68  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1867  carboxynorspermidine decarboxylase  37.6 
 
 
382 aa  256  3e-67  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2140  carboxynorspermidine decarboxylase  40.27 
 
 
380 aa  256  6e-67  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03352  Carboxynorspermidine decarboxylase  40.16 
 
 
376 aa  255  1.0000000000000001e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.16649  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0354  carboxynorspermidine decarboxylase  37.9 
 
 
387 aa  250  3e-65  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.434135  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3524  carboxynorspermidine decarboxylase  37.63 
 
 
386 aa  248  2e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0338  carboxynorspermidine decarboxylase  35.77 
 
 
377 aa  245  9.999999999999999e-64  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1153  carboxynorspermidine decarboxylase  36.84 
 
 
385 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.214517  normal  0.177678 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0124  carboxynorspermidine decarboxylase  35.84 
 
 
406 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0747  carboxynorspermidine decarboxylase  36.12 
 
 
375 aa  243  5e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1792  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.08 
 
 
399 aa  233  4.0000000000000004e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1082  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  36.93 
 
 
390 aa  232  7.000000000000001e-60  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.177671 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1657  carboxynorspermidine decarboxylase  36.52 
 
 
400 aa  228  1e-58  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.0238429 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1198  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.13 
 
 
390 aa  224  2e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0118  carboxynorspermidine decarboxylase  35.75 
 
 
408 aa  223  4e-57  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0152  carboxynorspermidine decarboxylase  34.22 
 
 
378 aa  222  9.999999999999999e-57  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4441  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.13 
 
 
390 aa  220  3.9999999999999997e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0661  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  32 
 
 
1086 aa  216  5e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1615  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  32 
 
 
1058 aa  216  5e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.374514  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0795  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  32 
 
 
1055 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0479  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  32 
 
 
1076 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.303637  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0550  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  32 
 
 
1113 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2063  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  32.17 
 
 
1110 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1968  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  32 
 
 
1134 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.278028  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2593  carboxynorspermidine decarboxylase  33.96 
 
 
375 aa  204  1e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0976  diaminopimelate decarboxylase  24.25 
 
 
416 aa  57  0.0000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.351187  normal  0.117285 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3213  diaminopimelate decarboxylase  27.78 
 
 
432 aa  56.2  0.0000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.399743 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1775  diaminopimelate decarboxylase  22.05 
 
 
447 aa  53.5  0.000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4745  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  23.68 
 
 
582 aa  53.5  0.000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0440633  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00206  putative diaminopimelate decarboxylase  31.07 
 
 
416 aa  52.4  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1109  diaminopimelate decarboxylase  23.11 
 
 
418 aa  51.6  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0745  diaminopimelate decarboxylase  22.53 
 
 
440 aa  52  0.00002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.300133  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1409  diaminopimelate decarboxylase  22.89 
 
 
406 aa  52  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1510  Ornithine decarboxylase  26.87 
 
 
400 aa  52  0.00002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000015857  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0207  diaminopimelate decarboxylase  28.43 
 
 
420 aa  50.8  0.00004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1641  diaminopimelate decarboxylase  24.81 
 
 
420 aa  50.4  0.00005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2384  diaminopimelate decarboxylase  21.71 
 
 
421 aa  50.4  0.00005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.193755  normal  0.99015 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0729  diaminopimelate decarboxylase  21.82 
 
 
421 aa  50.1  0.00006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1499  diaminopimelate decarboxylase  22.48 
 
 
416 aa  49.7  0.00009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000178536  normal  0.848919 
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_28310  Diaminopimelate decarboxylase  19.88 
 
 
471 aa  48.9  0.0001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0114023  hitchhiker  0.00277036 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2097  diaminopimelate decarboxylase  21.32 
 
 
430 aa  49.3  0.0001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.579458  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0279  diaminopimelate decarboxylase  25.84 
 
 
451 aa  48.9  0.0001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1746  diaminopimelate decarboxylase  20.75 
 
 
435 aa  48.1  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.147436  normal 
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_21592  diaminopimelate decarboxylase  22.44 
 
 
481 aa  47.8  0.0003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3625  diaminopimelate decarboxylase  22.54 
 
 
420 aa  47.4  0.0004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0318  diaminopimelate decarboxylase  22.51 
 
 
394 aa  47  0.0005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.833211 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1348  diaminopimelate decarboxylase  22.47 
 
 
416 aa  47  0.0006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000478718  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0541  diaminopimelate decarboxylase  25.84 
 
 
418 aa  46.6  0.0007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2942  diaminopimelate decarboxylase  21.24 
 
 
430 aa  46.6  0.0007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000269013  normal  0.385916 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2448  diaminopimelate decarboxylase  21 
 
 
421 aa  46.6  0.0007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.147668  normal  0.347917 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1010  diaminopimelate decarboxylase  21.28 
 
 
421 aa  46.6  0.0008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.905477 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0858  diaminopimelate decarboxylase  29.14 
 
 
415 aa  45.4  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.168666  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1240  diaminopimelate decarboxylase  21.09 
 
 
420 aa  45.4  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>